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Modélisation multiéchelle de perturbation de la phyllotaxie d'Arabidopsis thaliana
No full textIn this dissertation we are interested in how shoot structure emerges from the functioning of their apical meristem. For this, we investigate the structure of Arabidopsis thaliana shoot apical meristem at different scales. The thesis starts by studying at macroscopic scale plants in which the regularity of phyllotaxis has been perturbed and developing mathematical tools to quantify and analyze such complex patterns. Then we try to investigate at more microscopic scales what can be the reasons for such perturbations. For this we tested an extended version of Douady and Couder's model (1996) in which several key parameters are varied by adding different sources of noise. This modeling study enables us to hypothesize that the stability in size of both the primordia inhibition zone and the central zone may be key factors in phyllotaxis robustness. While realistic 3D models of primordia inhibitory fields have been developed recently, such a study is still missing for realistic 3D tissues in the case of the central zone. This lead us finally to analyze in depth the gene regulatory network that controls the size of the central zone in the meristem. We implemented a 3D version of a model in literature modulating the size of the central zone and tested this model on 3D meristem cellular structures obtained from 3D laser microscope images.Dans cette thèse nous nous intéressons à la manière dont la structure des plantes émerge du fonctionnement de leur méristème apical. Pour cela, nous étudions la structure du méristème apical d'Arabidopsis thaliana à différentes échelles. La thèse commence par étudier les plantes à l'échelle macroscopique dont la phyllotaxie a été perturbée et par le développement d'outils mathématiques pour quantifier et analyser ces perturbations. Ensuite, nous étudions à une échelle plus microscopiques quelles peuvent être les raisons de telles perturbations. Pour cela, nous avons testé une version étendue d'un modèle proposé par Douady et Couder (1996) dans lequel plusieurs paramètres clés sont modifiés par différentes sources de bruit. Cette étude de modélisation suggère que la stabilité de la taille de la zone de la zone centrale peut être un facteur clé dans la robustesse phyllotaxie. Alors que des modèles 3D réalistes des champs d'inhibition autour des primordia ont été développés récemment, une telle étude est toujours manquante pour les tissus réalistes en 3D dans le cas de la zone centrale. Cela nous conduit finalement à analyser en profondeur le réseau de régulation génétique qui contrôle la taille de la zone centrale dans le méristème. Nous avons implémenté une version 3D d'un modèle de la littérature de la zone centrale et testé ce modèle sur des méristèmes 3D obtenues à partir des images 3D de la microscopie laser
Multiscale modelling of Arabidopsis thaliana phyllotaxis perturbation
No full textDans cette thèse nous nous intéressons à la manière dont la structure des plantes émerge du fonctionnement de leur méristème apical. Pour cela, nous étudions la structure du méristème apical d'Arabidopsis thaliana à différentes échelles. La thèse commence par étudier les plantes à l'échelle macroscopique dont la phyllotaxie a été perturbée et par le développement d'outils mathématiques pour quantifier et analyser ces perturbations. Ensuite, nous étudions à une échelle plus microscopiques quelles peuvent être les raisons de telles perturbations. Pour cela, nous avons testé une version étendue d'un modèle proposé par Douady et Couder (1996) dans lequel plusieurs paramètres clés sont modifiés par différentes sources de bruit. Cette étude de modélisation suggère que la stabilité de la taille de la zone de la zone centrale peut être un facteur clé dans la robustesse phyllotaxie. Alors que des modèles 3D réalistes des champs d'inhibition autour des primordia ont été développés récemment, une telle étude est toujours manquante pour les tissus réalistes en 3D dans le cas de la zone centrale. Cela nous conduit finalement à analyser en profondeur le réseau de régulation génétique qui contrôle la taille de la zone centrale dans le méristème. Nous avons implémenté une version 3D d'un modèle de la littérature de la zone centrale et testé ce modèle sur des méristèmes 3D obtenues à partir des images 3D de la microscopie laser.In this dissertation we are interested in how shoot structure emerges from the functioning of their apical meristem. For this, we investigate the structure of Arabidopsis thaliana shoot apical meristem at different scales. The thesis starts by studying at macroscopic scale plants in which the regularity of phyllotaxis has been perturbed and developing mathematical tools to quantify and analyze such complex patterns. Then we try to investigate at more microscopic scales what can be the reasons for such perturbations. For this we tested an extended version of Douady and Couder's model (1996) in which several key parameters are varied by adding different sources of noise. This modeling study enables us to hypothesize that the stability in size of both the primordia inhibition zone and the central zone may be key factors in phyllotaxis robustness. While realistic 3D models of primordia inhibitory fields have been developed recently, such a study is still missing for realistic 3D tissues in the case of the central zone. This lead us finally to analyze in depth the gene regulatory network that controls the size of the central zone in the meristem. We implemented a 3D version of a model in literature modulating the size of the central zone and tested this model on 3D meristem cellular structures obtained from 3D laser microscope images
Modélisation multiéchelle de perturbation de la phyllotaxie d'Arabidopsis thaliana
No full textIn this dissertation we are interested in how shoot structure emerges from the functioning of their apical meristem. For this, we investigate the structure of Arabidopsis thaliana shoot apical meristem at different scales. The thesis starts by studying at macroscopic scale plants in which the regularity of phyllotaxis has been perturbed and developing mathematical tools to quantify and analyze such complex patterns. Then we try to investigate at more microscopic scales what can be the reasons for such perturbations. For this we tested an extended version of Douady and Couder's model (1996) in which several key parameters are varied by adding different sources of noise. This modeling study enables us to hypothesize that the stability in size of both the primordia inhibition zone and the central zone may be key factors in phyllotaxis robustness. While realistic 3D models of primordia inhibitory fields have been developed recently, such a study is still missing for realistic 3D tissues in the case of the central zone. This lead us finally to analyze in depth the gene regulatory network that controls the size of the central zone in the meristem. We implemented a 3D version of a model in literature modulating the size of the central zone and tested this model on 3D meristem cellular structures obtained from 3D laser microscope images.Dans cette thèse nous nous intéressons à la manière dont la structure des plantes émerge du fonctionnement de leur méristème apical. Pour cela, nous étudions la structure du méristème apical d'Arabidopsis thaliana à différentes échelles. La thèse commence par étudier les plantes à l'échelle macroscopique dont la phyllotaxie a été perturbée et par le développement d'outils mathématiques pour quantifier et analyser ces perturbations. Ensuite, nous étudions à une échelle plus microscopiques quelles peuvent être les raisons de telles perturbations. Pour cela, nous avons testé une version étendue d'un modèle proposé par Douady et Couder (1996) dans lequel plusieurs paramètres clés sont modifiés par différentes sources de bruit. Cette étude de modélisation suggère que la stabilité de la taille de la zone de la zone centrale peut être un facteur clé dans la robustesse phyllotaxie. Alors que des modèles 3D réalistes des champs d'inhibition autour des primordia ont été développés récemment, une telle étude est toujours manquante pour les tissus réalistes en 3D dans le cas de la zone centrale. Cela nous conduit finalement à analyser en profondeur le réseau de régulation génétique qui contrôle la taille de la zone centrale dans le méristème. Nous avons implémenté une version 3D d'un modèle de la littérature de la zone centrale et testé ce modèle sur des méristèmes 3D obtenues à partir des images 3D de la microscopie laser
SPATIO-TEMPORAL ANALYSIS OF SPRUCE TREE CELL WALL ENZYMATIC HYDROLYSIS
No full textInternational audiencePlant cell wall recalcitrance poses a major challenge for the efficient transformation of lignocellulosic biomass into bio-products. Overcoming the recalcitrance is crucial for achieving plant based cost-effective sustainable alternatives to fossil fuels. Despite significant progress in identifying nanoscale markers of recalcitrance, the cell wall deconstruction at cell and tissue scales remains largely under-explored. Building upon our previous work combining 4D (3D + time) fluorescence imaging and image processing to characterize changes in cell wall properties of poplar samples during enzymatic hydrolysis, this study extends our approach to spruce tree wood, a valuable forest resource threatened by dieback. We collected time-lapse datasets of spruce tree wood samples using a fluorescence confocal microscope during hydrolysis using an enzyme cocktail of known composition with different activity levels (control, 7.5, 15, and 30 FPU/g sample). We then adapted our computational pipeline to effectively handle highly deconstructed datasets undergoing significant structural changes and deformations. This involved first dividing the time-lapse confocal images into sequential clusters with variable sizes, with smaller clusters corresponding to higher levels of deconstruction. We then used an adaptation of spatial information propagation strategy to segment the images during hydrolysis into individual cell walls [1] by temporally constraining the propagation to the clusters. To investigate the spatio-temporal structural changes at the tissue scale during enzymatic deconstruction, an adjacency graph representing the tissue's structure and intercellular connections wascomputed from segmented images. This graph helped to identify for each cell the number of neighboring cells. Subsequently, we computed dynamics of different cell wall structural parameters, namely cell wall volume, thickness and accessible surface area during enzymatic hydrolysis. We observed a significant reduction in the computed dynamics after 24 hours of hydrolysis in the presence of enzymes, whereas a slight decrease was observed in the initial hours for the control datasets due to photo-bleaching (Figure 1). We also computed autofluorescence intensity dynamics as a proxy for cell wall deconstruction at cell and tissuescales which revealed heterogeneous deconstruction. Altogether, our study identifies key cell and tissue scales parameters underlying spruce tree cell wall enzymatic deconstruction. This study also provides relevant parameters that can be used to develop computational mathematical models of plant cell wall deconstruction.References[1] Refahi, Y., Zoghlami, A., Viné, T., Terryn, C., & Paës, G. (2024). Plant cell wall enzymatic deconstruction: Bridging the gap between micro and nano scales. Bioresource Technology, 414, 131551
Image-based computational approach to optimize lignocellulosic biomass conversion
No full textInternational audienc
The world of chilhood for Jabbar Yassin Hussin and the writing of life for Annie Ernaux
No full textDeux auteurs sont présents dans mon travail : l'écrivaine française Annie Ernaux et l'écrivain irakien Jabbar Yassin Hussin, ce sont les deux piliers sur lesquels se base mon analyse. C'est la condition de la femme qui s'impose fortement dans les écrits d'Annie Emaux où le féminisme atteint un degré maximal et où se croisent deux facteurs : L'inégalité des rôles entre la femme et l'homme, d'un côté, et d'un autre côté l'injustice masculine pratiquée sur les femmes par les hommes ainsi que par la société. Ce travail présente le visage semi-caché de l'auteure française où se mêlent l'enfance et l'intime, l'avortement et la mort, la relation conflictuelle des parents et leur amour. L'écriture chez elle est une pratique qui lui permet de relire sa vie passée pour en déduire les douleurs possibles. Cette même pratique d'écriture permet à l'écrivain irakien de retrouver l'enfant perdu qui vit dans son intérieur. Cet enfant autobiographique pousse Jabbar Yassin Hussin à relire son pays, dont il ne cesse de boire l'eau et de sentir l'air, pour guérir sa douleur du dépaysement. Notre étude montre donc que l'écriture exprime une cicatrice transcendée. Les deux auteurs expriment et s'expriment à partir d'un enfant qui leur semble à la fois étrange et familier, mais en vérité autobiographique. Annie Emaux écrit et dissèque une enfance vécue tandis que Jabbar Yassin Hussin explore une enfance perdue. Les deux écrivains sont proche l'un à l'autre au stade de la perte, l'écrivaine française cherche à cicatriser ses blessures de femme blessée et (( gelée ». L'irakien vise à remédier à la perte de son pays.Les deux auteurs cherchent, d'abord, à effacer les traces de cette perte et tiennent, ensuite, à réécrire des nouveaux traits de leur vie où la perte se transforme en mots. Annie Emaux raconte ses années à partir d'une mémoire riche et illustre ces années par des photos où apparaît d'abord une petite fille, puis une femme et finalement une vieille dame qui cherche à saisir le dernier fil d'espoir de son existence : l'écriture.Jabbar Yassin Hussin cherche, quant à lui, à raconter l'Irak, son pays d'origine, où l'enfant (auteur et narrateur) a passé des débuts d'existence tranquille et pour retrouver, de nouveau, beaucoup plus tard cette tranquillité première ; il prend l'écriture comme une solution indispensable et invulnérable. Notre étude se base donc sur trois notions : l'enfance, l'autobiographie et l'écriture comme solution pour échapper à une perte essentielle et existentielle chez nos deux auteurs.The two authors that presents my work are: the French writer Annie Emaux and the Iraqi writer Jabbar Yassin Hussin, they are the Two pillars which an: my analyses based on. It is the condition of the woman which imposes itself strongly in Annie Emaux's writings where the feminism reach a maximum degree and where two factors are intersects: inequality of roles between the women and man, in one side, and In the other side the male injustice which is practice on the woman from the men and also from the society. This work presents the semi hidden face of the French author where the childhood and intimacy, abortion and death, conflictual relations of parents and their love, are mixed. The writing for her is a practice which permits to her to re read her past life in order to reduce possible pains. It is the same writing practice which permits to the Iraqi writer to re find the lost child who is living inside him. This autobiographical child push Jabbar Yassin Hussin to re read his country which he could not stop himself from drinking from its water and breathing its air to heal his pain of exile. So our study shows that the writing express of an oppressive scar. The two writers expressed themselves through a child who seems to them strange and familiar at the same time, but he is in reality autobiographical. Annie Emaux writes and dissects living childhood while Jabbar Yassin Hussin is exploring a lost childhood. The two writers are close to each other on the field of loss. the French writer is searching for dressing her wound as an injury and «frozen woman". The Iraqi one seeks to therapy his lost of his country. The two authors search at the beginning to erasure the traces of that loss and trying to re-write a new features of their life where the loss is transformed in words. Annie Emaux tells her years through a rich memory and she illustrate these years by pictures where firstly a small girl appears then a woman and finally an old lady who is look for holding the last hope thread of her existence: the writing. Jabbar Yassin Hussin search for narrating Iraq, bis origin country, where the child (author and narrator) spend the beginning of his tranquility existing and to re-find, once again, Later that first tranquility; he takes the writing as an indispensable and an invulnerable solution. Our study is based on three notions: the childhood, the autobiography and the writing as a solution to escape from the essential and existential loss for our two authors
Le monde de l'enfance chez Jabbar Yassin Hussin et l'écriture de la vie chez Annie Ernaux.
No full textDeux auteurs sont présents dans mon travail : l'écrivaine française Annie Ernaux et l'écrivain irakien Jabbar Yassin Hussin, ce sont les deux piliers sur lesquels se base mon analyse. C'est la condition de la femme qui s'impose fortement dans les écrits d'Annie Emaux où le féminisme atteint un degré maximal et où se croisent deux facteurs : L'inégalité des rôles entre la femme et l'homme, d'un côté, et d'un autre côté l'injustice masculine pratiquée sur les femmes par les hommes ainsi que par la société. Ce travail présente le visage semi-caché de l'auteure française où se mêlent l'enfance et l'intime, l'avortement et la mort, la relation conflictuelle des parents et leur amour. L'écriture chez elle est une pratique qui lui permet de relire sa vie passée pour en déduire les douleurs possibles. Cette même pratique d'écriture permet à l'écrivain irakien de retrouver l'enfant perdu qui vit dans son intérieur. Cet enfant autobiographique pousse Jabbar Yassin Hussin à relire son pays, dont il ne cesse de boire l'eau et de sentir l'air, pour guérir sa douleur du dépaysement. Notre étude montre donc que l'écriture exprime une cicatrice transcendée. Les deux auteurs expriment et s'expriment à partir d'un enfant qui leur semble à la fois étrange et familier, mais en vérité autobiographique. Annie Emaux écrit et dissèque une enfance vécue tandis que Jabbar Yassin Hussin explore une enfance perdue. Les deux écrivains sont proche l'un à l'autre au stade de la perte, l'écrivaine française cherche à cicatriser ses blessures de femme blessée et (( gelée . L'irakien vise à remédier à la perte de son pays.Les deux auteurs cherchent, d'abord, à effacer les traces de cette perte et tiennent, ensuite, à réécrire des nouveaux traits de leur vie où la perte se transforme en mots. Annie Emaux raconte ses années à partir d'une mémoire riche et illustre ces années par des photos où apparaît d'abord une petite fille, puis une femme et finalement une vieille dame qui cherche à saisir le dernier fil d'espoir de son existence : l'écriture.Jabbar Yassin Hussin cherche, quant à lui, à raconter l'Irak, son pays d'origine, où l'enfant (auteur et narrateur) a passé des débuts d'existence tranquille et pour retrouver, de nouveau, beaucoup plus tard cette tranquillité première ; il prend l'écriture comme une solution indispensable et invulnérable. Notre étude se base donc sur trois notions : l'enfance, l'autobiographie et l'écriture comme solution pour échapper à une perte essentielle et existentielle chez nos deux auteurs.The two authors that presents my work are: the French writer Annie Emaux and the Iraqi writer Jabbar Yassin Hussin, they are the Two pillars which an: my analyses based on. It is the condition of the woman which imposes itself strongly in Annie Emaux's writings where the feminism reach a maximum degree and where two factors are intersects: inequality of roles between the women and man, in one side, and In the other side the male injustice which is practice on the woman from the men and also from the society. This work presents the semi hidden face of the French author where the childhood and intimacy, abortion and death, conflictual relations of parents and their love, are mixed. The writing for her is a practice which permits to her to re read her past life in order to reduce possible pains. It is the same writing practice which permits to the Iraqi writer to re find the lost child who is living inside him. This autobiographical child push Jabbar Yassin Hussin to re read his country which he could not stop himself from drinking from its water and breathing its air to heal his pain of exile. So our study shows that the writing express of an oppressive scar. The two writers expressed themselves through a child who seems to them strange and familiar at the same time, but he is in reality autobiographical. Annie Emaux writes and dissects living childhood while Jabbar Yassin Hussin is exploring a lost childhood. The two writers are close to each other on the field of loss. the French writer is searching for dressing her wound as an injury and frozen woman". The Iraqi one seeks to therapy his lost of his country. The two authors search at the beginning to erasure the traces of that loss and trying to re-write a new features of their life where the loss is transformed in words. Annie Emaux tells her years through a rich memory and she illustrate these years by pictures where firstly a small girl appears then a woman and finally an old lady who is look for holding the last hope thread of her existence: the writing. Jabbar Yassin Hussin search for narrating Iraq, bis origin country, where the child (author and narrator) spend the beginning of his tranquility existing and to re-find, once again, Later that first tranquility; he takes the writing as an indispensable and an invulnerable solution. Our study is based on three notions: the childhood, the autobiography and the writing as a solution to escape from the essential and existential loss for our two authors.TOURS-Bibl.électronique (372610011) / SudocSudocFranceF
Corrigendum to Coital Incontinence: What Can We Learn From Urodynamic Assessment? [Urology 85 (2015) 1034-1038].
No full textThe authors regret the surname of the last author was misspelled. The byline to this Corrigendum is correct. The XML and online PDF of the article has been reposted and replaced. Unfortunately, the discovery of the error was too late to correct the printed issue. The authors would like to apologise for any inconvenience caused. DOI of original article: 10.1016/j.urology.2015.02.007 From the Department of Urogynecology, Derriford Hospital, Plymouth, Devon, UK; the Department of Urogynecology, Bristol Urological Institute, Southmead Hospital, Bristol, UK; Department of Urogynecology, University of Bristol, Bristol, UK; and the Department of Urogynecology, Plymouth University Peninsula Schools of Medicine and Dentistry, Plymouth, Devon, UK Address correspondence to: Musaab Yassin, [email protected]
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