156 research outputs found
Pre-disturbance tree size, sprouting vigour and competition drive the survival and growth of resprouting trees
No full textForest trees of many species are able to recover from logging and other severe disturbances by resprouting. Due to rapid growth, sprouts often form a significant part of forest regeneration and are also a key component of coppice forests. However, there is a large variation in both resprouting success and sprout growth whose drivers are still poorly understood in forest trees. Here, we test the hypothesis that pre-disturbance tree size and competition not only influence resprouting success and initial sprout growth (i.e., resprouting vigour) but also, together with sprout competition and resprouting vigour, drive long-term growth and survival of resprouting trees. To test it, we analysed data on 2236 trees of four common temperate European broadleaved species collected in a fenced 4 ha-experimental plot before and for seven years after harvesting. The plot was divided into 16 subplots with different densities of residual trees left, ranging from 0 to 200 tree per ha. The great majority of the logged trees recovered and were alive at the end of the study. Both pre-harvest tree size and competition affected resprouting success, but the direction of these effects varied with species. In all species, sprout growth increased with pre-harvest tree size and with resprouting vigour but declined with post-harvest competition from nearby resprouting and uncut trees. The overall faster sprout growth in originally larger trees suggests that dominant canopy trees are likely to restore their dominance in the new canopy after disturbances, thus ensuring long-term persistence and seed production. The decline in sprout growth due to intense competition among resprouting trees indicates that early thinning could enhance sprout performance and it could also be used to suppress undesired species
Využitelnost mobilních ICT ve výuce na Oddělení informační vědy ÚI FPF SU v Opavě
No full textContribution deals with the issue of application of the mobile information and communication technologies into the educational process of the Department of Information Science on the Institute of Computer Science, Faculty of Philosophy and Science, Silesian University in Opava. The qualitative survey conducted by author in 2012 is devoted to question the usefulness and applicability of the mobile ICT into educational process in the department and there are also presented results. The possibilities and recomendations, which are consequent upon the survey, are metioned as well. --- ISBN 978-80-7510-042-9
La réforme des pouvoirs locaux: Cahiers du CEFRES N° 9f, Territoires en mutation
No full textInternational audienceCette troisième table ronde organisée par le CEFRES en 1995 a pour objet la réforme des pouvoirs locaux. Un premier intervenant, S. Wachter (ENSA) , se concentre sur la nouvelle politique d’aménagement du territoire en France, tandis qu’un second, Radim Perlín (UK), s’intéresse aux évolutions de la discussion sur le découpage administratif du territoire de la République tchèque. Jiří Blažek (UK) analyse ensuite le nouveau système de financement des administrations locales en République tchèque et ses incidences à l’échelle régionale et Zdenka Vajdová (UK) la transformation des pouvoirs locaux en République tchèque. Suivent une communication de Mária Strussová (SAS) sur la réforme de l’administration publique et la constitution d’une auto-administration à l’échelle locale en Slovaquie, une présentation de Sylvie Bourel sur les actions de coopération administrative entre la France et la République tchèque, et une autre de Miloš Matula sur la subsidiarité et la réforme de l’administration locale en République tchèque. La table ronde se conclut sur une analyse de la réforme du gouvernement local tchèque par Josef Ježek (UK) et un discours de clôture par Petr Pithart (UK)
Erratum: Tumour expression of leptin is associated with chemotherapy resistance and therapy-independent prognosis in gastro-oesophageal adenocarcinomas
No full textCorrection to: Corrigendum: British Journal of Cancer (2015) 113, 1641–1641. doi:10.1038/bjc.2015.391; published online 1 December 2015 Upon publication of the above corrigendum in the British Journal of Cancer, the authors noted that author KM Matula had been placed in the incorrect position on the author listing. The publishers would like to apologise for this mistake. The full and correct author listing is reproduced above
Analysis of Microscopic Images of Cancer Cells
No full textTato disertační práce je zaměřena na analýzu různých forem mikroskopických obrazových dat nádorových buněk (statické 2D snímky, statické 3D obrazy, 2D časosběrné zobrazování živých buněk). Hlavní pozornost je věnována datům získaným koherencí řízeným holografickým mikroskopem, který je relativně novou modalitou schopnou kotrastních záznamů živých buněk bez barvení (label-free) a poskytuje kvantitativní informaci (kvantitativní fázové zobrazení - QPI). V práci je popsán základní postup analýzy těchto snímků a jsou vytvářeny nové metody a zdokonalovány metody pro jednotlivé kroky této analýzy. Největší část práce je věnována segmentaci buněk, kde jsou shrnuty klasické metody i metody založené na hlubokém učení. Jsou také vyvinuty nové metody vhodné právě pro QPI data. Část práce je také věnována segmentaci 3D fluorescenční jader a detekci DNA zlomů pomocí hlubokého učení. Práce se zabývá i dalším zpracování v podobě sledování buněk, extrakce příznaků a následné analýze, kde je detekována buněčná smrt a jsou vytvořeny vhodné interpretovatelné příznaky pro klasifikaci buněčné smrti na apoptickou a lytickou. Celkově tato práce přispívá k rozvoji jednotlivých kroků analýzy obrazu nádorových buněk a odráží současný pokrok v oblasti analýzy obrazu, zejména přístupy hlubokého učení, což je také demonstrováno na několika výzkumných aplikacích
Analysis of Microscopic Images of Cancer Cells
No full textTato disertační práce je zaměřena na analýzu různých forem mikroskopických obrazových dat nádorových buněk (statické 2D snímky, statické 3D obrazy, 2D časosběrné zobrazování živých buněk). Hlavní pozornost je věnována datům získaným koherencí řízeným holografickým mikroskopem, který je relativně novou modalitou schopnou kotrastních záznamů živých buněk bez barvení (label-free) a poskytuje kvantitativní informaci (kvantitativní fázové zobrazení - QPI). V práci je popsán základní postup analýzy těchto snímků a jsou vytvářeny nové metody a zdokonalovány metody pro jednotlivé kroky této analýzy. Největší část práce je věnována segmentaci buněk, kde jsou shrnuty klasické metody i metody založené na hlubokém učení. Jsou také vyvinuty nové metody vhodné právě pro QPI data. Část práce je také věnována segmentaci 3D fluorescenční jader a detekci DNA zlomů pomocí hlubokého učení. Práce se zabývá i dalším zpracování v podobě sledování buněk, extrakce příznaků a následné analýze, kde je detekována buněčná smrt a jsou vytvořeny vhodné interpretovatelné příznaky pro klasifikaci buněčné smrti na apoptickou a lytickou. Celkově tato práce přispívá k rozvoji jednotlivých kroků analýzy obrazu nádorových buněk a odráží současný pokrok v oblasti analýzy obrazu, zejména přístupy hlubokého učení, což je také demonstrováno na několika výzkumných aplikacích.This dissertation focuses on the analysis of various forms of microscopic image data of cancer cells (static 2D images, static 3D stacks, 2D timelapse live cell imaging). The main focus is on data acquired with a~coherence controlled holographic microscope, which is a~relatively new modality capable of contrast imaging of live cells without staining (label-free) and provide quantitative information (Quantitative Phase Imaging - QPI). In this thesis, the basic procedure for the analysis of cell images is described, where new methods for the individual steps are developed and refined. The largest part of the thesis is devoted to cell segmentation, where classical and deep learning-based methods are summarized. New methods suitable specifically for QPI data are also developed. A~part of the thesis is devoted to the segmentation of 3D fluorescence nuclei and the detection of DNA breaks using deep learning. The thesis also deals with further processing in the form of cell tracking, feature extraction and subsequent analysis, where cell death is detected and suitable interpretable features are developed to classify cell death into apoptotic and lytic. Overall, this thesis contributes to the development of different steps of image analysis of cancer cells and reflects current advances in the image analysis field, deep learning approaches in particular, which is also demonstrated in several research applications.
Image Registration - Application in ophthalmology and ultrasonography
No full textImage registration is widely used in clinical practice. However image registration and its~evaluation is still challenging especially with regards to new possibilities of various modalities. One of these areas is contrast-enhanced ultrasound imaging. The time-dependent image contrast, low signal-to-noise ratio and specific speckle pattern make preprocessing and image registration difficult. In this thesis a method for registration of images in ultrasound contrast-enhanced sequences is proposed. The method is based on automatic fragmentation into image subsequences in which the images with similar characteristics are registered. The new evaluation method based on comparison of perfusion model is proposed. Registration and evaluation method was tested on a flow phantom and real patient data and compared with a standard methods proposed i literature. The second part of this thesis contains examples of application of image registration in~ophthalmology and proposition for its improvement. In this area the image registration methods are widely used, especially landmark based image registration method. In this thesis methods for landmark detection and its correspondence estimation are proposed
Analysis of Image Retinal Sequences from Experimental Ophthalmoscope
No full textPředpokládá se, že nejen oftalmologické, ale i některé systémové nemoci ovlivňující kardiovaskulární systém (např. diabetes mellitus), mění hemodynamiku cévního řečiště sítnice. Cévní řečiště sítnice včetně projevů metabolických procesů je snadno pozorovatelné neinvazivními metodami, např. optickými soustavami optimalizovanými pro pozorování objemových změn krve. Tento rychle se vyvíjející obor funkčního zobrazování sítnice se snaží identifikovat a definovat biomarkery různých nemocí získané na základě neinvazivního měření. Cílem této doktorské práce je rozšířit a obohatit pole funkčního zobrazování retiny a uplatnit metody v biomedicínských aplikacích. První část této práce popisuje dosavadní vývoj oboru funkčního zobrazování retiny včetně kapitol (i) anatomie a fyziologie sítnice; (ii) původ pulzací v cévním řečišti sítnice včetně samovolných žilních pulzací v oblasti optického disku (SVP, z aj. spontaneous venous pulsation); (iii) metody a principy funkčního zobrazování sítnice; (iv) metody zpracování obrazu ve funkčním zobrazování sítnice; (v) metody vícerozměrné statistiky aplikovatelné v oboru; (vi) nedostatky v oboru funkčního zobrazení sítnice a prostor pro vylepšení. Druhá část této doktorské práce představuje originální výzkum, který byl recenzován a představen na mezinárodních konferencích, a publikován v časopisech IEEE Transactions on Medical Imaging, a Communications Biology. Zde doktorská práce představuje inovativní implementaci, datasetem řízenou analýzu hlavních komponent a analýzu nezávislých komponent ve funkčním zobrazení retiny, aplikovanou na video-oftalmoskopická data. Obě metody detekovaly přítomnost SVP ve vyšší míře než předchozí studie. Metody navíc identifikovaly další pulzující složky sítnice - pulzace intenzity poháru optického disku (OCP, z aj. optic cup pulsation) zřejmě arteriálního původu, a složku vykazující pulzaci o nízké frekvenci vzniklou vlivem dýchání. Žádná s těchto dvou složek nebyly zaznamenány v předchozích studiích. Dále bylo zjištěno, že morfologie jednotlivých pulzů SVP a OCP jsou korelovány s tepovou frekvencí a věkem. Tyto korelace byly zjištěny v datasetech sekvenčních snímků sítnice získaných na oční klinice v Erlangenu (Německo) a na University of Minnesota, Minneapolis (USA). Pro akvizici obou datasetů byl použit unikátní video-oftalmoskop (Tornow, 2015). Poslední část této práce popisuje návrh a realizaci prvního simultánního měření sekvenčních snímků sítnice, neinvazivního měření biosignálů (tj. elektrokardiogram, elektrookulogram, prstová pletysmografie), a invazivního měření intralebního tlaku. Pojízdný stůl s ramenem, nesoucí video-oftalmoskop s polohováním ovládaným joystickem, byl navrhnut a sestrojen pro potřeby pacientů umístěných na jednotkách neurologické intenzivní péče. Byl získán první dataset simultánního měření funkčního zobrazování sítnice a intralebního tlaku. Tento mezník představuje počátek pro následné studie zabývající se odhadem intralebního tlaku bezkontaktně na základě sekvenčních snímků sítnice. Závěrem, tato práce rozšířila dosavadní vývoj funkčního zobrazení sítnice o automatickou analýzu a identifikaci jevů samovolných žilních pulzací v optickém disku, pulzací optického disku a projevu dýchání v sítnici. Tato práce dále identifikuje tepovou frekvenci jako důležitý faktor pro další klinické studie zabývající se hemodynamikou v sítnici. A nakonec, tyto teze představily první simultánní měření sekvenčních snímků sítnice a intralebního tlaku
Analysis of Retinal Image Data to Support Glaucoma Diagnosis
No full textFundus kamera je široce dostupné zobrazovací zařízení, které umožňuje relativně rychlé a nenákladné vyšetření zadního segmentu oka – sítnice. Z těchto důvodů se mnoho výzkumných pracovišť zaměřuje právě na vývoj automatických metod diagnostiky nemocí sítnice s využitím fundus fotografií. Tato dizertační práce analyzuje současný stav vědeckého poznání v oblasti diagnostiky glaukomu s využitím fundus kamery a navrhuje novou metodiku hodnocení vrstvy nervových vláken (VNV) na sítnici pomocí texturní analýzy. Spolu s touto metodikou je navržena metoda segmentace cévního řečiště sítnice, jakožto další hodnotný příspěvek k současnému stavu řešené problematiky. Segmentace cévního řečiště rovněž slouží jako nezbytný krok předcházející analýzu VNV. Vedle toho práce publikuje novou volně dostupnou databázi snímků sítnice se zlatými standardy pro účely hodnocení automatických metod segmentace cévního řečiště
- …
