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Sistemas de monocapas y bicapas aplicados al estudio de la estabilidad, dinámica estructural y microheterogeneidad de membranas de mielina purificada
Get PDFTesis (Doctor en Ciencias Químicas) - - Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas, 2018Fil: Pusterla, Julio Martín. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas; Argentina.Este proyecto profundiza en el estudio de arreglos de membrana de mielina purificada (MMPs). A lo largo de la tesis se compararon las propiedades biofísicas de los diferentes tipos de patrones de separación de fases en monocapas y bicapas de mielina, bajo la influencia de variables ambientales y composicionales. Además, se establecieron correlaciones entre los distintos arreglos de membrana y se construyeron diagramas de fases en función de la temperatura y la fuerza iónica. Inicialmente se muestran resultados vinculados al estudio de propiedades físicas de las monocapas de mielina bajo diferentes condiciones iónicas. A partir de estudios previos realizados en nuestro laboratorio, ya conocíamos mediante análisis de microscopía de fluorescencia en interfase aire/agua, microscopía de ángulo de Brewster (BAM, por Brewster Angle Microscopy) e inmuno-marcación de films de Langmuir- Blodgett, que las monocapas de mielina presentan dos fases: una líquido-ordenada (LO) enriquecida en colesterol, fosfolípidos y cerebrósidos, y otra fase liquido-expandida (LE) que captura la mayoría de las proteínas y gran parte de los lípidos líquido expandidos. Se analizó la estructuración topográfica de las monocapas de mielina en tres condiciones iónicas: baja fuerza iónica (buffer Tris 5 mM a pH 7.4L solución fisiológica y alta concentración de CaCb (20 mM). En todos los casos se observó que la mielina posee dos fases en gran parte del rango de presiones de superficie (n) analizado (5-35 mN/m). El patrón observado es muy similar para las diferentes subfases, observándose una pérdida de contraste alrededor de 10-15 mN, y una posterior reversión en la reflectividad para ambas fases a presiones de superficie mayores. La principal diferencia observada es que en la subfase acuosa de baja fuerza iónica y a altas presiones (entre 37 y 40 mN/ML los bordes de los dominios se tornan irregulares y la monocapa se homogeniza. Desde allí se observa una única fase. En cambio, en presencia de sales, las dos fases permanecen a lo largo de todo el rango de presiones. Con medidas ópticas de reflectividad (Rp) de las monocapas sobre subfases de índice de refracción conocido y controlado se determinaron los índices de refracción de mielina y su fracción lipídica en distintas condiciones de empaquetamiento lateral. Los resultados indican que existe una constancia del índice de refracción con la compresión desde el estado gaseoso al colapsado. Para el caso particular de lípidos de mielina se 10 Resumen corroboró la correspondencia entre el índice de refracción de bicapas (unilamelares) en suspensión y monocapas en interfase aire/agua (1). Conociendo el índice de refracción de las monocapas y su reflectividad se calculó el grosor de las mismas. Para ello se combinó la información de los índices de refracción de cada fase y su reflectividad, lo que permitió realizar curvas de grosor en función del área molecular para cada una de las fases presentes en mielina. Los resultados fueron validados empleando dos técnicas diferentes de dispersión de rayos X: Dispersión de rayos X a ángulo rasante fuera del plano especular (GIXOS, por Grazing Incidence X-ray Off Specular Scattering) y Dispersión de rayos X a bajo ángulo (SAXS, por Small Angle X- ray Scattering). La conjunción de los datos de SAXS en bicapas y GIXOS en monocapas permitió obtener una definición integral del espesor medido por BAM, que no incluye solo las cadenas hidrocarbonadas sino también la región polar. En términos generales, para monocapas de mielina total se observó que la fase LE experimenta un cambio de grosor mucho más grande que la fase LO a lo largo del rango de presiones de superficie medido. En particular, a altas presiones, la fase LE es considerablemente más gruesa que la fase LO. En el segundo capítulo de resultados se muestran mediciones de diferentes parámetros que permiten explicar la estabilidad de las fases y la distribución de dominios en una determinada condición. La tensión de línea (Al)' definida como la energía por unidad de perímetro entre dominios, tiende a incrementarse ante la presencia de altas concentraciones de CaCb, lo que lleva a pensar que el calcio es un ion que favorece la estabilización del sistema bifásico. Por otro lado, también se vio que existe una proporcionalidad entre la diferencia de grosor de las fases y la tensión de línea, alcanzando ésta valores mínimos en las regiones próximas a un punto de miscibilidad. Es decir, también las diferencias de grosor se muestran como un factor estabilizante de la separación de fases. A partir de medidas de repulsión dipolar (112) y tensión de línea se calcularon radios de equilibrio (Req) de acuerdo al modelo propuesto por McConnell y se pudo comprobar que dicho modelo solamente arroja resultados válidos en las regiones cercanas a puntos de miscibilidad. La separación de fases en sistemas de multicapas de mielina fue analizada en el tercer capítulo de resultados mediante técnicas de difracción de rayos X y neutrones. 11 Resumen Debido a la naturaleza multilamelar de la mielina, las técnicas de difracción nos dan información acerca de la estructuración vertical de la misma, a partir de la cual puede inferirse si existe o no coexistencia de fases a nivel lateral. Se realizaron experimentos en distintas condiciones de fuerza iónica y temperatura. En términos generales se vio que las MMPs muestran separación de fases inducida por la presencia de sales en el medio y por el enfriamiento. Con baja fuerza iónica o buffer fisiológico la mielina presenta una única fase a 37°C, que llamamos nativa. Al disminuir la temperatura entre 10 y 20°C, el pico nativo se desdobla en dos fases: una de las fases presenta el espaciamiento propio de la membrana natural y la otra fase es más expandida en sentido transversal a las capas. Por el contrario, en presencia de alta concentración de Ca2+ también hay dos fases presentes pero la fase no nativa es más compacta que la nativa. Además, la fase no nativa está presente incluso a altas temperaturas (hasta 60 °CL confirmando la idea de que el calcio es un ion fuertemente estabilizante de la separación de fases. Los resultados obtenidos por SAXS y difracción de neutrones coinciden a pesar de que en ambas medidas se emplearon arreglos multilamelares diferentes. Con el propósito de echar luz sobre la composición de las fases presentes, se aislaron subfracciones de miel in a insolubles en detergente a baja temperatura (4°C) Y composicionalmente enriquecidas en colesterol, esfingolípidos y algunas proteínas ancladas por GPI. Las similitudes notables que surgieron en términos de estructura y comportamiento colectivo entre las fracciones insolubles en detergente y las fases no nativas de MMPs inducen a pensar que las dos membranas tienen una constitución muy similar. Finalmente, en el último capítulo de resultados se muestra un estudio sistemático realizado mediante SAXS que tiene como finalidad conocer el comportamiento de fase de las MMPs a lo largo de un rango amplio de fuerza iónica y temperatura. A partir de estos resultados se realizaron los correspondientes diagramas de fase para mielina. De este análisis se pudo determinar que la fase no nativa de mielina puede sufrir una transformación isotérmica continua entre un espaciamiento expandido y uno compactado modificando solamente el entorno iónico de las membranas. Por el contrario, dicha transformación no puede ocurrir modificando solamente la temperatura. La conjunción de los resultados obtenidos mediante estudios de grosor en monocapas, espaciamiento en multicapas y composición dan fuertes indicios de que la fase no nativa de mielina es una fase enriquecida en lípidos que puede alterar su periodicidad de acuerdo a las condiciones iónicas del entorno, siendo más expandida o más compactada que la fase nativa. Mientras tanto, ésta última es quien retiene gran parte de las proteínas y mantiene su periodicidad prácticamente inalterable frente a cambios térmicos o liotrópicos. En síntesis, diferentes arreglos de MMPs, ya sea en multicapas, multicapas planas o monocapas tienden a ser consistentes en lo concerniente a sus diagramas de fases que abarcan condiciones desde fisiológicas hasta no fisiológicas, pero relevantes en diversas situaciones tales como la purificación de membranas y subfracciones de membranas. Estas diferentes condiciones operacionalmente utilizadas en el laboratorio ciertamente pueden llevar a la membrana a traspasar umbrales para sufrir reorganizaciones estructurales que deben ser tenidas en cuenta al manipular membranas.Fil: Pusterla, Julio Martín. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas; Argentina
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
Sistemas de monocapas y bicapas aplicados al estudio de la estabilidad dinámica estructural y microheterogeneidad de membranas de mielina purificada
Get PDFEste proyecto profundiza en el estudio de arreglos de membrana de mielina purificada (MMPs). A lo largo de la tesis se compararon las propiedades biofísicas de los diferentes tipos de patrones de separación de fases en monocapas y bicapas de mielina, bajo la influencia de variables ambientales y composicionales. Además, se establecieron correlaciones entre los distintos arreglos de membrana y se construyeron diagramas de fases en función de la temperatura y la fuerza iónica. Inicialmente se muestran resultados vinculados al estudio de propiedades físicas de las monocapas de mielina bajo diferentes condiciones iónicas. A partir de estudios previos realizados en nuestro laboratorio, ya conocíamos mediante análisis de microscopía de fluorescencia en interfase aire/agua, microscopía de ángulo de Brewster (BAM, por Brewster Angle Microscopy) e inmuno-marcación de films de Langmuir-Blodgett, que las monocapas de mielina presentan dos fases: una líquido-ordenada (LO) enriquecida en colesterol, fosfolípidos y cerebrósidos, y otra fase liquido-expandida (LE) que captura la mayoría de las proteínas y gran parte de los lípidos líquido expandidos. Se analizó la estructuración topográfica de las monocapas de mielina en tres condiciones iónicas: baja fuerza iónica (buffer Tris 5 mM a pH 7.4), solución fisiológica y alta concentración de CaCl2 (20 mM). En todos los casos se observó que la mielina posee dos fases en gran parte del rango de presiones de superficie (π) analizado (5-35 mN/m). El patrón observado es muy similar para las diferentes subfases, observándose una pérdida de contraste alrededor de 10-15 mN, y una posterior reversión en la reflectividad para ambas fases a presiones de superficie mayores. La principal diferencia observada es que en la subfase acuosa de baja fuerza iónica y a altas presiones (entre 37 y 40 mN/M), los bordes de los dominios se tornan irregulares y la monocapa se homogeniza. Desde allí se observa una única fase. En cambio, en presencia de sales, las dos fases permanecen a lo largo de todo el rango de presiones. Con medidas ópticas de reflectividad (R) de las monocapas sobre subfases de índice de refracción conocido y controlado se determinaron los índices de refracción de mielina y su fracción lipídica en distintas condiciones de empaquetamiento lateral. Los resultados indican que existe una constancia del índice de refracción con la compresión desde el estado gaseoso al colapsado. Para el caso particular de lípidos de mielina se corroboró la correspondencia entre el índice de refracción de bicapas (unilamelares) en suspensión y monocapas en interfase aire/agua (1).Conociendo el índice de refracción de las monocapas y su reflectividad se calculó el grosor de las mismas. Para ello se combinó la información de los índices de refracción de cada fase y su reflectividad, lo que permitió realizar curvas de grosor en función del área molecular para cada una de las fases presentes en mielina. Los resultados fueron validados empleando dos técnicas diferentes de dispersión de rayos X: Dispersión de rayos X a ángulo rasante fuera del plano especular (GIXOS, por Grazing Incidence X-ray Off Specular Scattering) y Dispersión de rayos X a bajo ángulo (SAXS, por Small Angle X-ray Scattering). La conjunción de los datos de SAXS en bicapas y GIXOS en monocapas permitió obtener una definición integral del espesor medido por BAM, que no incluye solo las cadenas hidrocarbonadas sino también la región polar. En términos generales, para monocapas de mielina total se observó que la fase LE experimenta un cambio de grosor mucho más grande que la fase LO a lo largo del rango de presiones de superficie medido. En particular, a altas presiones, la fase LE es considerablemente más gruesa que la fase LO. En el segundo capítulo de resultados se muestran mediciones de diferentes parámetros que permiten explicar la estabilidad de las fases y la distribución de dominios en una determinada condición. La tensión de línea (λ), definida como la energía por unidad de perímetro entre dominios, tiende a incrementarse ante la presencia de altas concentraciones de CaCl2, lo que lleva a pensar que el calcio es un ion que favorece la estabilización del sistema bifásico. Por otro lado, también se vio que existe una proporcionalidad entre la diferencia de grosor de las fases y la tensión de línea, alcanzando ésta valores mínimos en las regiones próximas a un punto de miscibilidad. Es decir, también las diferencias de grosor se muestran como un factor estabilizante de la separación de fases. A partir de medidas de repulsión dipolar (µ^2) y tensión de línea se calcularon radios de equilibrio (R_eq) de acuerdo al modelo propuesto por McConnell y se pudo comprobar que dicho modelo solamente arroja resultados válidos en las regiones cercanas a puntos de miscibilidad. La separación de fases en sistemas de multicapas de mielina fue analizada en el tercer capítulo de resultados mediante técnicas de difracción de rayos X y neutrones. Debido a la naturaleza multilamelar de la mielina, las técnicas de difracción nos dan información acerca de la estructuración vertical de la misma, a partir de la cual puede inferirse si existe o no coexistencia de fases a nivel lateral. Se realizaron experimentos en distintas condiciones de fuerza iónica y temperatura. En términos generales se vio que las MMPs muestran separación de fases inducida por la presencia de sales en el medio y por el enfriamiento. Con baja fuerza iónica o buffer fisiológico la mielina presenta una única fase a 37 °C, que llamamos nativa. Al disminuir la temperatura entre 10 y 20 °C, el pico nativo se desdobla en dos fases: una de las fases presenta el espaciamiento propio de la membrana natural y la otra fase es más expandida en sentido transversal a las capas. Por el contrario, en presencia de alta concentración de Ca2+ también hay dos fases presentes pero la fase no nativa es más compacta que la nativa. Además, la fase no nativa está presente incluso a altas temperaturas (hasta 60 °C), confirmando la idea de que el calcio es un ion fuertemente estabilizante de la separación de fases. Los resultados obtenidos por SAXS y difracción de neutrones coinciden a pesar de que en ambas medidas se emplearon arreglos multilamelares diferentes. Con el propósito de echar luz sobre la composición de las fases presentes, se aislaron subfracciones de mielina insolubles en detergente a baja temperatura (4 °C) y composicionalmente enriquecidas en colesterol, esfingolípidos y algunas proteínas ancladas por GPI. Las similitudes notables que surgieron en términos de estructura y comportamiento colectivo entre las fracciones insolubles en detergente y las fases no nativas de MMPs inducen a pensar que las dos membranas tienen una constitución muy similar.Finalmente, en el último capítulo de resultados se muestra un estudio sistemático realizado mediante SAXS que tiene como finalidad conocer el comportamiento de fase de las MMPs a lo largo de un rango amplio de fuerza iónica y temperatura. A partir de estos resultados se realizaron los correspondientes diagramas de fase para mielina. De este análisis se pudo determinar que la fase no nativa de mielina puede sufrir una transformación isotérmica continua entre un espaciamiento expandido y uno compactado modificando solamente el entorno iónico de las membranas. Por el contrario, dicha transformación no puede ocurrir modificando solamente la temperatura. La conjunción de los resultados obtenidos mediante estudios de grosor en monocapas, espaciamiento en multicapas y composición dan fuertes indicios de que la fase no nativa de mielina es una fase enriquecida en lípidos que puede alterar su periodicidad de acuerdo a las condiciones iónicas del entorno, siendo más expandida o más compactada que la fase nativa. Mientras tanto, ésta última es quien retiene gran parte de las proteínas y mantiene su periodicidad prácticamente inalterable frente a cambios térmicos o liotrópicos. En síntesis, diferentes arreglos de MMPs, ya sea en multicapas, multicapas planas o monocapas tienden a ser consistentes en lo concerniente a sus diagramas de fases que abarcan condiciones desde fisiológicas hasta no fisiológicas, pero relevantes en diversas situaciones tales como la purificación de membranas y subfracciones de membranas. Estas diferentes condiciones operacionalmente utilizadas en el laboratorio ciertamente pueden llevar a la membrana a traspasar umbrales para sufrir reorganizaciones estructurales que deben ser tenidas en cuenta al manipular membranas.Fil: Pusterla, Julio Martín. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Centro de Investigaciones en Química Biológica de Córdoba. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Centro de Investigaciones en Química Biológica de Córdoba; Argentin
Unraveling the etiology of myelin disorders: the P2 case in Charcot–Marie–Tooth disease
No full textThere are several examples of single mutations that lead to a well-defined disease through a well-known mechanism. In other cases, a collection of mutations of the same protein produces a pathology with different degrees of severity. The accompanying work by Uusitalo et al. studies several mutants of the fatty acid binding protein P2 of the peripheral nervous system myelin. They conserve the native tertiary structure but a remarkable difference in the capacity to interact with lipids. This could be a clue to unravel the complex way in which these mutations affect myelin structure and function in a variant of Charcot–Marie–Tooth disease. Comment on: https://doi.org/10.1111/febs.16079.Fil: Pusterla, Julio Martín. Universitat Technische Darmstadt; Alemania. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Centro de Investigaciones en Química Biológica de Córdoba. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Centro de Investigaciones en Química Biológica de Córdoba; ArgentinaFil: Montich, Guillermo Gabriel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Centro de Investigaciones en Química Biológica de Córdoba. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Centro de Investigaciones en Química Biológica de Córdoba; Argentina. Universidad Nacional de Córdoba; ArgentinaFil: Oliveira, Rafael Gustavo. Universidad Nacional de Córdoba; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Centro de Investigaciones en Química Biológica de Córdoba. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Centro de Investigaciones en Química Biológica de Córdoba; Argentin
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
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