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Identification of drug-specific T lymphocytes in non-allergic donors
No full textChez des patients allergiques, il est possible de retrouver dans leur sérum desanticorps spécifiques du médicament (IgE) et dans leur sang des lymphocytes T spécifiquesdu médicament. La présence de LT spécifiques du médicament chez des patients allergiquessuggère la présentation du médicament par des cellules présentatrices d’antigène telles queles cellules dendritiques.Nous nous sommes alors intéressés à mieux comprendre l’implication deslymphocytes T et des cellules dendritiques dans le développement des allergies auxantibiotiques comme la pénicilline G (ou Benzyl-Pénicilline) ou le sulfaméthoxazole.Ce travail de thèse a permis: i) de démontrer la présence de lymphocytes Tspécifiques de la pénicilline G dans le sang périphérique de donneurs non allergiques à unefréquence mesurable, ii) de développer deux approches expérimentales et de modélisationpour l’identification des épitopes potentiellement présentés aux lymphocytes T et iii)d’étudier l’effet des médicaments sur les cellules dendritiques.Les perspectives de ce travail sont de mieux comprendre les mécanismes impliquésdans les allergies médicamenteuses au niveau des lymphocytes T et des cellules dendritiqueset de développer des tests de prédiction du « potentiel allergique » des médicaments, afinde mieux prédire les allergies médicamenteuses lors du développement des médicaments.In allergic patients, antibodies like IgE or T-lymphocytes specific for the drugimplicated can be detected and measured. Presence of T-lymphocytes specific for the drugin allergic patients suggested the presentation of the culprit drug to T-lymphocytes byantigen presenting cells like dendritic cells.We were interested in better understanding the implication of T-lymphocytes anddendritic cells in the development of antibiotics allergies such as penicillin G (or Benzyl-Penicillin) or sulfamethoxazole.The results obtained in this work allowed us: i) to demonstrate the presence ofbenzyl-penicillin-specific T cells in the peripheral blood of non-allergic donors, at adetectable frequency; ii) to develop two approaches: one experimental and one usingmodelisation for the identification of epitopes potentially presented to T-lymphocytes andiii) to study the effect of drugs on DC.The perspectives of this research work are to better understand the mechanismsimplicated in drug allergies and to develop predictive tests for “drug allergic potential", inorder to be able to better predict drug allergies during drug development
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Low dose evaluation of a reference endocrine disruptor, flutamide, on the adult male rat reproductive system
No full textLes perturbateurs endocriniens (PE) font l’objet d’une controverse scientifique à l’heure actuelle car, pour certains scientifiques, ces molécules n’auraient pas de seuil de toxicité et agiraient à de très faibles concentrations. Cette particularité proviendrait du fait que les PE, quelles que soient leurs origines, agissent sur les hormones et leurs récepteurs. A ce titre, ils seraient assujettis aux mêmes règles que les hormones endogènes. Leurs effets à de très faibles doses s’expliqueraient par la sensibilité des récepteurs hormonaux aux faibles fluctuations de concentrations. L’absence de seuil d’effet pour les PE s’expliquerait par différents mécanismes, dont des différences d’affinité suivant la concentration entre substrat et récepteur, qui engendreraient des effets doses non monotones. Un certain nombre de revues remettent en cause ces hypothèses et les observations qui les accompagnent. Elles indiquent notamment le fait que ces données manquent de répétitions, qu’elles sont principalement issues d’études in vitro ou sur des modèles d’organismes en développement et non-nécessairement misent en perspective avec des effets toxiques pour l’organisme. Ainsi ces données ne seraient pas suffisantes pour statuer dans ce débat.Dans ce contexte, afin d’apporter de nouvelles données expérimentales au débat, nous avons cherché à caractériser les effets aux faibles doses d’un PE de référence, le flutamide (FLU), sur l’appareil reproducteur du rat mâle adulte. Pour ce faire, nous avons conduit trois études successives au cours desquelles nous avons exposé des rats Wistar de 7 semaines à une large gamme de doses de FLU. La dose la plus forte est connue pour induire des lésions testiculaires et une atrophie de la prostate. Les autres doses correspondent à la NOAEL définie dans une étude publiée précédemment, et à cette valeur divisée par 10, 100 et 1000, ce qui correspond à des faibles doses selon la définition de l’OMS. Pour chaque étude, chaque groupe était composé de 16 animaux gavés quotidiennement pendant 28 jours. Ces études ont permis d'explorer différents paramètres. Dans le cadre de la caractérisation du mode d'action du flutamide sur le testicule (Exposition --> blocage des récepteurs aux androgènes de l'hypophyse --> augmentation de la LH circulante --> prolifération des cellules de Leydig --> Hyperplasie), nous avons montré que, pour chaque évènement clé, l’effet dose est monotone et qu’il est possible de définir un seuil. Par ailleurs, nous proposons le Pdgfd, un facteur de croissance, comme médiateur de l’effet mitogène de la LH sur les cellules de Leydig.Pour la prostate, le mode d'action du flutamide n’étant pas complètement élucidé à ces niveaux de doses, le travail a été plus exploratoire. Afin d'expliquer, aux niveaux moléculaire et cellulaire, l'origine de la baisse du poids des prostates induites par le flutamide dès 1 mg/kg/j, nous avons exploré trois hypothèses: (1) l'augmentation de l'apoptose, avec un test d'activité des caspases 3 et 9 qui montre une activité supérieure pour le groupe forte dose de 10 mg/kg/j de flutamide, (2) la diminution de la prolifération, avec un marquage ki67 qui ne montre pas de différence entre le groupe témoin et la forte dose, et enfin (3) la baisse de la fonction de sécrétion de la prostate, évaluée par un western blot dirigé contre la probasine qui montre une baisse de sa production. Dans le même temps, nous avons montré, au niveau des transcrits hépatiques (RT-qPCR), que le flutamide exerce un effet-dose monotone sur certaines enzymes impliquées dans le métabolisme des xénobiotiques. En conclusion, dans ce modèle, pour l'ensemble des paramètres explorés, sur le testicule, l’hypophyse, la prostate, le sang et le foie, nous n'avons observé que des effets à seuil et aucun effet non monotone.The dose-response characterization of Endocrine disrupting chemicals (EDCs) toxicity is an on-going debate which is controversial when exploring the nature of the dose-response curve and the effect at the low concentration. A part of the scientific community, suggests these molecules have no toxicity threshold and act at very low concentrations. This assumption stems from the fact that EDCs, whatever their origins, act on hormones and their receptors. As such, they would be subject to the same rules as the endogenous hormones. Effects at very low doses could be explained by the sensitivity of the hormone receptor to small fluctuations in concentrations. The lack of threshold for EDCs may be explained by different mechanisms, including affinity differences according to concentrations between substrate and receptor, which would generate non-monotonic dose-responses. A number of reviews challenge this assumption and the linked observations. They argue that the data are missing replication; they are mainly from in vitro studies or conducted in developing models and not-necessarily associated with toxic effects on the organism. Thus, these data are not sufficient to rule in this debate.In this context, in order to provide new experimental data to this debate, we worked to characterize the effects at low doses of a reference EDCs, flutamide (FLU) on the reproductive system of adult male rats. In that aim, we conducted three successive studies exposing Wistar rats of 7 weeks at a wide range of Flu doses. The highest dose is known to induce testicular damage and atrophy of the prostate gland. Other doses correspond to the defined NOAEL in a study published earlier, and to this value divided by 10, 100 and 1000, corresponding to low doses according to the WHO definition. For each study, each group consisted of 16 animals exposed daily by gavage for 28 days. During characterization of flutamide mode of action on the testis (Exposition -> androgen receptors blocking in the pituitary gland -> increase in circulating LH -> Leydig cells proliferation -> Leydig cells Hyperplasia), we have shown that for every key event, dose-response curve is monotonous and we were able to define a threshold. Furthermore, we suggest that the Pdgfd, a growth factor, mediates the mitogenic effect of LH on Leydig cells.In the prostate gland, the mode of action of flutamide is not completely elucidated at these dose levels, so the work was more exploratory. To explain, at the molecular and cellular levels, the origin of prostate atrophy induced by flutamide from 1 mg/kg/day, we explored three hypotheses: (1) the increase in apoptosis, with a caspases 3 and 9 activity test, which shows a higher activity for the high dosage group of 10 mg/kg/day of flutamide, (2) the decreasing of epithelium proliferation, with Ki67 marker which shows no difference between the control group and the high dose, and finally (3) the decrease in prostate secretory function, assessed by western blot against the Probasin which shows a drop in production.At the same time, we have shown in liver that flutamide has an effect on enzymes involved in the metabolism of xenobiotics with monotonic dose-response.In conclusion, in this model, for all investigated parameters on the testis, pituitary, prostate, blood and liver, we only observed threshold effects and no non-monotonic dose-responses
GILZ (Glucocorticoid-induced leucine zipper) role in polymorphonuclear neutrophil and inflammation resolution
No full textL’élimination des polynucléaires neutrophiles (PN) du site inflammatoire est nécessaire à la résolution de l’inflammation. Lors de cette phase, les PN s’engagent massivement vers l’apoptose et sont phagocytés par les macrophages. Dans certaines pathologies inflammatoires comme le syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA), un défaut des mécanismes d’apoptose des PN est associé à la persistance de l’inflammation et à un mauvais pronostic. GILZ (Glucocorticoid-induced leucine zipper) est une protéine possédant des propriétés anti-inflammatoires, basées principalement sur l’inhibition des facteurs de transcription, comme NF-кB (nuclear factor-kappa B) et AP-1 (activator protein-1). GILZ module également la survie des cellules hématopoïétiques, en favorisant ou retardant l’apoptose selon le type cellulaire étudié. L’objectif de ce travail a été d’évaluer le rôle de GILZ dans les fonctions et l’apoptose du PN lors de l’inflammation. Dans un premier temps, nous nous sommes intéressés aux situations physiopathologiques dans lesquelles GILZ pouvait être exprimé et plus spécifiquement dans le syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA). Cette pathologie a retenu notre attention pour le caractère systémique de l’inflammation et surtout pour le rôle prépondérant que jouent les neutrophiles dans ce syndrome. Dans le cadre d’une étude clinique prospective menée à l’hôpital Bichat, nous avons pu montrer une plus forte expression de GILZ au niveau transcriptionnel et protéique dans des neutrophiles circulants de patients souffrant de SDRA.Dans la deuxième partie du travail, nous avons évalué le rôle de GILZ dans les fonctions et le phénotype des PN. En utilisant la lignée PLB-985 différenciée en neutrophiles par addition d’acide rétinoïque (ATRA) et de diméthylformamide (DMF), nous avons mis en évidence in vitro que la surexpression de GILZ dans ce modèle de polynucléaires neutrophiles favorisait l’apoptose de ces cellules. Cette apoptose est dépendante des caspases, implique la voie mitochondriale et s’explique notamment par une diminution de l’expression de Mcl-1 (myeloid cell leukemia-1), alors que l’expression des ARNm de mcl-1 n’est pas affectée. Une activation prolongée de JNK (c-JUN N-terminal kinase) serait impliquée et entraînerait la phosphorylation de Mcl-1 et sa dégradation par le protéasome. Ces deux résultats laissent entrevoir un rôle potentiel de GILZ dans la résolution de l’inflammation in vivo. Pour adresser cette question, nous mettons en place le modèle de l’ALI (Acute Lung Injury) ou inflammation pulmonaire aiguë induite par le LPS (lipopolysaccharide), qui est un modèle murin du SDRA. Nous utilisons des souris dans lesquelles l’expression de GILZ a été invalidée spécifiquement dans les neutrophiles. Cette approche nous permettra de mieux comprendre le rôle de GILZ dans la résolution de l’inflammation. GILZ pourrait ainsi représenter une cible thérapeutique dans les pathologies inflammatoires impliquant le PN.Elimination of polymorphonuclear neutrophils (PN) from inflammatory site is a necessary step in the resolution of inflammation, where PN undergo massive apoptosis and are phagocyted by macrophages. In some inflammatory disorders, such as acute respiratory distress syndrome (ARDS), defective apoptosis of neutrophils was described and related to persistent inflammation and poor prognosis. GILZ (Glucocorticoid-induced leucine zipper) is a potent anti-inflammatory protein, mainly through inhibition of NF-кB (nuclear factor-kappa B) and AP-1 (activator protein-1) transcription factors. Moreover, GILZ modulates hematopoietic cells survival, either by preventing or inducing their apoptosis. The overall objective of this work has been to evaluate the role of GILZ in neutrophils functions and apoptosis during inflammation. First, we sought pathophysiological situations where GILZ could be expressed. ARDS caught our attention because of the systemic nature of inflammation and the prominent role of neutrophils. A prospective clinical study was conducted at Bichat hospital and showed a higher GILZ expression at protein and transcriptional levels in blood neutrophils of ARDS patients.Secondly, we evaluated the role of GILZ in neutrophils functions and phenotypes. Using the PLB-985 cell line induced towards the neutrophil lineage using all trans retinoic acid (ATRA) and dimethylformamid (DMF), we evidenced that GILZ over-expression promoted exacerbated apoptosis of these cells. This apoptosis was caspase-dependent, involved the mitochondrial pathway and was explained, at least in part, by a diminution of myeloid cell leukemia-1 (Mcl-1) expression, whereas mcl-1 mRNA levels were not affected. A sustained activation of c-Jun N-terminal kinases (JNK) could be involved and lead to Mcl-1 phosphorylation and subsequent degradation by the proteasome machinery.Altogether, these results suggest a potential role of GILZ in the resolution of inflammation in vivo. To address this question, we currently develop an acute lung injury (ALI) model induced by lipopolysaccharides, which mimics the septic component of ARDS. This model will be implemented in mice invalidated for GILZ specifically in neutrophils. This approach should allow a better understanding of the role of GILZ in the resolution of inflammation. In the future, GILZ could represent a therapeutical target in inflammatory diseases involving neutrophils
PRODUCTION & CHARACTERIZATION OF Bet v 1 RECOMBINANT ALLERGEN INTENDED FOR IMMUNOTHERAPY
No full textL'allergie respiratoire au pollen de bouleau affecte un nombre important de personnes dans le monde. Il est estimé que 100 millions d'individus sont sensibilisés à l'allergène majeur du pollen de bouleau nommé Bet v 1. L’immunothérapie allergénique, basée sur l'administration répétée de l'allergène incriminé, permet la rééducation du système immunitaire du patient d’un profil TH2 vers un profil TH1/Treg et à terme la diminution des symptômes allergiques. Ces travaux de thèse avaient donc pour finalité de produire et de caractériser l'allergène recombinant Bet v 1, à des fins d’immunothérapie allergénique. Dans ce cadre, différentes méthodes analytiques ont été développées et appliquées afin d'optimiser le procédé de production via l'élimination de différentes impuretés liées au produit ou au procédé de production et de documenter la structure de l’allergène. En particulier, l'utilisation de la spectrométrie de masse a permis la détermination de la masse exacte de l'allergène ainsi que la vérification complète de sa séquence en acides aminés. Les travaux en spectrométrie de masse ont également contribué aux détections et identifications de diverses impuretés et produits de dégradations et ont ainsi conduit à plusieurs optimisations du procédé industriel de production de l'allergène recombinant. Les activités immunologiques de certains produits de dégradations ont également été investiguées. La structure tertiaire (spatiale) de l'allergène a été déterminée par diffraction aux rayons X. Enfin, ces travaux ont permis de documenter la qualité de l'allergène recombinant rBet v 1 afin i) de l'établir comme substance de référence pour la Pharmacopée Européenne et ii) de procéder à une étude clinique d’immunothérapie allergénique de phase II auprès de 483 patients allergiques au pollen de bouleau.Respiratory allergy to birch pollen affects a large number of people in the world. It is estimated that 100 million people are sensitized to the major allergen from birch pollen, namely Bet v 1. Allergen immunotherapy, based on the repeated administration of the allergen of interest, allows the modification of the patient's immune response from a TH2 to a TH1/Treg pattern and thus the reduction of allergic symptoms. This study was therefore aimed to produce and characterize the recombinant Bet v 1 (rBet v 1) allergen, for immunotherapy purpose.In this context, various analytical methods have been developed and applied in order to optimize the production of rBet v 1 via the reduction of process or product-related impurities as well as to document the quality of the purified allergen. In particular, the use of mass spectrometry has allowed the determination of the exact mass of the intact allergen and the complete verification of its amino acid sequence. Mass spectrometry data have also contributed to the detection and identification of impurities and degradation products and have therefore led to several optimizations of the industrial process for the production of the recombinant allergen. Immunological activities of certain degradation products were also investigated and the allergen tertiary structure was determined by X-ray diffraction. Finally, this study was decisive in order i) to establish rBet v 1 as a chemical reference substance for the European Pharmacopoeia as well as ii) to perform a phase II clinical study conducted in 483 patients with birch pollen-induced rhinoconjunctivitis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
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