70 research outputs found
NA
No full textThis thesis is a study of the defensive power of a medium size Naval force subject to air-to-surface missile attack. It evaluates the attrition to an escorted amphibious force and its escorts under different tactical situations for a variety of defense parameters. Using attrition as the measure of effectiveness, it draws conclusions useful to a small Navy regarding its anti- air warfare (AAW) defenses. The study models the force-on-force process of aircraft versus warships in discrete time steps, or salvos. The degradation of the force is expressed in number of ships. This study extends and deepens work by W. Hughes and Lt. E. Hatzopoulos (H.N), incorporating new features to analyze AAW principles and concepts.NANAHellenic Navy author.http://archive.org/details/anntiairwarfares109453055
Contribution of Genetic Factors to Sjögren’s Syndrome and Sjögren’s Syndrome Related Lymphomagenesis
No full textWe aimed to summarize the current evidence related to the contributory role of genetic factors in the pathogenesis of Sjögren’s syndrome (SS) and SS-related lymphoma. Genes within the major histocompatibility complex (MHC) locus previously considered conferring increased susceptibility to SS development have been also revealed as important contributors in recent genome wide association studies. Moreover, genetic variations outside the MHC locus involving genes in type I interferon pathway, NF-κB signaling, B- and T-cell function and methylation processes have been shown to be associated with both SS and SS-related lymphoma development. Appreciating the functional implications of SS-related genetic variants could provide further insights into our understanding of SS heterogeneity, allowing the design of tailored therapeutic interventions
O Ρόλος της Δραστικότητας της Lp-PLA2 Φωσφολιπάσης στη Λεμφωμαγένεση του Συνδρόμου Sjogren
No full textΕΙΣΑΓΩΓΗ- ΣΚΟΠΟΣ: Μία από τις κυριότερες επιπλοκές του συνδρόμου Sjogren (σS) αποτελεί η ανάπτυξη Β-κυτταρικού non Hodgkin λεμφώματος (B-NHL), στην παθογένεια του οποίου η συμβολή των ιστικών μακροφάγων φαίνεται να είναι σημαντική βάσει προηγούμενων ιστοπαθολογικών μελετών. Ένα προϊόν των ιστικών μακροφάγων με εμπλοκή τόσο σε καρδιαγγειακά όσο και κακοήθη νοσήματα, συμπεριλαμβανομένων του Β-NHL λεμφώματος, αποτελεί η εκκριτική φωσφολιπάση Lp-PLA2, η οποία ανευρίσκεται στην κυκλοφορία συνδεδεμένη με λιποπρωτεΐνες. Σκοπός της μελέτης είναι η διερεύνηση του ρόλου της Lp-PLA2 ως πιθανού βιοδείκτη για την ανάπτυξη Β-NHL στα πλαίσια του σS. ΥΛΙΚΟ: Η δραστικότητα της Lp-PLA2 μετρήθηκε αρχικά στον ορό 48 ασθενών με σS, 9 ασθενών με σS-λέμφωμα και 40 υγιών μαρτύρων με την μέθοδο των Blank et al. Στη συνέχεια, σε μια ανεξάρτητη κοορτή 25 ασθενών με σS, 17 ασθενών με σS-λέμφωμα και 10 υγιών μαρτύρων, η δραστικότητα της Lp-PLA2 προσδιορίστηκε με μια εμπορικώς διαθέσιμη ELISA. Διενεργήθηκε στατιστική ανάλυση με τα λογισμικά SPSS και GraphPad. Η mRNA και η πρωτεϊνική έκφραση της Lp-PLA2 προσδιορίστηκε, επίσης, σε επίπεδο ιστού βιοψίας ελασσόνων σιελογόνων αδένων σε διαθέσιμα δείγματα από τους συμμετέχοντες στη μελέτη (μάρτυρες, ασθενείς με σS και σS-λέμφωμα), με τις τεχνικές της ποσοτικής αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης πραγματικού χρόνου και ανοσοαποτύπωσης κατά Western, αντιστοίχως. ΑΠΟΤΕΛΕΣΜΑΤΑ: Η δραστικότητα της Lp-PLA2 ήταν στατιστικώς σημαντικά αυξημένη στους ασθενείς με σS-λέμφωμα σε σχέση με τους ασθενείς με σS χωρίς λέμφωμα (p=0,003 και p=0,005, αντιστοίχως), καθώς και με τους υγιείς μάρτυρες (p=0,03 και p=0,06, αντιστοίχως). Η mRNA και η πρωτεϊνική έκφραση της Lp-PLA2 στη βιοψία ελασσόνων σιελογόνων αδένων ασθενών με σS που εμφάνιζαν λέμφωμα ήταν σημαντικά αυξημένη σε σχέση με τους ασθενείς με σS χωρίς λέμφωμα και τους ξηροστομικούς μάρτυρες (p<0.05). ΣΥΜΠΕΡΑΣΜΑΤΑ: Η εκτίμηση της Lp-PLA2 δραστικότητας σε ασθενείς με σS θα μπορούσε να είναι ένας χρήσιμος ορολογικός βιοδείκτης για την ανάπτυξη Β-NHL στο πλαίσιο του σS.Background: One of the major complications of primary Sjogren's syndrome (SS) is the development of B-cell non-Hodgkin's lymphoma (B-NHL). The contribution of tissue macrophages in the pathogenesis of B-NHL, based on previous histopathological studies, is significant. Extracellular lipoprotein-associated phospholipase A2 (Lp-PLA2) is a product of tissue macrophages which is found in the circulation associated with lipoproteins and has been involved in both cardiovascular and malignant diseases, including B-NHL lymphoma. Objective: The purpose of the current study was to investigate the role of serum Lp-PLA2 activity as a potential biomarker for the development of B-NHL in the setting of primary SS. Methods: Lp-PLA2 activity in serum was determined by measuring [3H]PAF degradation products by liquid scintillation. The samples were obtained from 48 primary SS patients, 9 primary SS patients with lymphoma (SS-lymphoma) and 40 healthy controls. Additionally, an independent cohort of 25 primary SS patients, 17 primary SS-lymphoma and 10 healthy controls were tested using a commercially available ELISA kit. Lp-PLA2 mRNA and protein expression in minor salivary gland tissue samples derived from our cohort patients were also evaluated by Real-Time PCR and Western Blot, respectively. Results: The activity of Lp-PLA2 showed statistically significant increase in patients with primary SS-lymphoma compared to primary SS patients without lymphoma [mean±SD (nmol/min/ml): 62.0±13.4 vs 47.7±14.7, p=0.003 and 19.7±4.7 vs 15.2±3.2, p=0.005, respectively], as well as healthy controls [mean±SD (nmol/min/ml): 62.0±13.4 vs 52.0±16.3, p=0.03 and 19.7±4.7 vs 15.7±3.1, p=0.06, respectively]. No statistically significant difference in Lp-PLA2 activity was observed between primary SS patients without lymphoma development and healthy controls. Lp-PLA2 mRNA and protein expression were found to be increased in SS patients with lymphoma, compared to SS without lymphoma and sicca controls (p<0.05). Conclusions: Evaluation of extracellular Lp-PLA2 activity in primary SS patients may serve as a useful serological biomarker for B-NHL development in the context of primary SS
Effects of geometry on the controlled failure of architected joints
No full textIn the study of fracture mechanics, fracture is always treated as a non-desirable phenomenon. Through the presented studies, we aim to embrace fracture and treat it as a feature. We consider architected materials, aka mechanical metamaterials, as the platform for applying the proposed failure by design concepts. The mechanical behaviour of architected materials, independent of the base material, is tailored by the careful tuning of their geometry and microstructure. In that way, architected materials can exhibit extraordinary mechanical properties i.e., negative Poisson’s ratio as well as superior stiffness-to-weight and toughness-to-weight ratios. Hence, architected materials offer limitless possibilities for exploration with the goal of pre-programming fracture behaviour and exploiting geometrically driven fracture processes.
The studies we present, are mainly focused around the concepts and applications of adhesive bonding and confinement, where load transfer needs to be optimal. Adhesive joints eliminate the use of traditional fasteners, hence decreasing the amount of points prone to structural failure. However, the extensive use of adhesives in large scale applications (primarily wind energy and aerospace) gives rise to various challenges including ease of disassembling during maintenance, sustainability, recyclability as well as their dependence on fossil fuels to name a few. Therefore, through the presented studies, we aim to incorporate architected materials in confined systems, having thick adhesive bondlines in mind, and to understand the underlying physics driving the fracture processes in such systems. We then attempt to quantify the effects of the small-scale structure on fracture initiation and propagation.
Although the studies presented can be seen as independent problems and case studies, the underlying motivation, objectives and overall narrative is shared. The common question being: "How geometric manipulations can control crack growth in confined systems?", directs our focus around the areas of fracture mechanics, composite materials and architected materials. We then introduce all above areas, highlighting the followed research aspects and laying out the necessary developments that took place. That is achieved by reviewing the literature of the individual modules while simultaneously developing the needed methodology for each module.
In the third chapter, “Micropolar Elastic Foundations”, we formulate a complete theoretical framework for incorporating micropolar elasticity in an “augmented Winkler” elastic formulation. We focus on deriving closed-form solutions for the restoring linear and rotational stiffness based on stress potentials. We then present double cantilever beam solutions on the derived framework, and we quantify the effects of micropolar elasticity on the deflection distribution responses. Lastly, we lay the benefits and limitations of the method based on measured material parameters from existing literature.
In the fourth chapter, “Testing framework for Architected Joints”, we develop a testing framework for evaluating mode I fracture toughness that targets confined 3-dimensional architected materials. We focus on providing design guidelines for conducting such experiments. The testing setup is based on the classical double cantilever beam configuration, but the geometry of the pre-crack is designed specifically for avoiding any stress concentrations at corners, ensuring a cohesive crack propagation. The proposed configuration is benchmarked by numerical simulations incorporating micropolar elasticity and the phase field fracture model, and can successfully capture the crack paths.
In the fifth chapter, “Gyroids: Can size control crack growth?”, we performed an experimental study based on the framework developed in the third chapter. The obtained experimental results are then complemented by the analytical and numerical methods presented at the second chapter, highlighting a dependence of micropolar size effects on the observed crack paths. We provide an estimation for the critical strain energy release rate of the gyroid lattice, based on micromechanical assumptions. Furthermore, we define a crack shape index for characterising crack growth in confined lattices, that enables the quantification of crack shapes without the need for precise coordinates of the crack shape.
In the sixth chapter, “The Toughness of Auxetic Foams”, we delve into the low stiffness limit by testing open-cell poly-urethane foams. Next, thermomechanical treatment is performed to convert the foams and give them auxetic properties. The converted foams are then tested in uniaxial tension/compression, and their mechanical response is modelled with the Ogden hyperelastic model, complemented, within the fracture mechanics framework, by a traction-separation law. We then formulate a 1-dimensional semi-analytical Euler-Bernoulli beam model integrating the measured material properties to predict fracture behaviour under the double cantilever beam configuration. The model demonstrates a very good agreement with experimental results, quantifying the fracture toughness of the auxetic foam, revealing the influence of thermomechanical conversion.
In the last chapter, we summarise the research undertaken in this thesis, and we explore possible further directions that can be taken
Molecular staging of melanoma by Multiplex PCR
No full textMalignant melanoma (MM) is a form of skin cancer originating from melanocytes (cells that produce the photoprotective pigment melanin). MM has a great metastatic potential via the lymphatic root or the bloodstream almost everywhere in the body, thus ranking as one of the most aggressive forms of cancer. Therefore, early diagnosis, accurate staging and appropriate therapy are essential for increasing life expectancy of melanoma patients. Prognosis of melanoma patients is based on histological data and the clinical image of the patients leading to misdiagnosis and downstaged subjects. Recently, the use of molecular markers has been tested for more precise staging of the disease. These markers may help diagnose early melanoma for better clinical management, better treatment follow-up, and more accurate detection of recurrence. Therefore, the detection of circulating melanoma cells (CMCs) in peripheral blood could screen-out patients with higher risk of relapse at the time of the diagnosis. The aims of this study are:• The design of a prognostic model for melanoma, using the detection of melanoma markers in blood specimens that may help reveal the minimal residual disease.• The correlation of CMCs detection with clinicopathological data, the prognosis (progression-free survival and overall survival) and the response to multiple protocols of treatment.• The creation of an easy and low cost technique that can be applied in any hospital lab to discriminate in a brief protocol, patients with subclinical residual disease.In this work, a group of melanoma specific markers has been studied that can be detected in mRNA samples from blood of melanoma patients. These markers were: tyrosinase (TYR), melanoma antigen recognized by T cells 1 (MELAN-A/MART-1), micropthalmia transcription factor isoform 4 (MITF-M) and GAPDH as internal control. A protocol has been set up to find the efficiency of our technique by spiking the melanoma cell line SK-MEL 28 cells in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) of healthy donors. Then a multiplex PCR protocol has been developed in which we could detect 1 SK-MEL 28 cell in 1.000.000 PBMCs for TYR and 1 SK-MEL 28 cell in 10.000.000 PBMCs for MART-1 and MITF-M. This protocol was tested in 81 melanoma patients of all stages in a blind study. Then the clinicopathological data of patients were collected correlated with our protocols’ results and statistic analysis was performed.The conclusions of this work are summarized as follows: the multiplex PCR protocol is correlated statistically with the stage of the disease as well as with the viability of patients. Specifically we can discriminate early staged patients from advanced staged patients with the number of markers that have been detected (p<0.001). Moreover the number of the markers detected correlates with survival or subclinical minimal residual disease that causes metastasis (p<0.01). We have set up a non interventional, low cost, easy and reliable protocol that could help the clinician to specify more accurately the stage of the disease and the prognosis of each patient.Το κακόηθες μελάνωμα είναι μία μορφή καρκίνου του δέρματος που αναπτύσσεται από τα μελανοκύτταρα (κύτταρα του δέρματος που παράγουν τη φωτοπροστατευτική χρωστική μελανίνη) και διαθέτει υψηλή ικανότητα μετάστασης μέσω του λεμφικού συστήματος και μέσω του αίματος (αιματογενής διασπορά) σε οποιοδήποτε σημείο του σώματος με πολύ υψηλή, πλέον, την πιθανότητα θνησιμότητας. Η έγκαιρη διάγνωση, η ακριβής σταδιοποίηση και η κατάλληλη αντιμετώπιση αποτελούν τις προϋποθέσεις για καλή πρόγνωση της νόσου. Όσον αφορά τα κύρια κριτήρια πρόγνωσης και σταδιοποίησης του μελανώματος αυτά προέρχονται από ιστοπαθολογικά δεδομένα και την κλινική εικόνα του ασθενούς, δεδομένα περιορισμένης αξίας που συχνά οδηγούν σε λανθασμένη διάγνωση και υψηλό ποσοστό υποσταδιοποιημένων ασθενών. Τα τελευταία χρόνια, έχουν γίνει προσπάθειες να καθορισθούν μοριακοί (καρκινικοί) δείκτες, η ανίχνευση των οποίων στο αίμα θα μπορούσε να συμβάλλει στην πρώιμη διάγνωση της νόσου, στην αξιολόγηση της αποτελεσματικότητας της θεραπευτικής αγωγής και στην παρακολούθηση των ασθενών μετά τη θεραπεία τους για την έγκαιρη διάγνωση τυχόν υποτροπής. Υπό αυτό το πρίσμα, η ανίχνευση των κυκλοφορούντων καρκινικών κυττάρων στο αίμα είναι ένας υποψήφιος μάρτυρας υποκλινικής-υπολειπόμενης νόσου, που δύναται να οδηγήσει σε μεταστάσεις και δεν ανιχνεύεται μέχρι σήμερα με τις συμβατικές μεθόδους. Η μελέτη αυτή έχει σαν σκοπό:• Το σχεδιασμό ενός προγνωστικού μοντέλου για το μελάνωμα, χρησιμοποιώντας την ανίχνευση έκφρασης ειδικών μοριακών καρκινικών δεικτών στο αίμα, αποβλέποντας στον καθορισμό της ελάχιστης υπολειπόμενης νόσου.• Συσχέτιση της ύπαρξης των CΜCs με κλινικο-εργαστηριακά δεδομένα του πρωτοπαθούς όγκου, την εξέλιξη της νόσου (progression-free survival και overall survival) καθώς και σε μελλοντική μελέτη της αντικειμενικής απόκρισης της νόσου σε δεδομένα θεραπευτικά σχήματα.• Την δημιουργία μιας τεχνικής εφικτής στην καθημερινή κλινική χρήση η οποία και θα μπορεί σύντομα και με ακρίβεια να καθορίσει την ύπαρξη ασθενών με υποκλινική υπολειπομένη νόσο.Στην παρούσα εργασία μελετήθηκε μια ομάδα εξειδικευμένων δεικτών για το μελάνωμα με σκοπό την ανίχνευση τους σε μεταγραφικό επίπεδο (RNA) σεπεριφερικό αίμα ασθενών με μελάνωμα. Επιλέχθηκαν η τυροσινάση (TYR: tyrosinase), το αντιγόνο μελανώματος αναγνωριζόμενο από τα Τ κύτταρα 1 (MELAN-A/MART-1: melanoma antigen recognized by T cells 1), την πρωτεΐνη με ενεργότητα αναστολής μελανώματος και το μεταγραφικό παράγοντα MITF (MITF-M, ισομορφή 4) και ως εσωτερικό μάρτυρα του πειράματος χρησιμοποιήθηκε ο δείκτης γκυκεραλδεϋδη-3-φωσφορική δεϋδρογονάση GAPDH. Επίσης, αναπτύχθηκε ένα πρωτόκολλο για εύρεση της ευαισθησίας της μεθόδου, με αραιώσεις κυττάρων μελανώματος SK-MEL 28 σε μονοπύρηνα φυσιολογικού δότη. Με την ανάπτυξη της multiplex PCR, όπου σε μία αντίδραση χρησιμοποιήσαμε όλους τους δείκτες (TYR, MART-1, MITF-M και GAPDH) προσδιορίσαμε ότι μπορούμε να ανιχνεύσουμε τα mRNA αντίγραφα για την τυροσινάση μέχρι 1 κύτταρο SK-MEL 28 σε υπόβαθρο 1.000.000 μονοπύρηνων κυττάρων αίματος, ενώ ανιχνεύουμε τα mRNA αντίγραφα για το MART-1 και το MITF-M μέχρι 1 κύτταρο SK-MEL 28 σε υπόβαθρο 10.000.000 μονοπύρηνων κυττάρων αίματος. Στη συνέχεια προχωρήσουμε σε ασθενείς οι οποίοι πάσχουν από μελάνωμα. Συλλέξαμε 81 δείγματα μελανώματος χωρίς να γνωρίζουμε εκ των προτέρων τα κλινικοπαθολογικά χαρακτηριστικά κάθε ασθενούς. Απομονώσαμε το γενετικό υλικό (RNA) σε αυτά τα δείγματα και εφαρμόσαμε το πρωτόκολλο μας όπως ακριβώς αυτό είχε στηθεί κατά την εύρεση της ευαισθησίας της μεθόδου μας. Μετά το πέρας των αναλύσεων μας, συλλέξαμε τα κλινικοπαθολογικά χαρακτηριστικά των ασθενών. Το επόμενο βήμα ήταν η συσχέτιση με τα αποτελέσματα της multiplex PCR, η στατιστική επεξεργασία των αποτελεσμάτων και η τελική αξιολόγηση της μεθόδου μας.Η ιδιαίτερη αξία της multiplex PCR έγκειται στην ανίχνευση των δεικτών μας ανάλογα του σταδίου και κυρίως ως προς την επίπτωση αυτής της ανίχνευσης στην επιβίωση. Στα αποτελέσματα μας αποδεικνύουμε ότι μπορούμε να ταυτίσουμε την ανίχνευση των δεικτών με τη νόσο ακόμα και με τα αρχικά στάδια, ενώ ταυτόχρονα μπορούμε να διακρίνουμε τις περιπτώσεις προχωρημένων σταδίων καθώς και ότι το στάδιο σχετίζεται με τον αριθμό των δεικτών που ανιχνεύονται (p<0,001). Επίσης, αποδείχθηκε ότι ο αριθμός των δεικτών που ανιχνεύονται σχετίζεται θετικά με την επιβίωση ή την πορεία για υποτροπή (p<0,01). Με αυτά τα αποτελέσματα αποδεικνύουμε ότι έχουμε στήσει μια μη επεμβατική, φθηνή, αξιόπιστη, γρήγορη, εύκολη και απλή διαδικασία που μπορεί να μας βοηθήσει να προσδιορίσουμε ακριβέστερα το στάδιο και την πρόγνωση του ασθενούς (υποτροπή, πιθανότητα θανάτου)
Contribution of Genetic Factors to Sjögren's Syndrome and Sjögren's Syndrome Related Lymphomagenesis
No full textWe aimed to summarize the current evidence related to the contributory role of genetic factors in the pathogenesis of Sjögren's syndrome (SS) and SS-related lymphoma. Genes within the major histocompatibility complex (MHC) locus previously considered conferring increased susceptibility to SS development have been also revealed as important contributors in recent genome wide association studies. Moreover, genetic variations outside the MHC locus involving genes in type I interferon pathway, NF-B signaling, B- and T-cell function and methylation processes have been shown to be associated with both SS and SS-related lymphoma development. Appreciating the functional implications of SS-related genetic variants could provide further insights into our understanding of SS heterogeneity, allowing the design of tailored therapeutic interventions. © 2015 Adrianos Nezos and Clio P. Mavragani
Type I interferon signature may influence the effect of belimumab on immunoglobulin levels, including rheumatoid factor in Sjögren's syndrome
No full textSubdivision of molecularly-classified groups by new gene signatures in breast cancer patients
No full textGene expression patterns as well as gene interactions are under investigation for their involvement in tumour heterogeneity. The molecular classification of breast cancer based on hormone receptor expression, grade and HER2 receptor levels, is indicative but not adequate enough to complete the prognostic data. The objectives of this study were to validate the prognostic value of 19 genes, solely, and as parts of classifiers (sets of genes), in breast cancer patients and to determine whether the expression of these genes and classifiers is correlated with breast cancer molecular classification. Gene expression was examined in the blood of 88 breast cancer patients and 50 healthy controls using multiplex quantitative real-time PCR. Patients with a second primary malignancy showed a statistically significant difference when compared with: i) patients with a single breast cancer, for an 8-gene classifier (p<0.02); and ii) healthy individuals (classifier FBX033, FLJ339115) (p<0.01), with respect to gene expression. The classifier ENY2, USP38 was associated with the development of primary breast cancer. A newly established classifier (ENY2, USP38, RPS7, Osbpl-1 and ETF1) indicated a statistically significant association with HER2 subtype patients, compared to patients with a different molecular classification (p<0.04). The gene FLJ33915 was differentially expressed in a subgroup of HER2-positive patients with infiltrated axillary lymph nodes (p<0.028). We validated the prognostic value of 4 classifiers for primary and second primary malignancy. Evidence of a classifier predicting the HER2 subtype and the gene FLJ33915 which subdivides HER2 subtype patients is also presented.</p
Visualizations of the flow inside an open cavity at medium range Reynolds numbers
No full textInternational audienceThe interaction between a laminar boundarylayer and an open cavity is investigated experimentallyfor medium range Reynolds numbers. Flowvisualizations are carried out for three differentobservation directions in order to understand the spatial development of dynamical structures. In particular, synchronized visualizations in two parallel planes picture the transverse development of the flow. The study is conducted by changing the cavity aspect ratio, the Reynolds number and therefore the flow patterns inside the cavity. The issue is to emphasize the 3-D development of the flow. In particular, we show that the dynamical structures are not due to secondary shear layer instabilities
- …
