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Hinweise zur Sanierungsentscheidung für Herdsanierungsmaßnahmen bei Altlasten im Hinblick auf den Grundwasserpfad
Get PDFHINWEISE ZUR SANIERUNGSENTSCHEIDUNG FÜR HERDSANIERUNGSMASSNAHMEN BEI ALTLASTEN IM HINBLICK AUF DEN GRUNDWASSERPFAD
Hinweise zur Sanierungsentscheidung für Herdsanierungsmaßnahmen bei Altlasten im Hinblick auf den Grundwasserpfad / Obernosterer, Ingrid (Rights reserved) (-
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Photochemical transformations of dissolved organic matter and its subsequent utilization by marine bacterioplankton
Get PDFSolar radiation, in particular UV radiation, has a significant impact on the biogeochemical cycling of dissolved organic matter (DOM). A multitude of potential effects of UV radiation on the complex interactions of biological, chemical and physical processes that mediate the cycling of DOM have been identified thus far. Two pathways have received considerable attention over the past decade, which are 1) the direct photooxidation of DOM to inorganic carbon species and 2) the photodegradation of DOM via the cleavage of refractory compounds to biologically more labile substrates which are subsequently utilized by bacterioplankton. ...
Zie: Summary and conclusions
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Dynamique temporelle et spatiale de l'acquisition des métaux traces par les communautés procaryotes dans l'Océan Austral
No full textLes oligoéléments tels que le fer, le manganèse, le nickel et le cuivre jouent un rôle essentiel dans la croissance et le métabolisme des microorganismes procaryotes et eucaryotes phototrophes et non phototrophes dans l'océan, et influencent ainsi le cycle biogéochimique des principaux éléments. Alors que l'impact de la limitation en Fe sur les microorganismes phototrophes (phytoplancton) a été largement étudié, les liens entre les micronutriments et les procaryotes hétérotrophes restent jusqu'à présent peu étudiés. Cette thèse étudie le potentiel métabolique des microbes marins taxonomiquement diversifiés pour acquérir des métaux traces en utilisant une approche métagénomique et donne ainsi un aperçu de la contribution des taxons procaryotes au cycle des éléments mineurs et majeurs à des échelles temporelles et spatiales dans l'Océan Austral.L'objectif du chapitre 1 est d'étudier la stratégie des procaryotes pour acquérir différentes formes chimiques de Fe au cours de la saison. Sur la base d'échantillons obtenus par un échantillonneur autonome à distance, des observations métagénomiques saisonnières à haute résolution dans la région naturellement fertilisée en Fe au large des 'îles Kerguelen sont présentées. La dynamique saisonnière suggère un découplage temporel des besoins des procaryotes en Fe et en carbone organique pendant l'efflorescence printanière du phytoplancton et un accès concerté à ces ressources en fin d'été. Les stratégies écologiques donnent un aperçu de la manière dont le Fe pourrait façonner la composition de la communauté microbienne, avec des implications potentielles sur la transformation de la matière organique dans l'océan Austral.La question de savoir comment la disponibilité des métaux traces sélectionne les taxons procaryotes et les rétroactions potentielles des processus microbiens sur la distribution des métaux traces dans l'océan est abordée dans le chapitre 2. Les liens réciproques potentiels entre divers taxons procaryotes et Fe, Mn, Cu, Ni ainsi que l'utilisation apparente de l'oxygène (AOU) dans 12 masses d'eau bien définies du sud de l'océan Indien (SWINGS - South West Indian Ocean GEOTRACES GS02 Section cruise) ont été étudiés. L'analyse ‘Partial Least Square Regression' (PLSR) révèle que les masses d'eau sont associées à des vecteurs latents particuliers qui sont une combinaison de la distribution spatiale des taxons procaryotes, des éléments traces et de l'AOU. Cette approche fournit de nouvelles informations sur les interactions potentielles entre les taxons procaryotes et les métaux traces en relation avec la reminéralisation de la matière organique dans des masses d'eau distinctes de l'océan.Dans le chapitre 3, les gènes liés au transport des métaux-traces par les communautés procaryotes habitant les différentes masses d'eau échantillonnées au cours de la campagne SWINGS ont été étudiés. Ces résultats couvrent 42 échantillons prélevés de la surface jusqu'à la profondeur à 13 stations dans la zone subtropicale, subantarctique, frontale polaire et antarctique. L'abondance des gènes associés au transport du Fe, du Mn, du Ni et du Cu dans les fractions libres (0,8 µm) a été déterminée à la fois au niveau de la communauté et dans les ‘metagenome assembled genomes' (MAG). Les résultats révèlent des différences dans l'abondance normalisée (GPM) en fonction de la localisation géographique dans les eaux de surface et entre les masses d'eau en profondeur. Ces dernières étaient particulièrement prononcées pour les transporteurs de sidérophores, Mn, Ni et Cu. Chaque masse d'eau contenait un ensemble distinct de MAG abondants et ceux-ci se sont révélés différents dans leurs répertoires de transporteurs de métaux traces. Ces observations suggèrent que les métaux traces étudiés ici pourraient jouer des rôles distincts dans le métabolisme microbien dans différentes masses d'eau, avec des rétroactions potentielles sur leur cycle dans l'océan.Trace metals such as iron (Fe), manganese (Mn), nickel (Ni), and copper (Cu) play critical roles for the growth and metabolism of phototrophic and non-phototrophic prokaryotic and eukaryotic microorganisms in the ocean, and thereby influence the biogeochemical cycling of major elements. While the impact of Fe limitation on phototrophic microorganisms (phytoplankton) has been extensively investigated, the links between micronutrients and heterotrophic prokaryotes remains thus far poorly studied. This thesis investigates the metabolic potential of taxonomically diverse marine microbes to acquire trace metals using a metagenomics approach and thereby provides insights into the contribution of prokaryotic taxa to the cycling of minor and major elements on temporal and spatial scales in the Southern Ocean.The objective of Chapter 1 is to study the strategy of microbes to acquire different chemical forms of Fe under seasonally changing organic carbon requirements. Based on samples obtained by a remote autonomous sampler, high-resolution seasonal metagenomics observations from the naturally Fe-fertilized region off Kerguelen Island are presented. The results show pronounced, but distinct seasonal patterns in the abundance of genes implicated in the transport of different forms of Fe and organic substrates, of siderophore biosynthesis and carbohydrate active enzymes. The seasonal dynamics suggest a temporal decoupling in the prokaryotic requirements of Fe and organic carbon during the spring phytoplankton bloom and a concerted access to these resources after the summer bloom. Taxonomic assignments revealed differences in the prokaryotic groups harboring genes of a given Fe-related category and pronounced seasonal successions were observed. The ecological strategies provide insights on how Fe could shape microbial community composition with potential implications on organic matter transformations in the Southern Ocean.The question of how the availability of trace metals selects for prokaryotic taxa and the potential feedbacks of microbial processes on the trace metal distribution in the ocean is addressed in Chapter 2. The potential reciprocal links between diverse prokaryotic taxa and Fe, Mn, Cu, Ni as well as apparent oxygen utilization (AOU) across 12 well-defined water masses in the Southern Indian Ocean (SWINGS- South West Indian Ocean GEOTRACES GS02 Section cruise) was investigated. Partial Least Square Regression (PLSR) analysis reveals that the water masses are associated with particular latent vectors that are a combination of the spatial distribution of prokaryotic taxa, trace elements and AOU. This approach provides novel insights on the potential interactions between prokaryotic taxa and trace metals in relation to organic matter remineralization in distinct water masses of the ocean.In Chapter 3, genes related to trace-metal transport by the prokaryotic communities inhabiting the distinct water masses sampled during the SWINGS cruise were investigated. These results cover 42 samples collected from surface to depth at 13 stations in the Subtropical, Subantarctic, Polar Frontal and Antarctic zones. The abundance of genes associated with the transport of Fe, Mn, Ni and Cu in the free-living (0.8 µm) were determined both at the community level as well as in metagenome assembled genomes (MAGs). The results reveal differences in the normalized abundance of these genes (GPM) depending on geographic location in surface waters, and among water masses at depth. These latter were particularly pronounced for transporters of siderophores, Mn, Ni and Cu. Each water mass contained a distinct set of abundant MAGs and these were found to differ in their repertoires of trace metal transporters. These observations suggest that the trace metals considered here could play distinct roles in microbial metabolism in different water masses, with potential feedbacks on their cycling in the ocean
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Rôle de la pompe microbienne dans le cycle de carbone en mer Méditerranée
No full textLa matière organique dissoute (MOD) est l'un des plus grands réservoirs de carbone réduit sur terre, contenant à peu près la même quantité de carbone que le CO2 dans l'atmosphère. Les procaryotes hétérotrophes (PH, bactéries et archées) jouent un rôle clé dans le cycle de la MOD dans l'océan. Ils transforment environ la moitié du carbone fixé par les producteurs primaires pour produire de la biomasse et du CO2. Cependant, le rôle des PH en tant que source de MOD a reçu moins d'attention. Selon la pompe microbienne de carbone (PMC), les PH produisent de la MOD récalcitrante, c'est-à-dire des composés qui résistent à une reminéralisation et sont donc stockés dans l'océan pour des milliers d'années. Dans les systèmes oligotrophes, tels que la mer Méditerranée, la PMC devrait jouer un rôle majeur dans le piégeage du carbone. Les raisons ultimes de la production de cette MOD et les conditions qui la rendent réfractaire ne sont pas encore claires. Nous visant à comprendre les facteurs régissant la PMC, avec un accent particulier sur la dynamique de la MOD en Méd., un écosystème oligotrophe particulièrement limité en phosphore et très vulnérable au changement climatique. Nous répondons surtout à 3 questions : quel est l’effet de la limitation en P sur la quantité et la qualité de la MOD dérivée des PH (MOD-PH? La limitation en P affecte-t-elle la biodisponibilité de MOD-PH? Quelles sont les variations saisonnières de la composition et la biodisponibilité de la MOD en Méd. et quel est le rôle des PH dans cette variabilité ? Pour la 1ère question, des incubations ont été menées en utilisant des souches bactériennes seules et des communautés PH mixtes. Elles ont été réalisées dans de l'eau de mer artificielle avec une seule source de carbone (glucose) sous des concentrations de P contrastées, et la MOD-PH a été quantifiée et caractérisée à la phase de croissance stationnaire. Nous avons montré que la limitation en P n'affectait pas la quantité de la MOD-HP mais plutôt sa qualité, mesurée par spectroscopie de fluorescence (MODF), avec une prédominance de MODF de type humique sous limitation en P de et MODF de type protéique en absence de limitation. Cette MOD a ensuite été utilisée comme substrat pour des procaryotes naturels afin de tester sa biodisponibilité. On a observé que MOD-PH a favorisé une croissance significative dans tous les traitements, et aucune différence claire dans la labilité de la MOD-PH n'a été démontré à partir de la croissance des procaryotes. Mais les différentes qualités de MOD-PH ont sélectionné pour différents taxons indicateurs. Nos résultats soulignent que la labilité de la MOD dépend à la fois de sa qualité, déterminée par la disponibilité du P, et de la composition de la communauté. Pour voir si résultats observés en laboratoire pouvaient être traduits en observations sur le terrain, un échantillonnage a été conduit en Méd. de 2019 à 2021 pour suivre les changements temporels de la composition de la MOD, mesurée par spectrométrie de masse à résonance cyclotronique ionique à transformée de Fourier (FT-ICR MS) avec d'autres descripteurs de la MOD, des mesures microbiennes et environnementales. On a postulé que la qualité de la MOD de surface en Méd. passe de labiles à réfractaires pendant la période d'accumulation en été, et que les PH jouent un rôle majeur dans sa formation. Les indices de récalcitrance de la MOD ont augmenté en été, confirmant notre hypothèse. L’augmentation de diversité fonctionnelle chimique de la MOD suggère que la MOD résulte de l'interaction entre différents processus: la production primaire dissoute, l’activité des PH et la photodégradation qui diversifient la MOD la rendant récalcitrants. Dans l'ensemble, cette thèse rassemble des observations expérimentales et in situ de paramètres biogéochimiques et microbiens pour comprendre le rôle de la pompe à carbone microbienne dans le cycle de la MOD dans l'océan.Dissolved organic matter (DOM) is one of the largest reservoirs of reduced carbon on earth, containing roughly the same amount of carbon as CO2 in the atmosphere. Heterotrophic prokaryotes (HP, Bacteria and Archaea) play a key role in DOM cycling in the ocean. They process about half of the carbon fixed by primary producers, either to produce biomass or CO2. However, less attention has been paid to the role of HP as DOM source. The so-called microbial carbon pump (MCP) states that HP produce recalcitrant DOM, this is, compounds that resist further remineralization and are thus stored in the ocean for thousands of years. In oligotrophic ecosystems, such as the Mediterranean Sea, the MCP is predicted to play a major role in carbon sequestration. The ultimate reasons why this DOM is produced, and which are the conditions that make it refractory, remain unclear. Our objective is to understand the environmental factors driving the MCP, with a particular focus on DOM dynamics in Med Sea, an oligotrophic ecosystem particularly limited in phosphorus and highly vulnerable to climate change. We mainly answer 3 questions: Is the quantity and quality of HP-derived DOM (HP-DOM) dependent on P limitation? Does P limitation affect the bioavailability of HP-DOM?. How does DOM composition and bioavailability change seasonally in the Med Sea and what is the role of HP on this variability?To determine the effect of P limitation on HP-DOM, lab incubations were carried out using single bacterial strains and mixed HP communities. Incubations were done in artificial sea water with a single carbon source (glucose) under contrasting P concentrations, and HP-DOM was quantified and characterized at the stationary growth phase. Here, we showed that P limitation did not significantly affect the quantity of HP-DOM but it affected its quality, measured by fluorescence spectroscopy (FDOM), with a predominance of humic-like FDOM under P limitation but protein-like FDOM under P repletion. This HP-DOM was then used as a substrate for natural prokaryotes to test the bioavailability of the HP-DOM released under P repletion or P limitation (chapter II). These experiments demonstrated that HP-DOM promoted significant growth in all treatments, and no clear differences in HP-DOM lability were evidenced based on the prokaryotic growth. But HP-DOM supported the growth of diverse communities and P-driven differences in HP-DOM quality selected for different indicator taxa. Our findings emphasize that HP-DOM lability is dependent on both DOM quality, shaped by P availability, and the composition of the consumers community. To see if HP-DOM release patterns observed in the lab could be translated into field observations, sampling in the Med Sea was carried from 2019 to 2021 to follow temporal changes in DOM composition, measured by Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry (FT-ICR MS) together with other DOM descriptors (DOC, FDOM, etc.), microbial and environmental measures. We hypothesized that DOM composition in the surface Med Sea changes from labile to refractory compounds during the summer accumulation period, and that HP might play a significant role in its formation. DOM recalcitrance proxies (aromaticity, unsaturation and molecular size) increased in summer; confirming our hypothesis of an increase in DOM recalcitrance in the mixed layer during stratification. DOM molecular and chemical functional diversity also increased, suggesting that the accumulated DOM in summer is likely the result of the interplay between different processes: dissolved primary production, prokaryotic processing and photobleaching that transform DOM into a highly diverse pool enriched in recalcitrant compounds. Overall, this thesis brings together experimental and in situ observations of biogeochemical and microbial parameters to understand the role of the microbial carbon pump in DOM cycling in the ocean
Bacterial communities dynamics in response to phytoplanctonic bloom in the Arctic Ocean and identification of the microbial players in the organic matter degradation
No full textLe réchauffement climatique conduit à une diminution drastique de l’étendue et de l’épaisseur de la banquise entrainant un allongement et une intensification du bloom phytoplanctonique Arctique. L’augmentation de la production primaire pourrait modifier le fonctionnement de cet écosystème ainsi que les communautés bactériennes (CB) impliquées dans la dégradation de la matière organique (MO). Les objectifs de cette thèse étaient (1) de décrire la dynamique spatiale et temporelle in situ des CB lors du développement du bloom ; et (2) d’identifier expérimentalement les acteurs bactériens responsable de la dégradation de la MO excrétée par des microalgues arctiques. Les résultats montrent une forte réactivité des CB en réponse au bloom lors du retrait de la banquise, avec des maxima simultanés entre la chla et l’abondance bactérienne. Des modifications dans la composition des CB (CCB) ont lieu avant et au cours du bloom avec une diminution de la diversité. L’acclimatation rapide des CB à cette nouvelle source de MO phytoplanctonique pourrait être favorisée par l’apport préalable de MO produite par les microalgues de glace et par le tapis algal sous la banquise. Le retrait de la banquise et le développement du bloom conduisent à une CB dominée par les Oceanospirillales et les Flavobacteriaceae. Nos résultats de terrain et expérimentaux soulignent l’importance du genre Polaribacter dans la dégradation de la MO produite lors de bloom arctique dominé par les diatomées. Ils suggèrent également qu’une modification dans la composition du bloom phytoplanctonique (en faveur des picoeucaryotes) liée au réchauffement climatique pourrait avoir des conséquences sur l’activité et la CCB.Global warming leads to a drastic decrease in the coverage and thickness of the ice pack leading to longer and more intense Arctic phytoplankton blooms. The increase in primary production associated to the phytoplankton bloom could induce pronounced changes in the functioning of the Arctic ecosystem, in particular the bacterial communities (BC) implicated in the degradation of organic matter (OM). The objectives of the present thesis were to (1) describe the in situ temporal and spatial dynamics of the BC during the ice retreat and the spring phytoplankton bloom, and (2) identify experimentally the bacterial players responsible for the degradation of OM excreted by different Arctic microalgae. The results show a rapid response of the BC to the phytoplankton bloom during the ice retreat, with simultaneous maxima in chla and bacterial abundance. Modifications in the BC composition (BCC) appear prior and during the phytoplankton bloom with a decrease in the bacterial diversity. The rapid acclimation of the BC to the fresh phytoplankton OM could be due to preceding OM production by ice microalgae or by algal mats attached to the ice. Ice retreat and phytoplankton bloom development lead to a BC dominated by Oceanospirillales and Flavobacteriaceae. Field and experimental results highlight Polaribacter as a key player in the degradation of OM produced during diatom dominated phytoplankton blooms in the Arctic Ocean. Our results also suggest a modification in the phytoplankton community composition (towards picoeukaryotes) linked to global warming could have consequences on the activity and composition of the associated BC
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
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