1,720,964 research outputs found
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Biophysical studies of purine nucleoside phosphorylase from E. coli - mechanism of catalysis, relationship between protein function and its oligomeric structure
No full textFosforylaza nukleozydów purynowych (PNP) z Escherichia coli katalizuje odwracalną reakcję fosforolitycznego rozszczepienia nukleozydów purynowych na odpowiednią zasadę purynową i pentozo-1-fosforan.
Białko jest homoheksamerem i w formie apo struktura wszystkich podjednostek jest taka sama. Dane
literaturowe, dostępne w momencie rozpoczynania tej pracy, sugerowały, że strukturalnie białko jest
trimerem dimerów, ponieważ miejsce aktywne każdej podjednostki w dimerze jest współtworzone przez
dwa aminokwasy sąsiada z tego samego dimeru. To sugerowało również, że podstawową jednostką
katalityczną białka jest dimer. Wyniki badań w roztworze, wydawały się potwierdzać tę hipotezę, ponieważ,
zauważono niemichaelisowską kinetykę PNP wobec jonów fosforanowych ze współczynnikiem Hilla równym
0,5, wskazującym na silną negatywną kooperację [1]. Kilka, dostępnych w literaturze struktur
krystalograficznych apo-enzymu i różnych kompleksów nie wyjaśniało mechanizmu, za pomocą którego
informacja jest przekazywana między podjednostkami lub miejscami aktywnymi enzymu, ani też jaka jest
rola kooperacji podjednostek w katalizie. W 2002 roku, została uzyskana struktura krystalograficzna, w
której zaobserwowano zamkniętą konformację części miejsc aktywnych, po jednym w każdym dimerze,
pozostałe podjednostki zachowały konformację otwartą miejsca aktywnego, jak w formie apo. Na podstawie
tej struktury, został zaproponowany mechanizm katalizy, opisujący sekwencję zdarzeń w miejscu aktywnym
[2], która polegałaby na zamknięciu miejsca aktywnego przy udziale Arg24. W tej konformacji miejsca
aktywnego reszta Asp204, przy współpracy Arg217, może uprotonować nukleozyd, co zmienia rozkład
ładunku na pierścieniu purynowym, prowadzi do destabilizacji i pęknięcia wiązania glikozydowego.
Celem pracy była weryfikacja zaproponowanego mechanizmu katalizy, poprzez badania mutantów
miejsca aktywnego, oraz wyjaśnienie mechanizmu i znaczenia kooperacji między podjednostkami heksamerycznego białka.
Pierwszą przesłanką, że kooperacja zachodzi nie tylko wewnątrz dimeru, ale również pomiędzy nimi,
były krzywe wiązania jonów fosforanowych, dla opisu których model wiązania z dwiema stałymi dysocjacji
okazał się niewystarczający. Wiązanie opisywane trzema stałymi dysocjacji zostało potwierdzone przy pomocy kilku technik eksperymentalnych. Związanie pierwszego jonu fosforanowego prowadzi do powstania w
białku trzech rodzajów miejsc aktywnych, jednego w konformacji zamkniętej i dwóch w konformacji
otwartej, charakteryzujących się różnym powinowactwem do ligandu. Wobec tego fakt, że wiązanie nukleozydu okazało się być opisywane również trzema stałymi nie był zaskoczeniem. Istnienie trzech rodzajów
miejsc wiążących zaobserwowano także w strukturach krystalograficznych.
Poprzez destabilizację kontaktów pomiędzy dimerami w heksamerze, uzyskano dimery, które okazały
się nie być stabilne na tyle, aby prowadzić efektywną katalizę. Mutując Asp204, Arg217 i Arg24 na alaninę i
prowadząc badania kinetyczne względem naturalnych, a także imitujących stan uprotonowany, substratów,
wykazano, że, jak zaproponowano w 2002 roku, zmiana konformacyjna i protonacja nukleozydu są
niezbędnymi etapami katalizy. Na podstawie przeprowadzonych badań zaproponowano również mechanizm
katalizy, uwzględniający kooperację pomiędzy podjednostkami białka w dimerze. W warunkach nasycenia
substratami podjednostki otwarte i zamknięte w dimerach prowadzą katalizę w ścisłej współpracy. Gdy w
zamkniętej podjednostce zachodzi reakcja fosforolizy, podjednostka otwarta właśnie ją zakończyła,
następuje uwolnienie produktów i związanie kolejnej pary substratów, zamknięcie tej podjednostki i cykl
zaczyna się od nowa. Jest to mechanizm zwany w literaturze anglojęzycznej flip-flop.
Poza istnieniem trzech typów miejsc aktywnych, podczas badań białka zaobserwowano także kilka
1/2
Streszczenie
innych, niespodziewanych zjawisk, które nie dawały się wyjaśnić w ramach obowiązującego dla enzymów
paradygmatu, że białko jest albo aktywne, albo nieaktywne. Spadek aktywności białka przechowywanego w
-80°C ma wyraźnie dwufazowy charakter. Uwolnienie stężenia białka jako parametru dopasowania modelu
wiązania do krzywej miareczkowania niezmiennie zwracało niefizycznie niskie wartości. W analizie
miareczkowań kalorymetrycznych, gdzie parametrem dopasowania może być także stężenie frakcji nieaktywnej białka, rozumianej jako frakcja białka niezdolnego wiązać ligand, uwolnienie tego parametru, jako
parametru dopasowania zawsze zwracało wartość stężenia białka wiążącego wyższą od stężenia białka
aktywnego katalitycznie, wyznaczonego na podstawie pomiarów aktywności specyficznej wobec substratu
naturalnego. Wszystkie te spostrzeżenia sugerowały konieczność zbadania procesu dezaktywacji białka.
Badania takie przeprowadzono i wykryto przynajmniej dwa stany przejściowe, pomiędzy białkiem w pełni
aktywnym i całkowicie nieaktywnym, niezdolnym do prowadzenia katalizy i do wiązania ligandów.
W pierwszym zidentyfikowanym stanie przejściowym, jeden z trzech dimerów staje się nieaktywny
katalitycznie wobec naturalnych substratów, natomiast nadal jest w stanie wiązać ligandy i prowadzić fosforolizę substratów imitujących stan uprotonowany. Pozostałe dwa dimery są sprawne katalitycznie, każdy z
nich zawiera podjednostkę, której miejsce aktywne przybiera konformację zamkniętą. Ta forma białka
charakteryzuje się obniżoną aktywnością specyficzną w stosunku do enzymu, w którym w konformacji
zamkniętej może być jedno miejsce aktywne w każdym z trzech dimerów. W kolejnym stanie przejściowym
żadne z miejsc aktywnych nie może przejść do konformacji zamkniętej, zatem białko nie katalizuje fosforolizy
substratów naturalnych, natomiast katalizuje fosforolizę substratów imitujących stan uprotonowany.
Zaproponowano model, który wyjaśnia wszystkie zaobserwowane fakty. Pokazano, że PNP z E. coli
rzeczywiście jest heksamerem, a nie trimerem niezależnie funkcjonujących dimerów, ponieważ bez
"wsparcia" strukturalnego, jakie zapewniają sąsiednie podjednostki, dimer nie jest w stanie prowadzić
efektywnej katalizy.Purine Nucleoside Phosphorylase (PNP) from Escherichia coli catalysis reversible reaction of phosphorolytic
cleavage of purine nucleosides into corresponding purine base and pentose-1-phosphate. The protein is a
hexamer, and in apo form all subunits are in the same conformation. Literature data available at the
beginning of this work suggested, that structurally, the protein is in fact a trimer of dimers, because active
site of particular subunit in a dimer is cocreated by two aminoacids from a neighbouring subunit of the
dimer. This suggested, that the minimal catalytic unit in the protein is a dimer. Solution studies data seemed
to confirm that hypothesis, as the kinetic towards phosphate ion in non-Michaelis, and is described by Hill
coefficient equals 0,5, suggesting strong negative cooperation [1]. Several crystallographic structures of apoenzyme and various complexes, available in the literature, did not explain the mechanism of cooperation
signal transduction between subunits or active sites, neither what is the role of co-subunits in catalysis. In
2002, the crystallographic structure was obtained, in which a closed conformation of some active sites was
observed, one in each dimer, and the remaining subunits maintained the open conformation of the active
site, as in the apo form. Based on this structure, a catalysis mechanism describing the sequence of events in
the active site was proposed [2], which would consist of closing the active site with the participation of
Arg24. In this conformation of the active site Asp204 residue, in cooperation with Arg217, can protonate
nucleoside substrate. This changes the distribution of charge on the purine ring, leads to the destabilization
and breakage of the glycosidic bond.
The aim of the doctoral thesis was to verify the proposed mechanism of catalysis by investigating active site
mutants, and to explain the mechanism and significance of cooperation between hexameric protein
subunits.
First indication, that cooperation does not only takes place within a dimer, but also between them, were
phosphate binding curves, for which a two binding sites model was not sufficient to describe the curves
properly, and three binding sites model had to be applied. Three binding site model for phosphate binding
was confirmed with several experimental methods. The proposed model assumes that binding of first
phosphate ion leads to formation of three kinds of binding sites, one in closed conformation and two in
open conformation, but characterised with different affinity to ligands. Thus, three binding constant
describing binding of nucleoside should not be surprising. Existence of three kinds of binding sites was
observed also in crystal structures.
Through destabilisation of contacts between dimers in hexameric ecPNP, free dimers were created, but they
turned out to be not stable enough to catalyse effectively. Mechanism proposed in 2002 was confirmed by
kinetic studies of active site mutants, Asp204Ala, Arg217Ala and Arg24Ala, towards natural and mimicking
protonated state substrates. It was shown that conformational change and protonation of nucleoside are
necessary steps of catalysis. On the basis of the conducted research, a mechanism of catalysis was
proposed, taking into account the cooperation between the protein subunits in the dimer. Under conditions
of substrate saturation, open and closed subunits in dimers catalyse in close cooperation. When a
phosphorolysis reaction takes place in the closed subunit, the open subunit has just finished it, the products
are released and the next pair of substrates are bound, the subunit is closed and the cycle begins again. This
mechanism is known in the literature as flip-flop. In addition to the existence of three types of active sites, several other unexpected phenomena were
observed during protein studies, that could not be explained within the framework of the paradigm that the
enzyme is either active or inactive. The decrease in the activity of protein stored at -80°C has a clearly twophase nature. The optimisation of the protein concentration as a parameter of the binding model fit to the
titration curve repeatedly returned non-physically low values. In the analysis of calorimetric titrations,
where fraction of inactive protein, meaning a protein fraction incapable of binding ligand, can be an
adjustable parameter, optimisation of this parameter as a fit parameter always returned the binding protein
concentration higher than the concentration of catalytically active protein, determined from specific activity
measurements vs. natural substrate. All these observations suggested the need to investigate the process of
protein deactivation. Such research were performed and at least two intermediate states were detected
between the fully active and completely inactive protein, unable to catalyse and to bind ligands.
In the first identified transition state, one of the three dimers becomes catalytically inactive towards natural
substrates, while it is still able to bind ligands and carry out phosphorolysis of substrates imitating the
protonated state. The other two dimers are catalytically functional and each of them contains a subunit
whose active site adopts a closed conformation. This form of the protein is characterized by a reduced
specific activity compared to an enzyme, in which one closed site can be present in each of three dimers. In
the next transitional state, none of the active sites can adopt a closed conformation, therefore, the protein
does not catalyse the phosphorolysis of natural substrates, but it still catalyses phosphorolysis of substrates
mimicking protonated state.
A model that explains all observed facts was proposed. It was shown, that PNP from E. coli is indeed a
hexamer, and not a trimer of independently functioning dimers, because without structural "support"
provided by neighbouring subunits, the dimer is unable to catalyse effectively
Biophysical studies of purine nucleoside phosphorylase from E. coli - mechanism of catalysis, relationship between protein function and its oligomeric structure
No full textVariations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
Author-wise bibliometric analysis based on entropy.
No full textAuthor-wise bibliometric analysis based on entropy.</p
- …
