1,721,009 research outputs found
Transient silencing of the grapevine gene VvPGIP1 by agroinfiltration with a construct for RNA interference
No full textGrapevine is an economically important crop, and the recent completion of its genome makes it possible to study the function of specific genes through reverse genetics. However, the analysis of gene function by RNA interference (RNAi) in grapevine is difficult, because the generation of stable transgenic plants has low efficiency and is time consuming. Recently, transient expression of genes in grapevine leaves has been obtained by Agrobacterium tumefaciens infiltration (agroinfiltration). We therefore tested the possibility to silence grapevine genes by agroinfiltration of RNAi constructs. A construct to express a double strand RNA (dsRNA) corresponding to the defense-related gene VvPGIP1, encoding a poly-galacturonase-inhibiting protein (PGIP), was obtained and transiently expressed by agroinfiltration in leaves of grapevine plants grown in vitro. Expression of VvPGIP1 and accumulation of PGIP activity were strongly induced by infiltration with control bacteria, but not with bacteria carrying the dsRNA construct, indicating that the gene was efficiently silenced. In contrast, expression of another defense-related gene, VST1, encoding a stilbene synthase, was unaffected by the dsRNA construct. We have therefore demonstrated the possibility of transient down-regulation of grapevine genes by agroinfiltration of constructs for the expression of dsRNA. This system can be employed to evaluate the effectiveness of constructs that can be subsequently used to generate stable RNAi transgenic plants
Indagini sulla bassa suscettibilità del Tocai friulano alla flavescenza dorata.
No full textLa flavescenza dorata (FD) è una delle malattie più dannose per i vigneti europei, con severe
conseguenze economiche per i maggiori Paesi produttori viti-vinicoli. Causa infatti ingenti perdite
di produzione, sia a livello quantitativo che qualitativo, nonché il progressivo declino e
deperimento delle piante. Tuttavia, differenze nella suscettibilità alla FD sono state osservate tra
le varietà di Vitis vinifera, ad esempio, Chardonnay e Pinot grigio sono varietà altamente
suscettibili, mentre Tocai friulano viene comunemente considerato quasi resistente alla malattia.
Nel 2019 è stato individuato un vigneto, allevato a Guyot doppio, con T. friulano adiacente a filari
di P. grigio caratterizzati da un’alta incidenza di piante infette da FD e con una popolazione del
vettore di FD, Scaphoideus titanus, molto elevata. L’alta pressione di malattia ha portato nei due
anni successivi ad un progressivo aumento delle piante infette da FD anche nei filari adiacenti di
T. friulano.
Nel 2021, per ciascuna delle due varietà, sono state selezionate delle piante che non mostravano
sintomi l’anno precedente, ed è stato studiato lo sviluppo della sintomatologia nel corso della
stagione vegetativa. Nel mese di luglio, alla comparsa di sintomi tipici di giallumi, la gravità della
malattia era molto simile tra le due varietà, mentre, verso la fine della stagione vegetativa
(settembre) è emersa una notevole differenza. Infatti, nel P. grigio la maggior parte delle piante
era stata gravemente colpita dalla malattia, al contrario, in tutte le piante di T. friulano i sintomi
erano rimasti localizzati in prossimità dell'area in cui erano comparsi, senza mai estendersi da un
arco all'altro, e con una lieve compromissione della produzione dell'uva.
Per ciascuna varietà, sono state selezionate alcune viti infette ed è stata valutata la presenza del
fitoplasma della FD nelle diverse parti legnose della pianta. In particolare, è stato analizzato il
legno di due anni dell’arco fruttifero con tralci sintomatici e una porzione del tronco. All’inizio di
luglio, quando in entrambe le varietà i sintomi di giallumi erano confinati a pochi tralci, il
fitoplasma della FD è stato rilevato nell’arco, ma con un titolo molto più basso nel T. friulano.
Nello stesso periodo il fitoplasma non è mai stato trovato nel tronco delle piante di T. friulano,
mentre era presente, ad una concentrazione spesso elevata, in quelle di P. grigio. Nelle analisi
effettuate a novembre, in fase di riposo vegetativo, il fitoplasma era generalmente scomparso dagli
archi di T. friulano, mentre continuava ad essere presente, anche se ad un titolo ridotto, in quelli
di P. grigio. Nei tronchi il fitoplasma era ancora presente nel P. grigio, mentre quelli di T. friulano
sono sempre risultati negativi.
Lo studio dei processi molecolari che consentono la localizzazione della sintomatologia e del
fitoplasma della FD in alcune parti della pianta di T. friulano è attualmente in corso. I primi
risultati, ottenuti dallo studio dell'espressione di un set di geni e dalla quantificazione del contenuto
di polifenoli nel legno, suggeriscono l'attivazione di una risposta di difesa attivata in specifiche
zone della pianta. Inoltre, ulteriori studi, già avviati, permetteranno di definire se l’eliminazione
in fase di potatura delle parti infette potrà consentire il completo risanamento delle piante di T.
friulano
Progetto Mi.Di.Fen.Do.: risultati preliminari di applicazione di MVOCs su barbatelle.
No full textIl progetto “Mi.Di.Fen.Do.: uso di MIcrorganismi nella DIfesa della vite contro la FlavEsceNza
DOrata” è un progetto finanziato dal fondo PSR della Regione Veneto nell’ambito della Mis.
16.1.1 “Costituzione e gestione dei Gruppi Operativi del PEI in materia di produttività e
sostenibilità dell’agricoltura”. Esso parte dalla necessità di trovare soluzioni innovative e
sostenibili alla malattia della Flavescenza dorata (FD), grave fitopatia che negli anni ’80 -‘90 ha
causato gravissime perdite in Veneto, e che nell’ultimo quinquennio ha manifestato recrudescenze
in diversi areali viticoli del Nord Italia.
L’obiettivo del progetto è di trovare un metodo preventivo nella lotta alla FD, sfruttando la capacità
di alcuni composti naturali, come quelli prodotti da microrganismi presenti nella rizosfera, di
fungere da elicitori delle difese della pianta. In particolare, la sperimentazione si propone di
valutare l’effetto che l’applicazione di MVOCs (composti organici volatili prodotti da
microrganismi) e degli stessi microrganismi produttori potrebbe avere nel ridurre il tasso di
infezione da parte del fitoplasma della FD. La ricerca prevede di approfondire gli MVOCs
strettamente legati all’attivazione della via di difesa dello jasmonato, che pare implicata nel
contrastare sia l’attacco da parte dei vettori sia l’infezione da parte del fitoplasma.
Il progetto, di durata triennale, ha previsto la selezione di alcuni MVOCs già noti in bibliografia
per la proprietà di stimolare meccanismi di difesa dipendenti dallo jasmonato, che sono stati poi
sperimentati su barbatelle di varietà Chardonnay al fine di verificare l’effetto sia sul fitoplasma sia
sull’insetto vettore della FD, la cicalina Scaphoideus titanus.
Il primo anno di sperimentazione ha previsto la valutazione degli MVOCs selezionati (2,3
butandiolo, tridecano e m-cresolo) e la definizione della loro modalità di somministrazione (spray,
irrigazione e nebulizzazione). L’analisi dell’espressione genica, in campioni raccolti prima e dopo
il trattamento, ha permesso di verificare l’attivazione di alcuni geni della via dello jasmonato in
piante irrigate con 2,3 butandiolo e in piante nebulizzate con tridecano. Il trattamento con mcresolo
ha invece mostrato effetti di fitotossicità.
Nel 2020 e 2021 è stata valutata la capacità degli MVOCs scelti nel controllo della diffusione della
FD su barbatelle preventivamente trattate e sulle quali è stata indotta l’infezione tramite l’utilizzo
di esemplari di S. titanus infettivi. Inoltre, nel 2020 è stato verificato l’effetto indiretto sul vettore
applicando preventivamente gli MVOCs su barbatelle, sulle quali successivamente sono stati
messi ad alimentarsi alcuni esemplari del vettore. Nel 2021, invece, prove in piastra hanno
permesso di osservare eventuali effetti diretti delle molecole sull’insetto.
I risultati finora ottenuti non hanno mostrato effetti significativi sulla mortalità né sulla fertilità del
vettore, anche alcune osservazioni andrebbero approfondite. Per quanto riguarda, invece, la
capacità degli MVOCs selezionati di contenere l’infezione da FD nelle barbatelle inoculate, i
rilievi che verranno effettuati nella prossima stagione vegetativa saranno cruciali.
I risultati che deriveranno da questo progetto daranno nuove indicazioni nella lotta alla malattia,
ma saranno necessari ulteriori sperimentazioni in pieno campo
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
THE STUDY OF THREE GRAPEVINE CLONES TO UNCOVER THE GENETIC TRAITS RESPONSIBLE FOR THE LOW SUSCEPTIBILITY TO FLAVESCENCE DORéE
Full text linkFlavescence dorée (FD) is one of the most destructive grapevine yellows
diseases and a quarantine pest in the European Community. It is caused by
phytoplasmas, which are transmitted in vineyard by the leafhopper
Scaphoideus titanus. Inter and intraspecific differences in susceptibility
to FD have already been observed among grapevine varieties and clones of
the same variety. Grapevine varieties and clones completely resistant to FD
have not been uncovered yet, however these differences suggest the presence
of genetic traits in grapevine related to high or low susceptibility to FD.
Cultivated grapevines are clonally propagated and the genome of each
cultivar is preserved, except for the accumulation of mutations over time
that can generate distinguishable clones with several notable phenotypes.
The differences between the genome of clones of the same variety are less
than those between different varieties; thus, in order to highlight the
genetic features responsible for the different phenotypes, the study of the
genomes of clones with different susceptibility to FD can be a valid
technique to achieve the goal.
The aim of this work is to find out the genetic traits responsible for the
different susceptibility to FD among three Chardonnay clones, analyzing the
diversity in their genomes and transcriptomic profiles. The clones were
sequenced by accurate whole genome techniques, Hi-Fi reads sequencing on
PacBio platform coupled with Illumina, and then the genomes were de novo
assembled. Moreover, two of them were experimentally infected in field by
means of the insect vector and the transcriptomic profiles in the early
stage of FD infection were analyzed. In particular, the clones were
compared in absence of the disease and the vector, in presence of the
healthy vector and with the FD infective vector.
The results obtained from the preliminary genome comparison showed higher
similarity between the three clones than compared with the reference genome
from variety Pinot noir, while the analysis to identify the genomic
differences among clones are still in progress. The transcriptomic profiles
showed interesting differences in some pathways expressed in presence of
healthy vectors, while the clones shared a similar expression profile
before being in contact with the vectors as well as after the challenge
with the FD infective vectors. These findings might suggest the involvement
of antibiosis mechanisms in the partial resistance of the specific
Chardonnay clone to FD.
The results obtained, and those that will be achieved in future, are useful
for new breeding programs and clonal selection. Grapevine plants more
resistant to FD will permit to decrease the insecticides used to control
the disease in vineyards. Moreover, the knowledge of the molecular and
metabolic mechanisms involved in scarcely susceptible clones could pave the
way for the development, for example, of biostimulants capable to induce
such defenses even in the most susceptible plants
Studio di cloni di Chardonnay per scoprire le basi genetiche della resistenza alla malattia della flavescenza dorata.
No full textLa flavescenza dorata è una delle malattie della vite che causa ogni anno ingenti perdite in
viticoltura. I danni provocati possono variare da una diminuzione nella produzione alla moria delle
piante. L’agente causale è un fitoplasma che viene trasmesso nel vigneto soprattutto da un vettore,
la cicalina Scaphoideus titanus Ball. Le prime osservazioni della malattia hanno evidenziato la
presenza di varietà più suscettibili, come Chardonnay, le quali mostrano una predisposizione
maggiore ad infettarsi e lo sviluppo dei sintomi porta, nella maggior parte dei casi, alla morte della
pianta. D’altro canto, esistono varietà che hanno una maggiore capacità di difendersi dalla malattia,
in cui i sintomi sono meno gravi. Esiste una maggiore e minore suscettibilità alla malattia anche
tra cloni della stessa varietà, i quali, nonostante condividano la maggior parte delle informazioni
genetiche, si presume presentino diversi meccanismi d’interazione con il vettore e/o il fitoplasma.
Lo scopo del lavoro è quello di studiare alcuni cloni della varietà Chardonnay che mostrano una
differenza di suscettibilità alla malattia, al fine di evidenziare i geni responsabili del diverso
comportamento osservato e quindi capire quali siano i meccanismi che rendono le piante meno
suscettibili all’attacco del vettore e del fitoplasma. Sono stati selezionati tre cloni di Chardonnay,
due cloni molto suscettibili alla malattia e uno più resistente, e i loro genomi sono stati sequenziati
con uno dei metodi più accurati e completi: High-Fidelity reads sequencing su piattaforma PacBio,
accoppiato a sequenziamento Illumina. I dati ottenuti sono stati impiegati per l’assemblaggio de
novo dei tre genomi e per il confronto tra essi. Inoltre, è stato sviluppato uno studio sulla variazione
del trascrittoma (RNAseq) di uno dei due cloni suscettibili e quello più resistente durante i primi
stadi d’infezione della malattia. In particolare, i cloni sono stati confrontati in assenza del patogeno
e del vettore, in presenza del vettore sano e in presenza del vettore infettivo per il fitoplasma della
flavescenza dorata.
I risultati ottenuti dallo studio dei genomi ha evidenziato l’elevata somiglianza tra cloni della stessa
varietà a confronto con genomi di varietà differenti (Pinot noir) e, allo stesso tempo, ha permesso
di riconoscere delle variazioni potenzialmente imputabili alla maggiore o minore suscettibilità.
L’analisi dei dati di trascrittomica ha dimostrato la diversa regolazione di alcuni gruppi di geni,
nonostante un’elevata omologia fra i due cloni nei processi biologici in atto sia in assenza
dell’insetto, sia in presenza del vettore infettivo.
Le informazioni ottenute e quelle che si potranno ottenere con analisi future permetteranno di
selezionare varietà e cloni che meglio sopportano l’attacco della malattia e quindi ridurre il numero
di trattamenti fitosanitari che sono attualmente necessari per il controllo del vettore. Inoltre,
conoscere quali siano le funzioni dei geni coinvolti ci permetterà di capire i meccanismi molecolari
e metabolici che la pianta meno suscettibile mette in atto per contrastare il patogeno, e ciò potrebbe
aprire la strada allo sviluppo, per esempio, di biostimolanti capaci di indurre tali difese anche nelle
piante più suscettibili
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
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