1,720,965 research outputs found
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Fagerön saha ja sen lähiympäristö : uudenlaisen teollisuuslaitoksen sopeutuminen ympäristöönsä 1700-luvun alkupuoliskolla
No full textTutkimus käsittelee Fagerön saarella Sipoon ulkosaaristossa sijainnutta tuulivoimalla toiminutta hienoteräistä sahaa. Saha oli suunnitellun 33 teollisuuslaitoksen kompleksin ainoa totetunut osa. Fagerön saha oli yksi nykyisen Suomen alueen ensimmäisistä hienoteräisistä sahoista ja tutkimuksen tavoitteena onkin selvittää, miten saha uudenlaisena teollisuuslaitoksena sopeutui lähiympäristöönsä ja miten sen naapurit suhtautuivat siihen. Saha perustettiin 1720-luvun lopulla ja se jatkoi toimintaansa vuoteen 1743, jolloin sodan aikana venäläiset tuhosivat sen. Lähteinä on käytetty sahan rakentajien Carl Fredrik ja Magnus Otto Nordenbergin kirjeenvaihtoa, Helsingin kaupungin maistraatin kirjeenvaihtoa ja kokousten pöytäkirjoja, Helsingin kaupungin valtiopäivävalituksia, Sipoon käräjien pöytäkirjoja sekä Uudenmaan lääninhallituksen kanslian sahoja ja myllyjä koskeneita asiakirjoja. Tutkimus on luonteeltaan taloushistoriallinen.
Fagerön saha ajautui nopeasti perustamisensa jälkeen konfliktiin lähimmän tapulikaupunkinsa Helsingin kanssa. Aluksi konflikti koski puutavarakauppaa. Helsingissä harjoitettiin palkkikauppaa hollantilaisten kanssa, kyseessä oli puun myyminen raaka-aineeksi hollantilaisiin sahoihin. Vallassa olleen merkantilistisen näkemyksen mukaan raaka-aineiden vienti ei ollut suotavaa, vaan viennin tuli keskittyä jalostettuihin tuotteisiin. Sahat tarjosivat vientiin valmiiksi jalostetun tuotteen, joten merkantilistinen keskushallinto alkoi suosimaan sahoja palkkikaupan kustannuksella. Fagerön sahan omistajat kuuluivat tukholmalaiseen virkamieseliittiin, ja vähentääkseen kilpailua sahan lähialueen metsävaroista nämä pyrkivät vaikuttamaan keskushallintoon sahojen suosimiseksi palkkikaupan kustannuksella. Lopulta Helsingin palkkikauppa kiellettiinkin kokonaan.
Helsingin kaupungin ja Fagerön sahan riidat eivät loppuneet palkkikaupan myötä. Fagerön sahan omistajat myivät ilman välikäsiä valmistamansa lankut suoraan ulkomaille, mikä oli kiellettyä, sillä vienti oli tapulikaupunkien porvariston yksinoikeus. Lisäksi Fageröllä maksettiin puuta sahalle toimittaville ja työtä tekeville talonpojille näiden tarvitsemalla tavaralla, mikä myös oli kiellettyä, tavarakauppa oli sekin porvariston yksinoikeus. Sahanomistajilla, jotka eivät kuuluneet porvaristoon, ei ollut oikeutta maksaa tavaralla talonpojille, vaan vain rahalla. Helsingin porvaristo valitti usein keskushallintoon sahan laittomasta toiminnasta ja vetosi valituksissaan porvariston ja kaupunkien oikeuksiin ja lainsäädäntöön. Fagerön omistajat taas pyrkivät saamaan sahalleen poikkeusoikeuden tai privilegion vientiin ja tavarakauppaan talonpoikaiston kanssa vedoten sahan hyödyllisyyteen metsävarojen hyödyntäjänä ja puun jalostajana. Tässä konfliktissä Helsingin kaupungin edut veivät voiton sahan eduista ja laiton tavarakauppa ja vienti kiellettiin, mikä vaikutti negatiivisesti sahan kannattavuuteen. Asia oli Helsingin kannalta hyvin tärkeä, sillä jos Fagerön sahalla olisi ollut oikeus normaalisti kiellettyyn kauppaan, olisi siitä tullut ennakkotapaus ja kaikki muut alueen sahat olisivat vaatineet samanlaisia oikeuksia. Tämä olisi ollut tuhoisaa kaupungin kannalta, sillä vaikka alueella oli runsaasti sahoja, eivät nämä olleet helsinkiläisten omistuksessa.
Sen sijaan mitään suurempia riitoja Fageröllä ei ollut välittömien naapuriensa kanssa. Saha sijaitsi saarella, eikä siksi häirinnyt ketään. Mitään kilpailevia teollisuuslaitoksia ei alueella ollut. Ainoat valitukset tulivat siitä, että tukkien uitto sahalle vaurioitti rantatiluksia ja kalavesiä
Immune cells in the tumor microenvironment of breast carcinoma
No full textBreast cancer is the most common cancer diagnosed globally. Although advances in treatment in recent decades has greatly improved prognosis, much is still to be done. In recent years, the tumor immune microenvironment has become an important focus of research, especially the focus on immune cells in the tumor microenvironment, not least because of the advent of immune checkpoint inhibitor treatment.
Tumor-infiltrating lymphocytes (TILs) are especially found in human epidermal growth factor receptor 2 positive (HER2+) breast cancer, and triple negative breast cancer (TNBC). In these cancer subtypes they are associated with a better prognosis. There are fewer TILs in hormone receptor positive (HR+) breast cancer and in such cases a positive effect on prognosis has not been reported. The number of TILs seems to be lower in metastases as compared to those of primary tumors in all types of breast carcinoma.
Tumor-associated macrophages are the most numerous immune cells found in breast carcinoma, and these are usually of an alternatively-activated M2 type. The M2 macrophages have many functions that are immunosuppressive and tumor promoting. Common lymphatic endothelial and vascular endothelial receptor-1 (Clever-1) is an immunosuppressive scavenger receptor, that is mainly observed on M2 macrophages, that in many ways promotes tumor progression.
Core needle biopsy (CNB) is the preferred method of diagnosis in breast cancer, but it is an invasive procedure that causes tissue damage. Tissue repair is coupled with immune activation that could potentially change the tumor microenvironment.
The aim of Study I was to compare the quantities of TILs in primary breast carcinomas and their corresponding recurrences and to analyze the differences in the tumor TILs compositions as associations with recurrence-free times and the clinicopathology of the tumor. To do this, 137 breast cancer patients self-paired for primarytumor-recurrence were divided into three groups based on the length of the recurrence-free interval. Hematoxylin & Eosin (H&E)-staining and immunohistochemical staining with antiCD3, antiCD4, antiCD8 and antiCD56 were performed. Differences in TILs types and numbers between primaries and recurrences, among the recurrence-free interval groups, and for different clinicopathologic parameters were statistically analyzed. Fewer stromal CD3+, CD8+ and CD56+ lymphocytes were found at recurrences compared to the primaries. No significant difference was seen in the percentage of CD4+ stromal lymphocytes. Estrogen receptor (ER)-negative primaries, progesterone receptor (PR)-negative or HER2-positive tumors had more TILs in some subgroups. Ductal primaries had more TILs than lobular primaries and grade-3 tumors had more TILs than lower-grade tumors. The corresponding differences at recurrences could either not be detected or they were reversed. The fastest recurring group had generally more TILs than the slower recurring groups. CD4+ cell numbers remained the same for primary and recurrence tumors in contrast to all other subclasses of lymphocytes where the TILs numbers were lower in the recurrences. Thus, the proportion of CD4+ cells was higher for recurrences than for primaries.
The aim of Study II was to study how Clever-1+ macrophages correlate with clinicopathological factors, TILs numbers and prognosis. To do this Tissue microarray blocks were made from 373 primary breast cancer operation specimens. H&E-staining and immunohistochemical staining with Clever-1, CD3, CD4 and CD8 antibodies were performed. Differences in quantities of Clever-1+ macrophages and TILs were analyzed. Clever-1+ macrophage numbers were correlated with 25-year follow-up survival data and with breast cancer clinicopathologic parameters. Low numbers of Clever-1+ macrophages located within the tumor were found to be an independent adverse prognostic sign. Higher numbers of Clever-1+ macrophages were found in high grade tumors and HR- tumors. Tumors that had higher numbers of Clever-1+ macrophages also tended to have higher numbers of TILs. The association of Clever-1+ macrophages with a better prognosis might stem from the function of Clever as a scavenger receptor that modulates the tumor stroma. The association of Clever-1+ macrophages with high numbers of TILs and better prognosis indicates that immunosuppression by M2 macrophages does not necessarily dampen adaptive immune responses but instead keeps them under control to avoid excess inflammation.
The aim of Study III was to see how three potentially anti-inflammatory molecules, namely: programmed death-ligand 1 (PD-L1), sialic acid-binding immunoglobulin-like lectin-15 (Siglec-15), and C-C chemokine receptor-5 (CCR-5), are expressed in breast carcinoma CNB and surgical resection specimens (SRS). To do this, the numbers of TILs and the levels of CCR5, Siglec-15, and PD-L1 in tumor cells and inflammatory cells as assessed by immunohistochemistry in CNB and the corresponding SRS in 44 breast carcinomas were compared. The Siglec-15 H-score was higher in tumor cells in the SRS than in the CNB groups. There was no difference in tumor cells CCR5 or PD-L1. The positive inflammatory cell numbers for all markers were higher in SRSs than CNBs, as was the number of TILs. Furthermore, higher grade tumors and tumors with a high proliferation rate had more inflammatory cells that were positive for the markers and also more PD-L1+ tumor cells. Although differences in inflammatory cells can partly be attributed to the larger sample size of operation specimens, the differences can also mirror a true change in the tumor microenvironment. The differences in inflammatory cells could be partly due to the need to restrict excess inflammation at the site of the biopsy.
Together these three studies indicate that tumors of higher grade, higher proliferation, hormone receptor negativity and ductal histology are more immunogenic. This was possibly due to a greater mutational load among other possible explanations.
The studies also show that in clinical investigations stromal TILs counts are a good marker of immunoactivation and possibly a good screening marker or surrogate marker for other immunological biomarkers.Rintasyöpä on yleisin diagnosoitu syöpätyyppi maailmanlaajuisesti. Hoidon kehittyminen on viime vuosikymmeninä parantanut potilaiden ennustetta selvästi, mutta parannettavaa on edelleen paljon. Viime vuosina kasvaimen mikroympäristö on tullut enenevästi tutkimuksen kohteeksi ja etenkin kasvaimen mikroympäristön immuunisolut ovat herättäneet kiinnostusta ja ovat tämänkin tutkimuksen kohteena.
Etenkin Human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) -positiivisissa ja kolmoisnegatiivisissa rintasyövissä esiintyy kasvainta infiltroivia lymfosyyttejä (Til-soluja) ja näissä rintasyövän muodoissa ne liittyvät parempaan ennusteeseen. Hormonireseptoripositiivisessa rintasyövässä esiintyy vähemmän Til-soluja ja näihin ei ole kuvattu liittyvän ennustetta parantavaa vaikutusta. Kaikissa rintasyövän muodoissa Til-solujen määrä on vähäisempi metastaaseissa kuin primaareissa.
Suurin immuunisolujen ryhmä rintasyövässä ovat kasvaimeen liittyvät makrofagit ja nämä ovat yleensä tyypin M2 makrofageja. M2 makrofageilla on useita immunosuppressiivisia ja kasvaimen kasvua edistäviä vaikutuksia. Common lymphatic endothelial and vascular endothelial receptor-1 (Clever-1) on immunosuppressiivinen puhdistusreseptori, jota esiintyy etenkin M2 makrofageissa, ja joka monella tapaa edistää kasvaimen etenemistä.
Paksuneulabiopsian (PNB) otto on ensisijaisesti suositeltu keino varmistaa rintasyövän diagnoosi, mutta kyseessä on kudosvaurion aiheuttava invasiivinen toimenpide. Kudosvaurion paranemiseen liittyy immuuniaktivaatio, joka voi potentiaalisesti muuttaa kasvaimen mikroympäristöä.
Tutkimuksen osatyön I tavoitteena oli verrata Til-solujen määrää primaareissa rinnan karsinoomissa ja näiden vastaavissa uusiutumissa sekä analysoida eroja Til-solujen osuuksissa ja Til-solujen suhdetta kasvainten kliinispatologisiin muuttujiin ja uusiutumisnopeuteen. 137 rintasyöpäpotilasta, joista oli käytössä primaarinäyte ja uusiutumanäyte rintasyövästä, jaettiin kolmeen ryhmään riippuen kasvaimen uusiutumisnopeudesta. Tehtiin hematoksyliini-eosiini (HE)-värjäykset sekä immunohistokemialliset värjäykset antiCD3-, antiCD4-, antiCD8- ja antiCD56-vasta-aineilla. Tilastollisesti analysoitiin eroja Til-solujen määrissä primaarien ja uusiutumien välillä, eri uusiutumisnopeusryhmien välillä ja eri kliinispatologisten muuttujien välillä. Uusiutumissa oli vähemmän stromaalisia CD3+, CD8+ ja CD56+ lymfosyyttejä kuin primaareissa. Mitään merkittävää eroa ei nähty CD4+ stromaalisissa lymfosyyteissä. Estrogeenireseptori (ER)-negatiivisissa primaareissa, progesteronireseptori (PR)-negatiivisissa tai HER2-positiivisissa kasvaimissa oli enemmän joidenkin alatyyppien Til-soluja. Duktaalisissa primaareissa oli enemmän Til-soluja kuin lobulaarisissa primaareissa ja gradus 3 kasvaimissa enemmän kuin matalamman graduksen kasvaimissa. Vastaavia eroja ei nähty uusiutumissa tai ne olivat päinvastaiset. Nopeimmin uusiutuvien kasvainten ryhmässä oli pääasiassa enemmän Til-soluja kuin hitaammin uusiutuneiden ryhmissä. CD4+ solujen määrät olivat samankaltaiset primaareissa ja uusiutumissa toisin kuin muiden lymfosyyttialatyyppien, joita oli vähemmän uusiutumissa. CD4+ solujen osuus oli siis korkeampi uusiutumissa kuin primaareissa.
Tutkimuksen osatyön II tavoitteena oli tutkia Clever-1+ makrofageja rintasyövässä. Etenkin tavoitteena oli selvittää miten Clever-1+ makrofagit suhteutuvat rintasyövän kliinispatologisiin muuttujiin, Til-soluihin ja prognoosiin. Tätä varten tehtiin TMA-blokkeja 373 rintasyövän primaarista leikkauspreparaatista. Tehtiin HE-värjäykset sekä immunohistokemialliset värjäykset Clever-1-, CD3-, CD4- ja CD8-vasta-aineilla. Verrattiin eroja Clever-1+ makrofagien ja Til-solujen määrissä. Clever-1+ makrofagien määrää korreloitiin 25 vuoden seurantatietoihin ja rintasyövän kliinispatologisiin muuttujiin. Matala Clever-1+ makrofagien määrä kasvaimen sisällä assosioitui huonompaan ennusteeseen. Enemmän Clever-1+ makrofageja löytyi korkeamman graduksen ja hormonireseptorinegatiivisissa kasvaimissa. Kasvamissa, joissa oli enemmän Clever-1+ makrofageja, oli myös enemmän Til-soluja. Clever-1+ makrofagien assosiaatio parempaan ennusteeseen voi liittyä Clever-1:n toimintaan puhdistajareseptorina, joka muokkaa kasvaimen stroomaa. Clever-1+ makrofagien liittyminen korkeampaan Til-solujen määrään ja parempaan ennusteeseen viittaa siihen, ettei M2 makrofagien aikaansaama immunosuppressio välttämättä estä adaptiivista immuunireaktiota vaan kontrolloi tätä estääkseen liiallisen tulehduksen.
Tutkimuksen osatyön III tavoitteena oli tutkia miten kolme potentiaalisesti anti-inflammatorista molekyyliä, eli, programmed death-ligand 1 (PD-L1), sialic acid-binding immunoglobulin-like lectin-15 (Siglec-15), ja C-C chemokine receptor-5 (CCR-5) ekspressoituvat rintasyövän PNB:ssä ja vastaavissa leikkauspreparaateissa. Til-solujen määrää ja CCR5:n, Siglec-15:ta, ja PD-L1:n immunohistokemiallisesti määritettyä ekspressiota kasvainsoluissa ja tulehdussoluissa verrattiin 44 rintasyöpäpotilaan PNB-leikkauspreparaattiparissa. Siglec-15:ta ekspressio oli korkeampi leikkauspreparaatin kasvainsoluissa kuin PNB:n kasvainsoluissa. Kasvainsolujen CCR5- ja PD-L1-ekspressiossa ei ollut eroja PNB:n ja leikkauspreparaatin välillä. Til-solujen määrä ja kaikkien markkereiden ekspressio tulehdussoluissa oli korkeampaa leikkauspreparaateissa kuin PNB:ssä. Lisäksi korkeamman graduksen ja proliferaation kasvaimissa oli enemmän markkereita ekspressoivia tulehdussoluja sekä PD-L1+ kasvainsoluja. Vaikka tulehdussolujen erot voivat osin liittyä leikkauspreparaattien suurempaan kokoon, voivat nämä myös kuvastaa todellista muutosta kasvaimen mikroympäristössä. Erot voivat osin johtua tarpeesta rajoittaa liiallista tulehdusta biopsiakohdassa.
Yhdessä nämä tutkimukset osoittavat, että kasvaimet, joilla on korkeampi gradus ja proliferaatio, jotka ovat hormonireseptorinegatiivisia tai jotka ovat duktaalisia, ovat immunogeenisempiä, mahdollisesti johtuen suuremmasta mutaatioiden määrästä muiden tekijöiden lomassa.
Tutkimukset osoittavat myös, että stromaalisten Til-solujen määrä on hyvä immunoaktivaation merkki ja voi sopia seulontamarkkeriksi muille immunologisille markkereille.ei saavutettav
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
Author-wise bibliometric analysis based on entropy.
No full textAuthor-wise bibliometric analysis based on entropy.</p
- …
