1,721,018 research outputs found
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Characterization of MHC-II-restricted antigen presentation mechanisms
No full textLes lymphocytes T (LT) CD4+ auxiliaires orchestrent les réponses immunitaires adaptatives par reconnaissance de peptides dérivés d’antigènes (Ag) présentés par les molécules du CMH-II. Les molécules du CMH-II sont exprimées par les cellules présentatrices d’Ags professionnelles et non-professionnelles en conditions inflammatoires. Les molécules du CMH-II présentent des peptides issus de sources extra- et intracellulaires (endogènes). Les Ags sont acheminés dans le MIIC où ils sont progressivement dégradés par des protéases lysosomales en peptides, puis chargés sur les molécules du CMH-II. Les voies d’apprêtement des Ags sur les molécules du CMH-II demeurent mal-caractérisées. La macroautophagie participe à l’apprêtement d’Ags cytoplasmiques et nucléaires sur les molécules du CMH-II. Différentes formes d’autophagie sélective existent, et toutes nécessitent des protéines de la famille des récepteurs de l’autophagie (RA): p62, NBR1, NDP52, OPTN, et TAX1BP1 (T6BP). En plus de leur rôle dans l’autophagie sélective, certains RAs participent aussi à la maturation des endosomes et des autophagosomes. Nous avons émis l’hypothèse que les RAs pourraient contribuer à la présentation des Ags par les molécules du CMH-II. Ce travail dévoile un nouveau rôle de T6BP, mais pas des autres RAs, comme un acteur clé dans la présentation des Ags par les molécules du CMH-II et l’immunité des LTs CD4+.CD4+ helper T cells that orchestrate adaptive immune responses recognize antigen (Ag)-derived peptides presented by MHC-II molecules. MHC-II molecules are expressed by professional Ag- presenting cells (APCs) such as B cells and dendritic cells, thymic epithelial cells, and also by non-professional APCs in inflammatory conditions. MHC-II molecules present peptides derived from extra- and intra-cellular sources of Ags (endogenous). Ags are then delivered to the MIIC where they are progressively degraded by lysosomal proteases into peptides that can be loaded on MHC-II molecules. The pathways leading to endogenous Ag presentation by MHC-II molecules are poorly characterized. Macroautophagy has been shown to contribute to the processing of cytoplasmic and nuclear Ags for the loading of MHC-II molecules. Several forms of selective autophagy exist, but all rely on proteins named autophagy receptors (AR): p62, NBR1, NDP52, OPTN, and TAX1BP1 (T6BP). In addition to their role on selective autophagy, some of the ARs are also required for autophagosomes and endosomes maturation. We hypothesized that ARs could contribute at various levels to MHC-II-restricted viral Ag presentation. This work unravels a new role for T6BP, but not the others ARs, as a key player in MHC-II-restricted Ag presentation, and in CD4+ T cell immunity
HIV/autophagy interactions in dendritic cells : from replication to antigens presentation
No full textLe VIH-1 manipule les cellules présentatrices d’antigènes (APC) qui orchestrent les réponses immunes innées et adaptatrices, pour se propager dans l’hôte et établir le réservoir viral. Au laboratoire, nous étudions le rôle de l’autophagie dans les interactions entre les cellules dendritiques (DC) et le VIH-1 et la présentation des antigènes viraux. Dans divers modèles, la macroautophagie et l’autophagie médiée par les chaperonnes (CMA) semblent en effet être impliquées dans l’apprêtement d’antigènes sur les molécules du CMH. Ainsi, nous avons montré, dans une étude précédente, que la macroautophagie participait à la dégradation du VIH entrant dans les DC, conduisant à l’activation de lymphocytes T (LT) CD4+ spécifiques du VIH-1.Bien que sa réplication y soit limitée, le VIH-1 peut également infecter productivement les DC. J’ai donc voulu vérifier si les protéines virales néosynthétisées du virus peuvent constituer une source additionnelle d’antigènes. J’ai montré que, de façon remarquable, dans les DC infectées, des antigènes endogènes du VIH-1 peuvent être présentés par les molécules du CMH-II aux LT CD4 spécifiques. En utilisant différents outils, comme des inhibiteurs de l’autophagie ou des shRNA, j’ai montré que ni la macroautophagie ni la CMA ne contribuent significativement à l’apprêtement d’épitopes de la protéine virale Gag néosynthétisée sur les molécules du CMH-II. En parallèle, j’ai utilisé une protéine de fusion, Gag-LC3, pour acheminer spécifiquement Gag dans les autophagosomes (LC3+) des DC. Dans ce contexte, les drogues qui inhibent la macroautophagie réduisent drastiquement la présentation d’épitopes de Gag aux LT CD4. De façon remarquable, la présence de Gag dans les autophagosomes conduit à la génération d’épitopes antigéniques qui, dans le contexte infectieux, ne sont pas apprêtés sur les molécules de CMH-II par la voie endogène. Ainsi, diriger des protéines du VIH dans les autophagosomes conduirait à des variations dans le répertoire des antigènes endogènes présentés sur les molécules de CMH-II. Pour évaluer l’impact de l’autophagie sur la réplication du VIH dans les DC, j’ai ensuite analysé si la protéine Gag néosynthétisée pouvait être dégradée dans les autophagosomes. Dans les DC infectées, contrairement aux observations déjà décrites dans les macrophages, Gag ne colocalise ni avec les vésicules autophagiques LC3+, ni avec p62, une protéines adaptatrice impliquée dans le ciblage des protéines dans les autophagosomes. Ces résultats suggèrent que, dans ce contexte, les virions nouvellement produits ne sont pas acheminés et dégradés dans les autophagosomes. La protéine de fusion Gag-LC3 est utilisée dans ces expériences comme contrôle positif de colocalisation. Pour déterminer si mes observations pouvaient révéler un mécanisme d’échappement développé par VIH-1, j’ai utilisé différentes souches virales mutantes, modulé le flux autophagique avec des drogues et des ligands TLR, et exprimé Gag dans les DC en l’absence d’autres protéines virales. Dans l'ensemble, mon travail suggère que le VIH-1 ne manipule pas la macroautophagie dans les DC productivement infectées. En outre, la modulation de l’autophagie dans les DC (à l'aide de shRNA) n'a aucune incidence sur la réplication du VIH-1 et sur sa propagation.Mes travaux mettent en lumière la complexité des interactions entre l’autophagie et le VIH-1 dans les DC. Contrairement à ce qui a été observé lors des étapes d’entrée du virus, le virus ne semble pas être acheminé dans les autophagosomes une fois les DC infectées, et l’autophagie ne participe pas à l’apprêtement des antigènes néosynthétisés sur les molécules de CMH II. Cependant, les DC infectées activent de façon efficace les LT CD4 spécifiques du virus. Forcer l’acheminement d’antigènes du VIH dans les autophagosomes augmente fortement cette activation, et semble conduire à une diversification du répertoire des épitopes présentés sur les molécules de CMH-II par la voie endogène.HIV-1 manipulates antigen-presenting cells (APC) such as dendritic cells (DC), witch orchestrate innate and adaptive immune responses, in order to propagate in the host and to establish viral reservoirs. We are studying the role of autophagic processes in DC/HIV-1 interactions with a focus on antigen presentation. We have previously shown that macroautophagy in DC participates in the degradation of incoming HIV-1 particles leading to activation of HIV-1-specific (HS) CD4 T cells. HIV-1 can also productively infect DC. I thus first asked whether neo-synthetized viral proteins might represent an additional source of HIV-1 antigens. Remarkably, I have shown using infected monocyte derived DC that de novo expression of Gag leads to the activation of HS CD4 T cells, highlighting that this antigen is endogenously processed in order to be presented into MHC-II molecules. Since macroautophagy and chaperon-mediated autophagy (CMA) are known to be involved in this process for other viral antigens and model antigens, I then dissected the role of these two pathways. Using several tools including inhibitors and shRNA, I demonstrated that in HIV-1-infected DC neither macroautophagy nor CMA contribute significantly to the processing of HIV-1-Gag epitopes into MHC-II molecules. I also used a Gag-LC3 fusion protein to specifically channel Gag into LC3+ autophagic vesicles in DC. In this context, inhibiting autophagy dramatically reduced the presentation of HIV-1-Gag epitopes to CD4+ T cells. Strikingly, channelling Gag into autophagosomes generated epitopes that were not processed endogenously in the context of HIV-1 infection. Thus specifically directing HIV-1 proteins toward autophagosomes might influence the repertoire of MHC II-restricted HIV-1 antigens. I further analyzed whether autophagy could affect HIV-1 replication in infected DC. In these cells, in contrast to what has been described in macrophages, Gag did not colocalize with LC3 or with the autophagic adaptor p62, suggesting that newly-produced HIV-1 particles are not sequestrated into autophagosomes. The Gag-LC3 fusion protein was used here as a positive control of colocalization. To determine whether my findings might reveal a DC-specific escape mechanism developed by HIV-1, I used various HIV-1 mutants, enhanced autophagic flux using drugs or TLR ligands, and expressed Gag in the absence of other HIV-1 proteins. Overall, my work suggests that HIV-1 does not manipulate autophagy in productively-infected DC. Moreover, modulating autophagy in DC (using shRNA) does not impact HIV-1 replication and propagation. Finally, my work highlights the complexity of the interactions between the autophagic process and HIV-1 replication in DC. Unlike during viral entry, HIV-1 does not seem to be targeted into autophagosomes after viral replication in infected DC, and autophagy does not contribute significantly to the processing of endogenous viral antigens. Nonetheless HIV-1-infected DC efficiently activates HS CD4 T cells, and targeting HIV antigens into autophagosomes greatly enhances this activation and might broaden the repertoire of MHC-II-restricted antigen. Further dissection of the various routes of endogenous HIV antigen processing would aid in the development of innovative vaccines
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
Rôle des récepteurs de l'autophagie sélective dans la présentation des antigènes par les molécules du CMH-II, et leur détournement par les virus pour échapper à l'immunité médiée par les cellules T
No full textLes lymphocytes T CD4+ jouent un rôle majeur dans l'établissement et le maintien de l'immunité antivirale. Ils sont activés par des peptides antigéniques dérivés de pathogènes ou de tumeurs présentés par les molécules du complexe majeur d'histocompatibilité de classe II (CMH-II). Le CMH-II est exprimé par des cellules présentatrices d'antigènes (CPA) professionnelles, telles que les lymphocytes B et les cellules dendritiques, et par des CPA non professionnelles en conditions inflammatoires. Le CMH-II présente des peptides antigéniques dérivés de sources extra- et intracellulaires, correspondant à la présentation exogène et endogène, respectivement. Les antigènes sont ensuite acheminés aux compartiments de chargement du CMH-II (MIIC) où ils sont progressivement dégradés par les protéases endo-lysosomales, telles que les cathepsines, en peptides pouvant être chargés sur les molécules du CMH-II naissantes. Parmi les différentes voies de dégradation des antigènes, l'autophagie contribue au traitement des antigènes cytosoliques et nucléaires. De nombreux virus modulent cette voie d'auto-dégradation en ciblant ses nombreux récepteurs. Dans la première partie de cette étude, nous émettons l'hypothèse que les récepteurs de l'autophagie sélective (RAS) participent à diverses étapes, jusqu'à présent inconnues, de la présentation d'antigènes viraux par le CMH-II. En utilisant des siRNA, nous montrons que NDP52, OPTN et p62 n'affectent pas de manière significative la présentation d'un antigène viral aux lymphocytes T CD4+, tandis que TAX1BP1 influence à la fois la présentation d'un antigène viral dépendant et indépendant de l'autophagie par le CMH-II. En analysant l'immunopeptidome des molécules du CMH-II, en présence ou en l'absence de TAX1BP1, nous montrons que TAX1BP1 affecte dramatiquement le répertoire et la qualité des peptides présentés. L'extinction de TAX1BP1 induit une relocalisation périnucléaire du MIIC, une diminution de la stabilité des complexes CMH-II-peptides et une dégradation rapide de la chaîne invariante li (CD74), facteur clé du trafic cellulaire des molécules du CMH-II et de leur chargement. Nous avons ensuite déterminé l'interactome de TAX1BP1 et identifié la protéine chaperonne du RE, calnexine (CANX), comme partenaire de TAX1BP1. Nous démontrons dans différentes CPAs que TAX1BP1 interagit avec CANX via sa queue cytosolique, connue pour réguler les fonctions de CANX dans le RE. De manière importante, nous montrons que l'extinction de CANX entraîne également une dégradation exacerbée de li et une diminution de l'activation des lymphocytes T CD4+. Dans la deuxième partie de cette étude, nous avons utilisé l'oncoprotéine Tax du HTLV-1, connue pour recruter TAX1BP1, OPTN et p62 dans l'activation prolongée de NF-κB induite par le virus. Nous nous demandons si les virus pourraient cibler les RAS pour échapper aux réponses immunitaires antivirales. Nous montrons que l'expression de Tax inhibe la présentation d'un antigène viral par le CMH-II et affecte le répertoire des peptides présentés ainsi que leur abondance relative sans influencer leur affinité prédite aux molécules du CMH-II. Nous observons que Tax induit la relocalisation du MIIC et affecte sa maturation. De plus, nous suggérons que l'expression de Tax modifie l'activité des cathepsines lysosomales sans influencer la dégradation de li. Après évaluation du rôle des RAS dans l'inhibition de l'activation des lymphocytes T CD4+ médiée par Tax, nous montrons que l'OPTN est nécessaire pour l'inhibition de la présentation d'antigènes par le CMH-II médiée par Tax. De plus, en utilisant des mutants d'ubiquitination de Tax, nous montrons qu'une ubiquitination spécifique de Tax est nécessaire pour son interaction avec OPTN. Dans l'ensemble, nous caractérisons TAX1BP1 en tant qu'acteur majeur de la présentation d'antigènes par le CMH-II et proposons OPTN comme cible du HTLV-1 pour échapper à la présentation d'antigènes par le CMH-II et à l'activation des cellules CD4+T.CD4+ helper T cells orchestrate the establishment and maintenance of antiviral immunity. They are activated by pathogen- or tumor-derived antigenic peptides presented by the major histocompatibility complex class-II (MHC-II) molecules. MHC-II molecules are expressed by professional antigen-presenting cells (APC) such as B cells and dendritic cells and by nonprofessional APCs in inflammatory conditions. MHC-II molecules present peptides derived from extra- and intracellular sources of antigens, so-called exogenous and endogenous presentation, respectively. Antigens are then delivered to MHC-II loading compartments (MIIC) where they are progressively degraded by endo-lysosomal proteases, such as cathepsins, into peptides that can be loaded on nascent MHC-II molecules. Amongst different antigen degradation pathways, autophagy contributes to the processing of cytosolic and nuclear antigens. Viruses often divert this self-eating degradation pathway by targeting its numerous receptors.In the first part of this study, we hypothesize that selective autophagy receptors (SARs) may contribute at various, so far unknown, stages to MHC-II-restricted viral antigen presentation. Using a siRNA screening, we show that NDP52, OPTN and p62 do not significantly affect viral antigen presentation to CD4+ T cells, while TAX1BP1 influences both autophagy-dependent and -independent endogenous viral antigen processing and presentation by MHC-II molecules. By analyzing the immunopeptidome of MHC-II molecules, in the presence or absence of TAX1BP1, we show that TAX1BP1 dramatically affects both the repertoire and the quality of the peptides presented. TAX1BP1 silencing induces a perinuclear relocalization of the MIIC, a lower stability of MHC-II-peptide complexes and a rapid degradation of the invariant chain li (CD74), a key factor in the cellular trafficking and peptide loading of MHC-II molecules. We then determined the interactome of TAX1BP1 and identified the ER chaperone calnexin (CANX) as a partner of TAX1BP1. We demonstrate in different APCs that TAX1BP1 interacts with CANX through its cytosolic tail, known to regulate ER functions of CANX. Importantly, we show that CANX silencing also leads to exacerbated li degradation and decreases CD4+ T cell activation.In the second part of this study, we used the HTLV-1 oncoprotein Tax, known to recruit TAX1BP1, OPTN and p62 in viral-induced sustained NF-κB activation. We ask whether viruses might target SARs to escape antiviral immune responses. We show that Tax expression inhibits MHC-II-restricted viral antigen presentation and affects the repertoire of peptides presented as well as the relative abundance of core epitopes without influencing their predicted affinity to MHC-II molecules. We observe that Tax expression induces the relocalization of the MIIC and affects its maturation. In addition, we suggest that Tax expression alters lysosomal cathepsin activities without affecting li processing. After assessing the role of SARs in Tax-mediated inhibition of CD4+T cell activation, we show that OPTN is required for Tax inhibition of MHC-II viral antigen presentation. Moreover, by using well-characterized ubiquitination mutants of Tax, we show that specific Tax ubiquitination is required for its interaction with OPTN.Altogether, we unravel TAX1BP1 as a key player of MHC-II-restricted antigen presentation and put forward OPTN as a target of HTLV-1 to escape MHC-II-restricted antigen presentation and subsequent CD4+T cell activation
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