1,720,958 research outputs found
Identificazione del corecettore utilizzato da HIV per l'ingresso nella cellula: confronto tra saggio fenotipico in vitro e fenotipo virtuale
No full textOBIETTIVI: L’introduzione nella pratica clinica degli antagonisti del CCR5 come nuova classe di inibitori dell’entry ha determinato la necessità di conoscere il coreceptor usage del virus prima di iniziare la terapia. Molti clinici ottengono questa informazione utilizzando il test Trofile nell’ ultima versione ultrasensibile (ESTA).Il largo utilizzo di questo saggio è limitato da alti costi e da lunghi tempi di attesa per la risposta. Sono perciò stati fatti numerosi sforzi per ottenere risultati in minor tempo possibile e con bassi costi migliorando i test genotipici che prevedono l’utilizzo di algoritmi interpretativi.
A causa dell’elevata variabilità del gene env i saggi genotipici sono tuttavia inaffidabili mentre i saggi biologici sono quasi sempre in grado di definire il tropismo attuale. A tal fine abbiamo messo a punto un vettore di espressione fluorescente che si caratterizza per consentire il clonaggio delle sequenze V3 amplificate dal paziente di interesse. Questo plasmide è dotato di un gene per la proteina fluorescente GFP che viene espressa quando il virus replica nelle cellule, è pertanto possibile conoscere sia il fenotipo conferito da quella specifica sequenza V3 che la capacità replicativa della variante V3 attraverso l’analisi fluorimetrica delle cellule dopo un saggio di transfezionne-infezione.
Obiettivo di questo lavoro è confrontare il saggio fenotipico home-brew con il saggio commerciale Trofile nella sua forma più sensibile l’Enhanced Trofile (ESTA) e conseguire una valutazione comparativa tra i diversi saggi fenotipici e tra i saggi fenotipici e saggi virtuali nella definizione del coreceptor usage.
MATERIALI E METODI: E’ stata utilizzata una strategia molecolare ricombinante che ha permesso di clonare in pNLmodΔV3GFP la sequenza V3 amplificata dal virus di 38 pazienti analizzati generando chimere virali replicative.
La regione V3 delle varianti virali è stata sequenziata e analizzata al geno2pheno, al fine di ottenere la predizione del fenotipo.
E’ importante determinare il livello di significatività, cioè di selezionare quanto conservativa è la determinazione del virus X4, questo livello di significatività è determinato dal tasso di falsa positività per la classificazione di un virus X4. Questo tasso detto FPR (False Positive Rate) è un cut off, una soglia al di sopra della quale i virus sono definiti R5 e al di sotto X4. Attualmente l’FPR utilizzato dalla comunità scientifica è del 10%; questo valore sembra raggiungere un buon compromesso tra sensibilità e specificità.
RISULTATI: sono stati ottenuti 117 cloni dal plasma di 38 pazienti HIV-1 positivi, il saggio ricombinante home brew ha identificato 90 cloni con fenotipo R5 corrispondenti a 28 pazienti, 20 cloni con fenotipo D/M corrispondenti a 9 pazienti e tutte le chimere virali ottenute da 1 paziente sono risultate essere non replicative (risultato DM con ESTA).
Il saggio ESTA ha identificato 25 pazienti con fenotipo R5, 9 pazienti con fenotipo D/M e 4 NR (due di questi sono risultai D/M e uno R5 con il nostro saggio).
CONCLUSIONI: il saggio fenotipico home brew descritto si mostra più sensibile del saggio ESTA ed inoltre offre la possibilità di analizzare la quasi specie virale del paziente consentendo di studiare l’influenza che ogni residuo aminoacidico della regione V3 ha sul fenotipo.
I nostri risultati mostrano che il 33% delle sequenze V3 clonate identificate come X4 dall’algoritmo geno2pheno quando inserite nel backbone di NL 4-3 conferiscono alla chimera virale un fenotipo R5. Il livello di FPR dovrebbe pertanto essere scelto con molta attenzione
Comparison of HIV-1 recombinant phenotypic assays and virtual phenotype in the definition of coreceptor usage
No full textHCV core antigen and HCV-RNA in HIV/HCV co-infected patients with different HCV genotypes.
No full textAbstract. Background: A good correlation between HCV core antigen (HCVAg) and different HCV-RNA assays has been
described, but little data are available in HCV/HIV co-infection. We aimed to evaluate HCVAg in comparison with
HCV-RNA and to determine their kinetics during antiviral treatment in selected HCV/HIV co-infected patients.
Methods: 355 samples from 286 HCV/HIV co-infected subjects for whom HCV-RNA (Abbott RealTime) was
requested were analysed also for HCVAg (Abbott ARCHITECT) in order to evaluate the correlation between the two
parameters both in patients treated or untreated for chronic hepatitis C and according to different HCV genotypes.
The differences between percentages were evaluated by chi square or Fisher’s exact test, while mean and median
values were compared by Student’s t test or the Mann–Whitney test, respectively. All differences were considered
significant for a p value <0.05.
Results: HCVAg was detectable on 288/315 sera (91.4%) positive for HCV-RNA and in 5 out of40 (12.5%) sera with
undetectable HCV-RNA for a total concordance of 90.1%. The correlation was fair both in untreated (r = 0.742) and
in treated (r = 0.881) patients and stronger for genotypes 1 and 4 than for genotype 3. Both HCV-RNA and HCVAg
levels were significantly higher (p = 0.028 and p = 0.0098, respectively) in patients infected by genotype 1 than by
genotype 3. The mean ratio of Log values between HCV-RNA (IU/mL) and HCVAg (fmol/liter) was 2.27 ± 1.09 in
untreated and 2.20 ± 0.82 in treated patients (p = n.s.),consistent with a sensitivity of HCVAg corresponding to about
1,000 IU/mL of HCV-RNA, and ranged from 2.21 to 2.32 among HCV genotypes with no significant differences; five
samples (1.4%; 2 genotype 1a or 1c, 3 genotype 3a) showed highly divergent values. The analysis of 18 monitoring
profiles from patients treated with PEG-IFN and Ribavirin showed similar trends, except in one case in which relapse
could be predicted by HCVAg and not by HCV-RNA.
Conclusion: These results suggest that HCVAg represents an adequate tool for determining an ongoing HCV
infection also in HIV co-infected patients, with lower costs and faster turnaround time than HCV-RNA
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
- …
