1,720,980 research outputs found
Thermal exchange rate graphs per body part
No full textHeating (left column) and cooling (right column) profiles for the different body parts, under heliothermic (full line, full points) and thigmothermic (dashed line, empty points) treatments. 2nd order polynomial fitted to demonstrate the trend in the data.Peer reviewe
Graphical representation of the OLS regression lines (and 95% CI’s in grey shade) for the maximum rates of cooling (blue) and heating (red)
No full textAbsolute rates are plotted in order to facilitate the comparison between the magnitude of the slope between the heating and cooling processes.Peer reviewe
Novel method to investigate thermal exchange rates in small, terrestrial ectotherms: A proof-of-concept on the gecko Tarentola mauritanica.
No full textThermoregulating ectotherms may resort to different external heat sources to modulate their body temperature through an array of behavioural and physiological adaptations which modulate heat exchange with the environment and its distribution across the animal's body. Even small-bodied animals are capable of fine control over such rates and the subsequent re-allocation of heat across the body. Such thermal exchanges with the environment usually happen through two non-mutually exclusive modes: heliothermy (radiant heat gain from the sun) or thigmothermy (heat gained or lost via conduction). Classically, the study of these phenomena has relied on invasive methodologies which often disregard the effect of stress, behaviour and regional heterothermy on the rates and patterns of thermal exchange across the body of the animal. This study proposes a novel experimental methodology, capitalising on thermography, to provide an alternative method to less invasively obtain reliable body temperatures of thermoregulating ectotherms, while allowing behaviour and heating mode to be considered when quantifying thermal exchange rates. This methodology was tested in the gecko Tarentola mauritanica, where twenty males were allowed to heat up and cool down under a novel experimental set-up which isolates heliothermic and thigmothermic processes, while being recorded with a thermal camera. The study revealed differences in the heating and cooling rates of several body parts per treatment suggesting that thermal exchanges are complex even in small ectotherms. Ultimately, the described set-up provides the opportunity to revisit classical questions with a less invasive and more flexible experimental approach, enabling heliothermic and thigmothermic processes to be disentangled. The described methodology also better integrates behaviour and physiology while obtaining higher temporal and spatial resolution of body temperatures in a thermoregulating ectotherm
Cytonuclear interactions in a species of Podarcis lizard
No full textCoevolution is the process of reciprocal evolutionary change between interacting species. This process is thought to be a major driver of biological diversification and has been linked to speciation. Coordinated evolution between nuclear and organelle genomes can occur by reciprocal changes in the functional constraints of interacting proteins, and even playing an important role in speciation. In this master's thesis, we used target-capture sequencing data from 122 individuals from two different mitochondrial lineages to test the compensatory evolution hypothesis by comparing the phylogenetic trees of three diferent types of genes: mtDNA, nuclear genes interacting with mitochondrias (oxphos genes) or random nuclear genes. Our results showed the two different mitochondrial lineages. Tajima's D test also showed mitochondria to be under strong purifying selection. However, differences were not observed between the oxphos and the nuclear genes. More studies should be carried out to confirm or not the compensatory evolution hypothesis in this lizard species with the data produced in this study.La coevolución es el proceso de cambio evolutivo recíproco entre especies que interaccionan. Se piensa que este proceso es clave en diversificaciones biológicas y ha sido relacionado con la especiación. Evolución coordenada entre genomas nucleares y de orgánulos pueden ocurrir debido a cambios recíprocos en las funciones de proteínas que interaccionan e incluso puede jugar un papel clave en la especiación. En este trabajo de fin de máster se usó datos de target-capture sequencing de 122 individuos de dos linajes mitocondriales diferentes para testar la hipótesis de evolución compensatoria mediante la comparación de árboles filogenéticos de tres tipos diferentes de genes: mtDNA, genes nucleares que interaccionan con las mitocondrias y genes nucleares aleatorios. Nuestros resultados confirmaron la presencia de los dos linajes mitocondriales. Además, Tajima's D mostró como las mitocondrias estan bajo una alta presión purificadora. Por el contrario, no se encontraron diferentes entre los genes oxphos y los genes nucleares. Más estudios deberían de realizarse para confirmar o no la hipótesis de la evolución compensatoria en estos lagartos con los datos producidos en este estudio.La coevolució és el procés de canvi evolutiu recíproc entre espècies que interaccionen. Es pensa que aquest procés és clau en diversificacions biològiques i ha estat relacionat amb l'especiació. Evolució coordenada entre genomes nuclears i d'orgànuls poden ocórrer a causa de canvis recíprocs en les funcions de proteïnes que interaccionen i fins i tot pot jugar un paper clau en l'especiació. En aquest treball de fi de màster es va usar dades de target-capturi sequencing de 122 individus de dos llinatges mitocondrials diferents per a testar la hipòtesi d'evolució compensatòria mitjançant la comparació d'arbres filogenètics de tres tipus diferents de gens: mtDNA, gens nuclears que interaccionen amb els mitocondris i gens nuclears aleatoris. Els nostres resultats van confirmar la presència dels dos llinatges mitocondrials. A més, Tajima's D va mostrar com els mitocondris estan sota una alta pressió purificadora. Per contra, no es van trobar diferents entre els gens oxphos i els gens nuclears. Més estudis haurien de realitzar-se per a confirmar o no la hipòtesi de l'evolució compensatòria en aquests llangardaixos amb les dades produïdes en aquest estudi
From mitochondrial markers to whole genomes: evolutionary history of African and Arabian horned and sand vipers
No full textThis thesis adds new knowledge to the evolutionary history of the genus Cerastes, a group of understudied venomous snakes highly adapted to the arid conditions of North Africa and Arabia. Using several genomic approaches, we disentangled new and unexpected evolutionary relationships within this group, contradicting previous evolutionary hypothesis based on morphology and mitochondrial markers. Then, we assembled one of the first high-quality chromosome-level reference genomes for true vipers, highlighting the absence of chromosomal rearrangements within vipers. Moreover, using RNA-seq and proteomics, we identified the main toxins in the venom of C. gasperettii, identifying their genomic location and comparing the gene copy number variation among venomous species. Using genomic data, we inferred several conservation genomic parameters for the genus Cerastes and unravelled how structural variance is an important mechanism driving venom variation in the main toxin families. Finally, we assessed the effectiveness of the genomic methods applied in this thesis and analysed their strengths and limitations in addressing both the study of venom and the evolutionary history of non-model species.Esta tesis aporta nuevo conocimiento sobre la historia evolutiva del género Cerastes, un grupo de serpientes venenosas poco estudiadas y altamente adaptadas a las condiciones áridas del norte de África y Arabia. Utilizando varios enfoques genómicos, desentrañamos relaciones evolutivas nuevas e inesperadas dentro de este grupo, contradiciendo hipótesis evolutivas previas basadas en la morfología y marcadores mitocondriales. Posteriormente, ensamblamos uno de los primeros genomas de referencia de alta calidad a nivel cromosómico para las víboras de la subfamilia Viperinae, destacando la ausencia de reorganizaciones cromosómicas dentro de las víboras. Además, mediante el uso de RNA-seq y proteómica, identificamos las principales toxinas en el veneno de C. gasperettii, ubicando su posición genómica y comparando la variación en el número de copias génicas entre especies venenosas. A partir de datos genómicos, inferimos varios parámetros genómicos de conservación para el género Cerastes y revelamos cómo la variación estructural es un mecanismo importante que impulsa la variabilidad del veneno en las principales familias de toxinas para esta especie. Finalmente, evaluamos la efectividad de los métodos genómicos aplicados en esta tesis y analizamos sus fortalezas y limitaciones para abordar tanto el estudio del veneno como la historia evolutiva de especies no modelo.Aquesta tesi aporta nou coneixement sobre la història evolutiva del gènere Cerastes, un grup de serps verinoses poc estudiades i altament adaptades a les condicions àrides del nord d'Àfrica i d'Aràbia. Utilitzant diversos enfocaments genòmics, desxifrem relacions evolutives noves i inesperades dins d'aquest grup, contradient hipòtesis evolutives prèvies basades en morfologia i marcadors mitocondrials. Posteriorment, vam ensamblar un dels primers genomes de referència d'alta qualitat a nivell cromosòmic per als escurçons de la subfamília Viperinae, destacant l'absència de reorganitzacions cromosòmiques dins dels escurçons. A més, mitjançant l'ús d'RNA-seq i proteòmica, identifiquem les principals toxines en el verí de C. gasperettii, ubicant la seva posició genòmica i comparant la variació en el nombre de còpies gèniques entre espècies verinoses. A partir de dades genòmiques, inferim diversos paràmetres genòmics de conservació per al gènere Cerastes i revelem com la variació estructural és un mecanisme important que impulsa la variabilitat del verí en les principals famílies de toxines per a aquesta espècie. Finalment, avaluem l'efectivitat dels mètodes genòmics aplicats en aquesta tesi i analitzem les seves fortaleses i limitacions per abordar tant l'estudi del verí com la història evolutiva d'espècies no model.Programa de Doctorat en Biomedicin
From mitochondrial markers to whole genomes: evolutionary history of African and Arabian horned and sand vipers
Full text linkThis thesis adds new knowledge to the evolutionary history of the genus Cerastes, a group
of understudied venomous snakes highly adapted to the arid conditions of North Africa
and Arabia. Using several genomic approaches, we disentangled new and unexpected
evolutionary relationships within this group, contradicting previous evolutionary
hypothesis based on morphology and mitochondrial markers. Then, we assembled one of
the first high-quality chromosome-level reference genomes for true vipers, highlighting
the absence of chromosomal rearrangements within vipers. Moreover, using RNA-seq
and proteomics, we identified the main toxins in the venom of C. gasperettii, identifying
their genomic location and comparing the gene copy number variation among venomous
species. Using genomic data, we inferred several conservation genomic parameters for
the genus Cerastes and unravelled how structural variance is an important mechanism
driving venom variation in the main toxin families. Finally, we assessed the effectiveness
of the genomic methods applied in this thesis and analysed their strengths and limitations
in addressing both the study of venom and the evolutionary history of non-model species.Esta tesis aporta nuevo conocimiento sobre la historia evolutiva del género Cerastes, un grupo de serpientes venenosas poco estudiadas y altamente adaptadas a las condiciones áridas del norte de África y Arabia. Utilizando varios enfoques genómicos, desentrañamos relaciones evolutivas nuevas e inesperadas dentro de este grupo, contradiciendo hipótesis evolutivas previas basadas en la morfología y marcadores mitocondriales. Posteriormente, ensamblamos uno de los primeros genomas de referencia de alta calidad a nivel cromosómico para las víboras de la subfamilia Viperinae, destacando la ausencia de reorganizaciones cromosómicas dentro de las víboras. Además, mediante el uso de RNA-seq y proteómica, identificamos las principales toxinas en el veneno de C. gasperettii, ubicando su posición genómica y comparando la variación en el número de copias génicas entre especies venenosas. A partir de datos genómicos, inferimos varios parámetros genómicos de conservación para el género Cerastes y revelamos cómo la variación estructural es un mecanismo importante que impulsa la variabilidad del veneno en las principales familias de toxinas para esta especie. Finalmente, evaluamos la efectividad de los métodos genómicos aplicados en esta tesis y analizamos sus fortalezas y limitaciones para abordar tanto el estudio del veneno como la historia evolutiva de especies no modelo.Aquesta tesi aporta nou coneixement sobre la història evolutiva del gènere Cerastes, un grup de serps verinoses poc estudiades i altament adaptades a les condicions àrides del nord d'Àfrica i d'Aràbia. Utilitzant diversos enfocaments genòmics, desxifrem relacions evolutives noves i inesperades dins d'aquest grup, contradient hipòtesis evolutives prèvies basades en morfologia i marcadors mitocondrials. Posteriorment, vam ensamblar un dels primers genomes de referència d'alta qualitat a nivell cromosòmic per als escurçons de la subfamília Viperinae, destacant l'absència de reorganitzacions cromosòmiques dins dels escurçons. A més, mitjançant l'ús d'RNA-seq i proteòmica, identifiquem les principals toxines en el verí de C. gasperettii, ubicant la seva posició genòmica i comparant la variació en el nombre de còpies gèniques entre espècies verinoses. A partir de dades genòmiques, inferim diversos paràmetres genòmics de conservació per al gènere Cerastes i revelem com la variació estructural és un mecanisme important que impulsa la variabilitat del verí en les principals famílies de toxines per a aquesta espècie. Finalment, avaluem l'efectivitat dels mètodes genòmics aplicats en aquesta tesi i analitzem les seves fortaleses i limitacions per abordar tant l'estudi del verí com la història evolutiva d'espècies no model.Programa de Doctorat en Biomedicin
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
- …
