1,720,963 research outputs found
Labradorinnoutajien uveaalimelanoomat
Get PDFKoirien silmän suonikalvoston, eli uvean, melanooma (UM) on useimmiten tarkkarajainen ja tumma kohouma iiriksessä. Se kehittyy yleensä hitaasti ja lähettää etäpesäkkeitä harvemmin; vain alle kolmannes on pahanlaatuisia. Ihmispotilaista puolestaan tauti lopulta leviää noin puolella, usein aggressiivisena ja kohtalokkain seurauksin. Kasvava ymmärryksemme UM:n taustoista ja kehittymisestä koirissa voi auttaa ymmärtämään paremmin tämän monitahoisen sairauden syntyä ja kulkua myös ihmisissä. Spontaanisti UM:n sairastuvat lemmikkikoirat tarjoavat hyvän ja eettisen testikentän myös uusille hoitokeinoille.
Ihmisillä UM esiintyy selkeästi enemmän tietyissä suvuissa. On havaittavissa eroja myös koirarotujen kesken: labradorinnoutaja näyttäisi olevan yliedustettuna. Tämä viittaa perinnölliseen altistumiseen. Ihmisiltä on löydetty useita uveaalimelanoomalle altistavia geenejä. Suomalaisista perheistä, joissa esiintyy periytyvää UM:ää, neljänneksellä on ituradan mutaatio BAP1 -geenissä. Itse kasvaimista tämä geeni puuttuu tai on toimimaton noin puolessa. BAP1 -mutaatiot on myös yhdistetty moniin muihin syöpiin. Ihmisten ja koirien BAP1 -geenit ovat hyvin samanlaisia; niiden tuottama mRNA on 80 %:sti samankaltaista ja niiden koodaamat proteiiniketjut ovat 98 %:n homologialla lähes identtisiä.
Tässä työssä kartoitin seitsemän iiriksen melanoomaa tai melanosytoomaa sairastaneen labradorinnoutajan BAP1 -geenin koodaavan alueen mahdolliset sekvenssimuutokset niiden itusolulinjassa. Neljällä koirista ilmeni sama viiden eriperintäisen (heterotsygoottisen) emäsmuutoksen kaava: yksi synonyyminen variaatio eksonissa 17, g.37,363,076G>A, p.(Ser721Ser), sekä neljä varianttia intronialueilla lähellä eksoneita 4, 10, 11 ja 14. Lopuilla kolmella koiralla ei ollut lainkaan BAP1 sekvenssimuutoksia.
Seuraavaksi tarvitaan vertailevaa tutkimusta terveiden labradorinnoutajien BAP1 -geenin sekvenssistä, jotta voidaan arvioida liittyvätkö havaitut variantit todellakin UM:n, vai onko kyseessä ainoastaan labradorinnoutajille ominaisista yhden nukleotidin polymorfismeista. Kasvaimen kehityksen kokonaiskuvan saamisesta olisi tutkimusta myös syytä jatkaa itse UM-kasvainten kudosnäytteiden kanssa: mahdolliset somaattiset variantit ovat yleisiä löydöksiä ja avaisivat UM:n alkuperää ja kehitystä laajemmin.
Yli sadalla geenillä arvioidaan olevan yhteys tähän tautiin, joten tutkimuksen rajoittaminen vain yhden geenin tarkasteluun on kapea-alaista. Resurssien salliessa olisikin hedelmällisempää lähestyä ongelmaa tulevaisuudessa koko genomin sekvensointien kautta sekä ituradan, että kasvainsolujen osalta.Canine uveal melanoma (UM) usually manifests as a slowly developing, darker pigmented and well distinguishable mass in the iris. Less than a third of them are considered malignant, which is much less than with other melanocytic cancers. In contrast, in humans, 90% of UM occurs in the choroid and half of the patients eventually develop aggressive and often lethal metastases. Understanding the disease process and genetic background in dogs might also help us further the knowledge and improve the treatment options of humans.
There is a hereditary component to the oncogenesis of the UM: the disease is more common in a Caucasian race and is also found in certain families. It is also more prevalent in certain dog breeds; Labrador Retrievers seem to be overrepresented. Several susceptibility genes have been identified in humans. One with the strongest association with UM is a tumor suppressor gene BAP1, which is dysfunctional or missing in nearly half of the human uveal melanomas. This gene is a so-called secondary driver of the UM and mutations in it spark the metastasizing process. There is a germline mutation of BAP1 in fourth of Finnish UM families and these mutations are also connected to various other cancers. Moreover, BAP1 shows over 98% protein product homology and almost 80% mRNA homology between dogs and humans, making it an appealing study target also for canines. Should a single variant account for high UM risk, a DNA test could be developed to be used in breeding and veterinary diagnostics.
In this work, I mapped the BAP1 germline mutations of seven Labrador Retrievers with diagnosed uveal melanomas or melanocytomas. It was found that four dogs shared the same set of five heterozygous single nucleotide variants (SNV). One of the SNVs within exon 17 was synonymous, g.37,363,076G>A, p.(Ser721Ser), while the other four SNVs were intronic, residing close to exons 4, 10, 11 and 14.
In the future, variant comparisons with healthy Labradors are needed to study the role of the identified variants for the development of UM, as the SNVs now found could also just be a part of a common variation in the Labrador Retriever gene pool. To grasp a bigger picture of the UM tumor development, the tumors themselves should also be analyzed for somatic mutations. Moreover, when we know that the disease is likely affected by over a hundred genes, studying just one gene is unnecessarily self-restricting. Modern full genome sequencing techniques should be used for catching all the predisposing genes simultaneously
Preliminary report of the analysis and visualisation sofrware for SMART-1 SPEDE and EPDP instruments
No full textAurinkoenergia Marsin pinnalla ja pölyisessä ilmakehässä
No full textMarsiin laskeutuvilla avaruusaluksilla on merkittävänä ongelmana aurinkopaneelien pinnalle kerääntyneen pölyn aiheuttama sähkötehon väheneminen.
Tässä työssä mallinnetaan sekä pölyhiukkasen käytöstä Marsin ilmakehässä että valon kulkeutumista Marsin ilmakehän ja kerääntyneen pölykerroksen lävitse.
Hiukkasten käyttäytymiseen liittyvien teorioiden ja toteutuneiden Mars-missioiden perusteella on laadittu tietokonemalli.
Mallinnuksen tuloksena saadaan odotettavissa oleva valon intensiteetti Marsin pinnalla.
Tulosten perusteella todetaan pölyn kasaantuvan varsin nopeasti ehkäisten siten aurinkopaneelien valonsaannin.
Pienikin pölyn poistuma muuttaa tilanteen merkittävästi valoisammaksi.
Aurinkoenergia on tämän tutkimuksen perusteella jatkossakin kehityskelpoinen energiavaihtoehto myös pidempään Marsin pinnalla toimiville tutkimusaluksille
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
- …
