1,721,061 research outputs found
A proteogenomic endeavour investigating the unexplored domain of putatively coding small open reading frames
No full textComplementary use of ribosome profiling and proteomics for mapping the translation landscape
No full textIdentification and characterization of eukaryotic small open reading frames and microproteins
No full textMicropeptides as non-classical bioactive peptides in Eukaryotes, a ribosome profiling centered approach
Get PDFMicropeptiden zijn een nieuwe klasse van bioactieve peptiden die afgeschreven worden van kleine open leesramen. Tot voor kort werden ze zeer vaak over het hoofd gezien tijdens grootschalige annotatieprojecten. Toch werden reeds een handvol micropeptiden ontdekt en na functionele karakterisatie gelinkt aan belangrijke embryologische en morfogenetische functies in plant en dier.
Systematische en/of genoomwijde zoektochten naar kleine open leesramen werden reeds uitgevoerd in Saccharomyces cerevisiae, Arabidopsis thaliana en Drosophila melanogaster. Hierbij werden honderden coderende en getranscripteerde sequenties ontdekt. Dergelijke zoektochten in eukaryoten met grotere genomen, zoals zoogdieren, werden omwille van hun computationele complexiteit nog niet uitgevoerd.
Genoomwijde annotatieprojecten werden mogelijk gemaakt door de snelle ontwikkeling van goedkope en hoge-doorvoer sequeneringstechnologieën. De zeer recente ontwikkeling van de ribosoom profileringsstrategie, maakte voor het eerst de genoomwijde studie van het translatieproces mogelijk. Doordat vertalende ribosomen in staat zijn om een mRNA fragment te beschermen, kan hun positie bepaald worden. Bijgevolg kunnen open leesramen geprediceerd worden door het combineren van de positionele informatie van initërende en elongerende ribosomen.
Binnen dit doctoraal onderzoek werd een genoomwijde in silico identificatiestrategie, steunend op verschillende conserveringskenmerken, gecombineerd met experimentele informatie in de vorm van ribosoom profileringsdata om nieuwe en mogelijks coderende kleine open leesramen te identificeren in het Mus musculus genoom. Op deze manier konden tientallen hoog-geconserveerde, door ribosomen gebonden en mogelijks coderende kleine open leesramen geïdentificeerd worden.
Daarnaast werden twee tools ontwikkeld die de analyse van ribosoom sequeneringsdata faciliteren. PROTEOFORMER is de eerste publiek beschikbare bio-informatica analyse pijplijn specifiek gericht op de verwerking van ribosoom profileringsdata. RIBOsORF daarentegen, is specifiek gericht op het identificeren van kleine open leesramen in deze ribosoom profileringsdata en bevat verschillende filter modules die de eventuele peptide coderende eigenschappen van deze kleine open leesramen kunnen nagaan.
De resultaten en tools die binnen dit doctoraatsonderzoek bekomen werden, zullen verdere vooruitgang in het micropeptide onderzoeksveld faciliteren. Hun ontdekking en verdere functionele validatie kan en zal meer dan waarschijnlijk een significante impact hebben op zowel onze biologische kennis, als binnen de medische wereld
Bioinformatics solutions for MS/MS data interpretation tailored to the peptidomics field
No full text
Different approaches to measuring gene expression and DNA methylation and their application in cancer research
Get PDF
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
- …
