1,720,992 research outputs found
A felicidade na fenomenologia da vida. Colóquio internacional Michel Henry. Organização : Florinda Martins, Adelino Cardoso
No full textDupuis Michel. A felicidade na fenomenologia da vida. Colóquio internacional Michel Henry. Organização : Florinda Martins, Adelino Cardoso. In: Revue Philosophique de Louvain. Troisième série, tome 110, n°4, 2012. pp. 767-768
Statistical methods to estimate infectious disease parameters and individual heterogeneity
No full textVolgens de definitie van het Oxford English Dictionary is een ziekte “een toestand van
het lichaam, of van een deel of orgaan van het lichaam, waarin de functies verstoord of
ontregeld zijn; een ziekelijke lichamelijke toestand; een afwijking van de gezondheidstoestand, vooral wanneer deze veroorzaakt wordt door een structurele verandering”. Ziekten
kunnen worden ingedeeld in besmettelijke (b.v. kinderverlamming, cholera, malaria, waterpokken e.a.) en niet-besmettelijke (b.v. kanker, artritis e.a.) ziekten. Bij de verspreiding van een besmettelijke ziekte wordt rekening gehouden met de kenmerken van het
besmettelijke organisme, de individuele gastheer en de omgeving waarin de overdracht
plaatsvindt. In die zin vereist de overdracht van een besmettelijke ziekteveroorzakende
kiem van een ge¨ınfecteerde gastheer op een vatbaar individu drie hoofdcomponenten,
namelijk: reservoir (of infectiebron), wijze van overdracht (die kan plaatsvinden via vele
verschillende routes), en de vatbare gastheer. In de literatuur wordt melding gemaakt
van verschillende wijzen van overdracht, waarvan de belangrijkste zijn via direct contact
(bv. seksueel overdraagbare ziekten), via de ademhalingswegen (bv. griep, kinkhoest),
via fecaal-oraal (tyfus, dysenterie, veel helminten), of via insectvectoren (malaria en
dengue).
Nadat een individu is ge¨ınfecteerd, hetzij met een virus, bacterie, schimmel, of parasiet,
reageert het lichaam gewoonlijk met de productie van antilichamen (de belangrijkste
componenten van humorale immuniteit) tegen de ziekteverwekker. De antilichamen uit
de immunoglobulineklassen immunoglobuline G (IgG), immunoglobuline M (IgM) en
immunoglobuline A (IgA) zijn de meest voorkomende soorten antilichamen en worden
het vaakst gemeten na een infectie. In tegenstelling tot IgM en IgA worden antilichamen
van de IgG-klasse gewoonlijk in grote hoeveelheden gevormd tijdens de secundaire reactie op een antigeenstimulus (die meestal volgt op de vorming van IgM in de loop van een infectie) en zij leveren de meest uitgebreide en langdurige antilichaamrespons.
Aangezien IgG-antilichamen bovendien jaren na een infectie in het bloedserum kunnen
worden opgespoord, zou hun aanwezigheid in het bloed kunnen wijzen op een recente
of vroegere infectie, althans in een populatie zonder vaccinatie tegen de ziekteverwekker
van belang. Deze serologische onderzoeksgegevens kunnen worden gebruikt om epidemiologische parameters te schatten, zoals de infectiedruk (FOI) en de prevalentie.
Infectieziekte-epidemiologie, de studie van de relatie tussen een infectieus organisme en
zijn individuele gastheer, omvat het gebruik van statistische of mathematische modellen
om infectieziekte-parameters te schatten op basis van beschikbare infectieziektegegevens.
Meer in het bijzonder is het doel de verspreiding van een infectieziekte en het effect ervan
op een bevolking beter te karakteriseren en te begrijpen. De meest gebruikte gegevens
over infectieziekten om dergelijke parameters te schatten zijn serologische gegevens die
via transversale enquˆetes zijn verzameld. Dit soort gegevens wordt meestal verkregen
uit residuele serummonsters die worden verzameld en getest op de aanwezigheid van
bijvoorbeeld IgG-antilichamen die worden aangemaakt als reactie op een infectieverwekker. De “enzyme-linked immunosorbent assay” (ELISA) op basis van een vaste fase
enzyme immunoassay (EIA) is een algemeen gebruikte analytische biochemische test om
de aanwezigheid van een stof, in dit geval antilichaam, in een vloeibaar of nat monster
aan te tonen. Personen worden gewoonlijk ingedeeld als seropositief indien hun testresultaten een bepaalde drempelwaarde overschrijden (gewoonlijk verstrekt door de fabrikant
van de test) en als seronegatief indien de resultaten onder een eventueel andere drempelwaarde vallen. Het tijdshomogene Susceptible-Infected-Recovered (SIR) compartimenteel model dat de ziekteverspreiding van immuniserende infecties beschrijft, ook wel
het statische model genoemd, werd in overweging genomen. Dit compartimenteel model
is houdbaar voor PVB19 en VZV die in dit proefschrift worden beschouwd.
Overlevingsanalyse omvat de modellering van tijd-tot-gebeurtenis gegevens en is een
van de onmisbare onderzoeksmethoden gebruikt in vele wetenschappelijke studiegebieden zoals geneeskunde, biologie, epidemiologie, demografie, actuari¨ele wetenschappen, economie en andere. Sinds zijn ontwikkeling is het door Cox (1972) voorgestelde
proportional hazards een fundamenteel instrument geworden voor de analyse van tijdtot-gebeurtenisgegevens en de theoretische basis ervan is versterkt door het model te
koppelen aan de martingaaltheorie en telprocessen. Sedertdien zijn verschillende uitbreidingen van het oorspronkelijke model voorgesteld die betrekking hebben op complexere
overlevingstijdgegevens. Daartoe behoort het zogenaamde frailty-model voor de analyse van geclusterde overlevingsduurgegevens. De toepassing van frailty-modellen heeft
geleid tot verschillende relevante bijdragen aan overlevingsanalyse voor het modelleren van afhankelijkheid in multivariate time-to-event data. Dergelijke afhankelijkheid kan
bijvoorbeeld ontstaan doordat individuen in dezelfde groep aan elkaar verwant zijn, doordat een gebeurtenis binnen hetzelfde individu meerdere malen voorkomt, of doordat
de ene gebeurtenis het optreden van de andere binnen hetzelfde subject be¨ınvloedt. In
dit proefschrift beperken we onze aandacht tot bivariate gecorreleerde gamma frailty
modellen.
Frailty modellen zijn ontwikkeld om zowel heterogeniteit als associatie in multivariate
time-to-event data te kwantificeren. De laatste jaren zijn in de overlevingsliteratuur
talrijke gedeelde (shared) en gecorreleerde frailty-modellen voorgesteld die verschillende
associatiestructuren en frailty-verdelingen impliceren. Een bivariaat gecorreleerd gamma
frailty model met een additieve decompositie van de frailty variabelen in een som van onafhankelijke gamma componenten werd reeds eerder ge¨ıntroduceerd. Hoewel dit model
een zeer handige gesloten-vorm representatie heeft voor de bivariate overlevingsfunctie,
is de correlatie tussen event- of subject-specifieke frailty’s begrensd, wat een ernstige
beperking wordt wanneer de waarden van de twee frailty varianties substantieel verschillen. In Hoofdstuk 4 bespreken we bestaande gecorreleerde gamma frailty modellen
en stellen we nieuwe modellen voor gebaseerd op bivariate gamma frailty verdelingen.
Dergelijke modellen blijken bruikbaar te zijn voor de analyse van bivariate overlevingstijdgegevens, ongeacht het type censurering. De frailty-methodologie werd toegepast op
rechtsgecensureerde en linksgecensureerde sterftegegevens van Deense tweelingen en op
serologische gegevens over de huidige status van varicella-zoster-virus- en parvovirus
B19-infecties in Belgi¨e. Uit onze analyses is gebleken dat het toepassen van meer flexibele gecorreleerde gamma frailty modellen in termen van de opgelegde associatie- en
correlatiestructuur beter is dan bestaande frailty modellen, inclusief die met een additieve decompositie.
Een beperking van de frailty-modellen bij de toepassing van serologische gegevens is
dat gegevens over de huidige status worden verkregen door ziektespecifieke antilichaamniveaus te dichotomiseren aan de hand van ´e´en of twee drempelwaarden. Deze drempelwaarden worden vaak door de fabrikant van de test verstrekt. Een dergelijke dichotomisering met gebruikmaking van een drempelbenadering kan echter vrijwel zeker
leiden tot een verkeerde indeling van personen als seronegatief of -positief. Een benadering om dit nadeel te ondervangen is het gebruik van mengmodellen waarin continue
antilichaamtiters direct gemodelleerd worden zonder het gebruik van drempelwaarden
en bijbehorende dichotomisering. In Hoofdstuk 5 wordt een Bayesiaans bivariaat mengmodel gebruikt om continue antilichaam niveaus direct te modelleren terwijl rekening wordt gehouden met de aanwezigheid van individuele heterogeniteit en impliciete associatie tussen twee infecties. We pasten het model toe op bivariate serologische gegevens
over het varicella-zoster virus (VZV) en het parvovirus B19 (PVB19). Gezien de aanwijzingen voor mogelijke herinfecties met PVB19, hebben wij ook gekeken naar de complexiteit van het model door een afnemend proces van antilichaamspiegels te beschrijven. Onze resultaten toonden aan dat, hoewel na een steile stijging met de leeftijd, de
waargenomen seroprevalentie voor PVB19 afneemt tussen de leeftijd van 20 en 40, de
gemiddelde antilichaamniveaus enigszins constant blijven met de leeftijd in de seropositieve component. Dit zou kunnen wijzen op een directe invloed van herinfecties met
PVB19 op het aandeel van seropositieve personen. Voor VZV vertoonde het resultaat een
ander profiel. De gemiddelde antilichaamspiegels nemen bij seropositieve personen met
de leeftijd af, wat wijst op een beperkte afnemende humorale immuniteit waargenomen
aandeel seropositieve personen monotoon toeneemt met de leeftijd. Bovendien toonden
we op basis van onze gegevensanalyse aan dat het mengselmodel bijkomende inzichten
verschafte over het afnemend proces van IgG-antilichamen.
De laatste twee hoofdstukken van dit proefschrift handelen over een longitudinale binaire uitkomstvariabele met uitkomstafhankelijke steekproeftrekking voor een malaria
follow-up studie in Oeganda. Om specifieker te zijn, malaria follow-up studies omvatten routine bezoeken op vooraf geplande tijdstippen en/of klinische bezoeken wanneer
individuen malaria-achtige symptomen ervaren. In het laatste geval leidt de infectie
tot de beoordeling van het resultaat, wat leidt tot uitkomstafhankelijke steekproefname (ODS). Veelgebruikte methoden om dergelijke longitudinale gegevens te analyseren negeren ODS en leiden mogelijk tot vertekende schattingen van malaria-specifieke
transmissieparameters, wat leidt tot een onjuiste beoordeling en evaluatie van malariabestrijdingsstrategie¨en. Methoden: In dit artikel stellen we nieuwe methodologie voor om
ODS te behandelen door gebruik te maken van een gezamenlijk model voor de longitudinale binaire uitkomst gemeten bij routinebezoeken en de klinische gebeurtenistijden. De
methodologie is toegepast op malaria parasitaemia gegevens van een cohort van n = 988
Oegandese kinderen van 0,5-10 jaar uit 3 regio’s (Walukuba–300 kinderen, Kihihi–355
kinderen en Nagongera–333 kinderen) met vari¨erende transmissie intensiteiten verzameld
tussen 2011-2014. De resultaten tonen aan dat de prevalentie van malariaparasieten en
de infectiedruk (FOI) toenemen met de leeftijd in de regio van hoge malaria-intensiteit
met de hoogste FOI in de leeftijdsgroep 5-10 jaar. Voor de regio met een gemiddelde
intensiteit neemt de prevalentie licht toe met de leeftijd en is de FOI voor het routineproces het hoogst in de leeftijdsgroep van 5-10 jaar, maar voor de klinische infecties
neemt de FOI geleidelijk af met toenemende leeftijd. Voor de regio met lage intensiteit bereiken zowel de prevalentie als de FOI een piek op de leeftijd van ´e´en jaar, waarna de
eerste constant blijft met de leeftijd, maar de laatste plotseling afneemt met de leeftijd
voor de klinisch waargenomen infecties. Malaria prevalentie en FOI nemen toe met de
leeftijd in de regio van hoge malaria intensiteit. In alle studiegebieden zijn zowel de
prevalentie als de FOI het hoogst bij voorheen asymptomatische kinderen en het laagst
bij hun symptomatische tegenhangers. Op basis van een simulatiestudie, ge¨ınspireerd
op de beschikbare malariagegevens, blijkt de voorgestelde methodologie de kleinste bias
te hebben, vooral wanneer opeenvolgende positieve resultaten van de aanwezigheid van
malariaparasieten binnen een tijdsperiode van 35 dagen beschouwd werden als te wijten
aan dezelfde infectie.
Ten slotte hebben we ons in Hoofdstuk 7 gericht op het modelleren van gap times
tussen terugkerende malaria-episoden. Dit werd gemotiveerd door het feit dat in malaria
cohortstudies met de nadruk op het modelleren van gap times tussen terugkerende
malaria-episodes, analyses meestal worden gedaan zonder rekening te houden met de
censurering van de laatste gap time en door individuen uit te sluiten die vrij blijven
van infectie. Dit heeft ons ertoe aangezet om een correcte integratie van alle gegevens
in de analyse mogelijk te maken. In het bijzonder stellen we een model voor om op
gepaste wijze rekening te houden met verschillende soorten censurering die inherent zijn
aan de manier waarop de gegevens worden verzameld, in combinatie met de geclusterde aard van de gegevens. Meer specifiek zijn we ge¨ınteresseerd in het bestuderen
van de impact van Artemether-Lumefantrine behandeling op het (terugkerende) infectierisico, naast andere factoren, op basis van gegevens uit het Program for Resistance,
Immunology, Surveillance and Modelling of Malaria in Uganda (PRISM; longitudinale
gegevens over 988 kinderen, afkomstig uit 300 huishoudens in drie Oegandese regio’s.
Gegevens gebruikt in Hoofdstuk 6). We hebben drie verschillende scenario’s onderzocht:
(1) interval-gecensureerde gap times, (2) interval- en rechts-gecensureerde gap times,
en (3) alle beschikbare informatie inclusief individuen die geen indicatie van malariainfectie vertonen gedurende de gehele follow-up periode. De resultaten toonden aan
dat de effecten van Artemether-Lumefantrine behandeling op het infectierisico verschillend waren voor de drie scenario’s, wat het belang onderstreept van het opnemen van
rechts-gecensureerde gap times en individuen die infectievrij blijven in de analyses
Statistical methods to estimate infectious disease parameters and individual heterogeneity
No full textVolgens de definitie van het Oxford English Dictionary is een ziekte “een toestand van
het lichaam, of van een deel of orgaan van het lichaam, waarin de functies verstoord of
ontregeld zijn; een ziekelijke lichamelijke toestand; een afwijking van de gezondheidstoestand, vooral wanneer deze veroorzaakt wordt door een structurele verandering”. Ziekten
kunnen worden ingedeeld in besmettelijke (b.v. kinderverlamming, cholera, malaria, waterpokken e.a.) en niet-besmettelijke (b.v. kanker, artritis e.a.) ziekten. Bij de verspreiding van een besmettelijke ziekte wordt rekening gehouden met de kenmerken van het
besmettelijke organisme, de individuele gastheer en de omgeving waarin de overdracht
plaatsvindt. In die zin vereist de overdracht van een besmettelijke ziekteveroorzakende
kiem van een ge¨ınfecteerde gastheer op een vatbaar individu drie hoofdcomponenten,
namelijk: reservoir (of infectiebron), wijze van overdracht (die kan plaatsvinden via vele
verschillende routes), en de vatbare gastheer. In de literatuur wordt melding gemaakt
van verschillende wijzen van overdracht, waarvan de belangrijkste zijn via direct contact
(bv. seksueel overdraagbare ziekten), via de ademhalingswegen (bv. griep, kinkhoest),
via fecaal-oraal (tyfus, dysenterie, veel helminten), of via insectvectoren (malaria en
dengue).
Nadat een individu is ge¨ınfecteerd, hetzij met een virus, bacterie, schimmel, of parasiet,
reageert het lichaam gewoonlijk met de productie van antilichamen (de belangrijkste
componenten van humorale immuniteit) tegen de ziekteverwekker. De antilichamen uit
de immunoglobulineklassen immunoglobuline G (IgG), immunoglobuline M (IgM) en
immunoglobuline A (IgA) zijn de meest voorkomende soorten antilichamen en worden
het vaakst gemeten na een infectie. In tegenstelling tot IgM en IgA worden antilichamen
van de IgG-klasse gewoonlijk in grote hoeveelheden gevormd tijdens de secundaire reactie op een antigeenstimulus (die meestal volgt op de vorming van IgM in de loop van een infectie) en zij leveren de meest uitgebreide en langdurige antilichaamrespons.
Aangezien IgG-antilichamen bovendien jaren na een infectie in het bloedserum kunnen
worden opgespoord, zou hun aanwezigheid in het bloed kunnen wijzen op een recente
of vroegere infectie, althans in een populatie zonder vaccinatie tegen de ziekteverwekker
van belang. Deze serologische onderzoeksgegevens kunnen worden gebruikt om epidemiologische parameters te schatten, zoals de infectiedruk (FOI) en de prevalentie.
Infectieziekte-epidemiologie, de studie van de relatie tussen een infectieus organisme en
zijn individuele gastheer, omvat het gebruik van statistische of mathematische modellen
om infectieziekte-parameters te schatten op basis van beschikbare infectieziektegegevens.
Meer in het bijzonder is het doel de verspreiding van een infectieziekte en het effect ervan
op een bevolking beter te karakteriseren en te begrijpen. De meest gebruikte gegevens
over infectieziekten om dergelijke parameters te schatten zijn serologische gegevens die
via transversale enquˆetes zijn verzameld. Dit soort gegevens wordt meestal verkregen
uit residuele serummonsters die worden verzameld en getest op de aanwezigheid van
bijvoorbeeld IgG-antilichamen die worden aangemaakt als reactie op een infectieverwekker. De “enzyme-linked immunosorbent assay” (ELISA) op basis van een vaste fase
enzyme immunoassay (EIA) is een algemeen gebruikte analytische biochemische test om
de aanwezigheid van een stof, in dit geval antilichaam, in een vloeibaar of nat monster
aan te tonen. Personen worden gewoonlijk ingedeeld als seropositief indien hun testresultaten een bepaalde drempelwaarde overschrijden (gewoonlijk verstrekt door de fabrikant
van de test) en als seronegatief indien de resultaten onder een eventueel andere drempelwaarde vallen. Het tijdshomogene Susceptible-Infected-Recovered (SIR) compartimenteel model dat de ziekteverspreiding van immuniserende infecties beschrijft, ook wel
het statische model genoemd, werd in overweging genomen. Dit compartimenteel model
is houdbaar voor PVB19 en VZV die in dit proefschrift worden beschouwd.
Overlevingsanalyse omvat de modellering van tijd-tot-gebeurtenis gegevens en is een
van de onmisbare onderzoeksmethoden gebruikt in vele wetenschappelijke studiegebieden zoals geneeskunde, biologie, epidemiologie, demografie, actuari¨ele wetenschappen, economie en andere. Sinds zijn ontwikkeling is het door Cox (1972) voorgestelde
proportional hazards een fundamenteel instrument geworden voor de analyse van tijdtot-gebeurtenisgegevens en de theoretische basis ervan is versterkt door het model te
koppelen aan de martingaaltheorie en telprocessen. Sedertdien zijn verschillende uitbreidingen van het oorspronkelijke model voorgesteld die betrekking hebben op complexere
overlevingstijdgegevens. Daartoe behoort het zogenaamde frailty-model voor de analyse van geclusterde overlevingsduurgegevens. De toepassing van frailty-modellen heeft
geleid tot verschillende relevante bijdragen aan overlevingsanalyse voor het modelleren van afhankelijkheid in multivariate time-to-event data. Dergelijke afhankelijkheid kan
bijvoorbeeld ontstaan doordat individuen in dezelfde groep aan elkaar verwant zijn, doordat een gebeurtenis binnen hetzelfde individu meerdere malen voorkomt, of doordat
de ene gebeurtenis het optreden van de andere binnen hetzelfde subject be¨ınvloedt. In
dit proefschrift beperken we onze aandacht tot bivariate gecorreleerde gamma frailty
modellen.
Frailty modellen zijn ontwikkeld om zowel heterogeniteit als associatie in multivariate
time-to-event data te kwantificeren. De laatste jaren zijn in de overlevingsliteratuur
talrijke gedeelde (shared) en gecorreleerde frailty-modellen voorgesteld die verschillende
associatiestructuren en frailty-verdelingen impliceren. Een bivariaat gecorreleerd gamma
frailty model met een additieve decompositie van de frailty variabelen in een som van onafhankelijke gamma componenten werd reeds eerder ge¨ıntroduceerd. Hoewel dit model
een zeer handige gesloten-vorm representatie heeft voor de bivariate overlevingsfunctie,
is de correlatie tussen event- of subject-specifieke frailty’s begrensd, wat een ernstige
beperking wordt wanneer de waarden van de twee frailty varianties substantieel verschillen. In Hoofdstuk 4 bespreken we bestaande gecorreleerde gamma frailty modellen
en stellen we nieuwe modellen voor gebaseerd op bivariate gamma frailty verdelingen.
Dergelijke modellen blijken bruikbaar te zijn voor de analyse van bivariate overlevingstijdgegevens, ongeacht het type censurering. De frailty-methodologie werd toegepast op
rechtsgecensureerde en linksgecensureerde sterftegegevens van Deense tweelingen en op
serologische gegevens over de huidige status van varicella-zoster-virus- en parvovirus
B19-infecties in Belgi¨e. Uit onze analyses is gebleken dat het toepassen van meer flexibele gecorreleerde gamma frailty modellen in termen van de opgelegde associatie- en
correlatiestructuur beter is dan bestaande frailty modellen, inclusief die met een additieve decompositie.
Een beperking van de frailty-modellen bij de toepassing van serologische gegevens is
dat gegevens over de huidige status worden verkregen door ziektespecifieke antilichaamniveaus te dichotomiseren aan de hand van ´e´en of twee drempelwaarden. Deze drempelwaarden worden vaak door de fabrikant van de test verstrekt. Een dergelijke dichotomisering met gebruikmaking van een drempelbenadering kan echter vrijwel zeker
leiden tot een verkeerde indeling van personen als seronegatief of -positief. Een benadering om dit nadeel te ondervangen is het gebruik van mengmodellen waarin continue
antilichaamtiters direct gemodelleerd worden zonder het gebruik van drempelwaarden
en bijbehorende dichotomisering. In Hoofdstuk 5 wordt een Bayesiaans bivariaat mengmodel gebruikt om continue antilichaam niveaus direct te modelleren terwijl rekening wordt gehouden met de aanwezigheid van individuele heterogeniteit en impliciete associatie tussen twee infecties. We pasten het model toe op bivariate serologische gegevens
over het varicella-zoster virus (VZV) en het parvovirus B19 (PVB19). Gezien de aanwijzingen voor mogelijke herinfecties met PVB19, hebben wij ook gekeken naar de complexiteit van het model door een afnemend proces van antilichaamspiegels te beschrijven. Onze resultaten toonden aan dat, hoewel na een steile stijging met de leeftijd, de
waargenomen seroprevalentie voor PVB19 afneemt tussen de leeftijd van 20 en 40, de
gemiddelde antilichaamniveaus enigszins constant blijven met de leeftijd in de seropositieve component. Dit zou kunnen wijzen op een directe invloed van herinfecties met
PVB19 op het aandeel van seropositieve personen. Voor VZV vertoonde het resultaat een
ander profiel. De gemiddelde antilichaamspiegels nemen bij seropositieve personen met
de leeftijd af, wat wijst op een beperkte afnemende humorale immuniteit waargenomen
aandeel seropositieve personen monotoon toeneemt met de leeftijd. Bovendien toonden
we op basis van onze gegevensanalyse aan dat het mengselmodel bijkomende inzichten
verschafte over het afnemend proces van IgG-antilichamen.
De laatste twee hoofdstukken van dit proefschrift handelen over een longitudinale binaire uitkomstvariabele met uitkomstafhankelijke steekproeftrekking voor een malaria
follow-up studie in Oeganda. Om specifieker te zijn, malaria follow-up studies omvatten routine bezoeken op vooraf geplande tijdstippen en/of klinische bezoeken wanneer
individuen malaria-achtige symptomen ervaren. In het laatste geval leidt de infectie
tot de beoordeling van het resultaat, wat leidt tot uitkomstafhankelijke steekproefname (ODS). Veelgebruikte methoden om dergelijke longitudinale gegevens te analyseren negeren ODS en leiden mogelijk tot vertekende schattingen van malaria-specifieke
transmissieparameters, wat leidt tot een onjuiste beoordeling en evaluatie van malariabestrijdingsstrategie¨en. Methoden: In dit artikel stellen we nieuwe methodologie voor om
ODS te behandelen door gebruik te maken van een gezamenlijk model voor de longitudinale binaire uitkomst gemeten bij routinebezoeken en de klinische gebeurtenistijden. De
methodologie is toegepast op malaria parasitaemia gegevens van een cohort van n = 988
Oegandese kinderen van 0,5-10 jaar uit 3 regio’s (Walukuba–300 kinderen, Kihihi–355
kinderen en Nagongera–333 kinderen) met vari¨erende transmissie intensiteiten verzameld
tussen 2011-2014. De resultaten tonen aan dat de prevalentie van malariaparasieten en
de infectiedruk (FOI) toenemen met de leeftijd in de regio van hoge malaria-intensiteit
met de hoogste FOI in de leeftijdsgroep 5-10 jaar. Voor de regio met een gemiddelde
intensiteit neemt de prevalentie licht toe met de leeftijd en is de FOI voor het routineproces het hoogst in de leeftijdsgroep van 5-10 jaar, maar voor de klinische infecties
neemt de FOI geleidelijk af met toenemende leeftijd. Voor de regio met lage intensiteit bereiken zowel de prevalentie als de FOI een piek op de leeftijd van ´e´en jaar, waarna de
eerste constant blijft met de leeftijd, maar de laatste plotseling afneemt met de leeftijd
voor de klinisch waargenomen infecties. Malaria prevalentie en FOI nemen toe met de
leeftijd in de regio van hoge malaria intensiteit. In alle studiegebieden zijn zowel de
prevalentie als de FOI het hoogst bij voorheen asymptomatische kinderen en het laagst
bij hun symptomatische tegenhangers. Op basis van een simulatiestudie, ge¨ınspireerd
op de beschikbare malariagegevens, blijkt de voorgestelde methodologie de kleinste bias
te hebben, vooral wanneer opeenvolgende positieve resultaten van de aanwezigheid van
malariaparasieten binnen een tijdsperiode van 35 dagen beschouwd werden als te wijten
aan dezelfde infectie.
Ten slotte hebben we ons in Hoofdstuk 7 gericht op het modelleren van gap times
tussen terugkerende malaria-episoden. Dit werd gemotiveerd door het feit dat in malaria
cohortstudies met de nadruk op het modelleren van gap times tussen terugkerende
malaria-episodes, analyses meestal worden gedaan zonder rekening te houden met de
censurering van de laatste gap time en door individuen uit te sluiten die vrij blijven
van infectie. Dit heeft ons ertoe aangezet om een correcte integratie van alle gegevens
in de analyse mogelijk te maken. In het bijzonder stellen we een model voor om op
gepaste wijze rekening te houden met verschillende soorten censurering die inherent zijn
aan de manier waarop de gegevens worden verzameld, in combinatie met de geclusterde aard van de gegevens. Meer specifiek zijn we ge¨ınteresseerd in het bestuderen
van de impact van Artemether-Lumefantrine behandeling op het (terugkerende) infectierisico, naast andere factoren, op basis van gegevens uit het Program for Resistance,
Immunology, Surveillance and Modelling of Malaria in Uganda (PRISM; longitudinale
gegevens over 988 kinderen, afkomstig uit 300 huishoudens in drie Oegandese regio’s.
Gegevens gebruikt in Hoofdstuk 6). We hebben drie verschillende scenario’s onderzocht:
(1) interval-gecensureerde gap times, (2) interval- en rechts-gecensureerde gap times,
en (3) alle beschikbare informatie inclusief individuen die geen indicatie van malariainfectie vertonen gedurende de gehele follow-up periode. De resultaten toonden aan
dat de effecten van Artemether-Lumefantrine behandeling op het infectierisico verschillend waren voor de drie scenario’s, wat het belang onderstreept van het opnemen van
rechts-gecensureerde gap times en individuen die infectievrij blijven in de analyses
A Bayesian mixture model accounting for individual heterogeneity in response to pathogenic infection
Full text linkThe analysis of multivariate serological data derived from blood serum samples and tested for the presence of antibodies against multiple pathogens gained attention in recent years. Despite the common use of a so-called threshold approach to classify individuals as seronegative or -positive, limitations of such an approach have been reported in the literature, with the subjective choice of the threshold being the most important. Here, we consider a Bayesian mixture approach to model continuous IgG antibody concentrations directly while accounting for the presence of individual heterogeneity and implied association between antibody titer levels for two infections. We fitted the proposed model to Belgian bivariate serological data on the varicella-zoster virus (VZV) and parvovirus B19 (PVB19). Given the existing body of evidence with respect to possible reinfections with PVB19, we investigated whether models explicitly accounting for waning of humoral immunity improved model fit. Our results showed that although after a steep rise with age, the observed seroprevalence for PVB19 decreases between the ages of 20 and 40, the mean IgG antibody concentration remains constant with age among individuals in the seropositive component. This could provide evidence of a direct impact of reinfections with PVB19 on the observed IgG antibody levels, while individuals with loss of humoral immunity after natural infection imply an increase in susceptibility. For VZV, the mean IgG antibody levels slightly decrease with increasing age among seropositive individuals, indicating only very limited waning of humoral immunity as age-dependent seroprevalence estimates are monotonically increasing with increasing age. In general, based on our analyses, we showed that mixture models provide additional insights concerning the waning of humoral immunity as compared to more traditional frailty approaches, which focus on estimating the seroprevalence solely while the model is sufficiently flexible to capture observed dynamics in IgG antibody decay
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Modelling longitudinal binary outcomes with outcome dependent observation times: an application to a malaria cohort study
No full textBACKGROUND : In spite of the global reduction of 21% in malaria incidence between 2010 and 2015, the disease still threatens many lives of children and pregnant mothers in African countries. A correct assessment and evaluation of the impact of malaria control strategies still remains quintessential in order to eliminate the disease and its burden. Malaria follow-up studies typically involve routine visits at pre-scheduled time points and/or clinical visits whenever individuals experience malaria-like symptoms. In the latter case, infection triggers outcome assessment, thereby leading to outcome-dependent sampling (ODS). Commonly used methods to analyze such longitudinal data ignore ODS and potentially lead to biased estimates of malaria-specific transmission parameters, hence, inducing an incorrect assessment and evaluation of malaria control strategies. METHODS : In this paper, a new method is proposed to handle ODS by use of a joint model for the longitudinal binary outcome measured at routine visits and the clinical event times. The methodology is applied to malaria parasitaemia data from a cohort of [Formula: see text] Ugandan children aged 0.5–10 years from 3 regions (Walukuba—300 children, Kihihi—355 children and Nagongera—333 children) with varying transmission intensities (entomological inoculation rate equal to 2.8, 32 and 310 infectious bites per unit year, respectively) collected between 2011–2014. RESULTS : The results indicate that malaria parasite prevalence and force of infection (FOI) increase with age in the region of high malaria intensity with highest FOI in age group 5–10 years. For the region of medium intensity, the prevalence slightly increases with age and the FOI for the routine process is highest in age group 5–10 years, yet for the clinical infections, the FOI gradually decreases with increasing age. For the region with low intensity, both the prevalence and FOI peak at the age of 1 year after which the former remains constant with age yet the latter suddenly decreases with age for the clinically observed infections. CONCLUSION : Malaria parasite prevalence and FOI increase with age in the region of high malaria intensity. In all study sites, both the prevalence and FOI are highest among previously asymptomatic children and lowest among their symptomatic counterparts. Using a simulation study inspired by the malaria data at hand, the proposed methodology shows to have the smallest bias, especially when consecutive positive malaria parasitaemia presence results within a time period of 35 days were considered to be due to the same infection. SUPPLEMENTARY INFORMATION: The online version contains supplementary material available at 10.1186/s12936-022-04386-1
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
- …
