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Mimes peptidiques de glycosaminoglycanes : synthèses, structures et activités biologiques
No full textGlycosaminoglycans (GAGs) are linear polysaccharides, more or less sulfated, present on the surface of cells and in the extracellular matrix. They interact with a large number of proteins (cytokines, growth factors, enzymes, etc.) and are involved in various physiological and pathological processes. As part of my thesis work, we designed and synthesized GAGs mimetic molecules: anionic peptides of 12 to 24 amino acids, carrying repeated motifs (EC'AC ')n and exhibiting the characteristic functions of natural GAGs, namely the acid functions, provided by glutamic acid, and sulfonic functions, obtained by oxidation of cysteines. A first generation of these sulfopeptides was studied, at the Collège de France, as inhibitors of the interaction of a homeodomain protein (Otx2) with the network of GAGs present around a target cell type of this protein. The peptide comprising six "EC'AC" motifs has shown very promising in vivo activity. A structural study by NMR was then carried out to analyze the interactions of these sulfopeptides with the Otx2 protein produced with a double 13C, 15N labeling. This study confirmed that the interaction takes place at the GAG binding domain of the protein. This interaction also affects the homeodomain helix 3, which is responsible for the internalization of Otx2 into cells. Finally, we completed this structural study with a Biacore-type approach, to develop a strategy for faster analysis of the activity of our analogues and allow us to develop an efficient structure-activity study.Les Glycosaminoglycanes (GAGs) sont des polysaccharides linéaires, plus ou moins sulfatés, présents à la surface des cellules et dans la matrice extracellulaire. Ils interagissent avec un grand nombre de protéines (cytokines, facteurs de croissance, enzymes ...) et sont impliqués dans divers processus physiologiques et pathologiques. Dans le cadre de mon travail de thèse, nous avons conçu et synthétisé des molécules mimes de GAGs : des peptides anioniques de 12 à 24 acides aminés, portant des motifs répétés de type (EC’AC’)n et présentant les fonctions caractéristiques des GAGs naturels, à savoir les fonctions acides, apportées par l’acide Glutamique, et sulfoniques, obtenues par oxydation des Cystéines. Une première génération de ces sulfopeptides a été étudiée, au Collège de France, comme inhibiteurs de l’interaction d’une protéine à homéodomaine (Otx2) avec le réseau de GAGs présents autour d’un type cellulaire cible de cette protéine. Le peptide comportant six motifs « EC’AC’» a montré une activité in vivo très prometteuse. Une étude structurale par RMN a ensuite été réalisée pour analyser les interactions de ces sulfopeptides avec la protéine Otx2 produite avec un double marquage 13C, 15N. Cette étude a confirmé que l’interaction se faisait au niveau du domaine de liaison aux GAGs de la protéine. Cette interaction affecte aussi l’hélice 3 de l’homéodomaine, à l’origine de l’internalisation d’Otx2 dans les cellules. Enfin nous avons complété cette étude structurale par une approche de type Biacore, pour développer une stratégie d’analyse plus rapide de l’activité de nos analogues et nous permettre de développer une étude structure-activité efficace
Mimes peptidiques de glycosaminoglycanes : synthèses, structures et activités biologiques
No full textGlycosaminoglycans (GAGs) are linear polysaccharides, more or less sulfated, present on the surface of cells and in the extracellular matrix. They interact with a large number of proteins (cytokines, growth factors, enzymes, etc.) and are involved in various physiological and pathological processes. As part of my thesis work, we designed and synthesized GAGs mimetic molecules: anionic peptides of 12 to 24 amino acids, carrying repeated motifs (EC'AC ')n and exhibiting the characteristic functions of natural GAGs, namely the acid functions, provided by glutamic acid, and sulfonic functions, obtained by oxidation of cysteines. A first generation of these sulfopeptides was studied, at the Collège de France, as inhibitors of the interaction of a homeodomain protein (Otx2) with the network of GAGs present around a target cell type of this protein. The peptide comprising six "EC'AC" motifs has shown very promising in vivo activity. A structural study by NMR was then carried out to analyze the interactions of these sulfopeptides with the Otx2 protein produced with a double 13C, 15N labeling. This study confirmed that the interaction takes place at the GAG binding domain of the protein. This interaction also affects the homeodomain helix 3, which is responsible for the internalization of Otx2 into cells. Finally, we completed this structural study with a Biacore-type approach, to develop a strategy for faster analysis of the activity of our analogues and allow us to develop an efficient structure-activity study.Les Glycosaminoglycanes (GAGs) sont des polysaccharides linéaires, plus ou moins sulfatés, présents à la surface des cellules et dans la matrice extracellulaire. Ils interagissent avec un grand nombre de protéines (cytokines, facteurs de croissance, enzymes ...) et sont impliqués dans divers processus physiologiques et pathologiques. Dans le cadre de mon travail de thèse, nous avons conçu et synthétisé des molécules mimes de GAGs : des peptides anioniques de 12 à 24 acides aminés, portant des motifs répétés de type (EC’AC’)n et présentant les fonctions caractéristiques des GAGs naturels, à savoir les fonctions acides, apportées par l’acide Glutamique, et sulfoniques, obtenues par oxydation des Cystéines. Une première génération de ces sulfopeptides a été étudiée, au Collège de France, comme inhibiteurs de l’interaction d’une protéine à homéodomaine (Otx2) avec le réseau de GAGs présents autour d’un type cellulaire cible de cette protéine. Le peptide comportant six motifs « EC’AC’» a montré une activité in vivo très prometteuse. Une étude structurale par RMN a ensuite été réalisée pour analyser les interactions de ces sulfopeptides avec la protéine Otx2 produite avec un double marquage 13C, 15N. Cette étude a confirmé que l’interaction se faisait au niveau du domaine de liaison aux GAGs de la protéine. Cette interaction affecte aussi l’hélice 3 de l’homéodomaine, à l’origine de l’internalisation d’Otx2 dans les cellules. Enfin nous avons complété cette étude structurale par une approche de type Biacore, pour développer une stratégie d’analyse plus rapide de l’activité de nos analogues et nous permettre de développer une étude structure-activité efficace
Peptide mimics of glycosaminoglycans : synthesis, structures and biological activities
No full textLes Glycosaminoglycanes (GAGs) sont des polysaccharides linéaires, plus ou moins sulfatés, présents à la surface des cellules et dans la matrice extracellulaire. Ils interagissent avec un grand nombre de protéines (cytokines, facteurs de croissance, enzymes ...) et sont impliqués dans divers processus physiologiques et pathologiques. Dans le cadre de mon travail de thèse, nous avons conçu et synthétisé des molécules mimes de GAGs : des peptides anioniques de 12 à 24 acides aminés, portant des motifs répétés de type (EC’AC’)n et présentant les fonctions caractéristiques des GAGs naturels, à savoir les fonctions acides, apportées par l’acide Glutamique, et sulfoniques, obtenues par oxydation des Cystéines. Une première génération de ces sulfopeptides a été étudiée, au Collège de France, comme inhibiteurs de l’interaction d’une protéine à homéodomaine (Otx2) avec le réseau de GAGs présents autour d’un type cellulaire cible de cette protéine. Le peptide comportant six motifs « EC’AC’» a montré une activité in vivo très prometteuse. Une étude structurale par RMN a ensuite été réalisée pour analyser les interactions de ces sulfopeptides avec la protéine Otx2 produite avec un double marquage 13C, 15N. Cette étude a confirmé que l’interaction se faisait au niveau du domaine de liaison aux GAGs de la protéine. Cette interaction affecte aussi l’hélice 3 de l’homéodomaine, à l’origine de l’internalisation d’Otx2 dans les cellules. Enfin nous avons complété cette étude structurale par une approche de type Biacore, pour développer une stratégie d’analyse plus rapide de l’activité de nos analogues et nous permettre de développer une étude structure-activité efficace.Glycosaminoglycans (GAGs) are linear polysaccharides, more or less sulfated, present on the surface of cells and in the extracellular matrix. They interact with a large number of proteins (cytokines, growth factors, enzymes, etc.) and are involved in various physiological and pathological processes. As part of my thesis work, we designed and synthesized GAGs mimetic molecules: anionic peptides of 12 to 24 amino acids, carrying repeated motifs (EC'AC ')n and exhibiting the characteristic functions of natural GAGs, namely the acid functions, provided by glutamic acid, and sulfonic functions, obtained by oxidation of cysteines. A first generation of these sulfopeptides was studied, at the Collège de France, as inhibitors of the interaction of a homeodomain protein (Otx2) with the network of GAGs present around a target cell type of this protein. The peptide comprising six "EC'AC" motifs has shown very promising in vivo activity. A structural study by NMR was then carried out to analyze the interactions of these sulfopeptides with the Otx2 protein produced with a double 13C, 15N labeling. This study confirmed that the interaction takes place at the GAG binding domain of the protein. This interaction also affects the homeodomain helix 3, which is responsible for the internalization of Otx2 into cells. Finally, we completed this structural study with a Biacore-type approach, to develop a strategy for faster analysis of the activity of our analogues and allow us to develop an efficient structure-activity study
Mimes peptidiques de glycosaminoglycanes : synthèses, structures et activités biologiques
No full textGlycosaminoglycans (GAGs) are linear polysaccharides, more or less sulfated, present on the surface of cells and in the extracellular matrix. They interact with a large number of proteins (cytokines, growth factors, enzymes, etc.) and are involved in various physiological and pathological processes. As part of my thesis work, we designed and synthesized GAGs mimetic molecules: anionic peptides of 12 to 24 amino acids, carrying repeated motifs (EC'AC ')n and exhibiting the characteristic functions of natural GAGs, namely the acid functions, provided by glutamic acid, and sulfonic functions, obtained by oxidation of cysteines. A first generation of these sulfopeptides was studied, at the Collège de France, as inhibitors of the interaction of a homeodomain protein (Otx2) with the network of GAGs present around a target cell type of this protein. The peptide comprising six "EC'AC" motifs has shown very promising in vivo activity. A structural study by NMR was then carried out to analyze the interactions of these sulfopeptides with the Otx2 protein produced with a double 13C, 15N labeling. This study confirmed that the interaction takes place at the GAG binding domain of the protein. This interaction also affects the homeodomain helix 3, which is responsible for the internalization of Otx2 into cells. Finally, we completed this structural study with a Biacore-type approach, to develop a strategy for faster analysis of the activity of our analogues and allow us to develop an efficient structure-activity study.Les Glycosaminoglycanes (GAGs) sont des polysaccharides linéaires, plus ou moins sulfatés, présents à la surface des cellules et dans la matrice extracellulaire. Ils interagissent avec un grand nombre de protéines (cytokines, facteurs de croissance, enzymes ...) et sont impliqués dans divers processus physiologiques et pathologiques. Dans le cadre de mon travail de thèse, nous avons conçu et synthétisé des molécules mimes de GAGs : des peptides anioniques de 12 à 24 acides aminés, portant des motifs répétés de type (EC’AC’)n et présentant les fonctions caractéristiques des GAGs naturels, à savoir les fonctions acides, apportées par l’acide Glutamique, et sulfoniques, obtenues par oxydation des Cystéines. Une première génération de ces sulfopeptides a été étudiée, au Collège de France, comme inhibiteurs de l’interaction d’une protéine à homéodomaine (Otx2) avec le réseau de GAGs présents autour d’un type cellulaire cible de cette protéine. Le peptide comportant six motifs « EC’AC’» a montré une activité in vivo très prometteuse. Une étude structurale par RMN a ensuite été réalisée pour analyser les interactions de ces sulfopeptides avec la protéine Otx2 produite avec un double marquage 13C, 15N. Cette étude a confirmé que l’interaction se faisait au niveau du domaine de liaison aux GAGs de la protéine. Cette interaction affecte aussi l’hélice 3 de l’homéodomaine, à l’origine de l’internalisation d’Otx2 dans les cellules. Enfin nous avons complété cette étude structurale par une approche de type Biacore, pour développer une stratégie d’analyse plus rapide de l’activité de nos analogues et nous permettre de développer une étude structure-activité efficace
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
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