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Ensembles from Ordered and Disordered Proteins Reveal Similar Structural Constraints during Evolution
Full text linkThe conformations accessible to proteins are determined by the inter-residue interactions between amino acid residues. During evolution, structural constraints that are required for protein function providing biologically relevant information can exist. Here, we studied the proportion of sites evolving under structural constraints in two very different types of ensembles, those coming from ordered and disordered proteins. Using a structurally constrained model of protein evolution, we found that both types of ensembles show comparable, near 40%, number of positions evolving under structural constraints. Among these sites, ~ 68% are in disordered regions and ~ 57% of them show long-range inter-residue contacts. Also, we found that disordered ensembles are redundant in reference to their structurally constrained evolutionary information and could be described on average with ~ 11 conformers. Despite the different complexity of the studied ensembles and proteins, the similar constraints reveal a comparable level of selective pressure to maintain their biological functions. These results highlight the importance of the evolutionary information to recover meaningful biological information to further characterize conformational ensembles.Fil: Marchetti, Julia. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Monzón, Alexander. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; Argentina. Università di Padova; Italia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Tosatto, Silvio C.E.. Università di Padova; ItaliaFil: Parisi, Gustavo Daniel. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Fornasari, Maria Silvina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentin
Desarrollo de herramientas bioinformáticas basadas en métodos evolutivos y estructurales para el estudio de proteínas
No full textFil: Marchetti, Julia. Universidad Nacional de Quilmes; Argentina.A lo largo de los años se hizo cada vez más evidente la necesidad de contar con el conocimiento de la estructura tridimensional de una proteína, ya que permite entender numerosos aspectos de la misma. La conservación de la estructura proteica durante la evolución reafirma, a nivel molecular, la importancia de la relación estructura-función, concepto fundacional en Biología. El presente trabajo se centra en el estudio de un conjunto específico de proteínas llamadas Proteínas Intrínsecamente Desordenadas (Intrinsically Disordered Protein IDPs por sus siglas en inglés y llamadas así de aquí en adelante). Estas proteínas presentan características estructurales y dinámicas únicas convirtiéndolas en un desafío para la Biología. Se trata de proteínas ‘recientes’ en el mundo de la Biología Estructural históricamente gobernada por la aparente abundancia de las paradigmáticas proteínas globulares que cuentan con una estructura definida y son paradigmas de la palabra ‘proteínas’ en cualquier libro de texto de Bioquímica. ¿Cuán desestructuradas son las IDPs? ¿Sigue siendo válido el concepto de la relación estructura-función? ¿La ausencia de estructura tiene alguna consecuencia esencial en el proceso de sustitución de los aminoácidos? Si bien las IDPs pueden no tener estructura, no escapan a otros principios fundacionales como el enunciado por Theodosius Dobzhansky: ‘nada tiene sentido en biología si no es a la luz de la evolución’ (Dobzhansky, 1973) y es por ello que en este trabajo de tesis nos enfocamos en dilucidar la relación entre la ausencia de estructura y el proceso de evolución molecular de las IDPs. En el capítulo 1 de esta tesis se dan nociones introductorias que son importantes para el desarrollo de la tesis tales como el concepto del ensemble(1) nativo, plegado de proteínas, diversidad conformacional y una breve introducción sobre la biología de las proteínas intrínsecamente desordenadas. Luego se desarrollan conceptos introductorios de evolución molecular, modelos de evolución y métodos de evaluación de modelos. En el capítulo 2 nos enfocamos en encontrar posibles restricciones estructurales que restringen la divergencia de la secuencia en las IDPs. En el capítulo 3 mostramos el impacto diferencial de las velocidades de evolución sitio-específicas para regiones ordenadas y regiones desordenadas de las IDPs y su relación con características estructurales de las mismas. En el capítulo 4 estudiamos la importancia de determinadas conformaciones en el ensemble de las IDPs en cuanto a definir el estado nativo, y de ahí su importancia en la función biológica de la proteína. En el capítulo 5 contiene las conclusiones generales de este trabajo y perspectivas a futuro
Desarrollo de herramientas bioinformáticas basadas en métodos evolutivos y estructurales para el estudio de proteínas
No full textFil: Marchetti, Julia. Universidad Nacional de Quilmes; Argentina.A lo largo de los años se hizo cada vez más evidente la necesidad de contar con el conocimiento de la estructura tridimensional de una proteína, ya que permite entender numerosos aspectos de la misma. La conservación de la estructura proteica durante la evolución reafirma, a nivel molecular, la importancia de la relación estructura-función, concepto fundacional en Biología. El presente trabajo se centra en el estudio de un conjunto específico de proteínas llamadas Proteínas Intrínsecamente Desordenadas (Intrinsically Disordered Protein IDPs por sus siglas en inglés y llamadas así de aquí en adelante). Estas proteínas presentan características estructurales y dinámicas únicas convirtiéndolas en un desafío para la Biología. Se trata de proteínas ‘recientes’ en el mundo de la Biología Estructural históricamente gobernada por la aparente abundancia de las paradigmáticas proteínas globulares que cuentan con una estructura definida y son paradigmas de la palabra ‘proteínas’ en cualquier libro de texto de Bioquímica. ¿Cuán desestructuradas son las IDPs? ¿Sigue siendo válido el concepto de la relación estructura-función? ¿La ausencia de estructura tiene alguna consecuencia esencial en el proceso de sustitución de los aminoácidos? Si bien las IDPs pueden no tener estructura, no escapan a otros principios fundacionales como el enunciado por Theodosius Dobzhansky: ‘nada tiene sentido en biología si no es a la luz de la evolución’ (Dobzhansky, 1973) y es por ello que en este trabajo de tesis nos enfocamos en dilucidar la relación entre la ausencia de estructura y el proceso de evolución molecular de las IDPs. En el capítulo 1 de esta tesis se dan nociones introductorias que son importantes para el desarrollo de la tesis tales como el concepto del ensemble(1) nativo, plegado de proteínas, diversidad conformacional y una breve introducción sobre la biología de las proteínas intrínsecamente desordenadas. Luego se desarrollan conceptos introductorios de evolución molecular, modelos de evolución y métodos de evaluación de modelos. En el capítulo 2 nos enfocamos en encontrar posibles restricciones estructurales que restringen la divergencia de la secuencia en las IDPs. En el capítulo 3 mostramos el impacto diferencial de las velocidades de evolución sitio-específicas para regiones ordenadas y regiones desordenadas de las IDPs y su relación con características estructurales de las mismas. En el capítulo 4 estudiamos la importancia de determinadas conformaciones en el ensemble de las IDPs en cuanto a definir el estado nativo, y de ahí su importancia en la función biológica de la proteína. En el capítulo 5 contiene las conclusiones generales de este trabajo y perspectivas a futuro
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
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