1,720,961 research outputs found
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Etude par transcriptomique en cellule unique de l'épithélium intestinal au cours de la transition alimentaire du sevrage in vivo et dans un modèle d'organoïdes in vitro chez le lapin
No full textMaturation of the intestinal epithelium during the dietary transition of weaning has long-term health consequences. However, few studies have taken into account the diversity of intestinal epithelial cells during this process. The use of in vitro models, such as organoids, represents an opportunity to study the mechanisms of post-natal maturation under controlled conditions, while limiting the use of animals. However, it is essential to optimize their culture conditions to improve the similarity between the cellular diversity of organoids and that observed in vivo. The aim of this thesis was to study, at the single-cell level: (i) the maturation of intestinal epithelium during the dietary transition in vivo, and (ii) the cellular heterogeneity of organoids as a function of their in vitro culture conditions. The rabbit model was chosen because of its unique suckling strategy (once per day for 5 min), enabling precise control of food intake early in life. Characterization of the rabbit epithelium using single-cell transcriptomics has enabled us to describe, for the first time in this species, the expression profiles of genes specific to stem, progenitor, absorptive (with various levels of differentiation), goblet and enteroendocrine cells. One of the most striking results was the identification of BEST4+ cells, a subpopulation of absorptive cells absent in mice. We then studied the effects of the introduction of solid food on the transcriptome of each cell type by comparing suckling rabbits of the same age ingesting or not solid foods. This dietary transition resulted in global changes in most cell types, including increased expression of genes related to vitamin A metabolism or detoxification mechanisms. Ingestion of solid food also induced changes specific to certain cell types, such as increased expression of the immunoglobulin transporter PIGR in cells located at the bottom of crypts, or of interferon-stimulated genes in absorptive and BEST4+ cells. Finally, we compared the cellular diversity of rabbit caecal organoids cultured in monolayers under submerged or air-liquid interface (ALI) conditions. Stem and progenitor cells in vitro were similar to those in vivo. ALI culture produced goblet cells and some enteroendocrine cells, which were absent in submerged conditions. The goblet cells obtained in vitro showed a transcriptome close to their in vivo counterparts. In addition, a decrease in the expression of genes associated with hypoxia and glycolysis was observed in all cell types in ALI, suggesting that improved oxygenation could promote cell diversification. This thesis established the first single-cell transcriptomic atlas of rabbit intestinal epithelium and revealed the presence of BEST4+ cells in this species. The results also show that the introduction of solid food profoundly alters gene expression in all cell types, irrespective of age. Finally, this thesis demonstrated that ALI culture favors greater cellular heterogeneity in rabbit organoids, and highlighted the associated metabolic regulations. These results may contribute to the development of new strategies for preserving digestive health in early life.La maturation de l'épithélium intestinal lors de la transition alimentaire du sevrage a des conséquences à long terme sur la santé. Toutefois, peu d'études ont pris en compte la diversité des cellules épithéliales intestinales durant ce processus. L'utilisation de modèles in vitro, comme les organoïdes, représente une opportunité pour étudier les mécanismes de maturation post-natale dans des conditions contrôlées, tout en limitant le recours aux animaux. Il est néanmoins essentiel d'optimiser leurs conditions de culture pour améliorer la similitude entre la diversité cellulaire des organoïdes et celle observée in vivo. Cette thèse avait pour objectif d'étudier, à l'échelle de la cellule unique : (i) la maturation de l'épithélium intestinal lors de la transition alimentaire in vivo, et (ii) l'hétérogénéité cellulaire des organoïdes en fonction de leurs conditions de culture in vitro. Le modèle lapin a été choisi en raison de sa stratégie unique d'allaitement (1 fois/jour pendant 5 min), permettant un contrôle précis des apports alimentaires au début de la vie. La caractérisation de l'épithélium du lapin par transcriptomique à l'échelle de la cellule unique a permis de décrire, pour la première fois chez cette espèce, les profils d'expression de gènes spécifiques aux cellules souches, progénitrices, absorbantes (avec divers niveaux de différenciation), caliciformes et entéroendocrines. L'un des résultats marquants est l'identification de cellules BEST4+, une sous-population de cellules absorbantes absente chez la souris. Nous avons ensuite étudié les effets de l'introduction de l'alimentation solide sur le transcriptome de chaque type cellulaire en comparant des lapereaux du même âge allaités et recevant ou non une alimentation solide. Cette transition alimentaire a entraîné des changements globaux dans la plupart des types cellulaires, incluant l'augmentation de l'expression de gènes liés au métabolisme de la vitamine A ou aux mécanismes de détoxification. L'ingestion d'aliments solide a aussi induit des changements spécifiques à certains types cellulaires, tels que l'augmentation de l'expression du transporteur des immunoglobulines PIGR dans les cellules situées au fond des cryptes, ou de gènes stimulés par les interférons dans les cellules absorbantes et BEST4+. Enfin, nous avons comparé la diversité cellulaire d'organoïdes caecaux de lapin cultivés en monocouches en conditions immergée ou en interface air-liquide (ALI). Les cellules souches et progénitrices in vitro étaient similaires à celles in vivo. La culture en ALI a permis de générer des cellules caliciformes et quelques cellules entéroendocrines qui étaient absentes en condition immergée. Les cellules caliciformes obtenues présentaient un transcriptome proche de leurs équivalents in vivo. De plus, une diminution de l'expression des gènes associés à l'hypoxie et à la glycolyse a été observée dans tous les types cellulaires en ALI, suggérant que la meilleure oxygénation pourrait favoriser la diversification cellulaire. Cette thèse a ainsi permis d'établir le premier atlas transcriptomique en cellule unique de l'épithélium intestinal du lapin et de révéler la présence de cellules BEST4+ chez cette espèce. Les résultats obtenus montrent également que l'introduction de l'alimentation solide modifie profondément l'expression génique dans l'ensemble des types cellulaires, indépendamment de l'âge. Enfin, cette thèse a permis de démontrer que la culture ALI favorise une plus grande hétérogénéité cellulaire des organoïdes de lapin et met en évidence les régulations métaboliques associées. Ces résultats pourront contribuer au développement de nouvelles stratégies pour préserver la santé digestive en début de vie
Etude par transcriptomique en cellule unique de l'épithélium intestinal au cours de la transition alimentaire du sevrage in vivo et dans un modèle d'organoïdes in vitro chez le lapin
No full textMaturation of the intestinal epithelium during the dietary transition of weaning has long-term health consequences. However, few studies have taken into account the diversity of intestinal epithelial cells during this process. The use of in vitro models, such as organoids, represents an opportunity to study the mechanisms of post-natal maturation under controlled conditions, while limiting the use of animals. However, it is essential to optimize their culture conditions to improve the similarity between the cellular diversity of organoids and that observed in vivo. The aim of this thesis was to study, at the single-cell level: (i) the maturation of intestinal epithelium during the dietary transition in vivo, and (ii) the cellular heterogeneity of organoids as a function of their in vitro culture conditions. The rabbit model was chosen because of its unique suckling strategy (once per day for 5 min), enabling precise control of food intake early in life. Characterization of the rabbit epithelium using single-cell transcriptomics has enabled us to describe, for the first time in this species, the expression profiles of genes specific to stem, progenitor, absorptive (with various levels of differentiation), goblet and enteroendocrine cells. One of the most striking results was the identification of BEST4+ cells, a subpopulation of absorptive cells absent in mice. We then studied the effects of the introduction of solid food on the transcriptome of each cell type by comparing suckling rabbits of the same age ingesting or not solid foods. This dietary transition resulted in global changes in most cell types, including increased expression of genes related to vitamin A metabolism or detoxification mechanisms. Ingestion of solid food also induced changes specific to certain cell types, such as increased expression of the immunoglobulin transporter PIGR in cells located at the bottom of crypts, or of interferon-stimulated genes in absorptive and BEST4+ cells. Finally, we compared the cellular diversity of rabbit caecal organoids cultured in monolayers under submerged or air-liquid interface (ALI) conditions. Stem and progenitor cells in vitro were similar to those in vivo. ALI culture produced goblet cells and some enteroendocrine cells, which were absent in submerged conditions. The goblet cells obtained in vitro showed a transcriptome close to their in vivo counterparts. In addition, a decrease in the expression of genes associated with hypoxia and glycolysis was observed in all cell types in ALI, suggesting that improved oxygenation could promote cell diversification. This thesis established the first single-cell transcriptomic atlas of rabbit intestinal epithelium and revealed the presence of BEST4+ cells in this species. The results also show that the introduction of solid food profoundly alters gene expression in all cell types, irrespective of age. Finally, this thesis demonstrated that ALI culture favors greater cellular heterogeneity in rabbit organoids, and highlighted the associated metabolic regulations. These results may contribute to the development of new strategies for preserving digestive health in early life.La maturation de l'épithélium intestinal lors de la transition alimentaire du sevrage a des conséquences à long terme sur la santé. Toutefois, peu d'études ont pris en compte la diversité des cellules épithéliales intestinales durant ce processus. L'utilisation de modèles in vitro, comme les organoïdes, représente une opportunité pour étudier les mécanismes de maturation post-natale dans des conditions contrôlées, tout en limitant le recours aux animaux. Il est néanmoins essentiel d'optimiser leurs conditions de culture pour améliorer la similitude entre la diversité cellulaire des organoïdes et celle observée in vivo. Cette thèse avait pour objectif d'étudier, à l'échelle de la cellule unique : (i) la maturation de l'épithélium intestinal lors de la transition alimentaire in vivo, et (ii) l'hétérogénéité cellulaire des organoïdes en fonction de leurs conditions de culture in vitro. Le modèle lapin a été choisi en raison de sa stratégie unique d'allaitement (1 fois/jour pendant 5 min), permettant un contrôle précis des apports alimentaires au début de la vie. La caractérisation de l'épithélium du lapin par transcriptomique à l'échelle de la cellule unique a permis de décrire, pour la première fois chez cette espèce, les profils d'expression de gènes spécifiques aux cellules souches, progénitrices, absorbantes (avec divers niveaux de différenciation), caliciformes et entéroendocrines. L'un des résultats marquants est l'identification de cellules BEST4+, une sous-population de cellules absorbantes absente chez la souris. Nous avons ensuite étudié les effets de l'introduction de l'alimentation solide sur le transcriptome de chaque type cellulaire en comparant des lapereaux du même âge allaités et recevant ou non une alimentation solide. Cette transition alimentaire a entraîné des changements globaux dans la plupart des types cellulaires, incluant l'augmentation de l'expression de gènes liés au métabolisme de la vitamine A ou aux mécanismes de détoxification. L'ingestion d'aliments solide a aussi induit des changements spécifiques à certains types cellulaires, tels que l'augmentation de l'expression du transporteur des immunoglobulines PIGR dans les cellules situées au fond des cryptes, ou de gènes stimulés par les interférons dans les cellules absorbantes et BEST4+. Enfin, nous avons comparé la diversité cellulaire d'organoïdes caecaux de lapin cultivés en monocouches en conditions immergée ou en interface air-liquide (ALI). Les cellules souches et progénitrices in vitro étaient similaires à celles in vivo. La culture en ALI a permis de générer des cellules caliciformes et quelques cellules entéroendocrines qui étaient absentes en condition immergée. Les cellules caliciformes obtenues présentaient un transcriptome proche de leurs équivalents in vivo. De plus, une diminution de l'expression des gènes associés à l'hypoxie et à la glycolyse a été observée dans tous les types cellulaires en ALI, suggérant que la meilleure oxygénation pourrait favoriser la diversification cellulaire. Cette thèse a ainsi permis d'établir le premier atlas transcriptomique en cellule unique de l'épithélium intestinal du lapin et de révéler la présence de cellules BEST4+ chez cette espèce. Les résultats obtenus montrent également que l'introduction de l'alimentation solide modifie profondément l'expression génique dans l'ensemble des types cellulaires, indépendamment de l'âge. Enfin, cette thèse a permis de démontrer que la culture ALI favorise une plus grande hétérogénéité cellulaire des organoïdes de lapin et met en évidence les régulations métaboliques associées. Ces résultats pourront contribuer au développement de nouvelles stratégies pour préserver la santé digestive en début de vie
Etude par transcriptomique en cellule unique de l'épithélium intestinal au cours de la transition alimentaire du sevrage in vivo et dans un modèle d'organoïdes in vitro chez le lapin
No full textMaturation of the intestinal epithelium during the dietary transition of weaning has long-term health consequences. However, few studies have taken into account the diversity of intestinal epithelial cells during this process. The use of in vitro models, such as organoids, represents an opportunity to study the mechanisms of post-natal maturation under controlled conditions, while limiting the use of animals. However, it is essential to optimize their culture conditions to improve the similarity between the cellular diversity of organoids and that observed in vivo. The aim of this thesis was to study, at the single-cell level: (i) the maturation of intestinal epithelium during the dietary transition in vivo, and (ii) the cellular heterogeneity of organoids as a function of their in vitro culture conditions. The rabbit model was chosen because of its unique suckling strategy (once per day for 5 min), enabling precise control of food intake early in life. Characterization of the rabbit epithelium using single-cell transcriptomics has enabled us to describe, for the first time in this species, the expression profiles of genes specific to stem, progenitor, absorptive (with various levels of differentiation), goblet and enteroendocrine cells. One of the most striking results was the identification of BEST4+ cells, a subpopulation of absorptive cells absent in mice. We then studied the effects of the introduction of solid food on the transcriptome of each cell type by comparing suckling rabbits of the same age ingesting or not solid foods. This dietary transition resulted in global changes in most cell types, including increased expression of genes related to vitamin A metabolism or detoxification mechanisms. Ingestion of solid food also induced changes specific to certain cell types, such as increased expression of the immunoglobulin transporter PIGR in cells located at the bottom of crypts, or of interferon-stimulated genes in absorptive and BEST4+ cells. Finally, we compared the cellular diversity of rabbit caecal organoids cultured in monolayers under submerged or air-liquid interface (ALI) conditions. Stem and progenitor cells in vitro were similar to those in vivo. ALI culture produced goblet cells and some enteroendocrine cells, which were absent in submerged conditions. The goblet cells obtained in vitro showed a transcriptome close to their in vivo counterparts. In addition, a decrease in the expression of genes associated with hypoxia and glycolysis was observed in all cell types in ALI, suggesting that improved oxygenation could promote cell diversification. This thesis established the first single-cell transcriptomic atlas of rabbit intestinal epithelium and revealed the presence of BEST4+ cells in this species. The results also show that the introduction of solid food profoundly alters gene expression in all cell types, irrespective of age. Finally, this thesis demonstrated that ALI culture favors greater cellular heterogeneity in rabbit organoids, and highlighted the associated metabolic regulations. These results may contribute to the development of new strategies for preserving digestive health in early life.La maturation de l'épithélium intestinal lors de la transition alimentaire du sevrage a des conséquences à long terme sur la santé. Toutefois, peu d'études ont pris en compte la diversité des cellules épithéliales intestinales durant ce processus. L'utilisation de modèles in vitro, comme les organoïdes, représente une opportunité pour étudier les mécanismes de maturation post-natale dans des conditions contrôlées, tout en limitant le recours aux animaux. Il est néanmoins essentiel d'optimiser leurs conditions de culture pour améliorer la similitude entre la diversité cellulaire des organoïdes et celle observée in vivo. Cette thèse avait pour objectif d'étudier, à l'échelle de la cellule unique : (i) la maturation de l'épithélium intestinal lors de la transition alimentaire in vivo, et (ii) l'hétérogénéité cellulaire des organoïdes en fonction de leurs conditions de culture in vitro. Le modèle lapin a été choisi en raison de sa stratégie unique d'allaitement (1 fois/jour pendant 5 min), permettant un contrôle précis des apports alimentaires au début de la vie. La caractérisation de l'épithélium du lapin par transcriptomique à l'échelle de la cellule unique a permis de décrire, pour la première fois chez cette espèce, les profils d'expression de gènes spécifiques aux cellules souches, progénitrices, absorbantes (avec divers niveaux de différenciation), caliciformes et entéroendocrines. L'un des résultats marquants est l'identification de cellules BEST4+, une sous-population de cellules absorbantes absente chez la souris. Nous avons ensuite étudié les effets de l'introduction de l'alimentation solide sur le transcriptome de chaque type cellulaire en comparant des lapereaux du même âge allaités et recevant ou non une alimentation solide. Cette transition alimentaire a entraîné des changements globaux dans la plupart des types cellulaires, incluant l'augmentation de l'expression de gènes liés au métabolisme de la vitamine A ou aux mécanismes de détoxification. L'ingestion d'aliments solide a aussi induit des changements spécifiques à certains types cellulaires, tels que l'augmentation de l'expression du transporteur des immunoglobulines PIGR dans les cellules situées au fond des cryptes, ou de gènes stimulés par les interférons dans les cellules absorbantes et BEST4+. Enfin, nous avons comparé la diversité cellulaire d'organoïdes caecaux de lapin cultivés en monocouches en conditions immergée ou en interface air-liquide (ALI). Les cellules souches et progénitrices in vitro étaient similaires à celles in vivo. La culture en ALI a permis de générer des cellules caliciformes et quelques cellules entéroendocrines qui étaient absentes en condition immergée. Les cellules caliciformes obtenues présentaient un transcriptome proche de leurs équivalents in vivo. De plus, une diminution de l'expression des gènes associés à l'hypoxie et à la glycolyse a été observée dans tous les types cellulaires en ALI, suggérant que la meilleure oxygénation pourrait favoriser la diversification cellulaire. Cette thèse a ainsi permis d'établir le premier atlas transcriptomique en cellule unique de l'épithélium intestinal du lapin et de révéler la présence de cellules BEST4+ chez cette espèce. Les résultats obtenus montrent également que l'introduction de l'alimentation solide modifie profondément l'expression génique dans l'ensemble des types cellulaires, indépendamment de l'âge. Enfin, cette thèse a permis de démontrer que la culture ALI favorise une plus grande hétérogénéité cellulaire des organoïdes de lapin et met en évidence les régulations métaboliques associées. Ces résultats pourront contribuer au développement de nouvelles stratégies pour préserver la santé digestive en début de vie
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
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