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Characterization of the memory B cell response against SARS-CoV-2 after infection or vaccination
No full textDébut 2020, le SARS-CoV-2 est responsable de la première vague de la pandémie de COVID-19. L'acquisition d'une mémoire immunitaire protectrice contre ce nouveau pathogène pour l'Homme est alors incertaine. La mémoire immunitaire résulte du système immunitaire adaptatif essentiellement composé des lymphocytes B (LB) et des lymphocytes T. Lors d'une réponse primaire, les LB naïfs spécifiques peuvent prendre part à la réaction extra-folliculaire afin de se différencier rapidement en cellules sécrétrices d'anticorps à courte durée de vie, ou bien participer à la réaction des centres germinatifs (GC). Les GC sont le siège du processus d'hypermutation somatique des régions variables de l'immunoglobuline qui permet la maturation d'affinité des LB et donne naissance à deux types cellulaires à longue durée de vie : les plasmocytes et les LB mémoires. Notre travail a cherché à caractériser la réponse lymphocytaire B mémoire se mettant en place au décours de l'infection ou de la vaccination par vaccin à ARNm, et à comprendre le rôle de l'immunité innée dans l'induction de la réponse lymphocytaire B après vaccination. Dans un premier temps, nous avons étudié la réponse lymphocytaire B contre le SARS-CoV-2 au décours de l'infection. Grace à une analyse longitudinale en cellule unique, nous avons montré qu'une réaction extra-folliculaire se mettait rapidement en place, recrutant des LB naïfs mais aussi des LB mémoires préexistants cross-réactifs avec les coronavirus saisonniers HCoV-HKU1 et OC43. En parallèle, des LB mémoires neutralisants dirigés contre le domaine RBD de la protéine Spike du SARS-CoV-2 apparaissaient avec le temps et acquéraient des mutations dans les régions variables d'immunoglobuline pendant 6 mois, témoignant d'une réaction des GC. Ces LB mémoires persistaient de façon remarquablement stable jusqu'à un an après l'infection. Par la suite, nous avons pu montrer que la vaccination de ces sujets convalescents avec un vaccin à ARNm (BNT162b2) ne restreignait pas la diversité du répertoire des LB mémoires et permettait l'installation d'une réaction des GC chez les sujets naïfs du SARS-CoV-2, avec un export progressif de lymphocytes B mémoires de haute affinité et neutralisants le SARS-CoV-2. Chez les sujets convalescents comme chez les sujets naïfs, la diversité du répertoire permettait à une large fraction du répertoire des LB mémoires de reconnaitre le domaine RBD des variants α, β, γ, δ et κ avec une forte affinité. De tous les variants testés, omicron était celui qui échappait de façon la plus importante au système immunitaire, néanmoins environ 30% des clones restaient de haute affinité, et 13% neutralisants. Enfin, nous avons étudié la réponse vaccinale chez des patients atteints de déficits sur les voies des interférons de type 1, les exposant au risque de formes graves de COVID-19, afin de comprendre si la production d'interféron de type I, suite à la détection résiduelle de l'ARNm modifié des vaccins par les récepteurs de l'immunité innée, était nécessaire pour établir une réponse B. Nous avons pu montrer que la réponse IgG anti RBD à long terme était globalement similaire entre les sujets sains et les patients ayant une perte de fonction IRF7, TLR7 ou IFNAR1 ou ayant des auto-anticorps neutralisants les interférons α et/ou ω. De même, des LB mémoires spécifiques du RBD étaient retrouvés dans des proportions similaires entre les groupes et avaient acquis des mutations somatiques, témoignant d'une maturation d'affinité dans les GC, suggérant qu'une telle réaction pouvait s'établir en l'absence d'interféron de type 1. Au total, cette thèse présente une caractérisation longitudinale unique de la réponse lymphocytaire B mémoire contre le SARS-CoV-2 après infection ou vaccination avec les vaccins à ARNm développés dans le cadre de la lutte contre le COVID-19. Des travaux futurs permettront de mieux comprendre comment le répertoire généré évoluera après infection ou vaccination avec les variants du SARS-CoV-2.In early 2020, SARS-CoV-2 causes the first wave of the COVID-19 pandemic. The acquisition of a protective immune memory against this new human pathogen is then uncertain. Immune memory mainly relies on the adaptative immune system, composed of B cells and T cells. During a primary response, specific naïve B cells can be recruited to the extra-follicular reaction to quickly differentiate into short-lived antibody secreting cells, or they can enter the germinal center (GC) reaction. In GC, somatic hypermutation in the variable regions of the immunoglobulin take place, driving the affinity maturation process. GCs also give rise to two kinds of long-lived cell types: plasma cells and memory B cells (MBCs). Our aim was to characterize the memory B cell response after infection or vaccination with mRNA vaccines, and to understand to role of innate immunity in the induction of B cell response after vaccination. First, we characterized MBC responses following SARS-CoV-2 infection. Using single-cell longitudinal analysis, we showed that an extra-follicular response quickly settled, recruiting naïve B cells but also pre-existing MBCs cross-reactive to the seasonal coronaviruses HCoV-HKU1 and OC43. In parallel, neutralizing memory B cells against the SARS-CoV-2 Spike RBD progressively accumulated with time and acquired somatic mutation in the variable regions of the immunoglobulin for up to 6 months, hallmark of a long-lasting GC response. These MBCs remained remarkably stable up to one year after the infection. We also showed that vaccination of COVID-19 recovered subjects with mRNA vaccine (BNT162b2) did not restrain the MBCs repertoire diversity and equally allowed for the settlement of a lasting germinal center reaction in COVID-19 naive individuals, generating high-affinity SARS-CoV-2 neutralizing MBCs. In SARS-CoV-2 recovered as well as in naive individuals, the diversity of the repertoire allowed for a large fraction of the MBC repertoire to bind with high affinity the RBD of α, β, γ, δ and κ variants. Among all tested variants, Omicron had the most important immune evasion potential, but 30% of MBC clones retained high affinity and 13% remained neutralizing. Finally, we studied mRNA vaccine response in patients with type I interferon deficiencies, at high risk of severe COVID-19, to understand whether type I interferon production after residual sensing of modified mRNA from mRNA vaccine by innate immune system receptors was necessary to settle a B cell response. We found that the anti-RBD IgG response was globally similar between healthy controls and patients with TLR7, IRF7 or IFNAR1 loss of function or auto-antibodies neutralizing α and or ω interferons. RBD-specific MBCs were also found at similar proportions between groups and displayed similar levels of somatic mutations, highlighting normal affinity maturation process in the GC and suggesting that this reaction could settle even in the absence of type I interferons
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Pas de titre en anglais
No full textLes plasmocytes à longue durée de vie responsables de la production d’anticorps sont majoritairement retrouvés dans la moelle osseuse (Manz, et al 1997). D’autres sites de résidence ont été décrits, comme la rate ou les lieux de réactions immunes inflammatoires. Au cours de ce travail, nous nous sommes attachés à décrire les caractéristiques des cellules plasmocytaires responsables de la sécrétion d’anticorps pathogéniques, dans une maladie auto-immune, le purpura thrombopénique immunologique (PTI). Le PTI est une maladie caractérisée par une thrombopénie d’intensité variable associée à la présence d’anticorps anti-plaquettes à l’origine d’une destruction des plaquettes par les macrophages spléniques.Nous avons étudié la rate de ces patients dans différentes conditions pathologiques, splénectomisés en seconde ligne thérapeutique, ou après traitement par un anticorps anti-CD20 déplétant les lymphocytes B. En étudiant les tissus spléniques des patients en échec primaire du traitement par anti-CD20, nous avons mis en évidence une population plasmocytaire résiduelle splénique constituée principalement de plasmocytes, qui en l’absence de lymphocytes B proliférant, préexistaient à la déplétion B. L’analyse du transcriptome de ces plasmocytes, a révélé un profil comparable aux plasmocytes de la moelle osseuse, avec un programme à longue durée de vie. A l’inverse, les plasmocytes des donneurs sains, ainsi que les plasmocytes des patients non traités par les anti-CD20 présentaient un profil intermédiaire entre les plasmocytes à longue durée de vie et les plasmablastes. Une analyse plus fine en cellule unique a confirmée qu’il s’agissait d’une population intermédiaire. Ainsi, la déplétion lymphocytaire B (par l’anticorps anti-CD20) dans le PTI semble favoriser la différenciation en plasmocytes à longue durée de vie dans la rate de ces patients, expliquant ainsi pour certain d’entre eux l’absence de réponse thérapeutique. Nos résultats suggèrent ainsi que les modifications de l’environnement splénique par la déplétion B, pourraient promouvoir la différenciation et l’établissement de plasmocytes « normaux » en plasmocytes à longue durée de vie dans la rate, notamment par le biais de BAFF (B-cell activating factor), ouvrant la perspective à des travaux fondamentaux, et surtout à des applications cliniques qui permettraient en modulant l’environnement splénique lors du traitement anti-CD20 d’empêcher la formation des plasmocytes à longue durée de vie et donc la splénectomie.Pas de résumé en anglai
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
Author-wise bibliometric analysis based on entropy.
No full textAuthor-wise bibliometric analysis based on entropy.</p
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