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Searching for immunomodulatory sequences in sea bass (Dicentrarchus labrax L.): Transcripts analysis from thymus
No full textMolecular and structural characterisation of a macrophage migration inhibitory factor from sea bass (Dicentrarchus labrax L.)
No full textThe macrophage migration inhibitory factor (MIF) is a cytokine produced in numerous cell types, mainly T lymphocytes and macrophages, in response to inflammatory stimuli. In this paper we report the identification of a cDNA encoding a MIF molecule from sea bass (Dicentrarchus labrax L.), its expression analysis and its 3D structure obtained by template-based modelling. The sea bass MIF cDNA consists of 609bp that translates in one reading frame to give the entire molecule containing 115 amino acids. The sequence contains three cysteine residues in conserved positions compared to human MIF and most Teleost fishes, with the exception of zebrafish and carp. The Cys57-Ala58-Leu59-Cys60 motif, present inside the stretch important for JAB1-interaction and mediator of the thiol-protein oxidoreductase activity of MIF, is conserved in sea bass, together with the Pro2 residue that is crucial for the tautomerase catalytic activity. Real-time PCR analyses revealed that MIF is constitutively expressed in all selected tissues and organs, with the highest mRNA level observed in thymus. MIF expression was induced after 4h in vitro stimulation of head kidney leukocytes with LPS and decreased after 24h. The predicted 3D model of sea bass MIF has been used to verify the presence of structural requirements for its known biological activities
Effetti dei diversi trattamenti post-raccolta sull'espresione di geni nelle drupe di caffè (coffea arabica)
Full text link2008/2009L'aroma di una tazza di caffè appena preparata è l'espressione finale di una lunga catena di trasformazioni che partano dal chicco verde alla bevanda fumante. I semi di caffè contengono tutti i precursori necessari per generare l'aroma durante la fase di tostatura, ma nel determinare un prodotto di qualità concorrono diversi fattori: la genetica, la chimica, l'ambiente e l'uomo.
Questo lavoro di ricerca si divide essenzialmente in due parti. In una prima fase è stato possibile aggiornare il database locale con informazioni genetiche riguardanti il trascrittoma delle drupe in via di maturazione di Coffea arabica. La seconda fase, mediante l'utilizzo della tecnica della real time PCR, ha permesso lo studio del profilo di espressione genica dei semi di caffè verde trattati con diversi metodi post-raccolta e con diverse percentuali di acqua.
La raccolta di cDNA di drupe in via di sviluppo è stata processata attraverso l'utilizzo di 2 diverse tecniche di sequenziamento, il metodo a terminazione di catena (Sanger) e l'innovativo pirosequenziamento (454 Sequencing) ed è stato possibile aggiornare il database locale (www.coffeedna.net). In totale sono state ottenute 148.777 sequenze sotto forma di Expressed Sequence Tag's (EST). Queste sono state processate eliminando sequenze a bassa qualità, sequenze altamente ripetute e togliendo eventuali adattatori. Successivamente sono state sottoposte ad assemblaggio ibrido, metodica che permette di utilizzare i dati derivanti da tecniche di sequenziamento diverse (454 Sequencing e Sanger) per ottenere delle lunghe sequenze contigue (contig) rappresentanti di potenziali geni. Successivamente è stata fatta l'annotazione genomica per l'idetificazione dei geni e di altri elementi funzionali. In totale è stato possibile annotare 5.774 contig (sui 22.383 iniziali), pari al 25,66% di identificazioni. Nella seconda fase del progetto di ricerca, l’obiettivo è stato volto alla caratterizzazione di alcuni processi biologici mediante un’attenta valutazione quantitativa dell’espressione genica con real time PCR. Si tratta di una tecnologia sensibile e specifica che consente la contemporanea valutazione di un certo numero di marcatori utilizzando una limitata quantità di campione. Questa metodica consente di avere un dato di espressione relativa di un gene bersaglio che viene quantizzato normalizzando contro qualcosa di costitutivo, i geni di riferimento (o reference genes). Questi sono trascritti il cui livello di espressione è costante attraverso tutti i campioni e nelle varie condizioni di reazione. Per questo lavoro sono stati identificati 2 specifici reference genes (GAPDH e Rpl 7) di Coffea arabica. Dalle informazioni dei database pubblici e del nostro database locale è stato invece possibile selezionare e disegnare 16 coppie di primer, specifici per C. arabica, da studiare nell'analisi di espressione dei geni in determinati campioni.
Un profilo di espressione genica viene definito come l’insieme dei geni attivati in un tessuto in un particolare momento o condizione. È possibile misurare le differenzetra tessuti diversamente trattati, analizzandone semplicemente il profilo dei geni espressi attraverso la tecnica della real time PCR. Per questo lavoro di tesi sono stati selezionati 16 geni d'interesse sia metabolico che biochimico, coinvolti in diverse attività cellulari di regolazione dei livelli di alcuni composti, quali lipidi, carboidrati, caffeina e acidi clorogenici, associati a caratteristiche qualitative della bevanda. I geni selezionati sono stati studiati in diversi campioni e in diverse situazioni. Innanzitutto sono state studiate le relazioni tra l'espressione relativa dei geni in campioni che si differenziano per il luogo di crescita e per i trattamenti post-raccolta. Avendo a disposizione semi di caffè verde di origine brasiliana coltivati in 2 località e trattati con 3 diversi trattamenti postraccolta (metodo naturale, lavato e semilavato) è stato possibile evidenziare come in alcuni casi le località siano discriminanti sull'espressione genica, mentre altre volte siano i trattamenti post-raccolta ad essere significativi della variabilità nell'espressione genica. In un secondo momento gli stessi geni sono stati analizzati in campioni con diverse concentrazioni di acqua nel seme verde. È ben noto dalla normativa internazionale di standardizzazione ISO 1446:2001 che il contenuto di acqua del seme deve corrispondere ad un valore pari al'11±1% per consentire un adeguato stoccaggio e trasporto dei campioni senza incorrere in difetti quali la fermentazione o la rottura dei chicchi. Dalle analisi real time è stato possibile individuare come in alcuni casi le percentuali di acqua incidano in modo significativo sull'espressione di alcuni geni: dopo un picco di attività nei campioni con il 14,1% di acqua residua, al diminuire della concentrazione di acqua residua diminuisce l'espressione di alcuni geni, probabilmente in seguito ad una degradazione del delicato messaggero. Questi dati sono molto importanti dal punto di vista qualitativo perché potrebbero consentire alcune migliorie nella qualità finale del prodotto. È doveroso ricordare che nella definizione dell'aroma ci sono più di 800 singoli composti che combinandosi tra loro danno origine alle qualità percettive della bevanda ed inoltre la componente personale ha un impatto importante sulla definizione di miglior o peggior aroma.XXII Ciclo197
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Muscle transcriptome profiling in divergent phenotype swine breeds during growth using microarray and RT-PCR tools
No full textAn array consisting of 10,665 oligo 70mer was used to evaluate the longissimus dorsi muscle tissue expression during growth in nine pigs belonging to Casertana, an autochthonous breed characterized by slow growth and a massive accumulation of backfat, Large White, and a crossbreed (Duroc X Landrace X Large White). The results have been validated through real time PCR. Animals were of the same age and raised in the same environmental conditions. Muscle tissues were collected at 3, 6, 9, and 11 months, and a total of 272 genes showing significant changes between Casertana and cosmopolitan genetic types at 3 months of age have been found.
Time series cluster analysis indicated that Casertana breed had a different pattern of gene expressions compared to the Large White and the crossbreed. For Casertana pigs, a first cluster showed 105 genes were under-expressed at 3 months of age and a second cluster indicated 52 genes were over-expressed at 3 months of age, in comparison to the other genetic types.
As expected, differentially expressed genes were in the category of “contractile fibre” and transcriptional factors involved in muscle development and differentiation. These finding highlight muscle expression genes during pig growth and are useful to understand the genetic meaning of the different developmental rates
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
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