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Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
Caracterización proteómica, funcional e inmunoneutralización del veneno de la serpiente Porthidium porrasi de Costa Rica
Full text linkCon el fin de generar conocimiento de base sobre los venenos de las serpientes que habitan Costa Rica, en este proyecto se realizó la caracterización proteómica, funcional e inmunoneutralización del veneno de la serpiente Porthidium porrasi, una especie de reciente descripción. Dicho conocimiento permite ampliar la comprensión sobre la composición de su veneno, así como las correlaciones entre composición, actividades tóxicas y propiedades inmunológicas. A su vez, esta información es de interés para la optimización de los antivenenos producidos actualmente. El abordaje metodológico para realizar esta caracterización integral del veneno se basó en una plataforma de análisis proteómico previamente desarrollada, que se ha utilizado en el estudio de una amplia variedad de venenos de serpiente en el país.
Las proteínas más abundantes del veneno fueron identificadas como metaloproteinasas (36.5%), seguidas por las proteínas que pertenecen a la familia de las disintegrinas (19,5%), fosfolipasas A2 (PLA2) (10,7%), serina proteinasas (7,4%), lectinas tipo C (6,9%), factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF) (2,1%), proteínas secretoras ricas en cisteína (1,2%), L-aminoácido oxidasas (1,1%), fosfolipasas B (PLB) (1,1%) y fosfodiesterasas (PDE) (0,6%).
El veneno de P. porrasi mostró una potencia letal relativamente débil en ratones (LD50=10 μg/g de peso corporal por vía intraperitoneal). Además, indujo una hemorragia y edema marcados y un débil efecto miotóxico. Estas actividades in vivo, así como las analizadas in vitro (actividades proteolítica y fosfolipasa A2) se correlacionaron con los datos de composición.
Dado que los venenos de algunas otras especies del género Porthidium se han caracterizado en trabajos anteriores, como es el caso de P. nasutum y P. ophryomegas de Costa Rica y P. lansbergii lansbergii de Colombia, se realizó además una comparación de sus composiciones proteicas con la del veneno de P. porrasi, encontrando que en general tienen una alta semejanza: la comparación de los cuatro venenos refleja conservación de las distribuciones de las familias de proteínas, con pequeñas variaciones. Los cuatro venenos están dominados por metaloproteinasas, disintegrinas y PLA2s, aunque se observaron variaciones en la presencia/ausencia de algunos de los componentes menos abundantes como las proteínas de la familia de VEGF, PLB, PDE y nucleotidasa, entre las cuatro especies.
Finalmente, se encontró que el efecto letal del veneno de P. porrasi en ratones fue neutralizado adecuadamente por el antiveneno polivalente producido en el Instituto Clodomiro Picado, respaldando así su uso en el tratamiento de eventuales envenenamientos por parte de esta especie.UCR::Vicerrectoría de Investigación::Unidades de Investigación::Ciencias de la Salud::Instituto Clodomiro Picado (ICP)UCR::Vicerrectoría de Investigación::Sistema de Estudios de Posgrado::Salud::Maestría Académica en Microbiologí
Evaluación del espectro y propiedades neutralizantes del Varespladib hacia fosfolipasas A2 tóxicas de venenos ofídicos
Full text linkEl envenenamiento ofídico es un problema médico y de salud pública debido a su incidencia y al número de muertes que causa a nivel mundial. Las fosfolipasas A2 constituyen un porcentaje importante de los venenos de serpientes, y son las enzimas responsables de varios de los efectos en el organismo en el envenenamiento. A pesar de que se utilizan antivenenos eficientes, es necesario el desarrollo de nuevos tratamientos eficaces y económicos que logren disminuir los efectos del envenenamiento ofídico en el organismo. El Varespladib es un compuesto que ha mostrado características inhibitorias de las fosfolipasas A2 de los venenos de serpientes, y parece tener el potencial de ser desarrollado como un pretratamiento asequible ante el envenenamiento por mordeduras de serpiente. Con este estudio se buscó evaluar la capacidad del Varespladib para inhibir las actividades de fosfolipasas A2 representativas de los grupos I y II de venenos de serpientes, así como de sus correspondientes venenos completos. Para ello, se realizaron experimentos para determinar el efecto del Varespladib sobre la actividad enzimática, la citotoxicidad in vitro, y la miotoxicidad in vivo de cada una de estas toxinas y venenos completos. Los resultados mostraron una inhibición significativa de la toxicidad, apoyando el concepto de que el Varespladib pueda llegar a utilizarse como un tratamiento complementario eficaz que disminuya los efectos del envenenamiento ofídico causado por diversas especies de serpientes.Snakebite envenoming is a medical and health problem due to its incidence and the number of deaths it causes worldwide. Phospholipases A2 constitute an important component of snake venoms and are the enzymes responsible for various effects in the organism in the envenoming. Although efficient antivenoms are available, it is still necessary to develop effective and economic complementary therapies capable of decreasing the effects of snake envenoming in the organism. Varespladib is a compound that has shown inhibitory properties toward phospholipases A2 of snake venoms and seems to have the potential to be developed as an affordable pretreatment against snakebite envenoming. This study aimed to evaluate the ability of Varespladib to inhibit the activities of phospholipases A2 representative of groups I and II of snake venoms, as well as their corresponding complete venoms. In order to achieve this, experiments were performed to determine the effect of Varespladib on enzymatic activity, myotoxicity, and cytotoxicity of each of these toxins and complete venoms. Results showed that a significant inhibition of toxicity was achieved, supporting the notion that Varespladib could be used in the future as an effective complementary therapy to decrease the effects of snakebite envenoming.UCR::Vicerrectoría de Investigación::Sistema de Estudios de Posgrado::Salud::Maestría Académica en Inmunologí
Fosfolipasas A2 miotóxicas de venenos de serpientes de la familia viperidae: caracterización estructural y funcional
No full textUCR::Vicerrectoría de Investigación::Sistema de Estudios de Posgrado::Interdisciplinarias::Doctorado en Ciencia
Supplementary Table S3: Relative quantification of B. nubestris venom peptidome and proteome (XLSX)
No full textWe report the biochemical and proteomic characterization of the venom of the arboreal Talamancan palm-pitviper, Bothriechis nubestris, a species endemic to north and central parts of the Costa Rican Cordillera de Talamanca, at 2100 to 3000 m above sea level. The Talamancan palm-pitviper venom arsenal comprised the translated products of 26 unique transcripts into 10 toxin classes, where metalloproteinases PIIa and PIII represent the dominant components. In vitro, the venom proteolyzed azocasein and gelatin but showed no phospholipase A2 or human plasma coagulant activities. In vivo, B. nubestris venom exhibited an intravenous median lethal dose (LD50) of 21.5 (95% confidence interval: 15.6–29.5) μg/mouse, and a minimum hemorrhagic dose (MHD) of 1.85 μg. PoliVal-ICP antivenom neutralized the venom’s lethal activity with a potency of 9.7 mg of venom/g of antivenom and significantly reduced the hemorrhagic effect. Comparison of venom gland transcriptomes and venom proteomes of B. nubestris and its closest congeneric relative, B. nigroviridis, revealed that highly conserved venom gland transcriptomes are differentially processed by each species to produce divergent (type-I vs type-II, respectively) venoms. This phenomenon contributes to the remarkable venom phenotypic variability found across the palm-pitviper phylogeny. A possible mechanism for the occurrence of type-I/type-II venom phenotypic dichotomy is discussed.pr4c01041_si_003.xlsxPeer reviewe
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