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Étude de la phénologie de la migration du saumon atlantique à l'aide d'une étude de capture-recapture à long terme : démêler le processus d'observation des mécanismes écologiques sous-jacents à l'aide d'une approche de modélisation bayésienne
No full textHuman activities are at the root of an unprecedented biodiversity crisis. Migratoryspecies are particularly at risk, because migration is risky and makesthese species dependent on multiple environments and their connectivity. Phenology,i.e. the timing at which a species completes an event of its life cycle,has a strong influence on the overall cost of that event. In this thesis, I focuson the phenology of the first seaward migration of Atlantic salmon (Salmosalar, A. salmon), a crucial event in its life cycle. Climate change is increasing lydisrupting the phenology of many species, including migratory species. Inparticular, it is altering the life-history traits and environmental cues that triggermigration. This can result in asynchrony between the conditions required by the species during, or following, the migration in question. Understandingthe mechanisms underlying phenological changes is essential for predicting theimpact that these disturbances could have on species. However, these mechanismsremain poorly understood due to incomplete data and/or inadequateapproaches to their statistical analysis. To study the first seaward migration ofA. salmon, I used long-term (25 years) mark-recapture monitoring in the Scorffriver (Brittany, France). Data collected in the natural environment are subjectto variations in the observation process that can mask or bias our understandingof the underlying biological processes. This is particularly important whenan environmental factor (such as flow rate) influences both the observation (forexample, the effectiveness of a trap) and the biological process (triggering ofmigration). To avoid misinterpretations, I propose a hierarchical, mechanisticBayesian modelling approach that explicitly separates the observation process(capture efficiency) and the dynamic process of interest (migration phenology),both of which are influenced by different effects of environmental factors. Afirst model provides an estimate of capture probabilities and their variationsover time, which are then used in a second model to identify the mechanisms ofmigration phenology. This second model highlights the importance of temperature,discharge and discharge variation in the migration decision. These factorsmay be disrupted by climate change, so I conclude by exploring the possibleconsequences of climate change on the phenology and size of young salmonduring their migration to the sea, both of which are crucial to their fitness. Mythesis highlights the importance of mechanistic modelling in understandingchanges in phenology, and offers an additional perspective for understandingthe ongoing decline in Atlantic salmon populations.Les activités humaines sont à l’origine d’une crise de la biodiversité sans précédent. Les espèces migratrices sont particulièrement menacées, parce que la migration est risquée, et rend en outre ces espèces dépendantes de multiples environnements et de leur connectivité. La phénologie, c’est-à-dire le rythme auquel une espèce réalise un événement de son cycle de vie, influe fortement le coût global de ce dernier. Dans cette thèse, je me concentre sur la phénologie de la première migration vers la mer du saumon atlantique (Salmo salar), un événement crucial dans son cycle de vie. Le changement climatique perturbe de plus en plus la phénologie de nombreuses espèces, y compris les espèces migratrices.Il modifie notamment les traits d’histoire de vie et les facteurs environnementaux qui déclenchent la migration. Il peut en résulter une asynchronie entre les conditions requises par l’espèce pendant, ou à la suite de la migration considérée. La compréhension des mécanismes sous-jacents aux changements phénologiques est essentielle pour prédire l’impact que ces perturbations pourraient avoir sur les espèces. Cependant, ces mécanismes restent mal compris en raison de données incomplètes et/ou d’approches inadéquates pour leur analyse statistique. Pour étudier la première migration vers la mer du saumon atlantique,j’ai utilisé un suivi à long terme (25 ans) par marquage-recapture dans le Scorff (Bretagne, France). Les données collectées en milieu naturel sont sujettes à des variations dans le processus d’observation qui peuvent masquer ou biaiser notre appréhension des processus biologiques sous-jacents. Ceci est particulièrement important lorsqu’un facteur environnemental (tel que le débit) influence à la fois l’observation (par exemple l’efficacité d’un piège) et le processus biologique(déclenchement de la migration). Pour éviter des interprétations erronées,je propose une approche de modélisation bayésienne hiérarchique et mécaniste qui sépare explicitement le processus d’observation (capture par piégeage) e tle processus dynamique d’intérêt (phénologie de la migration), les deux étant influencés par différents effets des facteurs environnementaux. Un premier modèle fournit une estimation des probabilités de capture et de leurs variations au cours du temps, ensuite utilisées dans un second modèle pour identifier les mécanismes de la phénologie de migration. Ce second modèle met en évidence l’importance de la température, du débit et de la variation du débit dans la décision de migration. Ces facteurs peuvent être perturbés par le changement climatique, je termine donc en explorant les conséquences possibles de ce dernier sur la phénologie et la taille des jeunes saumons lors de la migration vers la mer, les deux étant cruciales pour sa fitness. Ma thèse souligne l’importance de la modélisation mécaniste dans la compréhension des changements de la phénologie, et offre une perspective supplémentaire pour comprendre le déclin en cours des populations de saumon Atlantique
Étude de la phénologie de la migration du saumon atlantique à l'aide d'une étude de capture-recapture à long terme : démêler le processus d'observation des mécanismes écologiques sous-jacents à l'aide d'une approche de modélisation bayésienne
No full textLes activités humaines sont à l’origine d’une crise de la biodiversité sans précédent. Les espèces migratrices sont particulièrement menacées, parce que la migration est risquée, et rend en outre ces espèces dépendantes de multiples environnements et de leur connectivité. La phénologie, c’est-à-dire le rythme auquel une espèce réalise un événement de son cycle de vie, influe fortement le coût global de ce dernier. Dans cette thèse, je me concentre sur la phénologie de la première migration vers la mer du saumon atlantique (Salmo salar), un événement crucial dans son cycle de vie. Le changement climatique perturbe de plus en plus la phénologie de nombreuses espèces, y compris les espèces migratrices.Il modifie notamment les traits d’histoire de vie et les facteurs environnementaux qui déclenchent la migration. Il peut en résulter une asynchronie entre les conditions requises par l’espèce pendant, ou à la suite de la migration considérée. La compréhension des mécanismes sous-jacents aux changements phénologiques est essentielle pour prédire l’impact que ces perturbations pourraient avoir sur les espèces. Cependant, ces mécanismes restent mal compris en raison de données incomplètes et/ou d’approches inadéquates pour leur analyse statistique. Pour étudier la première migration vers la mer du saumon atlantique,j’ai utilisé un suivi à long terme (25 ans) par marquage-recapture dans le Scorff (Bretagne, France). Les données collectées en milieu naturel sont sujettes à des variations dans le processus d’observation qui peuvent masquer ou biaiser notre appréhension des processus biologiques sous-jacents. Ceci est particulièrement important lorsqu’un facteur environnemental (tel que le débit) influence à la fois l’observation (par exemple l’efficacité d’un piège) et le processus biologique(déclenchement de la migration). Pour éviter des interprétations erronées,je propose une approche de modélisation bayésienne hiérarchique et mécaniste qui sépare explicitement le processus d’observation (capture par piégeage) e tle processus dynamique d’intérêt (phénologie de la migration), les deux étant influencés par différents effets des facteurs environnementaux. Un premier modèle fournit une estimation des probabilités de capture et de leurs variations au cours du temps, ensuite utilisées dans un second modèle pour identifier les mécanismes de la phénologie de migration. Ce second modèle met en évidence l’importance de la température, du débit et de la variation du débit dans la décision de migration. Ces facteurs peuvent être perturbés par le changement climatique, je termine donc en explorant les conséquences possibles de ce dernier sur la phénologie et la taille des jeunes saumons lors de la migration vers la mer, les deux étant cruciales pour sa fitness. Ma thèse souligne l’importance de la modélisation mécaniste dans la compréhension des changements de la phénologie, et offre une perspective supplémentaire pour comprendre le déclin en cours des populations de saumon Atlantique.Human activities are at the root of an unprecedented biodiversity crisis. Migratoryspecies are particularly at risk, because migration is risky and makesthese species dependent on multiple environments and their connectivity. Phenology,i.e. the timing at which a species completes an event of its life cycle,has a strong influence on the overall cost of that event. In this thesis, I focuson the phenology of the first seaward migration of Atlantic salmon (Salmosalar, A. salmon), a crucial event in its life cycle. Climate change is increasing lydisrupting the phenology of many species, including migratory species. Inparticular, it is altering the life-history traits and environmental cues that triggermigration. This can result in asynchrony between the conditions required by the species during, or following, the migration in question. Understandingthe mechanisms underlying phenological changes is essential for predicting theimpact that these disturbances could have on species. However, these mechanismsremain poorly understood due to incomplete data and/or inadequateapproaches to their statistical analysis. To study the first seaward migration ofA. salmon, I used long-term (25 years) mark-recapture monitoring in the Scorffriver (Brittany, France). Data collected in the natural environment are subjectto variations in the observation process that can mask or bias our understandingof the underlying biological processes. This is particularly important whenan environmental factor (such as flow rate) influences both the observation (forexample, the effectiveness of a trap) and the biological process (triggering ofmigration). To avoid misinterpretations, I propose a hierarchical, mechanisticBayesian modelling approach that explicitly separates the observation process(capture efficiency) and the dynamic process of interest (migration phenology),both of which are influenced by different effects of environmental factors. Afirst model provides an estimate of capture probabilities and their variationsover time, which are then used in a second model to identify the mechanisms ofmigration phenology. This second model highlights the importance of temperature,discharge and discharge variation in the migration decision. These factorsmay be disrupted by climate change, so I conclude by exploring the possibleconsequences of climate change on the phenology and size of young salmonduring their migration to the sea, both of which are crucial to their fitness. Mythesis highlights the importance of mechanistic modelling in understandingchanges in phenology, and offers an additional perspective for understandingthe ongoing decline in Atlantic salmon populations
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Étude de la phénologie de la migration du saumon atlantique à l'aide d'une étude de capture-recapture à long terme : démêler le processus d'observation des mécanismes écologiques sous-jacents à l'aide d'une approche de modélisation bayésienne
No full textHuman activities are at the root of an unprecedented biodiversity crisis. Migratoryspecies are particularly at risk, because migration is risky and makesthese species dependent on multiple environments and their connectivity. Phenology,i.e. the timing at which a species completes an event of its life cycle,has a strong influence on the overall cost of that event. In this thesis, I focuson the phenology of the first seaward migration of Atlantic salmon (Salmosalar, A. salmon), a crucial event in its life cycle. Climate change is increasing lydisrupting the phenology of many species, including migratory species. Inparticular, it is altering the life-history traits and environmental cues that triggermigration. This can result in asynchrony between the conditions required by the species during, or following, the migration in question. Understandingthe mechanisms underlying phenological changes is essential for predicting theimpact that these disturbances could have on species. However, these mechanismsremain poorly understood due to incomplete data and/or inadequateapproaches to their statistical analysis. To study the first seaward migration ofA. salmon, I used long-term (25 years) mark-recapture monitoring in the Scorffriver (Brittany, France). Data collected in the natural environment are subjectto variations in the observation process that can mask or bias our understandingof the underlying biological processes. This is particularly important whenan environmental factor (such as flow rate) influences both the observation (forexample, the effectiveness of a trap) and the biological process (triggering ofmigration). To avoid misinterpretations, I propose a hierarchical, mechanisticBayesian modelling approach that explicitly separates the observation process(capture efficiency) and the dynamic process of interest (migration phenology),both of which are influenced by different effects of environmental factors. Afirst model provides an estimate of capture probabilities and their variationsover time, which are then used in a second model to identify the mechanisms ofmigration phenology. This second model highlights the importance of temperature,discharge and discharge variation in the migration decision. These factorsmay be disrupted by climate change, so I conclude by exploring the possibleconsequences of climate change on the phenology and size of young salmonduring their migration to the sea, both of which are crucial to their fitness. Mythesis highlights the importance of mechanistic modelling in understandingchanges in phenology, and offers an additional perspective for understandingthe ongoing decline in Atlantic salmon populations.Les activités humaines sont à l’origine d’une crise de la biodiversité sans précédent. Les espèces migratrices sont particulièrement menacées, parce que la migration est risquée, et rend en outre ces espèces dépendantes de multiples environnements et de leur connectivité. La phénologie, c’est-à-dire le rythme auquel une espèce réalise un événement de son cycle de vie, influe fortement le coût global de ce dernier. Dans cette thèse, je me concentre sur la phénologie de la première migration vers la mer du saumon atlantique (Salmo salar), un événement crucial dans son cycle de vie. Le changement climatique perturbe de plus en plus la phénologie de nombreuses espèces, y compris les espèces migratrices.Il modifie notamment les traits d’histoire de vie et les facteurs environnementaux qui déclenchent la migration. Il peut en résulter une asynchronie entre les conditions requises par l’espèce pendant, ou à la suite de la migration considérée. La compréhension des mécanismes sous-jacents aux changements phénologiques est essentielle pour prédire l’impact que ces perturbations pourraient avoir sur les espèces. Cependant, ces mécanismes restent mal compris en raison de données incomplètes et/ou d’approches inadéquates pour leur analyse statistique. Pour étudier la première migration vers la mer du saumon atlantique,j’ai utilisé un suivi à long terme (25 ans) par marquage-recapture dans le Scorff (Bretagne, France). Les données collectées en milieu naturel sont sujettes à des variations dans le processus d’observation qui peuvent masquer ou biaiser notre appréhension des processus biologiques sous-jacents. Ceci est particulièrement important lorsqu’un facteur environnemental (tel que le débit) influence à la fois l’observation (par exemple l’efficacité d’un piège) et le processus biologique(déclenchement de la migration). Pour éviter des interprétations erronées,je propose une approche de modélisation bayésienne hiérarchique et mécaniste qui sépare explicitement le processus d’observation (capture par piégeage) e tle processus dynamique d’intérêt (phénologie de la migration), les deux étant influencés par différents effets des facteurs environnementaux. Un premier modèle fournit une estimation des probabilités de capture et de leurs variations au cours du temps, ensuite utilisées dans un second modèle pour identifier les mécanismes de la phénologie de migration. Ce second modèle met en évidence l’importance de la température, du débit et de la variation du débit dans la décision de migration. Ces facteurs peuvent être perturbés par le changement climatique, je termine donc en explorant les conséquences possibles de ce dernier sur la phénologie et la taille des jeunes saumons lors de la migration vers la mer, les deux étant cruciales pour sa fitness. Ma thèse souligne l’importance de la modélisation mécaniste dans la compréhension des changements de la phénologie, et offre une perspective supplémentaire pour comprendre le déclin en cours des populations de saumon Atlantique
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
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