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Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Étude de la fusion membranaire à l'aide de billes superparamagnétiques
No full textThe fusion between two membranes is a ubiquitous phenomenon in cell biology. However, many aspects remains unknown, in particular forces that fusion proteins (e.g. SNARE) must apply in order to pass the energetic barriers preventing the fusion of lipid bilayers. This work presents a new tool to control the forces applied between two supported lipid bilayers (SLB). The system consists of SLBs deposited on superparamagnetic beads. By applying a magnetic field, the beads self-organize into a chain along the magnetic field lines and bring the opposing membranes together. Two types of SLBs are used (on Ø 2 and Ø 3 µm beads), one of which contains fluorescent lipid analogues allowing the differentiation of these two SLBs by epifluorescence or bright field microscopy. When these two beads are in contact, the diffusion of fluorescence from one SLB to the second indicates a fusion event between the membranes. With this new tool, several hundred fusion events can be observed in a single experiment on dozens of bead chains. I was able to show that it was possible to control the fusion frequency of the SLBs by changing the applied force and the lipid composition of the SLBs. A first measurement of the energy landscape could also be done, suggesting the height of the main energy barrier to be around 30 kT and the intermembrane displacement during the induction of fusion to be much smaller than a nanometer. Moreover, all three steps of the fusion process (docking, hemifusion or fusion) could be observed. The fusogenicity of SLBs showed a strong curvature dependence favored by the different lipids of the supported membranes with a minimum proportion of 40% of a DOPE: DOPS + Calcium mixture required to observe fusion. These results show great potential to explore the energy landscape of fusion by changing many parameters.La fusion entre deux membranes est un phénomène ubiquitaire en biologie cellulaire. Cependant, de nombreux aspects restent à éclaircir notamment les forces que doivent appliquer les protéines de fusion (ex: SNARE) pour passer les barrières énergétiques empêchant la fusion des bicouches lipidiques. Ces travaux présentent un nouvel outil permettant de contrôler les forces appliquées entre deux bicouches lipidiques supportées (SLB). Le système consiste en des SLB déposées sur des billes superparamagnétiques. En appliquant un champ magnétique, les billes s'auto-organisent en chaîne le long des lignes de champ et rapprochent les membranes opposées sur la zone de contact. Deux types de SLB sont utilisés (sur des billes de Ø 2 et Ø 3 µm) dont l'une contient des analogues fluorescents de lipides permettant de différencier ces deux SLB en microscopie de fluorescence ou en lumière blanche. Lorsque ces deux billes sont en contact, la diffusion de la fluorescence d'une SLB vers la seconde indique un événement de fusion entre les membranes. Avec ce nouvel outil, plusieurs centaines d'évènements de fusion sont susceptibles d'être observés en une seule expérience sur des dizaines de chaines de billes. J'ai réussi à montrer qu'il était possible de contrôler la fréquence de fusion des SLB en modifiant la force appliquée ainsi que la composition lipidique des SLB. Une première mesure du paysage énergétique à également pu être effectuée, estimant la hauteur de la principale barrière d'énergie aux alentours de 30 kT et le déplacement intermembranaire lors de l'induction de la fusion très inférieur au nm. De plus, les trois étapes du processus de fusion (amarrage, hémifusion ou fusion) ont pu être observées. La fusogénicité des SLB a montré une forte dépendance à la courbure favorisée par les différents lipides des membranes supportées avec une proportion minimale de 40 % d'un mélange DOPE : DOPS + Calcium nécessaire pour observer la fusion. Ces résultats montrent un grand potentiel pour explorer le paysage énergétique de la fusion en faisant varier de nombreux paramètres
Étude de la fusion membranaire à l'aide de billes superparamagnétiques
No full textThe fusion between two membranes is a ubiquitous phenomenon in cell biology. However, many aspects remains unknown, in particular forces that fusion proteins (e.g. SNARE) must apply in order to pass the energetic barriers preventing the fusion of lipid bilayers. This work presents a new tool to control the forces applied between two supported lipid bilayers (SLB). The system consists of SLBs deposited on superparamagnetic beads. By applying a magnetic field, the beads self-organize into a chain along the magnetic field lines and bring the opposing membranes together. Two types of SLBs are used (on Ø 2 and Ø 3 µm beads), one of which contains fluorescent lipid analogues allowing the differentiation of these two SLBs by epifluorescence or bright field microscopy. When these two beads are in contact, the diffusion of fluorescence from one SLB to the second indicates a fusion event between the membranes. With this new tool, several hundred fusion events can be observed in a single experiment on dozens of bead chains. I was able to show that it was possible to control the fusion frequency of the SLBs by changing the applied force and the lipid composition of the SLBs. A first measurement of the energy landscape could also be done, suggesting the height of the main energy barrier to be around 30 kT and the intermembrane displacement during the induction of fusion to be much smaller than a nanometer. Moreover, all three steps of the fusion process (docking, hemifusion or fusion) could be observed. The fusogenicity of SLBs showed a strong curvature dependence favored by the different lipids of the supported membranes with a minimum proportion of 40% of a DOPE: DOPS + Calcium mixture required to observe fusion. These results show great potential to explore the energy landscape of fusion by changing many parameters.La fusion entre deux membranes est un phénomène ubiquitaire en biologie cellulaire. Cependant, de nombreux aspects restent à éclaircir notamment les forces que doivent appliquer les protéines de fusion (ex: SNARE) pour passer les barrières énergétiques empêchant la fusion des bicouches lipidiques. Ces travaux présentent un nouvel outil permettant de contrôler les forces appliquées entre deux bicouches lipidiques supportées (SLB). Le système consiste en des SLB déposées sur des billes superparamagnétiques. En appliquant un champ magnétique, les billes s'auto-organisent en chaîne le long des lignes de champ et rapprochent les membranes opposées sur la zone de contact. Deux types de SLB sont utilisés (sur des billes de Ø 2 et Ø 3 µm) dont l'une contient des analogues fluorescents de lipides permettant de différencier ces deux SLB en microscopie de fluorescence ou en lumière blanche. Lorsque ces deux billes sont en contact, la diffusion de la fluorescence d'une SLB vers la seconde indique un événement de fusion entre les membranes. Avec ce nouvel outil, plusieurs centaines d'évènements de fusion sont susceptibles d'être observés en une seule expérience sur des dizaines de chaines de billes. J'ai réussi à montrer qu'il était possible de contrôler la fréquence de fusion des SLB en modifiant la force appliquée ainsi que la composition lipidique des SLB. Une première mesure du paysage énergétique à également pu être effectuée, estimant la hauteur de la principale barrière d'énergie aux alentours de 30 kT et le déplacement intermembranaire lors de l'induction de la fusion très inférieur au nm. De plus, les trois étapes du processus de fusion (amarrage, hémifusion ou fusion) ont pu être observées. La fusogénicité des SLB a montré une forte dépendance à la courbure favorisée par les différents lipides des membranes supportées avec une proportion minimale de 40 % d'un mélange DOPE : DOPS + Calcium nécessaire pour observer la fusion. Ces résultats montrent un grand potentiel pour explorer le paysage énergétique de la fusion en faisant varier de nombreux paramètres
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Étude de la fusion membranaire à l'aide de billes superparamagnétiques
No full textThe fusion between two membranes is a ubiquitous phenomenon in cell biology. However, many aspects remains unknown, in particular forces that fusion proteins (e.g. SNARE) must apply in order to pass the energetic barriers preventing the fusion of lipid bilayers. This work presents a new tool to control the forces applied between two supported lipid bilayers (SLB). The system consists of SLBs deposited on superparamagnetic beads. By applying a magnetic field, the beads self-organize into a chain along the magnetic field lines and bring the opposing membranes together. Two types of SLBs are used (on Ø 2 and Ø 3 µm beads), one of which contains fluorescent lipid analogues allowing the differentiation of these two SLBs by epifluorescence or bright field microscopy. When these two beads are in contact, the diffusion of fluorescence from one SLB to the second indicates a fusion event between the membranes. With this new tool, several hundred fusion events can be observed in a single experiment on dozens of bead chains. I was able to show that it was possible to control the fusion frequency of the SLBs by changing the applied force and the lipid composition of the SLBs. A first measurement of the energy landscape could also be done, suggesting the height of the main energy barrier to be around 30 kT and the intermembrane displacement during the induction of fusion to be much smaller than a nanometer. Moreover, all three steps of the fusion process (docking, hemifusion or fusion) could be observed. The fusogenicity of SLBs showed a strong curvature dependence favored by the different lipids of the supported membranes with a minimum proportion of 40% of a DOPE: DOPS + Calcium mixture required to observe fusion. These results show great potential to explore the energy landscape of fusion by changing many parameters.La fusion entre deux membranes est un phénomène ubiquitaire en biologie cellulaire. Cependant, de nombreux aspects restent à éclaircir notamment les forces que doivent appliquer les protéines de fusion (ex: SNARE) pour passer les barrières énergétiques empêchant la fusion des bicouches lipidiques. Ces travaux présentent un nouvel outil permettant de contrôler les forces appliquées entre deux bicouches lipidiques supportées (SLB). Le système consiste en des SLB déposées sur des billes superparamagnétiques. En appliquant un champ magnétique, les billes s'auto-organisent en chaîne le long des lignes de champ et rapprochent les membranes opposées sur la zone de contact. Deux types de SLB sont utilisés (sur des billes de Ø 2 et Ø 3 µm) dont l'une contient des analogues fluorescents de lipides permettant de différencier ces deux SLB en microscopie de fluorescence ou en lumière blanche. Lorsque ces deux billes sont en contact, la diffusion de la fluorescence d'une SLB vers la seconde indique un événement de fusion entre les membranes. Avec ce nouvel outil, plusieurs centaines d'évènements de fusion sont susceptibles d'être observés en une seule expérience sur des dizaines de chaines de billes. J'ai réussi à montrer qu'il était possible de contrôler la fréquence de fusion des SLB en modifiant la force appliquée ainsi que la composition lipidique des SLB. Une première mesure du paysage énergétique à également pu être effectuée, estimant la hauteur de la principale barrière d'énergie aux alentours de 30 kT et le déplacement intermembranaire lors de l'induction de la fusion très inférieur au nm. De plus, les trois étapes du processus de fusion (amarrage, hémifusion ou fusion) ont pu être observées. La fusogénicité des SLB a montré une forte dépendance à la courbure favorisée par les différents lipides des membranes supportées avec une proportion minimale de 40 % d'un mélange DOPE : DOPS + Calcium nécessaire pour observer la fusion. Ces résultats montrent un grand potentiel pour explorer le paysage énergétique de la fusion en faisant varier de nombreux paramètres
Studying membrane fusion using super-paramagnetic beads
No full textLa fusion entre deux membranes est un phénomène ubiquitaire en biologie cellulaire. Cependant, de nombreux aspects restent à éclaircir notamment les forces que doivent appliquer les protéines de fusion (ex: SNARE) pour passer les barrières énergétiques empêchant la fusion des bicouches lipidiques. Ces travaux présentent un nouvel outil permettant de contrôler les forces appliquées entre deux bicouches lipidiques supportées (SLB). Le système consiste en des SLB déposées sur des billes superparamagnétiques. En appliquant un champ magnétique, les billes s'auto-organisent en chaîne le long des lignes de champ et rapprochent les membranes opposées sur la zone de contact. Deux types de SLB sont utilisés (sur des billes de Ø 2 et Ø 3 µm) dont l'une contient des analogues fluorescents de lipides permettant de différencier ces deux SLB en microscopie de fluorescence ou en lumière blanche. Lorsque ces deux billes sont en contact, la diffusion de la fluorescence d'une SLB vers la seconde indique un événement de fusion entre les membranes. Avec ce nouvel outil, plusieurs centaines d'évènements de fusion sont susceptibles d'être observés en une seule expérience sur des dizaines de chaines de billes. J'ai réussi à montrer qu'il était possible de contrôler la fréquence de fusion des SLB en modifiant la force appliquée ainsi que la composition lipidique des SLB. Une première mesure du paysage énergétique à également pu être effectuée, estimant la hauteur de la principale barrière d'énergie aux alentours de 30 kT et le déplacement intermembranaire lors de l'induction de la fusion très inférieur au nm. De plus, les trois étapes du processus de fusion (amarrage, hémifusion ou fusion) ont pu être observées. La fusogénicité des SLB a montré une forte dépendance à la courbure favorisée par les différents lipides des membranes supportées avec une proportion minimale de 40 % d'un mélange DOPE : DOPS + Calcium nécessaire pour observer la fusion. Ces résultats montrent un grand potentiel pour explorer le paysage énergétique de la fusion en faisant varier de nombreux paramètres.The fusion between two membranes is a ubiquitous phenomenon in cell biology. However, many aspects remains unknown, in particular forces that fusion proteins (e.g. SNARE) must apply in order to pass the energetic barriers preventing the fusion of lipid bilayers. This work presents a new tool to control the forces applied between two supported lipid bilayers (SLB). The system consists of SLBs deposited on superparamagnetic beads. By applying a magnetic field, the beads self-organize into a chain along the magnetic field lines and bring the opposing membranes together. Two types of SLBs are used (on Ø 2 and Ø 3 µm beads), one of which contains fluorescent lipid analogues allowing the differentiation of these two SLBs by epifluorescence or bright field microscopy. When these two beads are in contact, the diffusion of fluorescence from one SLB to the second indicates a fusion event between the membranes. With this new tool, several hundred fusion events can be observed in a single experiment on dozens of bead chains. I was able to show that it was possible to control the fusion frequency of the SLBs by changing the applied force and the lipid composition of the SLBs. A first measurement of the energy landscape could also be done, suggesting the height of the main energy barrier to be around 30 kT and the intermembrane displacement during the induction of fusion to be much smaller than a nanometer. Moreover, all three steps of the fusion process (docking, hemifusion or fusion) could be observed. The fusogenicity of SLBs showed a strong curvature dependence favored by the different lipids of the supported membranes with a minimum proportion of 40% of a DOPE: DOPS + Calcium mixture required to observe fusion. These results show great potential to explore the energy landscape of fusion by changing many parameters
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Étude de la fusion membranaire à l'aide de billes superparamagnétiques
No full textThe fusion between two membranes is a ubiquitous phenomenon in cell biology. However, many aspects remains unknown, in particular forces that fusion proteins (e.g. SNARE) must apply in order to pass the energetic barriers preventing the fusion of lipid bilayers. This work presents a new tool to control the forces applied between two supported lipid bilayers (SLB). The system consists of SLBs deposited on superparamagnetic beads. By applying a magnetic field, the beads self-organize into a chain along the magnetic field lines and bring the opposing membranes together. Two types of SLBs are used (on Ø 2 and Ø 3 µm beads), one of which contains fluorescent lipid analogues allowing the differentiation of these two SLBs by epifluorescence or bright field microscopy. When these two beads are in contact, the diffusion of fluorescence from one SLB to the second indicates a fusion event between the membranes. With this new tool, several hundred fusion events can be observed in a single experiment on dozens of bead chains. I was able to show that it was possible to control the fusion frequency of the SLBs by changing the applied force and the lipid composition of the SLBs. A first measurement of the energy landscape could also be done, suggesting the height of the main energy barrier to be around 30 kT and the intermembrane displacement during the induction of fusion to be much smaller than a nanometer. Moreover, all three steps of the fusion process (docking, hemifusion or fusion) could be observed. The fusogenicity of SLBs showed a strong curvature dependence favored by the different lipids of the supported membranes with a minimum proportion of 40% of a DOPE: DOPS + Calcium mixture required to observe fusion. These results show great potential to explore the energy landscape of fusion by changing many parameters.La fusion entre deux membranes est un phénomène ubiquitaire en biologie cellulaire. Cependant, de nombreux aspects restent à éclaircir notamment les forces que doivent appliquer les protéines de fusion (ex: SNARE) pour passer les barrières énergétiques empêchant la fusion des bicouches lipidiques. Ces travaux présentent un nouvel outil permettant de contrôler les forces appliquées entre deux bicouches lipidiques supportées (SLB). Le système consiste en des SLB déposées sur des billes superparamagnétiques. En appliquant un champ magnétique, les billes s'auto-organisent en chaîne le long des lignes de champ et rapprochent les membranes opposées sur la zone de contact. Deux types de SLB sont utilisés (sur des billes de Ø 2 et Ø 3 µm) dont l'une contient des analogues fluorescents de lipides permettant de différencier ces deux SLB en microscopie de fluorescence ou en lumière blanche. Lorsque ces deux billes sont en contact, la diffusion de la fluorescence d'une SLB vers la seconde indique un événement de fusion entre les membranes. Avec ce nouvel outil, plusieurs centaines d'évènements de fusion sont susceptibles d'être observés en une seule expérience sur des dizaines de chaines de billes. J'ai réussi à montrer qu'il était possible de contrôler la fréquence de fusion des SLB en modifiant la force appliquée ainsi que la composition lipidique des SLB. Une première mesure du paysage énergétique à également pu être effectuée, estimant la hauteur de la principale barrière d'énergie aux alentours de 30 kT et le déplacement intermembranaire lors de l'induction de la fusion très inférieur au nm. De plus, les trois étapes du processus de fusion (amarrage, hémifusion ou fusion) ont pu être observées. La fusogénicité des SLB a montré une forte dépendance à la courbure favorisée par les différents lipides des membranes supportées avec une proportion minimale de 40 % d'un mélange DOPE : DOPS + Calcium nécessaire pour observer la fusion. Ces résultats montrent un grand potentiel pour explorer le paysage énergétique de la fusion en faisant varier de nombreux paramètres
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
- …
