1,720,988 research outputs found
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dynamics of the conjugative pilus and conjugation machinery during bacterial DNA transfer
No full textLes communautés microbiennes sont capables d’échanger de l’information génétique grâce aux transfert horizontaux de gènes (THG). Ces transferts horizontaux de gènes participent à l’évolution et la grande diversité des génomes bactériens. Parmi les mécanismes de HGT on retrouve la conjugaison bactérienne. La conjugaison est un mécanisme ubiquitaire de transfert de matériel génétique intra et inter-espèces nécessitant le contact entre une bactérie donneuse et une bactérie receveuse, laquelle devient une bactérie appelée transconjugante. En 1946, le premier élément conjugatif que l’on nomme aujourd’hui plasmide F a été découvert (Lederberg and Tatum, 1946). Ce plasmide est devenu un paradigme d’étude de la conjugaison chez les bactéries à Gram-, et il existe à ce jour un grand nombre d’études génétiques, biochimiques et structurales qui décrivent les mécanismes et facteurs moléculaires impliqués dans son transfert horizontal. Cependant l’organisation spatio-temporelle de la conjugaison à l’échelle de la cellule reste encore peu étudiée. C’est dans ce contexte que l’équipe de recherche dans laquelle j’ai réalisé ma thèse a développé des outils permettant de visualiser la dynamique des différentes étapes de la conjugaison par microscopie à fluorescence en temps réel. Cette plateforme de visualisation de la conjugaison permet de suivre le transfert de l’ADN simple brin de la donneuse à la receveuse, sa conversion en double brin dans la receveuse, l’expression des gènes plasmidiques nouvellement acquis et la conversion phénotypique de la bactérie receveuse en transconjugante. Mes travaux de thèse se concentrent sur la caractérisation de la dynamique du processus de conjugaison à l’échelle cellulaire, et plus particulièrement sur le rôle du pilus conjugatif. Le pilus codé par le plasmide F est une nano-machine extracellulaire tubulaire et flexible associée à un système de sécrétion de type 4 et exposée à la surface de la cellule donneuse. Le pilus conjugatif est responsable de l’établissement du contact entre cellule donneuse et receveuse, permettant ainsi la formation de la paire de conjugaison avant le transfert de l’ADN. Le pilus est également capable de se rétracter permettant le rapprochement spatial et l’établissement d’un contact direct entre la donneuse et la receveuse. Si la composition et la structure du pilus est très bien décrite, son rôle dans la conjugaison fait encore l’objet de débat. Depuis longtemps, il a été proposé que le pilus pourrait également servir de conduit pour l’ADN. Cependant, aucune démonstration directe n’existe à ce jour. L’un des objectifs principaux de ma thèse a été de tester cette hypothèse. Dans ce but, j’ai élaboré une méthode de visualisation par fluorescence du pilus conjugatif. Cette méthode m’a permis de caractériser la morphologie et la dynamique du pilus. Combinée avec des systèmes rapporteurs du transfert de l’ADN plasmidique, j’ai démontré de façon directe que le pilus pouvait servir de conduit pour l’ADN lors d’évènements de transferts entre cellules qui ne sont pas en contact direct mais distant physiquement. J’ai par ailleurs participé à plusieurs projets de recherche au sein du laboratoire ou en collaboration, lesquels décrivent la chronologie de différentes étapes de la conjugaison ou l’implication de certains facteurs de la nouvelle cellule hôte. L‘ensemble de ces travaux et résultats permettent d’améliorer notre compréhension fondamentale de l’organisation intracellulaire et de la dynamique en temps réel du mécanisme de transfert de plasmide par conjugaison, ainsi que de son impact au sein des populations bactériennes.Microbial communities are able to exchange genetic information through horizontal gene transfer (HGT). These horizontal gene transfers contribute to the evolution and the great diversity of bacterial genomes. Bacterial conjugation is a mechanism of HGT. Conjugation is an ubiquitous mechanism of intra- and inter-species transfer of genetic material requiring contact between a donor bacteria and a recipient bacteria, which becomes a transconjugant. The F-plasmid was the first conjugative element discovered in 1946 (Lederberg and Tatum, 1946). This plasmid has become a paradigm for the study of conjugation in Gram- bacteria, and today a large number of genetic, biochemical and structural studies describe the mechanisms and molecular factors involved in its horizontal transfer. However, the spatio-temporal organisation of conjugation at the cellular level remains poorly studied. The research team in which I performed my thesis has developed tools to visualize the dynamics of the different steps of conjugation by fluorescence microscopy in real time. This conjugation visualization platform allows to follow the transfer of single-stranded DNA from the donor to the recipient, its conversion to double-stranded DNA in the recipient, the expression of newly acquired plasmid genes and the phenotypic conversion of the recipient bacteria into a transconjugant. My thesis work focuses on the characterization of the dynamics of the conjugation process at the cellular level, and more particularly on the role of the conjugative pilus. The pilus encoded by the F plasmid is a tubular, flexible extracellular nanomachine associated with a type 4 secretion system exposed at the surface of the donor cell. The conjugative pilus is responsible for establishing contact between donor and recipient cells, allowing the formation of the conjugation pair prior to DNA transfer. The pilus is also able to retract allowing to get in close contact the donor and the recipient. While the composition and structure of the pilus is well described, its role in conjugation is still debated. It has long been proposed that the pilus could also serve as a conduit for DNA. However, no direct demonstration exists to date. One of the main objectives of my thesis was to test this hypothesis. I developed a method of fluorescence visualization of the conjugative pilus. This method allowed me to characterize the morphology and dynamics of the pilus. Combined with plasmid DNA transfer reporter systems, I have directly demonstrated that the pilus can serve as a conduit for DNA during transfer events between cells that are not in direct contact but physically distant. I have also participated in several research projects within the laboratory or in collaboration, to describe the timing of different steps of conjugation or the involvement of some factor of the new host cell. All these works and results allow us to improve our fundamental understanding of the intracellular organization and real-time dynamics of the plasmid transfer mechanism by conjugation, as well as its impact on bacterial community
Characterization of cell response induced by different stresses in Escherichia coli
No full textLa prolifération bactérienne requiert la coordination entre les grands processus du cycle cellulaire qui sont la réplication et la ségrégation de l’ADN, l’élongation et la division cellulaire. Durant leur vie, les bactéries sont exposées à différents stress endogènes ou exogènes (antibiotiques, pH, manque de nutriments…) qui peuvent perturber le cycle cellulaire. Ces conditions défavorables activent alors une réponse cellulaire qui vise à améliorer la survie aux stress. Chez E. coli, la formation de cassures sur le chromosome induit la réponse SOS qui inhibe la division des cellules. Dans ce contexte, la bactérie continue à s’allonger ce qui aboutit à la formation d’une cellule filamenteuse. La filamentation a longtemps été considérée comme un symptôme de mort cellulaire, mais des études récentes suggèrent qu’il s’agirait plutôt d’un changement de morphologie transitoire qui améliorerait la survie en conditions défavorables. L’objectif principal de cette thèse est de caractériser le processus de filamentation et surtout le redémarrage de la division du filament, permettant un retour à une croissance normale de la bactérie. J’ai pour cela mis en place une approche combinant la microscopie en cellules vivantes en chambre microfluidique, la cytométrie en flux, la microbiologie traditionnelle et la génétique bactérienne. L’association de ces techniques constitue une approche globale permettant de caractériser l’effet d’un stress sur la viabilité, la morphologie et le contenu en ADN des bactéries, et ce de la cellule unique à l’échelle de la population. Cette approche a permis de décrire comment les cellules filamenteuses se divisent rapidement en cellules viables et de comprendre comment cet état de différenciation cellulaire transitoire et réversible constitue une stratégie efficace de survie aux stress. Par ailleurs, l’expertise développée au cours de ces travaux m’a permis d’être impliqué dans l ‘étude du transfert de gène de résistance à la tétracycline par conjugaison bactérienne. Ces mêmes expertisent ont aussi permis la caractérisation de l’effet de biocides induisant la réponse aux stress de l’enveloppe et la visualisation de l’effet de la production chez E. coli de deux toxines prédites pour être impliquées dans un système d’inhibition de croissance contact-dépendant chez A. baumannii.Bacterial growth requires coordination between the main cell cycle processes that are DNA replication and segregation, elongation and cell division. During their life, bacteria are exposed to different endogenous or exogenous stresses (antibiotics, pH, nutrients starvation…) that can disturb the bacteria cell cycle. Those hostile life conditions trigger a cellular response aiming at improving survival in stress conditions. In E. coli, DNA breaks induce the SOS response that inhibits cell division while the bacteria continue to elongate, resulting in the formation of a filamentous cell. Filamentation has long been considered as a symptom of cell death, however recent studies suggest that this phenotype could instead be a transient morphology change improving the survival in hostile environments. The main objective of this thesis is to characterize the filamentation process, especially the restart of the filament division allowing to resume normal bacterial growth. To do so, I developped an approach combining live-cell microscopy in microfluidic chamber, flow cytometry, traditional microbiology technics and bacterial genetics. Association of those techniques constitutes a global approach allowing characterization of the stress effect on bacterial viability, morphology and DNA content, from the single cell to the population level. This experimental framework allowed to describe how filamentous cells quickly divide into viable cells, thus understanding how this transient and reversible cellular differentiation state constitute an efficient stress-survival strategy. Furthermore, the expertise I developed during this ph.D. project allowed me to be involved into the study of drug-resistance acquisition by gene transfer through bacterial DNA conjugation. Besides, I contributed to the characterization of the effects of biocides inducing envelop stress response and to the characterize the impact on E. coli of the production of Acinetobacter baumannii toxins predicted to be involved in contact-dependant growth inhibitio
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
Characterisation of thea leading protein YfjB and study of its importance for F plasmid establishment in Escherichia coli during bacterial conjugation
No full textIl est désormais acquis que le transfert horizontal de gènes joue un rôle prépondérant dans la plasticité des génomes bactériens, permettant un bond évolutif associé à la dissémination rapide et efficace de nouveaux traits phénotypiques. La conjugaison bactérienne est ainsi un des mécanismes de transfert horizontal de gènes d’intérêt majeur puisque responsable de 80% des disséminations de résistances aux antibiotiques acquises chez les bactéries. Étant le sujet de nombreuses recherches depuis la découverte du mécanisme en 1946, le plasmide F est désormais considéré comme un modèle pour l’étude de la conjugaison bactérienne. Parmi les différentes régions génétiques le composant, la région leading est définie comme étant la première à être transférée dans les cellules receveuses. Retrouvée conservée chez certains plasmides conjugatifs appartenant à divers groupes d’incompatibilité, il a été montré que cette région est exprimée de manière précoce lors de l’entrée du plasmide dans la receveuse. Bien que la plupart des gènes qui la composent soient de fonctions inconnues, il est proposé que la région leading joue un rôle majeur dans les étapes initiales d’établissement du plasmide dans la nouvelle cellule hôte. L’objectif principal de cette thèse est d’étudier le rôle de la région leading au cours de la conjugaison du plasmide F chez Escherichia coli, et plus précisément de caractériser le gène yfjB. La protéine YfjB partage une homologie avec les protéines de la famille ParB, notamment par la conservation d’un domaine de liaison à l’ADN. Afin de caractériser cette protéine leading, j’ai eu recours à une approche multidisciplinaire combinant la microbiologie classique, la microscopie à fluorescence en cellules vivantes, la génétique, les analyses omic ou encore la biochimie structurale. Les résultats obtenus permettent de mieux comprendre la dynamique de la protéine YfjB au niveau cellulaire, son activité moléculaire et son rôle dans l’établissement du plasmide F chez la bactérie receveuse. Mes travaux nous amènent alors à proposer un rôle de la protéine YfjB pour le bon déroulement des premières étapes de transfert du plasmide via une reprogrammation globale du profil d’expression génétique de la bactérie hôte. Cela irait dans le sens d’une stratégie développée par le plasmide F visant à limiter l’impact négatif de son acquisition sur la physiologie de la cellule receveuse, appuyant l’hypothèse d’une importance de la région leading pour l’établissement du plasmideIt is now acquired that horizontal gene transfer plays a preponderant role for bacterial genome plasticity, allowing an evolutionary leap associated with rapid and efficient dissemination of new phenotypic traits amongst bacterial populations. Conjugation is therefore a horizontal gene transfer mechanism of major interest since it is responsible of 80% of acquired antibiotic resistances dissemination in bacteria. Being the subject of extensive researches since the first description of the mechanism in 1946, the F plasmid is now considered as a model for bacterial conjugation study. Amongst the multiple genetic regions composing it, the leading region is defined as the first to be transferred inside recipient cells. Conserved in various plasmids belonging to different incompatibility groups, it was shown that this region is early expressed during the plasmid entry inside the recipient. Even if the genes composing it are mainly unknown, it is suggested that the leading region play a key role for the early steps of plasmid establishment within the new host cell. The main objective of this thesis is to study the leading region role during F plasmid conjugation in Escherichia coli, and more precisely to characterise the yfjB gene. The YfjB protein shares a homology with proteins from the ParB family especially by conservation of a DNA binding domain. In order to characterise this leading protein, I had recourse to a multidisciplinary approach combining classical microbiology, fluorescence microscopy in live cells, genetic, omics analysis or structural biochemistry. The data obtained allow to better understand the YfjB protein dynamics at the cellular scale, its molecular activity and role for the F plasmid establishment inside the recipient bacteria. My work leads us to suggest a role of the YfjB protein for the first steps of plasmid transfer via global reprogramming of the host genetic expression profile. This would be in coherence with a strategy developed by the F plasmid aiming to limit the negative impact of its own acquisition on bacterial host physiology, supporting the hypothesis of the probable importance of the leading region for plasmid establishment
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
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