1,721,217 research outputs found
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Genomics of multi-resistant bacteria in Normandy : epidemic investigations, population studies, mechanisms of antibiotic resistance
No full textLa résistance aux antibiotiques est un problème majeur de santé publique responsable du décès de plus d’un million de personnes par an à travers le monde. Ce travail de thèse avait pour but de développer un système de surveillance de la circulation des entérobactérales multi-résistantes basé sur une caractérisation phénotypique et génomique. Différentes épidémies ont été investiguées pour lesquelles l’apport des analyses de génomiques comparatives s’est révélé crucial. Il a été démontré le rôle de l’opéron ramAR dans l’adaptation au long cours d’une souche d’Enterobacter hormaechei. Cet opéron été très fréquemment muté au sein des souches d’enterobactérales productrices de BLSE (E-BLSE) soumises à une forte pression de sélection. Enfin, les dynamiques de circulation et de transmission des E-BLSE étaient propres à l’espèce considérée mais aussi liées à la nature du service clinique. Escherichia coli avait une origine communautaire et était rarement responsable d’épidémies. A l’inverse, plus de 80% des souches de Klebsiella pneumoniae et de Enterobacter cloacae complexe étaient d’origine nosocomiales et très fréquemment associées à des phénomènes de transmissions croisées. La pandémie de covid-19 a profondément modifié la circulation et les populations de K. pneumoniae, tandis que les mêmes clones endémiques de Ecc persistaient toujours à l’hôpital. Le séquençage du génome complet a acquis une place centrale dans la surveillance de la circulation des entérobactérales multi-résistantes à l’échelle du CHU de Caen et de la région Normandie. Associées aux approches phénotypiques, ces données permettent de mieux comprendre l’adaptation bactérienne au long cours.Antibiotic resistance is a major public health burden responsible for the death of over one million people per year worldwide. The aim of this thesis was to develop a surveillance system for the circulation of multidrug-resistant enterobacterales based on phenotypic and genomic characterization. Different epidemics were investigated for which the contribution of comparative genomic analyses was crucial. The role of the ramAR operon in the long-term adaptation of an Enterobacter hormaechei strain was demonstrated. This operon was very frequently mutated among ESBL-producing enterobacterales (ESBL-E) subject to strong selection pressure. Finally, the dynamics of ESBL-E circulation and transmission were specific to the species but also related to the nature of the clinical department. Escherichia coli had a community origin and were rarely responsible for outbreaks. In contrast, more than 80% of Klebsiella pneumoniae and Enterobacter cloacae complex strains had a nosocomial origin and were frequently associated with cross-transmission. The covid-19 pandemic profoundly altered the circulation and populations of K. pneumoniae, while the same endemic clones of Ecc still persisted in hospitals. Whole genome sequencing has acquired a central place in the surveillance of the circulation of multidrug-resistant enterobacterales in the Teaching Hospital of Caen and in Normandy. Combined with phenotypic approaches, these data provide a better understanding of long-term bacterial adaptation
Involvement of Pseudomonas aeruginosa in human and animal health in Normandy : resistance, adaptation factors, and biofilm
No full textPseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) est une bactérie représentée dans l’environnement, ainsi que chez l’Homme et l’animal où elle est responsable d’infections opportunistes. En Normandie, une large étude réalisée sur 180 souches isolées à l’hôpital (de patients ou de l’environnement de la structure de soins) et 168 souches d’animaux (de chevaux, chiens, félins et bovins) a mis en évidence leur diversité. Suite au séquençage complet du génome de 121 souches (77 humaines et 44 animales), 28 Sequences Type [ST] ont été retrouvés parmi les souches d’origine animale et 18 pour les souches d’origine hospitalière. Des souches de ST considérés parmi les dix principaux clones à haut risque mondiaux de P. aeruginosa en santé humaine ont été retrouvées à l’hôpital et chez les animaux. Alors que la médecine vétérinaire dispose aujourd’hui d’un très petit éventail thérapeutique pour lutter contre les infections à P. aeruginosa, des taux de résistances pour des antibiotiques critiques (carbapénèmes) chez l’Homme ont été retrouvés dans les deux populations. De plus, une importante représentation d’un phénotype de sensibilité diminuée (SD) au chlorure de didécyldiméthylammonium (DDAC), un ammonium quaternaire présent dans les désinfectants très utilisés en médecine, a été observée. En effet, des variations jusqu’à 16 fois la CMI, par rapport à celle des souches de référence, ont été observées. Ce phénotype est retrouvé au moins depuis 2011 à l’hôpital et 2017 chez les animaux. Il est davantage représenté dans l’environnement hospitalier (62,5 %), que chez les patients (28,2 %) et les animaux (11,3 %). Les mécanismes sous-jacents à cette SD au DDAC ne sont pas décrits. Nos premiers résultats semblent indiquer une surexpression de la pompe Résistance-Nodulation-Division d’efflux MexAB-OprM. Ils devront toutefois être confirmés sur un nombre plus important de souches. Parmi les autres mécanismes de résistance, la formation de biofilm ne semblait pas directement impliquée dans la SD au DDAC, mais constitue une structure de persistance de la bactérie dans l’environnement, malgré l’application de désinfectants. L’ensemble de ces observations renforce la nécessité d’étudier les différents réservoirs de la résistance pour P. aeruginosa, notamment via une approche « One health ».Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) is a bacterium represented in the environment, as well as in humans and animals, where it is responsible for opportunistic infections. In Normandy, a large study carried out on 180 strains isolated in hospitals (from patients or the environment of the care structure) and 168 strains isolated from animals (from horses, dogs, felines, and cattle) highlighted their diversity. By whole genome sequencing of 121 strains (77 human and 44 animal), 28 Sequence Type [ST] were found among strains of animal origin and 18 for strains of hospital origin. ST strains considered among the top ten global high-risk clones of P. aeruginosa in human health have been found in hospitals and animals. While veterinary medicine now has a very small therapeutic range to control P. aeruginosa infections, resistance rates for critical antibiotics (carbapenems) in humans were found for both populations. In addition, an important representation of a phenotype of decreased susceptibility (DS) to didecyldimethylammonium chloride (DDAC), a quaternary ammonium presents in disinfectants widely used in medicine, was observed. Indeed, variations of up to 16 times the MIC, compared to that of the reference strains, were observed. They were found in at least since 2011 in the hospital and 2017 in animals. This phenotype was more represented in the hospital setting (62.5%) than in patients (28.2%) and animals (11.3%). The mechanisms underlying this DS to DDAC are not described. Our first results seem to indicate an overexpression of the MexAB-OprM efflux resistance-nodulation-division pump. However, these results should be confirmed on a larger number of strains. Among other possible resistance mechanisms, biofilm formation did not appear to be directly involved in DS to DDAC, but constitutes a persistent structure of the bacteria in the environment, despite the application of disinfectants. All these observations reinforce the need to study the different reservoirs of resistance for P. aeruginosa, in particular via a "One health" approach
Genetic, phylogeography and evolutionary dynamic structure of multidrug resistant Salmonella enterica serotype Kentucky ST198 population
No full textMalgré les efforts substantiels menés pour prévenir les infections alimentaires, de nouvelles salmonelles multi-résistantes aux antibiotiques émergent toutes les décennies et parfois se disséminent à l’échelle mondiale. Au cours de ce travail, nous avons pu identifier l’émergence d’un clone de S. Kentucky ST198 multi-résistant aux antibiotiques puis sa dissémination mondiale en quelques années. Cette souche a successivement accumulé une variété de gènes de résistance chromosomiques depuis la moitié des années 1990 du fait de l’intégration de Salmonella genomic island 1 (SGI1), un îlot génomique de 43 kilobases découvert chez Typhimurium DT104, rendant la souche résistante à plusieurs antibiotiques (amoxicilline, gentamicine, et les sulfonamides). Ensuite, elle a accumulé des mutations dans les gènes gyrA et parC conférant la résistance à l’acide nalidixique puis à la ciprofloxacine en 2002. Depuis, un nombre croissant de ces souches a été isolé lors de salmonelloses en lien avec des voyages en Egypte puis à dans toute l’Afrique, au Moyen Orient, au sous continent indien, en Asie du Sud-Est et en Europe. Une collaboration internationale a révélé que cette souche a été retrouvée dans des réservoirs variés, en filière aviaire (initialement poulets puis principalement dindes en Pologne, en Allemagne et en France), alimentaires et animales (épices aux US et en France, reptiles). Enfin, des souches résistantes à la ciprofloxacine d’importation (bassin méditerranéen) productrices de carbapénemases et/ou de cephamycinase et/ou de β-lactamases à spectre étendu ont été isolées depuis 2009. L’analyse phylogénomique de 150 souches représentatives de S. Kentucky ST198 confirme le caractère très homogène de cette population et sa dissémination mondiale. Cette souche est originaire d’Egypte dans les années 90, période d’acquisition du SGI1 et de son expansion clonale (du fait de la résistance aux antibiotiques de 1ère intention) puis a acquis localement une résistance aux quinolones par substitutions chromosomiques (en gyrA-83 et parC-80 puis gyrA-87) et a disséminé dans différentes régions à plusieurs reprises. Plusieurs acquisitions plasmidiques ont été ensuite possibles au décours de sa dissémination mondiale. SGI1 présente une structure génétique très dynamique du fait de l’acquisition de différentes séquences d’insertion (ISVch4, ISSen5, IS26) qui génèrent des réarrangements génétiques et expliquent ainsi la grande variabilité des profils de résistance aux antibiotiques et des profils en macrorestriction ADN au sein de clone. Tous ces résultats permettent une meilleure compréhension de l’émergence de cette souche de S. Kentucky où la résistance aux antibiotiques demeure certainement son principal moteur évolutif. En conclusion, l’expérience de S. enterica serotype Typhimurium DT104 a démontré la capacité de l’émergence rapide d’un clone épidémique multi-résistant aux antibiotiques à l’échelle internationale. L’identification récente et rapide de ce clone S. Kentucky ST198 multi-résistant aux antibiotiques nécessite de prendre des mesures de contrôle transversales (humains et agroalimentaires) à l’échelle nationale et internationale afin de limiter sa dissémination.Despite substantial progress has been made in preventing foodborne diseases, new multidrug resistant (MDR) Salmonella have emerged, and some have spread worldwide decade after decade. In the present work, we describe an emerging Salmonella Kentucky ST198-X1 population that has disseminated worldwide. It has accumulated various chromosomal resistance determinants since the mid 1990s with the integration of the Salmonella genomic island 1 (SGI1), a 43-kilobase genomic island initially described in DT104, encoding resistance to multiple antimicrobials including amoxicillin, gentamicin, and sulfonamides, followed by cumulative mutations in the gyrA and parC genes leading to resistance to nalidixic acid then to ciprofloxacin in 2002. This population was mostly detected in Egypt before 2005, but has now rapidly spread throughout Africa, the Middle East, Europe, North America, Indian subcontinent and Southeast Asia. Another matter of concern is the widening livestock reservoir of this Salmonella Kentucky ST198 CIPR strain: initially identified in autochthonous poultry but then found in various animals and food (contaminated spices in France and the US, turkey flocks in Germany and Poland, wild animals….). Of great concern, these isolates are now producers of various carbapenemases and/or cephamycinase and/or extended spectrum β-lactamases. A phylogenomic analysis of one hundred and fifty representative Kentucky ST198 strains confirms the clonal dissemination of this multidrug resistant strain. This clone gained advantages early on in the 1990’s which allowed it to spread. Acquisition of SGI1 in Egypt drove some local expansion (presumably due to resistance to 1st line drugs) prompted a switch to fluoroquinolones which was met with gyrA-83 and then parC-80 substitutions, which drove further expansion locally, accompanied by further gyrA-87 mutations with eventual spill-over (on multiple occasions) into other regions. On its travels it’s picked up other resistances via plasmids. SGI1 is very dynamic due to the presence of several insertion sequences (IS) copies (ISVch4, ISSen5, IS26) that mediate genetic rearrangements and explain the high-diversity of antibiotic resistance and DNA macrorestriction patterns. All these results help us to better understand the emergence of this strain as they could constitute factors conferring a selective advantage to S. Kentucky ST198. Antibiotic resistance remains its major evolutionary driver. In conclusion, recent experience with multidrug-resistant S. enterica serotype Typhimurium DT 104 demonstrates the potential for global spread of resistant Salmonella infection. In our study, multinational surveillance allowed prompt identification of the epidemic ST198-X1 CIP-R Kentucky clone at an international level. Heightened awareness by national and international health, food, and agricultural authorities is necessary to implement measures to monitor and limit spread of this strain
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
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