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Diversité, dynamique et fonctions des fungi planctoniques dans les zones côtières
No full textAu cours des deux dernières décennies, des biomasses importantes de Fungi ont été retrouvées dans plusieurs sites marins pélagiques. Cependant, la taxonomie de ces Fungi, leur dynamique dans le temps et leurs fonctions restent largement inconnues. Dans le Chapitre 1, nous avons analysé une série temporelle de metabarcoding 18S de 5 ans produite dans un site côtier de la mer Méditerranée au large de Banyuls-sur-Mer (France). Cette série temporelle a une fréquence d'échantillonnage élevée et est accompagnée de nombreux paramètres environnementaux. Nous avons utilisé ces données pour étudier la taxonomie et la dynamique temporelle des Fungi parmi les eucaryotes, et nous avons essayé d'expliquer ces variations à la lumière des paramètres environnementaux. La dynamique des Fungi consistait en des épisodes de courte durée où les Fungi représentaient une proportion significative des lectures eucaryotes. Ces épisodes étaient dominés par quelques taxons. Ces épisodes étaient globalement chaotiques, et nous n'avons pas pu établir de relation claire entre les variations des paramètres environnementaux et les épisodes riches en Fungi. De nombreux Fungi dominants étaient apparentés à des taxons terrestres. Dans le Chapitre 2, nous avons analysé un jeu de données de métagénomique produit lors d'une campagne d'échantillonnage d'un an sur 7 sites côtiers situés dans le nord-ouest de la mer Méditerranée. Ces sites présentaient des conditions environnementales contrastées, allant de lagunes côtières subissant de fortes variations saisonnières dues aux apports fluviaux à des sites plus stables situés au large. Nous avons utilisé ces données pour déterminer i) si les Fungi étaient proportionnellement plus abondants dans les sites plus côtiers où leurs substrats (matière organique autochtone et/ou terrigène) étaient probablement plus abondants, ii) si les Fungi dominants dépendaient du site, et iii) si la composition de la communauté fongique variait au cours de l'année. Dans l'ensemble, la proportion de Fungi que nous avons pu extraire de l'ensemble de la communauté dans chaque échantillon était très faible. De nombreux Fungi dominants dans le Chapitre 1 n'étaient pas dominants parmi les Fungi dans ce jeu de données, y compris au site étudié dans le Chapitre 1, ce qui met en évidence des biais probables introduits par l'utilisation d'outils bioinformatiques et de bases de données de référence différents. La proportion de lectures fongiques n'était pas plus élevée dans les sites les plus côtiers. Nous avons également produit des métatranscriptomes pour trois sites, ce qui nous a permis de confirmer que certains taxons fongiques y étaient actifs. Dans le Chapitre 3, nous avons analysé plusieurs jeux de données de métatranscriptomique déjà publiés provenant de sites pélagiques côtiers et hauturiers répartis dans le monde entier (par exemple, TARA Oceans, expédition ARCHEMHAB). Les Fungi n'avaient été étudiés auparavant que dans une petite partie de ces jeux de données, qui ont été produits au cours de campagnes d'échantillonnage qui n'étaient pas axées sur les Fungi. Nous avons utilisé ces données basées sur l'ARN pour identifier les Fungi actifs dans ces sites marins pélagiques, en nous concentrant particulièrement sur les taxons qui étaient dominants dans les Chapitres 1 et 2. Nous avons également effectué une analyse du contenu en enzymes fongiques agissant sur les glucides (CAZymes fongiques) de ces métatranscriptomes afin d'étudier l'implication des Fungi dans le cycle local du carbone via le métabolisme des glucides. Le contenu en CAZymes fongiques de tous les sites était dominé par quelques familles de CAZymes, et ces CAZymes étaient exprimées par des taxons spécifiques à chaque site. Dans la Discussion Générale, nous soulignons les limites de nos analyses, et nous présentons le plan d'une campagne d'échantillonnage complémentaire dans le nord-ouest de la mer Méditerranée qui permettrait d'apporter des solutions à ces limites.During the last two decades, high biomasses of Fungi have been retrieved from several pelagic marine locations. However, the taxonomy of these Fungi, their dynamics over time, and their functions remain largely unknown.In Chapter 1, we analysed a 5-years 18S metabarcoding time series produced in a coastal site in the Mediterranean Sea off Banyuls-sur-Mer, France. This time series has a high sampling frequency, and comes with extensive environmental parameters. We used this dataset to investigate the taxonomy and the temporal dynamics of Fungi amongst eukaryotes over time, and we tried to explain these variations in the light of the environmental parameters. The dynamics of Fungi consisted in short-term bursts where Fungi represented a significant proportion of eukaryotic reads. Those bursts were dominated by a few taxa. These bursts were overall chaotic, and we could not establish a clear relationship between the variations of the environmental parameters and the fungal bursts. Many of the dominant fungal taxa were related to terrestrial taxa. In Chapter 2, we analysed a metagenomic dataset we produced through a 1-year-long sampling campaign at 7 coastal sites located in the North-West Mediterranean Sea. These sites exhibited contrasted environmental conditions, from coastal lagoons undergoing strong seasonal variations due to riverine inputs to more stable offshore locations. We used this dataset to investigate i) if Fungi were proportionally more abundant in more coastal locations where their substrates (autochthonous and/or terrigenous organic matter) were likely more abundant, ii) if the dominant fungal species were dependent on the location, and iii) if the fungal community composition varied over the year. Overall, the proportion of Fungi we could retrieve from the whole community in each sample was very low. Many dominant fungal taxa from Chapter 1 were not dominant amongst Fungi in this dataset, including at the site investigated in Chapter 1, which highlights likely biases introduced by the use of different bioinformatic tools and reference databases. The proportion of fungal reads was not higher in the most coastal sites. We also produced metatranscriptomes for three sites, which allowed us to support that some fungal taxa were active there. In Chapter 3, we analysed already-published metatranscriptomic datasets originating from globally distributed pelagic coastal and offshore locations (e.g., TARA Oceans, ARCHEMHAB expedition). Fungi had been previously investigated only in a small fraction of these datasets, which were produced during sampling campaigns that did not focus on Fungi. We used these RNA-based datasets to identify which fungal taxa were active at these pelagic marine locations, with a special focus on taxa that were dominant in Chapters 1 and 2. We also performed an analysis of the fungal Carbohydrate-Active Enzyme (CAZyme) content of these metatranscriptomes to investigate the involvement of Fungi in the local cycling of carbon through the metabolism of carbohydrates. The fungal CAZyme content of all sites was dominated by a few CAZyme families, and these CAZymes were expressed by site-specific taxa. In the General Discussion, we highlight the limits of our analyses, and we present the plan of a complementary sampling campaign in the North-West Mediterranean Sea to address these limits
Diversité, dynamique et fonctions des fungi planctoniques dans les zones côtières
No full textDuring the last two decades, high biomasses of Fungi have been retrieved from several pelagic marine locations. However, the taxonomy of these Fungi, their dynamics over time, and their functions remain largely unknown.In Chapter 1, we analysed a 5-years 18S metabarcoding time series produced in a coastal site in the Mediterranean Sea off Banyuls-sur-Mer, France. This time series has a high sampling frequency, and comes with extensive environmental parameters. We used this dataset to investigate the taxonomy and the temporal dynamics of Fungi amongst eukaryotes over time, and we tried to explain these variations in the light of the environmental parameters. The dynamics of Fungi consisted in short-term bursts where Fungi represented a significant proportion of eukaryotic reads. Those bursts were dominated by a few taxa. These bursts were overall chaotic, and we could not establish a clear relationship between the variations of the environmental parameters and the fungal bursts. Many of the dominant fungal taxa were related to terrestrial taxa. In Chapter 2, we analysed a metagenomic dataset we produced through a 1-year-long sampling campaign at 7 coastal sites located in the North-West Mediterranean Sea. These sites exhibited contrasted environmental conditions, from coastal lagoons undergoing strong seasonal variations due to riverine inputs to more stable offshore locations. We used this dataset to investigate i) if Fungi were proportionally more abundant in more coastal locations where their substrates (autochthonous and/or terrigenous organic matter) were likely more abundant, ii) if the dominant fungal species were dependent on the location, and iii) if the fungal community composition varied over the year. Overall, the proportion of Fungi we could retrieve from the whole community in each sample was very low. Many dominant fungal taxa from Chapter 1 were not dominant amongst Fungi in this dataset, including at the site investigated in Chapter 1, which highlights likely biases introduced by the use of different bioinformatic tools and reference databases. The proportion of fungal reads was not higher in the most coastal sites. We also produced metatranscriptomes for three sites, which allowed us to support that some fungal taxa were active there. In Chapter 3, we analysed already-published metatranscriptomic datasets originating from globally distributed pelagic coastal and offshore locations (e.g., TARA Oceans, ARCHEMHAB expedition). Fungi had been previously investigated only in a small fraction of these datasets, which were produced during sampling campaigns that did not focus on Fungi. We used these RNA-based datasets to identify which fungal taxa were active at these pelagic marine locations, with a special focus on taxa that were dominant in Chapters 1 and 2. We also performed an analysis of the fungal Carbohydrate-Active Enzyme (CAZyme) content of these metatranscriptomes to investigate the involvement of Fungi in the local cycling of carbon through the metabolism of carbohydrates. The fungal CAZyme content of all sites was dominated by a few CAZyme families, and these CAZymes were expressed by site-specific taxa. In the General Discussion, we highlight the limits of our analyses, and we present the plan of a complementary sampling campaign in the North-West Mediterranean Sea to address these limits.Au cours des deux dernières décennies, des biomasses importantes de Fungi ont été retrouvées dans plusieurs sites marins pélagiques. Cependant, la taxonomie de ces Fungi, leur dynamique dans le temps et leurs fonctions restent largement inconnues. Dans le Chapitre 1, nous avons analysé une série temporelle de metabarcoding 18S de 5 ans produite dans un site côtier de la mer Méditerranée au large de Banyuls-sur-Mer (France). Cette série temporelle a une fréquence d'échantillonnage élevée et est accompagnée de nombreux paramètres environnementaux. Nous avons utilisé ces données pour étudier la taxonomie et la dynamique temporelle des Fungi parmi les eucaryotes, et nous avons essayé d'expliquer ces variations à la lumière des paramètres environnementaux. La dynamique des Fungi consistait en des épisodes de courte durée où les Fungi représentaient une proportion significative des lectures eucaryotes. Ces épisodes étaient dominés par quelques taxons. Ces épisodes étaient globalement chaotiques, et nous n'avons pas pu établir de relation claire entre les variations des paramètres environnementaux et les épisodes riches en Fungi. De nombreux Fungi dominants étaient apparentés à des taxons terrestres. Dans le Chapitre 2, nous avons analysé un jeu de données de métagénomique produit lors d'une campagne d'échantillonnage d'un an sur 7 sites côtiers situés dans le nord-ouest de la mer Méditerranée. Ces sites présentaient des conditions environnementales contrastées, allant de lagunes côtières subissant de fortes variations saisonnières dues aux apports fluviaux à des sites plus stables situés au large. Nous avons utilisé ces données pour déterminer i) si les Fungi étaient proportionnellement plus abondants dans les sites plus côtiers où leurs substrats (matière organique autochtone et/ou terrigène) étaient probablement plus abondants, ii) si les Fungi dominants dépendaient du site, et iii) si la composition de la communauté fongique variait au cours de l'année. Dans l'ensemble, la proportion de Fungi que nous avons pu extraire de l'ensemble de la communauté dans chaque échantillon était très faible. De nombreux Fungi dominants dans le Chapitre 1 n'étaient pas dominants parmi les Fungi dans ce jeu de données, y compris au site étudié dans le Chapitre 1, ce qui met en évidence des biais probables introduits par l'utilisation d'outils bioinformatiques et de bases de données de référence différents. La proportion de lectures fongiques n'était pas plus élevée dans les sites les plus côtiers. Nous avons également produit des métatranscriptomes pour trois sites, ce qui nous a permis de confirmer que certains taxons fongiques y étaient actifs. Dans le Chapitre 3, nous avons analysé plusieurs jeux de données de métatranscriptomique déjà publiés provenant de sites pélagiques côtiers et hauturiers répartis dans le monde entier (par exemple, TARA Oceans, expédition ARCHEMHAB). Les Fungi n'avaient été étudiés auparavant que dans une petite partie de ces jeux de données, qui ont été produits au cours de campagnes d'échantillonnage qui n'étaient pas axées sur les Fungi. Nous avons utilisé ces données basées sur l'ARN pour identifier les Fungi actifs dans ces sites marins pélagiques, en nous concentrant particulièrement sur les taxons qui étaient dominants dans les Chapitres 1 et 2. Nous avons également effectué une analyse du contenu en enzymes fongiques agissant sur les glucides (CAZymes fongiques) de ces métatranscriptomes afin d'étudier l'implication des Fungi dans le cycle local du carbone via le métabolisme des glucides. Le contenu en CAZymes fongiques de tous les sites était dominé par quelques familles de CAZymes, et ces CAZymes étaient exprimées par des taxons spécifiques à chaque site. Dans la Discussion Générale, nous soulignons les limites de nos analyses, et nous présentons le plan d'une campagne d'échantillonnage complémentaire dans le nord-ouest de la mer Méditerranée qui permettrait d'apporter des solutions à ces limites
Diversité, dynamique et fonctions des fungi planctoniques dans les zones côtières
No full textDuring the last two decades, high biomasses of Fungi have been retrieved from several pelagic marine locations. However, the taxonomy of these Fungi, their dynamics over time, and their functions remain largely unknown.In Chapter 1, we analysed a 5-years 18S metabarcoding time series produced in a coastal site in the Mediterranean Sea off Banyuls-sur-Mer, France. This time series has a high sampling frequency, and comes with extensive environmental parameters. We used this dataset to investigate the taxonomy and the temporal dynamics of Fungi amongst eukaryotes over time, and we tried to explain these variations in the light of the environmental parameters. The dynamics of Fungi consisted in short-term bursts where Fungi represented a significant proportion of eukaryotic reads. Those bursts were dominated by a few taxa. These bursts were overall chaotic, and we could not establish a clear relationship between the variations of the environmental parameters and the fungal bursts. Many of the dominant fungal taxa were related to terrestrial taxa. In Chapter 2, we analysed a metagenomic dataset we produced through a 1-year-long sampling campaign at 7 coastal sites located in the North-West Mediterranean Sea. These sites exhibited contrasted environmental conditions, from coastal lagoons undergoing strong seasonal variations due to riverine inputs to more stable offshore locations. We used this dataset to investigate i) if Fungi were proportionally more abundant in more coastal locations where their substrates (autochthonous and/or terrigenous organic matter) were likely more abundant, ii) if the dominant fungal species were dependent on the location, and iii) if the fungal community composition varied over the year. Overall, the proportion of Fungi we could retrieve from the whole community in each sample was very low. Many dominant fungal taxa from Chapter 1 were not dominant amongst Fungi in this dataset, including at the site investigated in Chapter 1, which highlights likely biases introduced by the use of different bioinformatic tools and reference databases. The proportion of fungal reads was not higher in the most coastal sites. We also produced metatranscriptomes for three sites, which allowed us to support that some fungal taxa were active there. In Chapter 3, we analysed already-published metatranscriptomic datasets originating from globally distributed pelagic coastal and offshore locations (e.g., TARA Oceans, ARCHEMHAB expedition). Fungi had been previously investigated only in a small fraction of these datasets, which were produced during sampling campaigns that did not focus on Fungi. We used these RNA-based datasets to identify which fungal taxa were active at these pelagic marine locations, with a special focus on taxa that were dominant in Chapters 1 and 2. We also performed an analysis of the fungal Carbohydrate-Active Enzyme (CAZyme) content of these metatranscriptomes to investigate the involvement of Fungi in the local cycling of carbon through the metabolism of carbohydrates. The fungal CAZyme content of all sites was dominated by a few CAZyme families, and these CAZymes were expressed by site-specific taxa. In the General Discussion, we highlight the limits of our analyses, and we present the plan of a complementary sampling campaign in the North-West Mediterranean Sea to address these limits.Au cours des deux dernières décennies, des biomasses importantes de Fungi ont été retrouvées dans plusieurs sites marins pélagiques. Cependant, la taxonomie de ces Fungi, leur dynamique dans le temps et leurs fonctions restent largement inconnues. Dans le Chapitre 1, nous avons analysé une série temporelle de metabarcoding 18S de 5 ans produite dans un site côtier de la mer Méditerranée au large de Banyuls-sur-Mer (France). Cette série temporelle a une fréquence d'échantillonnage élevée et est accompagnée de nombreux paramètres environnementaux. Nous avons utilisé ces données pour étudier la taxonomie et la dynamique temporelle des Fungi parmi les eucaryotes, et nous avons essayé d'expliquer ces variations à la lumière des paramètres environnementaux. La dynamique des Fungi consistait en des épisodes de courte durée où les Fungi représentaient une proportion significative des lectures eucaryotes. Ces épisodes étaient dominés par quelques taxons. Ces épisodes étaient globalement chaotiques, et nous n'avons pas pu établir de relation claire entre les variations des paramètres environnementaux et les épisodes riches en Fungi. De nombreux Fungi dominants étaient apparentés à des taxons terrestres. Dans le Chapitre 2, nous avons analysé un jeu de données de métagénomique produit lors d'une campagne d'échantillonnage d'un an sur 7 sites côtiers situés dans le nord-ouest de la mer Méditerranée. Ces sites présentaient des conditions environnementales contrastées, allant de lagunes côtières subissant de fortes variations saisonnières dues aux apports fluviaux à des sites plus stables situés au large. Nous avons utilisé ces données pour déterminer i) si les Fungi étaient proportionnellement plus abondants dans les sites plus côtiers où leurs substrats (matière organique autochtone et/ou terrigène) étaient probablement plus abondants, ii) si les Fungi dominants dépendaient du site, et iii) si la composition de la communauté fongique variait au cours de l'année. Dans l'ensemble, la proportion de Fungi que nous avons pu extraire de l'ensemble de la communauté dans chaque échantillon était très faible. De nombreux Fungi dominants dans le Chapitre 1 n'étaient pas dominants parmi les Fungi dans ce jeu de données, y compris au site étudié dans le Chapitre 1, ce qui met en évidence des biais probables introduits par l'utilisation d'outils bioinformatiques et de bases de données de référence différents. La proportion de lectures fongiques n'était pas plus élevée dans les sites les plus côtiers. Nous avons également produit des métatranscriptomes pour trois sites, ce qui nous a permis de confirmer que certains taxons fongiques y étaient actifs. Dans le Chapitre 3, nous avons analysé plusieurs jeux de données de métatranscriptomique déjà publiés provenant de sites pélagiques côtiers et hauturiers répartis dans le monde entier (par exemple, TARA Oceans, expédition ARCHEMHAB). Les Fungi n'avaient été étudiés auparavant que dans une petite partie de ces jeux de données, qui ont été produits au cours de campagnes d'échantillonnage qui n'étaient pas axées sur les Fungi. Nous avons utilisé ces données basées sur l'ARN pour identifier les Fungi actifs dans ces sites marins pélagiques, en nous concentrant particulièrement sur les taxons qui étaient dominants dans les Chapitres 1 et 2. Nous avons également effectué une analyse du contenu en enzymes fongiques agissant sur les glucides (CAZymes fongiques) de ces métatranscriptomes afin d'étudier l'implication des Fungi dans le cycle local du carbone via le métabolisme des glucides. Le contenu en CAZymes fongiques de tous les sites était dominé par quelques familles de CAZymes, et ces CAZymes étaient exprimées par des taxons spécifiques à chaque site. Dans la Discussion Générale, nous soulignons les limites de nos analyses, et nous présentons le plan d'une campagne d'échantillonnage complémentaire dans le nord-ouest de la mer Méditerranée qui permettrait d'apporter des solutions à ces limites
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
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