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Evolution of the mechanisms of habenular asymmetry formation in gnathostomes : the catshark, Scyliorhinus canicula as reference
No full textLes habénulas sont des structures épithalamiques bilatérales, retrouvées chez tous les vertébrés. Une de leurs particularités est qu'elles présentent des asymétries marquées entre la droite et la gauche chez un grand nombre d'espèces, ce qui en fait un modèle de référence pour l'étude des asymétries du système nerveux central des vertébrés. Jusqu'ici, la nature des asymétries habénulaires et les mécanismes responsables de leur formation ont été étudiés principalement chez le poisson-zèbre. Mon projet de thèse a visé à caractériser ces asymétries ainsi que leurs mécanismes de formation chez un chondrichtyen, la petite roussette Scyliorhinus canicula, puis à utiliser ces données comme référence pour préciser leur évolution chez les gnathostomes. La stratégie expérimentale a reposé sur trois approches complémentaires, (1) une caractérisation moléculaire des habénulas de roussette au cours de leur développement par étude de gènes candidats, (2) une analyse transcriptomique des asymétries, complétée par des études d'expression in situ, et (3) des analyses expérimentales des mécanismes impliqués dans leur formation. J'ai ensuite utilisé ces données pour une étude comparée, à la fois expérimentale et bibliographique, des asymétries habénulaires chez un spectre large de gnathostomes, comprenant les modèles génétiques traditionnels, souris et poisson-zèbre, mais également des espèces non conventionnelles choisies pour leur position phylogénétique, le xénope, X. tropicalis, deux actinoptérygiens, Erpetoichthys calabaricus et Lepisosteus oculatus, et un holocéphale Callorhinchus milii. Ce travail met en évidence des asymétries neurogénétiques très marquées dans les habénulas embryonnaires de roussette, ainsi qu'une organisation en sous-domaines fortement asymétrique de l'organe différencié. L'analyse des mécanismes impliqués met en évidence une régulation temporelle asymétrique de la neurogenèse et des choix de différenciation neuronale, impliquant les voies Nodal et Wnt canonique. La comparaison de ces données à l'échelle des gnathostomes permet de préciser le mode d'évolution des asymétries habénulaires, et suggère des pertes indépendantes chez les actinoptérygiens et les sarcoptérygiens. Ces diversifications pourraient être liées à une implication conservée de la voie Wnt dans l'élaboration des identités neuronales dans l'épithalamus et des variations de la régulation de cette activité dans le temps et l'espace.Habenulae are bilateral epithalamic structures found in all vertebrates. One of their specificities is that they exhibit marked asymmetries along the left/right axis in many species, which makes them a reference model for the study of asymmetries in the vertebrate central nervous system. So far, the nature of habenular asymmetries and the mechanisms responsible for their formation have been primarily investigated in the zebrafish. My thesis project aimed at a characterisation of these asymmetries and their formation mechanisms in a chondrichthyan, the catshark Scyliorhinus canicula, and the exploitation of these data as a reference to gain insight into their mode of evolution in gnathostomes. The experimental strategy relied on three complementary approaches, (1) a molecular description of developing catshark habenulae by a candidate gene analysis, (2) a transcriptomic characterisation of asymmetries, complemented by in situ expression studies, and (3) experimental analyses of the mechanisms involved in their formation. I then used these data for a comparative study, both experimental and bibliographic, of habenular asymmetries in a broad range of gnathostomes, including traditional genetic models, such as the mouse, and zebrafish, as well as unconventional species chosen for their phylogenetic position, the xenopus, Xenopus tropicalis, two actinopterygians, Erpetoichthys calabaricus and Lepisosteus oculatus, and a holocephalan, Callorhinchus milii. This work highlights the presence of marked neurogenetic asymmetries in the catshark embryonic habenulae, as well as a highly asymmetrical subdomain organisation of the differentiated organ. Analysis of underlying mechanisms reveals an asymmetric temporal regulation of neurogenesis and of neuronal differentiation choices, involving Nodal and canonical Wnt pathways. Comparisons across gnathostomes provide new insights into the mode of evolution of habenular asymmetries, suggesting independent losses in actinopterygians and sarcopterygians. These diversifications could be related to a conserved involvement of Wnt pathway in the elaboration of neuronal identities in the epithalamus, and to variations in the regulation of this activity in time and space
Evolution des mécanismes de formation des asymétries habénulaires chez les gnathostomes : la petite roussette, Scyliorhinus canicula, comme référence
No full textHabenulae are bilateral epithalamic structures found in all vertebrates. One of their specificities is that they exhibit marked asymmetries along the left/right axis in many species, which makes them a reference model for the study of asymmetries in the vertebrate central nervous system. So far, the nature of habenular asymmetries and the mechanisms responsible for their formation have been primarily investigated in the zebrafish. My thesis project aimed at a characterisation of these asymmetries and their formation mechanisms in a chondrichthyan, the catshark Scyliorhinus canicula, and the exploitation of these data as a reference to gain insight into their mode of evolution in gnathostomes. The experimental strategy relied on three complementary approaches, (1) a molecular description of developing catshark habenulae by a candidate gene analysis, (2) a transcriptomic characterisation of asymmetries, complemented by in situ expression studies, and (3) experimental analyses of the mechanisms involved in their formation. I then used these data for a comparative study, both experimental and bibliographic, of habenular asymmetries in a broad range of gnathostomes, including traditional genetic models, such as the mouse, and zebrafish, as well as unconventional species chosen for their phylogenetic position, the xenopus, Xenopus tropicalis, two actinopterygians, Erpetoichthys calabaricus and Lepisosteus oculatus, and a holocephalan, Callorhinchus milii. This work highlights the presence of marked neurogenetic asymmetries in the catshark embryonic habenulae, as well as a highly asymmetrical subdomain organisation of the differentiated organ. Analysis of underlying mechanisms reveals an asymmetric temporal regulation of neurogenesis and of neuronal differentiation choices, involving Nodal and canonical Wnt pathways. Comparisons across gnathostomes provide new insights into the mode of evolution of habenular asymmetries, suggesting independent losses in actinopterygians and sarcopterygians. These diversifications could be related to a conserved involvement of Wnt pathway in the elaboration of neuronal identities in the epithalamus, and to variations in the regulation of this activity in time and space.Les habénulas sont des structures épithalamiques bilatérales, retrouvées chez tous les vertébrés. Une de leurs particularités est qu'elles présentent des asymétries marquées entre la droite et la gauche chez un grand nombre d'espèces, ce qui en fait un modèle de référence pour l'étude des asymétries du système nerveux central des vertébrés. Jusqu'ici, la nature des asymétries habénulaires et les mécanismes responsables de leur formation ont été étudiés principalement chez le poisson-zèbre. Mon projet de thèse a visé à caractériser ces asymétries ainsi que leurs mécanismes de formation chez un chondrichtyen, la petite roussette Scyliorhinus canicula, puis à utiliser ces données comme référence pour préciser leur évolution chez les gnathostomes. La stratégie expérimentale a reposé sur trois approches complémentaires, (1) une caractérisation moléculaire des habénulas de roussette au cours de leur développement par étude de gènes candidats, (2) une analyse transcriptomique des asymétries, complétée par des études d'expression in situ, et (3) des analyses expérimentales des mécanismes impliqués dans leur formation. J'ai ensuite utilisé ces données pour une étude comparée, à la fois expérimentale et bibliographique, des asymétries habénulaires chez un spectre large de gnathostomes, comprenant les modèles génétiques traditionnels, souris et poisson-zèbre, mais également des espèces non conventionnelles choisies pour leur position phylogénétique, le xénope, X. tropicalis, deux actinoptérygiens, Erpetoichthys calabaricus et Lepisosteus oculatus, et un holocéphale Callorhinchus milii. Ce travail met en évidence des asymétries neurogénétiques très marquées dans les habénulas embryonnaires de roussette, ainsi qu'une organisation en sous-domaines fortement asymétrique de l'organe différencié. L'analyse des mécanismes impliqués met en évidence une régulation temporelle asymétrique de la neurogenèse et des choix de différenciation neuronale, impliquant les voies Nodal et Wnt canonique. La comparaison de ces données à l'échelle des gnathostomes permet de préciser le mode d'évolution des asymétries habénulaires, et suggère des pertes indépendantes chez les actinoptérygiens et les sarcoptérygiens. Ces diversifications pourraient être liées à une implication conservée de la voie Wnt dans l'élaboration des identités neuronales dans l'épithalamus et des variations de la régulation de cette activité dans le temps et l'espace
Evolution des mécanismes de formation des asymétries habénulaires chez les gnathostomes : la petite roussette, Scyliorhinus canicula, comme référence
Get PDFLes habénulas sont des structures épithalamiques bilatérales, retrouvées chez tous les vertébrés. Une de leurs particularités est qu'elles présentent des asymétries marquées entre la droite et la gauche chez un grand nombre d'espèces, ce qui en fait un modèle de référence pour l'étude des asymétries du système nerveux central des vertébrés. Jusqu'ici, la nature des asymétries habénulaires et les mécanismes responsables de leur formation ont été étudiés principalement chez le poisson-zèbre. Mon projet de thèse a visé à caractériser ces asymétries ainsi que leurs mécanismes de formation chez un chondrichtyen, la petite roussette Scyliorhinus canicula, puis à utiliser ces données comme référence pour préciser leur évolution chez les gnathostomes. La stratégie expérimentale a reposé sur trois approches complémentaires, (1) une caractérisation moléculaire des habénulas de roussette au cours de leur développement par étude de gènes candidats, (2) une analyse transcriptomique des asymétries, complétée par des études d'expression in situ, et (3) des analyses expérimentales des mécanismes impliqués dans leur formation. J'ai ensuite utilisé ces données pour une étude comparée, à la fois expérimentale et bibliographique, des asymétries habénulaires chez un spectre large de gnathostomes, comprenant les modèles génétiques traditionnels, souris et poisson-zèbre, mais également des espèces non conventionnelles choisies pour leur position phylogénétique, le xénope, X. tropicalis, deux actinoptérygiens, Erpetoichthys calabaricus et Lepisosteus oculatus, et un holocéphale Callorhinchus milii. Ce travail met en évidence des asymétries neurogénétiques très marquées dans les habénulas embryonnaires de roussette, ainsi qu'une organisation en sous-domaines fortement asymétrique de l'organe différencié. L'analyse des mécanismes impliqués met en évidence une régulation temporelle asymétrique de la neurogenèse et des choix de différenciation neuronale, impliquant les voies Nodal et Wnt canonique. La comparaison de ces données à l'échelle des gnathostomes permet de préciser le mode d'évolution des asymétries habénulaires, et suggère des pertes indépendantes chez les actinoptérygiens et les sarcoptérygiens. Ces diversifications pourraient être liées à une implication conservée de la voie Wnt dans l'élaboration des identités neuronales dans l'épithalamus et des variations de la régulation de cette activité dans le temps et l'espace.Habenulae are bilateral epithalamic structures found in all vertebrates. One of their specificities is that they exhibit marked asymmetries along the left/right axis in many species, which makes them a reference model for the study of asymmetries in the vertebrate central nervous system. So far, the nature of habenular asymmetries and the mechanisms responsible for their formation have been primarily investigated in the zebrafish. My thesis project aimed at a characterisation of these asymmetries and their formation mechanisms in a chondrichthyan, the catshark Scyliorhinus canicula, and the exploitation of these data as a reference to gain insight into their mode of evolution in gnathostomes. The experimental strategy relied on three complementary approaches, (1) a molecular description of developing catshark habenulae by a candidate gene analysis, (2) a transcriptomic characterisation of asymmetries, complemented by in situ expression studies, and (3) experimental analyses of the mechanisms involved in their formation. I then used these data for a comparative study, both experimental and bibliographic, of habenular asymmetries in a broad range of gnathostomes, including traditional genetic models, such as the mouse, and zebrafish, as well as unconventional species chosen for their phylogenetic position, the xenopus, Xenopus tropicalis, two actinopterygians, Erpetoichthys calabaricus and Lepisosteus oculatus, and a holocephalan, Callorhinchus milii. This work highlights the presence of marked neurogenetic asymmetries in the catshark embryonic habenulae, as well as a highly asymmetrical subdomain organisation of the differentiated organ. Analysis of underlying mechanisms reveals an asymmetric temporal regulation of neurogenesis and of neuronal differentiation choices, involving Nodal and canonical Wnt pathways. Comparisons across gnathostomes provide new insights into the mode of evolution of habenular asymmetries, suggesting independent losses in actinopterygians and sarcopterygians. These diversifications could be related to a conserved involvement of Wnt pathway in the elaboration of neuronal identities in the epithalamus, and to variations in the regulation of this activity in time and space
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
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