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Modélisation numérique et analytique de la perception olfactive
No full textOdor perception in mammals is a multifaceted process involving interactions at the perireceptor level with odorant binding proteins (OBPs), at the receptor level with olfactory receptors (ORs), and culminating in the complex experience of perception. In this comprehensive study, we investigated odor detection across these three levels using a combination of in silico modeling, numerical tools, and in vitro experiments. At the perireceptor level, we characterized the translocation pathway to the OBP binding site. Our integrative approach identified key residues involved in ligand recognition and demonstrated that odorant binding occurs via a single pathway. We showed that the formation of a disulfide bridge at the entrance of the binding cavity eliminates ligand recognition, and that distal mutations affecting amino acids within the same dynamic network can impact binding efficiency. At the receptor level, we analyzed interactions between ORs and odorant molecules to assess the status of OR deorphanization—the identification of the first agonist for a given receptor. Our analysis revealed that while experimental methodologies influence molecule-receptor association results, 83% of findings are consistent across different conditions. Notably, 88% of human OR sequences remain to be deorphanized. We estimated the recognition breadth of ORs and odorant molecules, proposing a foundational framework for future predictive models of OR-molecule activity. At the perception level, we focused on the Extra Superior grade of ylang-ylang essential oil, an important ingredient in luxury perfumery. Employing analytical techniques alongside in silico methods, we identified key odorants responsible for its distinct scent. We developed a numerical model to predict odor detection thresholds and calculate odor activity values (OAVs), facilitating efficient reformulation efforts in response to regulatory and supply challenges. By integrating experimental and computational methods across these levels, this work aims to bridge the gap between fundamental research and practical applications in fragrance industry.La perception des odeurs chez les mammifères est un processus à multiples facettes impliquant des interactions au niveau des pérorécepteurs avec les protéines de liaison des odorants (OBP), au niveau des récepteurs avec les récepteurs olfactifs (OR), et aboutissant à l'expérience complexe de la perception. Dans cette étude complète, nous avons étudié la détection des odeurs à ces trois niveaux en combinant la modélisation in silico, les outils numériques et les expériences in vitro. Au niveau du pérorécepteur, nous avons caractérisé la voie de translocation vers le site de liaison de l'OBP. Notre approche intégrative a permis d'identifier les résidus clés impliqués dans la reconnaissance du ligand et de démontrer que la liaison de l'odorant se fait par une seule voie. Nous avons montré que la formation d'un pont disulfure à l'entrée de la cavité de liaison élimine la reconnaissance du ligand, et que des mutations distales affectant des acides aminés au sein du même réseau dynamique peuvent avoir un impact sur l'efficacité de la liaison. Au niveau des récepteurs, nous avons analysé les interactions entre les RO et les molécules odorantes afin d'évaluer l'état de la désorphanisation des RO, c'est-à-dire l'identification du premier agoniste pour un récepteur donné. Notre analyse a révélé que si les méthodologies expérimentales influencent les résultats de l'association molécule-récepteur, 83 % des résultats sont cohérents dans des conditions différentes. Notamment, 88 % des séquences OR humaines doivent encore être désorphanisées. Nous avons estimé l'étendue de la reconnaissance des RO et des molécules odorantes, proposant un cadre fondamental pour les futurs modèles prédictifs de l'activité des RO et des molécules. Au niveau de la perception, nous nous sommes concentrés sur la qualité Extra Supérieure de l'huile essentielle d'ylang-ylang, un ingrédient important de la parfumerie de luxe. En utilisant des techniques analytiques et des méthodes in silico, nous avons identifié les odorants clés responsables de son odeur distincte. Nous avons développé un modèle numérique pour prédire les seuils de détection des odeurs et calculer les valeurs d'activité olfactive (OAV), facilitant ainsi les efforts de reformulation en réponse aux défis réglementaires et d'approvisionnement. En intégrant des méthodes expérimentales et informatiques à tous ces niveaux, ce travail vise à combler le fossé entre la recherche fondamentale et les applications pratiques dans l'industrie de la parfumerie
Numerical and analytical modelling of olfactory perception
No full textLa perception des odeurs chez les mammifères est un processus à multiples facettes impliquant des interactions au niveau des pérorécepteurs avec les protéines de liaison des odorants (OBP), au niveau des récepteurs avec les récepteurs olfactifs (OR), et aboutissant à l'expérience complexe de la perception. Dans cette étude complète, nous avons étudié la détection des odeurs à ces trois niveaux en combinant la modélisation in silico, les outils numériques et les expériences in vitro. Au niveau du pérorécepteur, nous avons caractérisé la voie de translocation vers le site de liaison de l'OBP. Notre approche intégrative a permis d'identifier les résidus clés impliqués dans la reconnaissance du ligand et de démontrer que la liaison de l'odorant se fait par une seule voie. Nous avons montré que la formation d'un pont disulfure à l'entrée de la cavité de liaison élimine la reconnaissance du ligand, et que des mutations distales affectant des acides aminés au sein du même réseau dynamique peuvent avoir un impact sur l'efficacité de la liaison. Au niveau des récepteurs, nous avons analysé les interactions entre les RO et les molécules odorantes afin d'évaluer l'état de la désorphanisation des RO, c'est-à-dire l'identification du premier agoniste pour un récepteur donné. Notre analyse a révélé que si les méthodologies expérimentales influencent les résultats de l'association molécule-récepteur, 83 % des résultats sont cohérents dans des conditions différentes. Notamment, 88 % des séquences OR humaines doivent encore être désorphanisées. Nous avons estimé l'étendue de la reconnaissance des RO et des molécules odorantes, proposant un cadre fondamental pour les futurs modèles prédictifs de l'activité des RO et des molécules. Au niveau de la perception, nous nous sommes concentrés sur la qualité Extra Supérieure de l'huile essentielle d'ylang-ylang, un ingrédient important de la parfumerie de luxe. En utilisant des techniques analytiques et des méthodes in silico, nous avons identifié les odorants clés responsables de son odeur distincte. Nous avons développé un modèle numérique pour prédire les seuils de détection des odeurs et calculer les valeurs d'activité olfactive (OAV), facilitant ainsi les efforts de reformulation en réponse aux défis réglementaires et d'approvisionnement. En intégrant des méthodes expérimentales et informatiques à tous ces niveaux, ce travail vise à combler le fossé entre la recherche fondamentale et les applications pratiques dans l'industrie de la parfumerie.Odor perception in mammals is a multifaceted process involving interactions at the perireceptor level with odorant binding proteins (OBPs), at the receptor level with olfactory receptors (ORs), and culminating in the complex experience of perception. In this comprehensive study, we investigated odor detection across these three levels using a combination of in silico modeling, numerical tools, and in vitro experiments. At the perireceptor level, we characterized the translocation pathway to the OBP binding site. Our integrative approach identified key residues involved in ligand recognition and demonstrated that odorant binding occurs via a single pathway. We showed that the formation of a disulfide bridge at the entrance of the binding cavity eliminates ligand recognition, and that distal mutations affecting amino acids within the same dynamic network can impact binding efficiency. At the receptor level, we analyzed interactions between ORs and odorant molecules to assess the status of OR deorphanization—the identification of the first agonist for a given receptor. Our analysis revealed that while experimental methodologies influence molecule-receptor association results, 83% of findings are consistent across different conditions. Notably, 88% of human OR sequences remain to be deorphanized. We estimated the recognition breadth of ORs and odorant molecules, proposing a foundational framework for future predictive models of OR-molecule activity. At the perception level, we focused on the Extra Superior grade of ylang-ylang essential oil, an important ingredient in luxury perfumery. Employing analytical techniques alongside in silico methods, we identified key odorants responsible for its distinct scent. We developed a numerical model to predict odor detection thresholds and calculate odor activity values (OAVs), facilitating efficient reformulation efforts in response to regulatory and supply challenges. By integrating experimental and computational methods across these levels, this work aims to bridge the gap between fundamental research and practical applications in fragrance industry
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
Author-wise bibliometric analysis based on entropy.
No full textAuthor-wise bibliometric analysis based on entropy.</p
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