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Deep evolutionary relationships of Monogenea: a window on how parasitic flatworms colonized vertebrate hosts
No full textNeodermata is a super-class of flatworms, the members of which are exclusively parasitic.
Neodermatans are characterized by a syncytial tegument, a specialized outer layer that facilitates
nutrient absorption and evasion of host immune responses. This tegument represents key innovation
to the parasitic lifestyle which has resulted in the subsequent radiation of neodermatans into
thousands of diverse forms across the classes Monogenea, Cestoda and Trematoda. Members of the
latter two classes are primarily endoparasitic with some posing a direct threat to human health.
Contrary to this, monogeneans are primarily, although by no means universally, ecto-parasites of fish
and as such have received somewhat less attention from the research community than cestodes and
trematodes.
This thesis consists of a general introduction to the topic of parasitism and its evolutionary
significance, as well as a basic biology of flatworms and the three component classes of Neodermata.
This is followed by three stand-alone chapters. The first of these deals with a single monogenean
species, Sphyranura euryceae Hughes & Moore, 1943 a polystomatid parasite of the Oklahoma
salamander (Eurycea tynerensis Moore & Hughes, 1939). Here, we provided an amended diagnosis
of Sphyranura, generated the first molecular data for S. euryceae in the form of a mitochondrial
genome and nuclear (18S, 28S rRNA) markers. We further inferred the phylogeny of Polystomatidae,
a family of monogeneans, the members of which primarily infect aquatic and semi-aquatic tetrapods.
Although the phylogenetic reconstruction supports Sphyranura as early branching in the lineage of
polystomatid monogeneans infecting batrachians, certain nodes remain unresolved. This chapter was
published in the journal “Parasite” in the summer of 2023 with the DOI:10.1051/parasite/2023025.
Chapter 2 introduces MitoComp, an original mitochondrial genome assembly pipeline with the aim
of providing a flexible, user-friendly, platform independent approach to producing assemblies from
short read data. Subsequent annotation, visualisation and comparison of successful assemblies
allows users to then pick the best assembly. MitoComp is freely available and distributed via GitHub
at https://github.com/SamLMG/MitoComp. This chapter is currently in the advanced stages of
preparation for submission to the journal “Methods in Evolution and Ecology”.
Chapter 3 aims to resolve the deep phylogenetic relationships within Neodermata. This was
addressed through phylogenetic inference of mitochondrial protein coding genes from 114 taxa.
Mitochondrial genomes used in this analysis include publicly available resources from GenBank as
well as 25 samples which were newly assembled and annotated via MitoComp, hence providing a
solid use case of MitoComp’s capabilities and applicability to phylogenetic workflows. We employed
six combinations of trimming, model selection and tree-building algorithms to infer the phylogeny of Neodermata. All phylogenies support Monogenea as paraphyletic, with a split between
Polyopisthocotylea and a group consisting of Monopisthocotylea, Trematoda and Cestoda. However,
the relationships between these latter three groups could not be consistently resolved between treebuilding methodologies.
In an effort to ease readability of this thesis and maintain the standalone nature of each chapter,
figures and tables in this thesis are numbered according to the chapter they appear in. Hence the
first figure in the introduction is labelled Figure I.1., likewise the first figure in Chapter 1 is labelled
Figure 1.1. Further to this end, taxon names are written in full, and an authority is given once per
chapter.Neodermata ist eine Überklasse von Plattwürmern, deren Mitglieder ausschließlich parasitisch leben.
Neodermata zeichnen sich durch ein synzytiales Tegument aus, eine spezialisierte äußere Schicht, die
die Nährstoffaufnahme und die Umgehung von Immunreaktionen des Wirts erleichtert. Dieses
Tegument stellt eine Schlüsselinnovation der parasitären Lebensweise dar, die zur anschließenden
Ausstrahlung von Neodermatanen in Tausende verschiedener Formen in den Klassen Monogenea,
Cestoda und Trematoda geführt hat. Die Mitglieder der beiden letztgenannten Klassen sind
hauptsächlich Endoparasiten, von denen einige eine direkte Gefahr für die menschliche Gesundheit
darstellen. Im Gegensatz dazu sind Monogenea hauptsächlich, aber nicht ausschließlich,
Ektoparasiten von Fischen und haben als solche etwas weniger Aufmerksamkeit von der Forschung
erhalten als Cestoda und Trematoda.
Diese Doktorarbeit besteht aus einer allgemeinen Einführung in das Thema Parasitismus und seine
evolutionäre Bedeutung sowie einer grundlegenden Biologie der Plattwürmer und der drei
Teilklassen der Neodermata. Daran schließen sich drei eigenständige Kapitel an. Das erste dieser
Kapitel befasst sich mit einer einzigen monogenen Art, Sphyranura euryceae Hughes & Moore, 1943,
einem polystomatiden Parasiten des Oklahoma-Salamanders (Eurycea tynerensis Moore & Hughes,
1939). Hier haben wir eine geänderte Diagnose von Sphyranura vorgelegt und die ersten
molekularen Daten für S. euryceae in Form eines mitochondrialen Genoms und nuklearer (18S, 28S
rRNA) Marker erstellt. Darüber hinaus haben wir die Phylogenie der Polystomatidae abgeleitet, einer
Familie von Monogenen, deren Mitglieder hauptsächlich aquatische und semiaquatische Tetrapoden
infizieren. Obwohl die phylogenetische Rekonstruktion Sphyranura als frühen Split im Stammbaum
der Polystomatidae-Monogeneen, die Batrachiden infizieren, unterstützt, können einige Knoten im
Stammbaum nicht aufgelöst werden. Dieses Kapitel wurde in der Zeitschrift "Parasite" im Sommer
2023 mit dem DOI:10.1051/parasite/2023025 veröffentlicht. In Kapitel 2 wird MitoComp vorgestellt. MitoComp ist eine originelle Pipeline für die
Zusammenstellung mitochondrialer Genome mit dem Ziel, einen flexiblen, benutzerfreundlichen und
plattformunabhängigen Ansatz für die Erstellung von Zusammenstellungen aus Short-Read-Daten zu
bieten. Die anschließende Annotation, Visualisierung und der Vergleich erfolgreicher
Zusammenstellungen ermöglicht es den Benutzer, die beste Kandidaten auszuwählen. MitoComp ist
frei verfügbar auf GitHub unter https://github.com/SamLMG/MitoComp. Dieses Kapitel befindet sich
derzeit in einer fortgeschrittenen Phase der Vorbereitung für die Einreichung bei der Zeitschrift
"Methods in Evolution and Ecology".
Kapitel 3 zielt darauf ab, die tiefen phylogenetischen Beziehungen innerhalb der Neodermata zu
klären. Dies basierte auf phylogenetischen Analysen der mitochondrialen proteincodierende Gene
von 114 Taxa. Die in dieser Analyse verwendeten mitochondrialen Genome inkludieren frei über
GenBank verfügbare Daten, sowie Mitogenome von 25 Proben, die mit Hilfe von MitoComp neu
assembliert und annotiert wurden und somit einen soliden Anwendungsfall für die Fähigkeiten und
die Anwendbarkeit von MitoComp in phylogenetischen Arbeitsabläufen darstellen. Wir verwendeten
sechs Kombinationen von Trimming-, Modellauswahl- und Baumerstellungsalgorithmen, für die
phylogenetische Analyse der Neodermata. Alle Phylogenien stützen die Monogenea als
paraphyletisch, mit einer Aufspaltung zwischen Polyopisthocotylea und einer Gruppe, die aus
Monopisthocotylea, Trematoda und Cestoda besteht. Die Beziehungen zwischen den drei
letztgenannten Gruppen konnten jedoch nicht eindeutig geklärt werden.
Um die Lesbarkeit dieser Doktorarbeit zu erleichtern und die Eigenständigkeit der einzelnen Kapitel
zu wahren, sind die Abbildungen und Tabellen in dieser Arbeit entsprechend dem Kapitel, in dem sie
erscheinen, nummeriert. So ist die erste Abbildung in der Einleitung mit Abbildung I.1.
gekennzeichnet, ebenso die erste Abbildung in Kapitel 1 mit Abbildung 1.1. Außerdem werden die
Namen der Taxa vollständig ausgeschrieben, und pro Kapitel wird einmal eine Autorität angegeben
Deep evolutionary relationships of Monogenea: a window on how parasitic flatworms colonized vertebrate hosts
No full textNeodermata is a super-class of flatworms, the members of which are exclusively parasitic.
Neodermatans are characterized by a syncytial tegument, a specialized outer layer that facilitates
nutrient absorption and evasion of host immune responses. This tegument represents key innovation
to the parasitic lifestyle which has resulted in the subsequent radiation of neodermatans into
thousands of diverse forms across the classes Monogenea, Cestoda and Trematoda. Members of the
latter two classes are primarily endoparasitic with some posing a direct threat to human health.
Contrary to this, monogeneans are primarily, although by no means universally, ecto-parasites of fish
and as such have received somewhat less attention from the research community than cestodes and
trematodes.
This thesis consists of a general introduction to the topic of parasitism and its evolutionary
significance, as well as a basic biology of flatworms and the three component classes of Neodermata.
This is followed by three stand-alone chapters. The first of these deals with a single monogenean
species, Sphyranura euryceae Hughes & Moore, 1943 a polystomatid parasite of the Oklahoma
salamander (Eurycea tynerensis Moore & Hughes, 1939). Here, we provided an amended diagnosis
of Sphyranura, generated the first molecular data for S. euryceae in the form of a mitochondrial
genome and nuclear (18S, 28S rRNA) markers. We further inferred the phylogeny of Polystomatidae,
a family of monogeneans, the members of which primarily infect aquatic and semi-aquatic tetrapods.
Although the phylogenetic reconstruction supports Sphyranura as early branching in the lineage of
polystomatid monogeneans infecting batrachians, certain nodes remain unresolved. This chapter was
published in the journal “Parasite” in the summer of 2023 with the DOI:10.1051/parasite/2023025.
Chapter 2 introduces MitoComp, an original mitochondrial genome assembly pipeline with the aim
of providing a flexible, user-friendly, platform independent approach to producing assemblies from
short read data. Subsequent annotation, visualisation and comparison of successful assemblies
allows users to then pick the best assembly. MitoComp is freely available and distributed via GitHub
at https://github.com/SamLMG/MitoComp. This chapter is currently in the advanced stages of
preparation for submission to the journal “Methods in Evolution and Ecology”.
Chapter 3 aims to resolve the deep phylogenetic relationships within Neodermata. This was
addressed through phylogenetic inference of mitochondrial protein coding genes from 114 taxa.
Mitochondrial genomes used in this analysis include publicly available resources from GenBank as
well as 25 samples which were newly assembled and annotated via MitoComp, hence providing a
solid use case of MitoComp’s capabilities and applicability to phylogenetic workflows. We employed
six combinations of trimming, model selection and tree-building algorithms to infer the phylogeny of Neodermata. All phylogenies support Monogenea as paraphyletic, with a split between
Polyopisthocotylea and a group consisting of Monopisthocotylea, Trematoda and Cestoda. However,
the relationships between these latter three groups could not be consistently resolved between treebuilding methodologies.
In an effort to ease readability of this thesis and maintain the standalone nature of each chapter,
figures and tables in this thesis are numbered according to the chapter they appear in. Hence the
first figure in the introduction is labelled Figure I.1., likewise the first figure in Chapter 1 is labelled
Figure 1.1. Further to this end, taxon names are written in full, and an authority is given once per
chapter.Neodermata ist eine Überklasse von Plattwürmern, deren Mitglieder ausschließlich parasitisch leben.
Neodermata zeichnen sich durch ein synzytiales Tegument aus, eine spezialisierte äußere Schicht, die
die Nährstoffaufnahme und die Umgehung von Immunreaktionen des Wirts erleichtert. Dieses
Tegument stellt eine Schlüsselinnovation der parasitären Lebensweise dar, die zur anschließenden
Ausstrahlung von Neodermatanen in Tausende verschiedener Formen in den Klassen Monogenea,
Cestoda und Trematoda geführt hat. Die Mitglieder der beiden letztgenannten Klassen sind
hauptsächlich Endoparasiten, von denen einige eine direkte Gefahr für die menschliche Gesundheit
darstellen. Im Gegensatz dazu sind Monogenea hauptsächlich, aber nicht ausschließlich,
Ektoparasiten von Fischen und haben als solche etwas weniger Aufmerksamkeit von der Forschung
erhalten als Cestoda und Trematoda.
Diese Doktorarbeit besteht aus einer allgemeinen Einführung in das Thema Parasitismus und seine
evolutionäre Bedeutung sowie einer grundlegenden Biologie der Plattwürmer und der drei
Teilklassen der Neodermata. Daran schließen sich drei eigenständige Kapitel an. Das erste dieser
Kapitel befasst sich mit einer einzigen monogenen Art, Sphyranura euryceae Hughes & Moore, 1943,
einem polystomatiden Parasiten des Oklahoma-Salamanders (Eurycea tynerensis Moore & Hughes,
1939). Hier haben wir eine geänderte Diagnose von Sphyranura vorgelegt und die ersten
molekularen Daten für S. euryceae in Form eines mitochondrialen Genoms und nuklearer (18S, 28S
rRNA) Marker erstellt. Darüber hinaus haben wir die Phylogenie der Polystomatidae abgeleitet, einer
Familie von Monogenen, deren Mitglieder hauptsächlich aquatische und semiaquatische Tetrapoden
infizieren. Obwohl die phylogenetische Rekonstruktion Sphyranura als frühen Split im Stammbaum
der Polystomatidae-Monogeneen, die Batrachiden infizieren, unterstützt, können einige Knoten im
Stammbaum nicht aufgelöst werden. Dieses Kapitel wurde in der Zeitschrift "Parasite" im Sommer
2023 mit dem DOI:10.1051/parasite/2023025 veröffentlicht. In Kapitel 2 wird MitoComp vorgestellt. MitoComp ist eine originelle Pipeline für die
Zusammenstellung mitochondrialer Genome mit dem Ziel, einen flexiblen, benutzerfreundlichen und
plattformunabhängigen Ansatz für die Erstellung von Zusammenstellungen aus Short-Read-Daten zu
bieten. Die anschließende Annotation, Visualisierung und der Vergleich erfolgreicher
Zusammenstellungen ermöglicht es den Benutzer, die beste Kandidaten auszuwählen. MitoComp ist
frei verfügbar auf GitHub unter https://github.com/SamLMG/MitoComp. Dieses Kapitel befindet sich
derzeit in einer fortgeschrittenen Phase der Vorbereitung für die Einreichung bei der Zeitschrift
"Methods in Evolution and Ecology".
Kapitel 3 zielt darauf ab, die tiefen phylogenetischen Beziehungen innerhalb der Neodermata zu
klären. Dies basierte auf phylogenetischen Analysen der mitochondrialen proteincodierende Gene
von 114 Taxa. Die in dieser Analyse verwendeten mitochondrialen Genome inkludieren frei über
GenBank verfügbare Daten, sowie Mitogenome von 25 Proben, die mit Hilfe von MitoComp neu
assembliert und annotiert wurden und somit einen soliden Anwendungsfall für die Fähigkeiten und
die Anwendbarkeit von MitoComp in phylogenetischen Arbeitsabläufen darstellen. Wir verwendeten
sechs Kombinationen von Trimming-, Modellauswahl- und Baumerstellungsalgorithmen, für die
phylogenetische Analyse der Neodermata. Alle Phylogenien stützen die Monogenea als
paraphyletisch, mit einer Aufspaltung zwischen Polyopisthocotylea und einer Gruppe, die aus
Monopisthocotylea, Trematoda und Cestoda besteht. Die Beziehungen zwischen den drei
letztgenannten Gruppen konnten jedoch nicht eindeutig geklärt werden.
Um die Lesbarkeit dieser Doktorarbeit zu erleichtern und die Eigenständigkeit der einzelnen Kapitel
zu wahren, sind die Abbildungen und Tabellen in dieser Arbeit entsprechend dem Kapitel, in dem sie
erscheinen, nummeriert. So ist die erste Abbildung in der Einleitung mit Abbildung I.1.
gekennzeichnet, ebenso die erste Abbildung in Kapitel 1 mit Abbildung 1.1. Außerdem werden die
Namen der Taxa vollständig ausgeschrieben, und pro Kapitel wird einmal eine Autorität angegeben
Ectoparasitism in Polystomatidae (Neodermata, Monogenea): phylogenetic position and mitogenome of Sphyranura euryceae, a parasite of the Oklahoma salamander
No full text
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
- …
