1,721,018 research outputs found
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Mecanismos epigenéticos em hepatoblastomas: análise do transcriptoma e sua regulação por metilação de DNA
Get PDFMecanismos epigenéticos em hepatoblastomas: análise do transcriptoma e sua regulação por metilação de DNA. Tumores hepáticos em crianças são raros, representando 1 - 4% de todos os tumores sólidos pediátricos, sendo o hepatoblastoma o mais frequente. Hepatoblastomas são tumores embrionários, com idade muito precoce de manifestação e apresentação histológica característica, que recapitula diferentes fases da organogênese do fígado. Em decorrência de sua raridade, os mecanismos moleculares subjacentes ao desenvolvimento e progressão deste tipo tumoral ainda são pouco explorados e praticamente inexistem biomarcadores para estratificação de risco. Apresentando a menor taxa de mutação somática dentre os tumores sólidos, o hepatoblastoma é um câncer que ainda tem sua origem e mecanismos moleculares debatidos na literatura científica. Há reconhecido link entre epigenética, desenvolvimento fetal e tumores pediátricos e, nos últimos anos, o estudo com foco na epigenética de hepatoblastomas ganhou maior importância como um mecanismo chave. Este estudo teve como objetivo central a avaliação do papel da metilação de DNA na alteração do padrão de expressão gênica de hepatoblastomas. Foram avaliadas no total um conjunto de 30 amostras de hepatoblastomas e 11 amostras de tecido hepático não tumoral, derivadas de colaboração com três centros de câncer infantil da cidade de São Paulo (AC Camargo Cancer Center, GRAAC e ITACI). Também foram utilizadas linhagens celulares de tumores hepáticos e células pluripotentes induzidas (IPSCs) diferenciadas em hepatoblastos e hepatócitos-like. Utilizando técnicas como qRT-PCR, western blot, imunohistoquímica, metabolômica, RNASeq e nível global de hidroximetilação, os objetivos foram (a) identificar o mecanismo de hipometilação de DNA em hepatoblastomas e determinar o nível de 5-hidroximetilcitosina; (b) caracterizar as amostras de hepatoblastoma de acordo com as etapas de diferenciação celular de hepatócitos; (c) avaliar o impacto de alterações de metilação previamente identificadas no transcriptoma tumoral (genes codificadores e não codificadores). Estudamos o padrão de expressão de genes da maquinaria de metilação de DNA (DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, DNMT3L, UHRF1, TET1, TET2 e TET3) nestes tumores e o nível global de 5hmC. Detectamos elevada expressão dos genes da maquinaria epigenética, principalmente UHRF1, TET1 e TET2, em associação com enriquecimento do conteúdo de 5hmC. Estes resultados indicam a ocorrência em hepatoblastomas de desmetilação ativa do DNA, mediada por TETs, provavelmente durante os estágios iniciais do desenvolvimento do fígado. Além disso, níveis mais baixos de 5hmC em hepatoblastomas podem estar associados à redução da sobrevida global. Em seguida, avaliamos a utilização do padrão de expressão de genes da maquinaria epigenética e de diferenciação hepática como elementos-chave para a estratificação de hepatoblastomas. Foi possível a estratificação das amostras tumorais em três grupos, destacando a importância de 13 genes (TET1, TET2, TET3, DNMT1, DNMT3A, UHRF1, ALB, CYP3A4, TDO2, UGT1A1, AFP, HNF4A e FOXA2) para o estabelecimento desta classificação. Os resultados permitiram correlacionar os grupos identificados com distintos níveis de metilação global de DNA, que estão de acordo com a fase de diferenciação hepática em que as células tumorais se encontrariam, o que corrobora a hipótese de bloqueio de diferenciação do órgão de origem. Deste modo, propusemos assinaturas tumorais associadas a diferentes fases de diferenciação hepática com base em expressão gênica e em nível de metilação de DNA. Evidenciamos redução significativa de expressão gênica e proteica de NNMT em hepatoblastomas. Níveis mais elevados de NNMT foram estatisticamente associados ao diagnóstico tardio em hepatoblastoma, uma reconhecida variável clínica de pior prognóstico. A análise metabolômica não direcionada detectou metabolismo lipídico aberrante em hepatoblastomas, sugerindo que a diminuição de NNMT pode estar associada à redução detectada do conteúdo lipídico em amostras de hepatoblastoma, possivelmente relacionada a concentrações alteradas de metabólicos ligados a função do NNMT ou precursores de NAD+. Os dados apresentados aqui mostraram pela primeira vez que a redução de NNMT ocorre em hepatoblastomas, fornecendo apoio adicional à teoria de que sua regulação negativa é um fenômeno geral em câncer de fígado. Com o objetivo de compreender melhor os processos biológicos alterados, realizamos análises de bioinformática a partir de dados de RNASeq de hepatoblastomas e amostras de fígado normais. Foi identificado um grupo de 1492 genes com expressão diferencial entre tumores e amostras controle (Differentially Expressed Genes - DEGs), 1.031 deles regulados positivamente e 461 com diminuição de expressão. A lista de DEGs contém genes codificadores de proteínas e ncRNAs, estes principalmente regulados positivamente. Oitenta e cinco dos genes com expressão diferencial são expressos exclusivamente em amostras tumorais, sendo aproximadamente 55% deles ncRNAs. Dentre os 50 principais genes, aqui definidos como aqueles com a maior alteração de expressão, 42% correspondem a ncRNAs; três (MAGED4, SNO144-16 e RP11-431J24.2) com expressão detectável exclusivamente em tumores. Adicionalmente, 16 destes genes com maior diferença de expressão entre tumores e fígado normal já haviam sido identificados anteriormente como alterados neste grupo tumoral (GCK, HMGA2, INS-IGF2, DKK1, CPA6, TTC36, LIX1, PART1, DKK4, CDCA7, GNG4, THRSP, CNDP1, CYP2B7P, ASPG e HAO2). Os processos biológicos foram enriquecidos em regulação negativa do metabolismo, principalmente de amina, nicotinamida e lipídios / ácidos graxos; também há alteração de mecanismos epigenéticos, como metilação do DNA, ncRNAs e silenciamento de genes por miRNA; citotoxicidade e vias de sinalização, incluindo mediada por citocinas. Uma rede de interação miRNA-mRNA foi construída, identificando quatro genes (miR-186, miR-214, miR-377 e miR-494), cada um deles conectado a mais de 10 mRNAs. Os principais processos biológicos relacionados a esta rede miRNA-mRNA foram associados também a metabolismo e reações de oxidação de lipídios e carboidratos. Em conclusão, a análise de RNASeq evidenciou grande alteração de vias metabólicas em hepatoblastomas, incluindo lipídios, aminas e nicotinamidas, o que retoma resultados anteriores de nosso grupo. Também revelou grande modificação na rede de expressão de ncRNAs neste tipo de tumores. A detecção de processos biológicos alterados fornece pistas para o entendimento das vias de tumorigênese em hepatoblastomas e os achados de genes centrais indicam candidatos a futuras análises funcionais.Epigenetic mechanisms in hepatoblastomas: transcriptome analysis and regulation by DNA methylation. Liver tumors in children are rare, representing 1 - 4% of all pediatric solid tumors, with hepatoblastoma being the most frequent. Hepatoblastoma is an embryonic tumor with a very early age of manifestation and characteristic histological presentation that recapitulates different phases of liver organogenesis. Due to its rarity, the molecular mechanisms underlying the development and progression of this tumor type are still poorly explored, and there are few biomarkers for risk stratification. With the lowest rate of somatic mutation among solid tumors, the origin and molecular mechanisms of hepatoblastoma are still discussed in the literature. There is a recognized link between epigenetics, fetal development, and pediatric tumors and, in recent years, the study focused on the epigenetics of hepatoblastomas has gained greater importance as a key mechanism. This study had as its central objective the evaluation of the role of DNA methylation in altering the pattern of gene expression of hepatoblastomas. A total of 30 samples of hepatoblastomas and 11 samples of non-tumor liver tissue were evaluated, derived from collaboration with three pediatric cancer centers in São Paulo (AC Camargo Cancer Center, GRAAC, and ITACI). Liver tumor cell lines and induced pluripotent cells (IPSCs) differentiated into hepatoblasts and hepatocytes-like were also used. Using techniques such as qRT-PCR, western blot, immunohistochemistry, metabolomics, RNASeq, and global level of hydroxymethylation, the objectives were (a) to identify the mechanism of DNA hypomethylation in hepatoblastomas and to determine the level of 5-hydroxymethylcytosine; (b) characterize the samples of hepatoblastoma according to the steps of cell differentiation from hepatocytes; (c) assess the impact of previously identified changes in the tumor methylome on the total transcriptome (coding and non-coding genes). We studied the gene expression pattern of DNA methylation machinery (DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, DNMT3L, UHRF1, TET1, TET2, and TET3) in these tumors and investigated the overall level of 5hmC in hepatoblastoma. We detected high expression of epigenetic machinery genes, mainly UHRF1, TET1, and TET2, in association with enrichment of the content of 5hmC. These results indicate the occurrence of active DNA demethylation in hepatoblastomas, mediated by TETs, probably during the early stages of liver development. In addition, lower levels of 5hmC in hepatoblastomas may be associated with reduced overall survival. In addition, we evaluated the use of the gene expression pattern of epigenetic machinery and liver differentiation as pivotal elements for hepatoblastoma stratification. It was possible to stratify tumor samples into three groups, highlighting the importance of 13 (TET1, TET2, TET3, DNMT1, DNMT3A, UHRF1, ALB, CYP3A4, TDO2, UGT1A1, AFP, HNF4A, and FOXA2) genes for the establishment of this classification. The results made it possible to correlate the identified groups with different levels of global DNA methylation, which are in accordance with the phase of liver differentiation in which the tumor cells would meet, which corroborates the hypothesis of blocking the differentiation of the source organ. Thus, we proposed tumor signatures associated with different stages of liver differentiation based on gene expression and DNA methylation level. We evidenced a significant reduction in NNMT gene and protein expression in hepatoblastomas. The higher expression of NNMT was statistically associated with a late diagnosis of hepatoblastoma, a recognized clinical variable with a worse prognosis. The undirected metabolomic analysis detected aberrant lipid metabolism in hepatoblastoma, suggesting that the decrease in NNMT may be associated with the detected reduction in lipid content in tumor samples, possibly related to altered concentrations of metabolic linked to NNMT function or NAD+ 123 precursors. The data presented here showed for the first time that the reduction of NNMT occurs in hepatoblastomas, providing additional support for the theory that the negative regulation of this protein is a general phenomenon in liver cancer. To better understand the altered biological processes, we performed bioinformatics analyzes based on data from RNASeq of normal hepatoblastomas and liver. A group of 1492 genes with differential expression between tumors and control (Differentially Expressed Genes - DEGs) was identified, 1,031 of them regulated positively and 461 with decreased expression. A list of DEGs contains genes encoding proteins and ncRNAs, which are mainly upregulated. Eighty-five of the genes with differential expression are expressed exclusively in our tumors, with approximately 55% of them being ncRNAs. Among the 50 main genes, defined here as those with the greatest expression alteration, 42% correspond to ncRNAs; three (MAGED4, SNO144-16 and RP11-431J24.2) had detectable expression exclusively in tumors and, in addition, 16 of these genes with greater difference in expression between tumors and normal liver had previously been identified as altered in this tumor group (GCK, HMGA2, INS-IGF2, DKK1, CPA6, TTC36, LIX1, PART1, DKK4, CDCA7, GNG4, THRSP, CNDP1, CYP2B7P, ASPG and HAO2). The biological processes were enriched in the sense of negative regulation of metabolism, mainly of amine, nicotinamide and lipids/fatty acids; there is also a change in epigenetic mechanisms, such as DNA methylation, ncRNAs and gene silencing by miRNA; cytotoxicity and signaling pathways, including cytokine-mediated signaling pathway. A miRNA-mRNA interaction network was built, identifying four genes (miR-186, miR-214, miR-377 and miR-494) where each is connected to more than 10 mRNAs. The main biological processes related to this miRNA-mRNA network were also associated with metabolism and oxidation reactions of lipids and carbohydrates. In conclusion, the analysis of RNASeq showed great alteration of metabolic pathways in hepatoblastomas, including lipids, amines and nicotinamides, which resumes previous results of our group. It also revealed major changes in the ncRNA expression network in this type of tumor
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
Chromosomal copy number changes in hepatoblastomas: genomic microarrays and next generation sequencing
No full textO hepatoblastoma (HB) é um tumor embrionário muito raro, contudo é o tumor hepático mais comum em crianças. Os genomas dos HBs contêm poucas alterações genéticas, sendo caracterizados principalmente pela ocorrência de aneuploidias recorrentes de ganho de cromossomos e/ou braços cromossômicos inteiros; porém, a contribuição dessas alterações para a gênese do HB ainda é pouco compreendida. Alterações de número de cópias genômicas (CNAs) segmentares foram também descritas nestes tumores, restritas a regiões específicas de alguns cromossomos, algumas delas em associação a características clínicas como progressão e pior prognóstico. O principal objetivo deste estudo foi caracterizar o padrão de CNAs em 25 HBs por análise citogenômica utilizando microarranjos genômicos, metodologia considerada padrão-ouro para detecção de CNAs submicroscópicas (< 4 Mb). Com os resultados obtidos pela técnica de hibridação genômica comparativa em microarranjos, os 25 tumores analisados foram separados em três categorias de acordo com seu perfil genômico: sete HBs não apresentaram alteração detectável, treze apresentaram poucas CNAs (até quatro alterações cromossômicas e/ou alterações focais) e cinco tumores apresentaram genomas com muitas CNAs, considerados complexos. Cento e vinte três CNAs foram detectadas no grupo de tumores, sendo que as CNAs mais prevalentes no grupo de HBs foram ganhos em 1q, 2/2q e 20/20p, e perdas em 1p/1pter e 4/4q. Além disso, foi possível delimitar seis regiões cromossômicas mais comumente afetadas por CNAs na coorte (minimum common region - MCRs) ganhos em 1q31.3q42.3, 2q24.2q24.3, 20p13p11.1 e perdas em 1p36.31, 4p14, 4q21.22q25. Dentro de tais regiões, a avaliação em bancos de dados indicou 17 genes (CHD5, BLACAT1, KDM5B, PARP1, LINC00210, MDM4, CHI3L1, PCAT6, PROX1, UBE2T, DPP4, FAP, HPSE, LEF1, NFKB1, PTPN13 e JAG1) como potencialmente relacionados à tumorigênese e/ou progressão em HB, sendo candidatos para estudos futuros de expressão gênica. Dentre tais genes, apenas dois foram previamente relacionados a HB, ambos localizados na MCR de ganho 1q31.3q42.3: MDM4 e PARP1. Na coorte estudada, 11 tumores apresentaram essa MCR de ganho 1q31.3q42.3; ao analisar a estratificação de risco de tais pacientes, 10/11 eram de risco alto (6) ou intermediário (4), sendo que quatro foram a óbito. Tendo em vista o número elevado de pacientes de risco alto/intermediário nesse subgrupo de tumores, ganho de 1q31.3q42.3 pode estar associado a tumores mais agressivos. O segundo objetivo deste trabalho foi comparar o desempenho de três plataformas diferentes de sequenciamento de nova geração (NGS), exoma completo, painel OneSeq e painel TruSight One, em relação à técnica padrão-ouro para detecção de CNAs (microarranjo genômico). Nossos resultados de 19 HBs sequenciados mostraram alta concordância entre os dados de aCGH e NGS (~87%); a grande maioria dos casos discordantes (CNAs detectadas apenas por aCGH ou NGS) foram regiões sem cobertura em uma das plataformas. O tamanho mínimo de CNA detectada nos dados de NGS foi de 109 Kb em uma amostra sequenciada em exoma completo, não detectada por aCGH por falta de cobertura. Verificamos também que é possível em dados de NGS detectar CNAs em mosaico (frequência mínima do mosaico de ~10% para perdas e ~20% para ganhos) e regiões em homozigose ou cnLOH (copy-neutral losses of heterozygosity). Contudo, existem certas limitações inerentes aos dados de NGS produzidos com captura de regiões genômicas (exoma e painéis), como a falta de uniformidade de cobertura horizontal e distribuição irregular de exons pelo genoma, que dificultam a detecção do espectro total de CNAs e delimitação de pontos de quebra. Além disso, foi possível constatar que a profundidade do sequenciamento é um fator preponderante para a qualidade dos dados de CNAs obtidos a partir de NGS, uma vez que regiões com baixa profundidade de cobertura tem detecção ou delimitação de tamanho prejudicadas. Apesar de tais limitações, o grande potencial para obtenção de resultados acurados referentes a mutações e CNAs já possibilita a substituição dos microarranjos genômicos pelas plataformas de NGS como primeira linha de investigação genômicaHepatoblastoma (HB) is a very rare embryonic tumor, although it is the most common liver tumor in children. HBs genomes contain few genetic alterations, being mainly characterized by recurrent aneuploidy gains of whole chromosome and / or whole chromosomal arms; However, the contribution of these changes to the genesis of HB is still poorly understood. Segmental genomic copy number alterations (CNAs) have also been described in these tumors, restricted to specific regions of some chromosomes, some of them in association with clinical features such as progression and poor prognosis. The main aim of this study was characterizing the CNA pattern of 25 HBs by cytogenomic analysis using genomic microarrays (chromosomal microarray analysis - CMA), considered the gold standard methodology for detection of submicroscopic CNAs (<4 Mb). Based on the results obtained by CMA, the 25 tumors could be classified in three categories according to their genomic profile: seven HBs showed no detectable alteration, thirteen presented few CNAs (up to four chromosomal alterations and/or focal alterations) and five tumors carried many CNAs, with complex genomes. One hundred and twenty-three CNAs were detected in the tumor group, and the most prevalent CNAs in the HBs group were gains at 1q, 2 / 2q and 20 / 20p, and losses at 1p / 1pter and 4 / 4q. In addition, it was possible to delimitate six chromosomal regions most commonly affected by CNAs in the cohort (minimum common regions - MCRs), located at: 1q31.3q42.3, 2q24.2q24.3, 20p13p11.1 (gains) and 1p36.31, 4p14, 4q21.22q25 (losses). In silico evaluation of the regions indicated 17 genes ((CHD5, BLACAT1, KDM5B, PARP1, LINC00210, MDM4, CHI3L1, PCAT6, PROX1, UBE2T, DPP4, FAP, HPSE, LEF1, NFKB1, PTPN13 and JAG1) as potentially related to tumorigenesis and/or HB progression, being candidates for future gene expression studies. Among these genes, only two were previously related to HB, both mapped to the MCR 1q31.3q42.3 gain: MDM4 and PARP1. In the cohort, 11 tumors presented this MCR 1q31.3q42.3 gain, and considering clinical data, ten of them were either high risk (6) or intermediate risk (4), with four deceased patients. Given the number of high/intermediate risk patients in this subgroup of tumors, 1q31.3q42.3 gain may be associated with more aggressive tumors. The second aim of this work was comparing the performance of three different next generation sequencing platforms (NGS), whole exome sequencing, OneSeq panel and TruSight One panel, with the gold-standard technique for detection of CNAs (CMA). Our results, based on data from 19 HBs, showed high rate of concordance between CMA and NGS data (~87%); the vast majority of the discordant cases (CNAs detected only by aCGH or NGS) were regions without coverage in one of the platforms. The minimum size of CNA detected in the NGS data was 109 Kb, not detected by CMA due to lack of coverage. We also found that it is possible to detect mosaic CNAs in NGS data (minimum mosaic frequency of ~10% for losses and ~20% for gains), as well as homozygous regions or cnLOH (copy-neutral losses of heterozygosity). However, there are limitations using NGS data based on capture (exome and panels), which can impair the detection of the full CNA spectrum and precise size mapping. Moreover, it was found that sequencing depth is a major issue for CNA detection using NGS data, since regions with low depth coverage have impaired detection or size delimitation. Despite these limitations, the great potential for obtaining accurate results both for mutations and CNAs allows the replacement of CMA by NGS platforms as the first line of genomic researc
Author-wise bibliometric analysis based on entropy.
No full textAuthor-wise bibliometric analysis based on entropy.</p
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