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The possible roads from gene to protein function
Full text linkLas proteínas constituyen la maquinaria elemental de todos los seres vivos. Las instrucciones para su producción están escritas en los genes del DNA. Los avances en técnicas de secuenciación de DNA han permitido obtener una inmensa cantidad de información de los genes de una variedad de organismos tales como bacterias, hongos, virus, plantas, animales, etc. En la mayoría de los casos, la función de los genes descriptos es desconocida. En este artículo discutimos los desafíos que involucra el análisis funcional de genes y proteínas concentrándonos en el caso particular de la enzima Lumazina Sintasa de Brucellaabortus como ejemplo.Proteins are the basic components of the machinery of all living beings. The instructions for their production are written in the genes of the DNA. The advances in DNA sequencing techniques have enabled the acquisition of a large amount of information of the genes of a variety of organisms, like bacteria, fungi, virus, plants, animals, etc. In most cases the function of the described genes is unknown. In this article we discuss the challenges involved in the functional analysis of genes and proteins, focusing on the particular case of the enzyme Lumazine Synthase from Brucella abortus as example.Fil: Craig, Patricio Oliver. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Química y Físico-Química Biológicas "Prof. Alejandro C. Paladini". Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Química y Físico-Química Biológicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; ArgentinaFil: Klinke, Sebastian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Bonomi, Hernán Ruy. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentin
The structure of unliganded sterol carrier protein 2 from Yarrowia lipolytica unveils a mechanism for binding site occlusion
No full textIsolated or as a part of multidomain proteins, Sterol Carrier Protein 2 (SCP2) exhibits high affinity and broad specificity for different lipidic and hydrophobic compounds. A wealth of structural information on SCP2 domains in all forms of life is currently available; however, many aspects of its ligand binding activity are poorly understood. ylSCP2 is a well-characterized single domain SCP2 from the yeast Yarrowia lipolytica. Herein, we report the X-ray structure of unliganded ylSCP2 refined to 2.0 Å resolution. Comparison with the previously solved liganded ylSCP2 structure unveiled a novel mechanism for binding site occlusion. The liganded ylSCP2 binding site is a large cavity with a volume of more than 800 Å3. In unliganded ylSCP2 the binding site is reduced to about 140 Å3. The obliteration is caused by a swing movement of the C-terminal α helix 5 and a subtle compaction of helices 2–4. Previous pairwise comparisons were between homologous SCP2 domains with a uncertain binding status. The reported unliganded ylSCP2 structure allows for the first time a fully controlled comparative analysis of the conformational effects of ligand occupation dispelling several doubts regarding the architecture of SCP2 binding site.Fil: Gianotti, Alejo Román. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Universidad Nacional de La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular; ArgentinaFil: Klinke, Sebastian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Ermacora, Mario Roberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Universidad Nacional de La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular; Argentin
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Entwicklung und Anwendung eines Modells zur Messung von ordnungspolitischem Wandel im Gesundheitswesen: Auswirkungen der gesundheitspolitischen Reformgesetzgebung auf Perzeption und Verhalten von Chefärzten im Bundesland Bremen
Full text linkZiel dieser Modellbildung und Untersuchung ist es, der Frage nachzugehen, inwieweit die seit der zweiten Hälfte der 70er Jahre andauernden Reformbemühungen im bundesdeutschen Ge-sundheitswesen zu einer langfristigen und grundlegenden Modifikation, Umgewichtung oder gar Neudefinition gesundheitspolitischer Zielvorstellungen im stationären Sektor geführt ha-ben. Geprüft wird die Hypothese, ob als Folge der zahlreichen Kostendämpfungsgesetze und insbesondere mit der Verabschiedung des Gesundheitsstrukturgesetzes im Jahre 1993 ein ord-nungspolitischer Wandel eingeleitet wurde, der sich bis heute fortsetzt. Neben dieser politik-feldbezogenen Fragestellung, wird auf einer allgemeineren Ebene das grundsätzliche Problem der Messung von langfristigem sozialpolitischen Wandel angesprochen und einer Operationa-lisierung zugeführt. Im Mittelpunkt der Studie stehen eine systematische Analyse der bundesdeutschen Reformge-setzgebung im Gesundheitswesen bis zum Jahre 2003 und eine qualitative Befragung von Chefärzten im Bundesland Bremen ebenfalls aus dem Jahr 2003. Ausgehend von einer Unter-suchung der Makrobene (Bundesgesetze), wird anhand einer Studie auf der Mikroebene der Implementation (Chefärzte) gezeigt, wie erfolgreich die politisch angestrebte Veränderung des Akteurshandelns auf Seiten der Leistungserbringer im stationären Sektor bisher gewesen ist.Matters of long-term social policy shift analysis do not figure prominently in German health care research. It is still highly disputable to what extent 30 years of reform efforts in the German health care system have resulted in long-term, fundamental modifications or shifts in the hierarchical order of health care targets. The author tests the hypothesis whether the numerous laws aiming at cost containment as well as the German Health Structure Law (Gesundheitsstrukturgesetz/GSG) in 1993 have induced an ongoing process of structural change in regulatory policy (ordnungspoli-tischer Wandel). A theoretical model to measure this kind of change in German health care policy is presented and applied. This study analyses German health care legislation up to the year 2003 as well as qualitative interviews with head physicians in hospitals (Chefärzte). These interviews were conducted in the state (Bundesland) of Bremen in 2003. Moving from a macro-level investigation (federal legis-lation) to a micro-level investigation of implementation (head physicians) the author shows to what extent changes in legislation have invoked changes in attitude and behaviour on the part of service providers in the inpatient sector of health care services
Entwicklung und Anwendung eines Modells zur Messung von ordnungspolitischem Wandel im Gesundheitswesen: Auswirkungen der gesundheitspolitischen Reformgesetzgebung auf Perzeption und Verhalten von Chefärzten im Bundesland Bremen
Full text link"Ziel dieser Modellbildung und Untersuchung ist es, der Frage nachzugehen, inwieweit die seit der zweiten Hälfte der 70er Jahre andauernden Reformbemühungen im bundesdeutschen Gesundheitswesen zu einer langfristigen und grundlegenden Modifikation, Umgewichtung oder gar Neudefinition gesundheitspolitischer Zielvorstellungen im stationären Sektor geführt haben. Geprüft wird die Hypothese, ob als Folge der zahlreichen Kostendämpfungsgesetze und insbesondere mit der Verabschiedung des Gesundheitsstrukturgesetzes im Jahre 1993 ein ordnungspolitischer Wandel eingeleitet wurde, der sich bis heute fortsetzt. Neben dieser politik-feldbezogenen Fragestellung, wird auf einer allgemeineren Ebene das grundsätzliche Problem der Messung von langfristigem sozialpolitischen Wandel angesprochen und einer Operationalisierung zugeführt. Im Mittelpunkt der Studie stehen eine systematische Analyse der bundesdeutschen Reformgesetzgebung im Gesundheitswesen bis zum Jahre 2003 und eine qualitative Befragung von Chefärzten im Bundesland Bremen ebenfalls aus dem Jahr 2003. Ausgehend von einer Untersuchung der Makroebene (Bundesgesetze), wird anhand einer Studie auf der Mikroebene der Implementation (Chefärzte) gezeigt, wie erfolgreich die politisch angestrebte Veränderung des Akteurshandelns auf Seiten der Leistungserbringer im stationären Sektor bisher gewesen ist." (Autorenreferat)"Matters of longterm social policy shift analysis do not figure prominently in German health care research. It is still highly disputable to what extent 30 years of reform efforts in the German health care system have resulted in long-term, fundamental modifications or shifts in the hierarchical order of health care targets. The author tests the hypothesis whether the numerous laws aiming at cost containment as well as the German Health Structure Law (Gesundheitsstrukturgesetz/ GSG) in 1993 have induced an ongoing process of structural change in regulatory policy (ordnungspolitischer Wandel). A theoretical model to measure this kind of change in German health care policy is presented and applied. This study analyses German health care legislation up to the year 2003 as well as qualitative interviews with head physicians in hospitals (Chefärzte). These interviews were conducted in the state (Bundesland) of Bremen in 2003. Moving from a macro-level investigation (federal legislation) to a micro-level investigation of implementation (head physicians) the author shows to what extent changes in legislation have invoked changes in attitude and behaviour on the part of service providers in the inpatient sector of health care services." (author's abstract
Entwicklung und Anwendung eines Modells zur Messung von ordnungspolitischem Wandel im Gesundheitswesen: Auswirkungen der gesundheitspolitischen Reformgesetzgebung auf Perzeption und Verhalten von Chefärzten im Bundesland Bremen
Full text linkZiel dieser Modellbildung und Untersuchung ist es, der Frage nachzugehen, inwieweit die seit der zweiten Hälfte der 70er Jahre andauernden Reformbemühungen im bundesdeutschen Ge-sundheitswesen zu einer langfristigen und grundlegenden Modifikation, Umgewichtung oder gar Neudefinition gesundheitspolitischer Zielvorstellungen im stationären Sektor geführt ha-ben. Geprüft wird die Hypothese, ob als Folge der zahlreichen Kostendämpfungsgesetze und insbesondere mit der Verabschiedung des Gesundheitsstrukturgesetzes im Jahre 1993 ein ord-nungspolitischer Wandel eingeleitet wurde, der sich bis heute fortsetzt. Neben dieser politik-feldbezogenen Fragestellung, wird auf einer allgemeineren Ebene das grundsätzliche Problem der Messung von langfristigem sozialpolitischen Wandel angesprochen und einer Operationa-lisierung zugeführt. Im Mittelpunkt der Studie stehen eine systematische Analyse der bundesdeutschen Reformge-setzgebung im Gesundheitswesen bis zum Jahre 2003 und eine qualitative Befragung von Chefärzten im Bundesland Bremen ebenfalls aus dem Jahr 2003. Ausgehend von einer Unter-suchung der Makrobene (Bundesgesetze), wird anhand einer Studie auf der Mikroebene der Implementation (Chefärzte) gezeigt, wie erfolgreich die politisch angestrebte Veränderung des Akteurshandelns auf Seiten der Leistungserbringer im stationären Sektor bisher gewesen ist. -- Matters of long-term social policy shift analysis do not figure prominently in German health care research. It is still highly disputable to what extent 30 years of reform efforts in the German health care system have resulted in long-term, fundamental modifications or shifts in the hierarchical order of health care targets. The author tests the hypothesis whether the numerous laws aiming at cost containment as well as the German Health Structure Law (Gesundheitsstrukturgesetz/GSG) in 1993 have induced an ongoing process of structural change in regulatory policy (ordnungspoli-tischer Wandel). A theoretical model to measure this kind of change in German health care policy is presented and applied. This study analyses German health care legislation up to the year 2003 as well as qualitative interviews with head physicians in hospitals (Chefärzte). These interviews were conducted in the state (Bundesland) of Bremen in 2003. Moving from a macro-level investigation (federal legis-lation) to a micro-level investigation of implementation (head physicians) the author shows to what extent changes in legislation have invoked changes in attitude and behaviour on the part of service providers in the inpatient sector of health care services.
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
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