101 research outputs found
Knowledge-workers and the sustainable city: the travel consequences of car-related job-perks
No full textAttracting firms in knowledge and technology intensive (KTI) sectors is highly desired at both the national and the regional level as a powerful engine of economic growth. Due to fierce competition in KTI sectors and national taxation policies, KTI firms often attract high-quality employees by offering car-related job perks as additional incentives to wage. In Canada, car allowance is offered by 46% of the employers to attract highly-skilled workers. In Israel, 61% of knowledge-workers in the KTI sectors receive a company-car with respect to 16% of workers in other sectors. In the U.K., car-related job perks are offered by 18% of the employers. This study focuses on the impact of car-related job-perks on the travel behavior of knowledge-workers. The importance of this issue derives from the impact of the travel behavior of knowledge-workers on congested transportation networks in metropolitan areas, as knowledge-based economy tends to concentrate mainly in metropolitan regions. This study applies discrete choice models in order to analyze the impact of company-cars and car allowances (reimbursement of fuel and parking expenses) on commute and leisure travel of knowledge-workers. The analyzed data consist of 750 observations, retrieved from a revealed-preferences survey among KTI workers who work and reside in the Tel-Aviv metropolitan area in Israel. Results show that car-related job perks are associated with (i) high annual mileage, (ii) high propensity of using the car as main commute mode, (ii) long commute distances and travel times, (iii) high trip chaining frequency in commuting trips, and (iii) high frequency of long-distance weekend leisure trips. Result also show that KTI workers generally prefer the car or non-motorized transport modes over the bus system. These results suggest that the development of sustainable knowledge-based cities should consider (i) the replacement of car-related job perks by other incentives, (ii) the provision of pedestrian and cyclist friendly infrastructures, and (iii) public transport improvements.
Therapeutic drug monitoring of imatinib mesylate: relationship between serum levels and the molecular outcome (as determined by major molecular response) in chronic myeloid leukemia
No full textDentre os vários tipos de leucemia, destaca-se a Leucemia Mielóide Crônica (LMC), um distúrbio mieloproliferativo em que ocorre a translocação entre o gene BCR no cromossomo 22 e o gene ABL1 no cromossomo 9. Essa translocação cria um cromossomo conhecido como Philadelphia (t 9,22)(q34;q11), ou Ph+, e a consequente formação de um produto único de proteínas BCR-ABL1. Essa proteína tem atividade de quinase constitutiva e impulsiona a proliferação descontrolada de células tronco hematopoiéticas. O surgimento de uma nova classe farmacológica no início dos anos 2000 - os inibidores de tirosina quinases, revolucionou o tratamento e o prognóstico da LMC, permitindo que esse câncer fosse tratado praticamente como uma doença crônica, com farmacoterapia oral. A droga de estréia dessa classe, o Mesilato de Imatinib, foi desenvolvida através de modelagem molecular para ser alvo-específica, mas apesar do desenvolvimento exitoso, após o início da comercialização, foram observadas falhas na ação em determinados pacientes. Há evidências de que a avaliação da relação entre a dose de imatinibe (e seus níveis sanguíneos) e a eficácia do tratamento medida através das respostas Hematológica, Citogenética e Molecular, seja uma forma de realizar o ajuste da dose reduzindo efeitos colaterais e custo do tratamento. No presente estudo foram avaliadas as concentrações séricas de imatinib, Cmin e Cmax, em 51 pacientes com Leucemia Mielóide Crônica, dos quais 33 atingiram Resposta Molecular Maior em até 12 meses de tratamento, 11 levaram mais que 12 meses para antingir, e 7 não atingiram. As concentrações séricas obtidas desses pacientes indicaram que no grupo que atingiu RMM em até 12 meses, os valores de vale (Cmin) se apresentaram com mediana de 889.2 ng/mL (721.9 e 1202.4 para primeiro e terceiro quartis respectivamente), sendo que o grupo que levou mais de 12 meses para atingir RMM, a concentração mediana observada foi de 611.0 ng/mL (493.0 e 816.0 para primeiro e terceiro quartis respectivamente), sendo essa diferença estatisticamente significativa (p < 0.05). Dessa forma demonstrou-se a importância do monitoramento das concentrações séricas de imatinib para o ajuste da dose e para a gestão do tratamento na mudança para segunda geração de inibidores de tirosina quinase. Através da análise comparativa dos dados populacionais estudados, observou-se não haver correlação significativa entre as concentrações séricas e índice de massa corpórea (IMC), peso, idade ou sexoAmong the various types of leukemia, Chronic Myeloid Leukemia (CML) stands out as a myeloproliferative disorder in which translocation occurs between the BCR gene on chromosome 22 and the ABL1 gene on chromosome 9. This translocation creates a chromosome known as Philadelphia (t 9,22) (q34; q11), or Ph +, and the consequent formation of a unique BCR-ABL1 protein product. This protein has constitutive kinase activity and drives the uncontrolled proliferation of hematopoietic stem cells. The launch of a new pharmacological class in the early 2000s - the tyrosine kinases inhibitors, revolutionized the treatment and prognosis of CML, allowing that cancer to be treated virtually as a chronic disease with oral pharmacotherapy. The newbie drug of this class, Imatinib Mesylate, was developed through molecular modeling to be target-specific, but despite the successful development, after the beginning of marketing, certain patients presented some failures in the response. There is an evidence that an assessment of the relationship between a dose of Imatinib (and its blood levels) and the efficacy of treatment from its Hematologic, Cytogenetic and Molecular Responses, is a really effective way to perform dose adjustment reducing side effects and cost of treatment. In the present study, the serum concentrations of Imatinib, Cmin and Cmax were evaluated in 51 patients with chronic myeloid leukemia, of which 33 reached major molecular response in up to 12 months of treatment, 10 took more than 12 months to achieve it, and 7 did not reach that. The serum concentrations obtained from those patients indicated that in the group that reached Major Molecular Response (MMR) within 12 months, the trough level (Cmin) presented a median of 889.2 ng / mL (721.9 and 1202.4 for first and third quartiles, respectively), and the group which took more than 12 months to reach MMR, the median concentration observed was 611.0 ng / mL (493.0 and 816.0 for the first and third quartiles respectively), and this difference was statistically significant (p < 0.05). Thus, the importance of monitoring serum imatinib concentrations for dose adjustment and treatment management in switching to second-generation tyrosine kinase inhibitors has been demonstrated. Through the comparative analysis of the population data, there was no significant correlation between serum concentrations and body mass index (BMI), weight, age or gende
Study of genetic profile of patients with Philadelphia-negative Myeloproliferative Neoplasms (MPN)
No full textAs neoplasias mieloproliferativas (NMPs) Filadelfia negativo como a policitemia vera (PV), trombocitemia essencial (TE) e mielofibrose primária (MFP) são desordens clonais da célula tronco hematopoiética caracterizadas pela produção excessiva de células mielóides diferenciadas. Este fenômeno ocorre devido à uma mutação somática (JAK2V617F) que ativa a via JAK-STAT de transdução de forma constitutiva. Esta mutação é mais frequente na PV, ocorrendo em 95% dos casos, e em 50% dos casos de TE e MFP. Outro defeito genético que ocorre é a mutação no receptor de trombopoetina, MPL. As mutações em MPL podem ser germinativas ou somáticas e menos de 10% dos pacientes com TE e MFP apresentam essa alteração genética. Entretanto, grande parte dos pacientes com TE e MFP que não apresentam mutação em JAK2V617F ou MPL podem apresentar mutações somáticas no gene CALR. Em adição às mutações somáticas que causam mieloproliferação, outras alterações genéticas em genes que funcionam como reguladores epigenéticos são encontrados nas NMPs nos genes TET2, IDH1, IDH2 e ASLX1. Objetivo: Estabelecer um perfil genético em pacientes com NMP através da avaliação de mutações nos genes JAK2, CALR, MPL, IDH1, IDH2, TET2 e ASXL1 assim como estabelecer uma correlação laboratorial destas na PV, TE e MFP. Casuística e Métodos: Foram utilizadas amostras de sangue periférico de 104 pacientes que foram enviadas para o Laboratório de Biologia Tumoral do Serviço de Hematologia do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo para avaliação diagnóstica. Quinze dos 104 pacientes são de pacientes com PV (14,4%), 20/104 (19,2%) com MFP, 20/104 (19,2%) com TE e 49/104 (47,1%) com outras doenças hemtológicas. Foi feita a avaliação da prevalência de mutações somáticas, seja por sequenciamento ou análise de fragmentos, nos genes JAK2 (exon 12 e Y931C), MPL, IDH1, IDH2, CALR, TET2 e ASXL1. PCR-RFLP foi realizada para identificação de mutações em JAK2V617F. Resultados: A mutação JAK2V617F foi observada em 30 (28,8%) pacientes (12 PV, 11 TE e 7 MFP), a mutação JAK2 exon 12 foi observada em apenas um (0,96%) paciente com PV, mutação JAK2Y931C em 4 (3,8%) pacientes (1 PV, 2 TE e 1 MFP) e 8 (7,7%) pacientes apresentaram mutações em CALR (3 TE e 5 MFP). Mutações nos genes epigenéticos como IDH1 foram observadas em 9 (8,7%) pacientes (2 TE, 2 MFP, 1 SMD, e 4 pacientes com suspeita de NMP), mutações em IDH2 estão presentes em 5 (4,8%) pacientes (2 TE, 1 SMD/leucemia e 4 pacientes com suspeita de NMP), mutações em ASXL1 foram identificadas em 13 (12,5%) pacientes (1 PV, 3 TE, 2 MFP, 3 SMD/leucemias e 4 com suspeita de NMP) e finalmente, mutações em TET2 foram encontradas em 33 (31,7%) pacientes (3 PV, 5 TE, 4 MFP, 8 SMD/leucemias e 13 pacientes com suspeita de NMP). Além disso, no caso da PV, os pacientes que apresentam mutações em JAK2V617F apresentam valores aumentados de plaquetas (mediana de 5,41 x 105/mm3 plaquetas) em relação aos pacientes sem a mutação (mediana de 2,06 x 105/mm3 plaquetas), com diferença estatística (p=0,031). Pacientes do mesmo grupo que apresentam mutações em TET2 apresentam, opostamente aos com mutações em JAK2V617F, menores valores de plaquetas (mediana de 1,75 x105/mm3 plaquetas) em relação aos pacientes sem mutações no gene TET2 (mediana de 5,41 x 105/mm3 plaquetas), com diferença estatística (p=0,048). No caso da MFP, os pacientes que apresentam mutações em JAK2V617F apresentam valores maiores de leucócitos (mediana de 1,09 x104/mm3 leucócitos) do que os pacientes que não apresentam a mutação (mediana de 6,99 x103/mm3 leucócitos) com diferença estatística (p=0,046), já os pacientes que apresentam mutações no gene ASXL1 apresentam valores menores de hemácias (mediana de 2,43 x106/mm3 hemácias) em relação aos pacientes que não apresentam mutação (mediana de 3,71 x106/mm3 hemácias) com diferença estatística (p=0,042). Conclusão: O trabalho permitiu fornecer um perfil genético dos pacientes com NMP estudados. Além disso, é possível observar que algumas mutações epigenéticas podem influenciar em diferenças clínicasMyeloproliferative neoplasms (MPNs) Philadelphia (Ph) chromosome negative, such as polycythemia vera (PV), essential thrombocythemia (ET) and primary myelofibrosis (PMF) are clonal disorders of hematopoietic stem cell characterized by increased proliferation of differentiated myeloid cells. This phenomenon occurs due somatic mutation (JAK2V617F) that constitutively stimulates the JAK-STAT signaling pathway. This mutation is more frequent in PV, around 95%, and between 50% in ET and PMF. Other genetic aberration can be observed in the thrombopoietin (TPO) receptor MPL. Mutations in MPL can be in the germline line or somatic and less than 10% of patients with TE or PMF would harbor this genetic alteration. Otherwise, patients with TE or PMF without JAK2V617F or MPL mutation could present somatic mutations in calreticulin (CALR). In addition to somatic mutations that cause myeloproliferation, other genetic alterations that function as epigenetic regulators were identified in genes as TET2, IDH1, IDH2 e ASLX1 in MPN. Objective: Establish genetic profile in patients with diagnosis of PV, ET, and PMF through genetic alterations in the following genes: JAK2, MPL, CALR, IDH1, IDH2, TET2 e ASXL1, and correlate those alterations with demographic characteristic of the study population. Casuistic and Methods: Peripheral blood samples from 104 patients referred to the Tumor Biology Laboratory of the Department of Hematology of Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo for diagnostic investigation were analyzed. Fifteen out 104 samples were from PV patients (14.4%), 20/104 (19.2%) in PMF, 20/104 (19.2%) in ET and 49/104 (47.1%) with other hematologic diseases. Identification of somatic mutations was made, either by direct sequencing or fragment analysis in JAK2 (exon 12 and Y931C), MPL, IDH1, IDH2, CALR, TET2 and ASXL1. PCR-RFLP was performed to identify JAK2V617F mutation. Results: JAK2V617F mutation was observed in 30 (28.8%) patients (12 PV, 11 ET and 7 PMF), JAK2 exon 12 in only one (0.96%) patient with PV, JAK2Y931C in 4 (3.8%) patients (1 PV, 2 ET and 1 PMF), and 8 patients (7.7%) presented CALR mutation (3 ET and 5 PMF). Mutations in the epigenetic genes as IDH1 were observed in 9 (8.7%) patients (2 ET, 2 PMF, 1 MDS and 4 patients with suspected MPN), IDH2 mutations were present in 5 (4.8%) patients (2 ET, 1 MDS/leukemia, and 4 patients with suspected MPN), ASLX1 mutations were identified in 13 (12.5%) patients (1 PV, 3 ET, 2 PMF, 3 MDS/leukemia and 4 with suspected MPN) and finally, TET2 mutations were present in 33 (31.7%) patients (3 PV, 5 ET, 4 PMF, 8 MDS/leukemia, and 13 with suspected MPN). In addition, patients with PV who harbor JAK2V617F have increased platelet counts (median 5.41 x 105/mm3 platelets) compared to those without the mutation (median 2.06 x 105/mm3 platelets, p=0.031). Patients in the same group with TET2 mutation, as opposed to those with JAK2V617F, presented low platelets counts (median of 1.75 x 105/mm3 platelets) compared to those without TET2 mutation (median 5.41 x 105/mm3 platelets, p=0.048). Presence of JAK2V617F in patients diagnosed with PMF have a greater number of leukocytes (median 1.09 x104/mm3 leukocytes) when compared to patients without the mutation (median 6.99 x 103/mm3 leukocytes, p=0.046). Patients with PMF who presented mutations in ASXL1 gene have a lower number of red blood cells (median of 2.43 x 106/mm3) compared to patients without mutations in the same gene (median 3.71 x 106/mm3, p=0.042). Conclusion: The present study allows us to provide a genetic profile of patients with MPN. Furthermore, it is possible to observe that some epigenetic mutations could influence in some clinical difference
Comparison between real time PCR and PCR for the determination of MYCN, DDX1 and NAG amplification in patients with neuroblastoma
No full textO neuroblastoma é o tumor sólido extra-cranial mais comum e mortal da infância, sendo o tempo de sobrevida nos casos mais agressivos ainda muito curto. Uma das esperanças nesses casos é que os estudos moleculares possam fornecer informações sobre os genes ou as vias moleculares que governam a patogênese dos neuroblastomas. Pois, há poucos genes como o MYCN, que foi descrito por estar diretamente ligado ao neuroblastoma. A amplificação deste oncogene ocorre em pouco mais de 25% dos neuroblastomas e é considerada como o mais importante marcador de prognóstico nestes tumores, sendo fortemente relacionada aos estádios avançados da doença e falha no tratamento. Outros genes do amplicon do MYCN, incluindo o DDX1 \"DEAD box polypeptide 1 gene\" e o NAG \"neuroblastoma-amplified gene\", estão sendo observados por se apresentarem co-amplificados com o MYCN. Entretanto, a importância deste fenômeno no prognóstico ainda é desconhecida. Os objetivos deste trabalho foram determinar qual o melhor método para estudar a amplificação dos genes MYCN, DDX1 e NAG, além de esclarecer a importância da coamplificação dos genes DDX1 e NAG no prognóstico. Procedimento: O número de cópias dos genes MYCN, DDX1 e NAG foi determinado por PCR em Tempo Real e PCR convencional em 100 neuroblastomas primários. Os dados da PCR em Tempo Real foram analisados por quantificação absoluta e relativa. Os resultados da PCR convencional foram analisados por eletroforese em gel de agarose, medindo a intensidade das bandas formadas no gel no sistema Kodak. A relevância da amplificação gênica como marcador de prognóstico foi avaliada em 74 pacientes, dos quais nós obtivemos o acompanhamento clínico. Resultados: Nos 74 casos estudados, ambos os métodos demonstraram que a amplificação do MYCN estava associada com os estádios mais avançados da doença. A análise das curvas de sobrevida livre de progressão confirmou que pacientes com ausência de amplificação do MYCN apresentavam maior tempo de sobrevida. Nós também analisamos a amplificação do DDX1 nas mesmas amostras incluindo aquelas com ausência de amplificação de MYCN. Não foi encontrada nenhuma relação entre a co-amplificação com idade ao diagnóstico ou tempo de sobrevida. Conclusões: Os métodos aplicados para calcular o número de cópias dos genes na PCR em Tempo Real mostraram-se equivalentes. A PCR em Tempo Real apresentou maior acurácia nos resultados quando comparada à PCR convencional. A análise da sobrevida não demonstrou relação entre a amplificação dos genes DDX1 e/ou NAG com piora no prognóstico.Neuroblastoma is the most common and deadly extra-cranial solid childhood tumor. Survival rates for aggressive neuroblastomas are still disappointingly low. One of the hopes is that molecular studies will provide insights into the genes and molecular pathways that govern neuroblastoma pathogenesis. However, at present only a few genes as MYCN have been directly linked to neuroblastoma. MYCN oncogene amplification, occurring in up to 25% of neuroblastomas, has been considered the most important prognostic factor, strongly correlating to advanced stage disease and treatment failure. Another genes in the MYCN amplicon, including the DEAD box polypeptide 1 (DDX1) gene, and neuroblastoma-amplified gene (NAG gene), have been found to be frequently co-amplified with MYCN in NB. But the prognostic significance of the coamplification remains unclear. The aims of this study were to evaluate which is the best method to study the gene amplification of those three genes MYCN, DDX1 and NAG, as well as clarify the prognostic significance of the co-amplification or DDX1 and NAG with MYCN. Procedure: The gene copy numbers of MYCN, DDX1, and NAG were determined by the real-time quantitative polymerase chain reaction and conventional polymerase chain reaction in 100 primary NBs. Real-Time data were analyzed by absolute and relative quantification. For conventional PCR, samples were electrophoresed on a 2% agarose gel and the intensity of each band evaluated by Kodak image software. To evaluate of the prognostic significance of the gene amplification we had only 74 cases in witch we could analyze the follow-up. Results: In all 74 cases, both methods demonstrated that MYCN amplification was associated mainly with advanced cancer stages, and the analysis of overall survival confirmed that patients without MYCN amplification had a cumulative survival significantly higher than patients with oncogene amplification. We also studied DDX1 and NAG amplification for all NB samples even that without MYCN amplification. No relationship between any gene co-amplification status and disease stage, age at diagnosis, or overall survival was found. Conclusions: The two methods used to calculate gene copy number for Real Time PCR assay shown to be equivalent. Real Time PCR assay shown to be more accurate to study gene amplification than conventional PCR assay. Survival analysis pointed out that DDX1 and/or NAG amplification has no additional adverse effect on prognosis
Clinical, cytogenetic, and molecular characterization of Brazilian cohort patients with primary myelofibrosis and myelofibrosis post-polycythemia vera and post-essential thrombocythemia
No full textA mielofibrose (MF) é a neoplasia mieloproliferativa (NMP) de maior gravidade, com uma sobrevida muito variável, podendo ser além de 20 anos a menos de 2 anos. O único tratamento curativo é o transplante alogénico de medula óssea (TMO), mas este está restrito a pacientes com idade menos avançada e relacionado uma mortalidade e a uma recaída da doença significativas. A caracterização prognóstica adequada é essencial para a tomada de decisão terapêutica, e os índices prognósticos modernos que utilizam dados moleculares e citogenéticos vêm substituindo os índices clássicos. Foram avaliados os dados clínicos e laboratoriais, estudou-se o cariótipo de medula óssea e de sangue periférico, e pesquisou-se as mutações BCR-ABL1, JAK2, CALR, MPL, ASXL1, SRSF2, EZH2, IDH1, IDH2, U2AF1, e aplicados os índices clássicos IPSS, DIPSS, DIPSS plus, e os mais recentes MIPSS70, MIPSS70 plus, MIPSS 70 plus 2.0, GIPSS e MYSEC-PM, a uma população de 230 pacientes de 8 instituições brasileiras com mielofibrose primária (MFP) e mielofibrose secundária a policitemia vera (PV-MF) e trombocitemia essencial (TE-MF), e comparados entre si. A comparação dos índices prognósticos entre si identificou uma maior acurácia dos índices prognósticos que utilizam dados mutacionais e citogenéticos sobre os índices prognósticos clássicos. Na análise univariada idade avançada, sexo masculino, tamanho do baço, mutação SRSF2, pacientes triplo-negativos, a estratificação pelo IPSS, DIPSS e DIPSS plus, MIPSS70 alto risco e MIPSS70 plus alto e muito alto risco mostraram impacto na sobrevida. Na análise multivariada status triplo-negativo e estratificação pelo IPSS mantiveram significância como fatores de risco para sobrevida. Este é o maior estudo brasileiro de pacientes com MF avaliando estas variáveisMyelofibrosis (MF) is the most severe myeloproliferative neoplasia (MPN), with a very variable survival, which can be beyond 20 years to less than two years. The only curative treatment is allogeneic bone marrow transplantation (ABMT), but this is restricted to patients of less advanced age and is associated with significant mortality and disease relapse. Adequate prognostic characterization is essential for therapeutic decision-making, and modern prognostic indexes using molecular and cytogenetic data have been replacing the traditional indexes. Clinical and laboratory data were evaluated, bone marrow and peripheral blood karyotype were studied, and BCR-ABL1, JAK2, CALR, MPL, ASXL1, SRSF2, EZH2, IDH1, IDH2, U2AF1 mutations were investigated. The classic IPSS, DIPSS, DIPSS plus, and the most recent MIPSS70, MIPSS70 plus, MIPSS 70 plus 2.0, GIPSS, and MYSEC-PM indexes were applied to a population of 230 patients from 8 Brazilian institutions with primary myelofibrosis (MFP) and secondary myelofibrosis polycythemia vera (PV-MF) and essential thrombocythemia (TE-MF) and compared among themselves. Comparing the prognostic indexes with each other identified a greater accuracy of the prognostic indexes that use mutational and cytogenetic data on the classic prognostic indexes. In the univariate analysis, advanced age, male gender, spleen size, SRSF2 mutation, triple-negative patients, IPSS, DIPSS and DIPSS plus estratification, MIPSS70 high risk and MIPSS70 plus high and very high risk showed impact in survival. In the multivariate analysis, triple-negative for JAK2 V617F, CARL, and MPL and stratification by IPSS maintained significance as risk factors for overall survival. The present study is the most extensive Brazilian cohort study of patients with MF evaluating these variable
Analysis of the molecular response at 3 and 6 months of treatment with imatinib in patients with chronic myeloid leukemia followed up at the Hematology and Hemotherapy Service of the Clinical Medicine Departament, Hospital das Clínicas, Medical School, University of São Paulo
No full textIntrodução: A leucemia mieloide crônica (LMC) é um distúrbio mieloproliferativo clonal, no qual ocorre uma translocação recíproca entre os cromossomos 9 e 22, t(9;22)(q34;q11.2), resultando no cromossomo Philadelphia (Ph). Após a introdução do tratamento com mesilato de imatinibe (MI) em 2000, a história natural da doença se modificou, tornando-se então uma doença cronicamente tratável com expectativa de vida semelhante à da população geral. Os dados obtidos sobre o tratamento com os inibidores de tirosina quinase (ITQs) são de ensaios clínicos randomizados. É importante estabelecer se esses resultados podem ser reproduzidos de uma forma mais geralizada ou se é necessária cautela ao extrapolar os dados para a população geral com LMC. Objetivos: Comparar as respostas moleculares obtidas durante o tratamento da leucemia mieloide crônica fase crônica (LMC-FC) com MI em primeira linha em pacientes não inseridos em estudos clínicos e correlacioná-las com as respostas obtidas em ensaios clínicos publicados na literatura médica. Métodos e casuística: Entre janeiro de 2007 e janeiro de 2017, 227 pacientes recém-diagnosticados com LMC-FC foram acompanhados no serviço de Hematologia da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (FMUSP-SP) e fizeram uso de MI primeira linha como tratamento. Trata-se de um estudo observacional, não controlado, não randomizado, retrospectivo e unicêntrico, no qual os pacientes foram monitorizados laboratorialmente os níveis séricos do transcrito BCR-ABL1 pelo método da reação em cadeia da polimerase quantitativa em tempo real (qRT-PCR) a cada três meses no primeiro ano de tratamento ou até alcançarem resposta molecular maior (RMM). Os pacientes foram categorizados de acordo com a obtenção das respostas preconizadas aos 3, 6 e 12 meses: ótima, alarme e falência (European Leukemia Net 2013 - ELN 20132). A última atualização dos dados foi em junho de 2019. Resultados: A mediana de início do uso de MI foi 1,7 meses. Dentre os pacientes que iniciaram o tratamento com MI, 60,3% (137/227) mantiveram o tratamento, enquanto 39,7% (90/227) trocaram para tratamento de segunda linha. As respostas moleculares precoces (RMP) aos 3 e 6 meses e a RMM aos 12 meses atingidas pelos pacientes com LMC-FC tratados com MI foram respectivamente: 74,2% (164/221), 65% (134/206) e 56,5% (105/186). O tempo mediano para atingir a RMM com MI foi de 9 meses (variação: 5,9 13,8) e o tempo mediano de seguimento foi de 7,3 anos (variação: 4,3 10,2). As respostas moleculares RMM (resposta molecular maior - 0,1%), RM4.0 (resposta molecular log4 - 0,01%) e RM4.5 (resposta molecular log4.5 - 0,0032%) encontradas nesse intervalo de tempo foram: 89,8% (123/137) e 67,2% (92/137) e 51,1% (70/137) dos pacientes, respectivamente. A sobrevida global (SG), a sobrevida livre de progressão (SLP) e a sobrevida livre de eventos (SLE) dos pacientes que utilizaram exclusivamente MI foram de foram 91%, 91% e 85,1%, respectivamente. Conclusão: Avaliações da eficácia e segurança do MI no mundo real são escassas e a análise do tratamento da LMC-FC na prática clínica contém informações importantes. Os resultados apresentados por esta coorte de pacientes brasileiros são similares àqueles descritos em estudos prospectivos e randomizados, demonstrando que o MI ainda é uma excelente opção terapêutica. Porém, é um retrato da condição local e deve-se ter cautela ao extrapolá-losIntroduction: Chronic myeloid leukemia (CML) is a clonal myeloproliferative disorder, in which there is a reciprocal translocation between chromosomes 9 and 22, t(9;22)(q34;q11.2), resulting in the Philadelphia (Ph) chromosome. After introduction of treatment with imatinib mesylate (MI) in 2000, the natural history of the disease changed, with a life expectancy similar to that of the general population. The data obtained on treatment with tyrosine kinase inhibitors (ITKs) are from clinical trials. It is essential to establish whether the results can be reproduced in a more generalized way or if caution is need when extrapolating the data to the general population with CML. Objectives: Compare the molecular responses obtained during MI first-line treatment in patients with CML chronic phase (CP) in patients not included in clinical studies and correlate them with the responses in clinical trials published in the medical literature. Methods and casuistics: Between January 2007 and January 2017, 227 newly diagnosed patients with CML-CP were followed up at the Hematology Service of the Faculty of Medicine of the University of São Paulo (FM-USP/SP) and used imatinib first line as a treatment. The present study is an observational, uncontrolled, non-randomized, retrospective, and single-center study in which patients were evaluated with BCR-ABL1 transcript using the quantitative polymerase chain reaction method in real time (qRT-PCR) every three months in the first year of treatment or until they achieved a major molecular response (MMR). Patients were categorizing according to obtaining the recommended responses at 3, 6, and 12 months: optimal, warning, and failure (2013 ELN). The data was last updated in June 2019. Results: The median onset of imatinib use was 1.7 months. Among the patients who started with imatinib, 60.3% (137/227) maintained the treatment, while 39.7% (90/227) switched to second-line treatment. The early molecular responses at 3 and 6 months and MMR at 12 months achieved by patients with CML-CP treated with imatinib were, respectively, 74.2% (164/221), 65% (134/206), and 56.5% (105/186). The mean time to achieve MMR with imatinib was 9 months (range: 5,9 13,8 months) and the median follow-up time was 7,3 years (range: 4,3 10,2 years). The molecular responses MMR (major molecular response - 0,1%), RM4.0 (molecular response log4 - 0,01%) and RM4.5 (molecular response log4.5 - 0,0032%) were: 89,8% (123/137) e 67,2% (92/137) e 51,1% (70/137), respectively. The overall survival (OS), progression-free survival (PFS) and event-free survival (EFS) of the patients who used imatinib exclusively were: 91%, 91% e 85,1%, respectively. Conclusion: Assessments of the effectiveness and safety of imatinib in the real world are scarce and the analysis of the treatment of CML-CP in clinical practice contains essential information. The results presented by this cohort of Brazilian patients are similar to those described in prospective and randomized studies, demonstrating thar imatinib is still an excellent therapeutic option. However, it is a picture of the local condition and care should be taken when extrapolating the
Mononuclear cells from umbilical cord blood and from granulocyte colony-stimulating factor (G-CSF) mobilized peripheral blood. Analysis of proliferation and apoptosis in vitro
No full textCélulas mononucleares de sangue de cordão umbilical (SCU) e sangue periférico mobilizado (SPM) com G-CSF, foram cultivadas in vitro com citocinas, na presença ou não de estroma de medula óssea. Os objetivos foram avaliar a capacidade proliferativa de células progenitoras, a ocorrência de apoptose e expressão de integrina. Nas culturas sem estroma, a celularidade aumentou 5 vezes (SCU) e não se alterou nas de SPM. O total de células CD34+ caiu em ambas culturas. Com estroma, o total de células nucleadas aumentou 7 vezes (SCU) e 2,3 vezes (SPM). O total de células CD34+ permaneceu o mesmo. A apoptose foi menor nas culturas de SCU. A expressão de integrina caiu, na população de células CD34+ e de CD45+Mononuclear cells from umbilical cord blood (UCB) and G-CSF mobilized peripheral blood (MPB), were cultured in vitro, in the presence of cytokines, with or without bone marrow stroma. The aims were to evaluate the proliferative response of progenitor cells, occurrence of apoptosis and expression of adhesion molecule. In cultures without stroma, cellularity increased 5-fold for UCB, but has not changed for MPB. The number of CD34+ cells has dropped in both culture. With stroma, total nucleated cells had a 7-fold increse (UCB) and a 2,3-fold (MBP), however, CD34+ cells number has not changed. Apoptosis was lower in UCB culture. The expression of integrin decreased, in the CD34+ and CD45+ populatio
A multicentre retrospective acute myeloid leukaemia study: approaching comprehensively demographical, clinical and genetic variables of intensively treated adults
No full textINTRODUÇÃO: Os desfechos na leucemia mieloide aguda (LMA) dependem das características do paciente, doença, tratamento e fatores socioeconômicos, no entanto, os resultados entre países em desenvolvimento e desenvolvidos nunca foram comparados diretamente. A estratificação de risco genético também vem aumentando complexidade e custos, apesar de ainda indisponível para a maioria dos serviços de saúde. Neste estudo, comparamos o resultado entre realidades economicamente contrastantes, e propomos uma alternativa para estratificação de risco que permita dados citogenéticos ou moleculares ausentes. PACIENTES E MÉTODOS: Analisamos dados de 167 pacientes com LMA tratados intensivamente em São Paulo, Brasil (FMUSP) - conjunto de treinamento. Usando ELN2017 como o padrão, o comparamos com nosso AGR e combinamos este com parâmetros prognósticos encontrados em um modelo de Cox para criar um sistema de pontuação (SAMLS) que estratifica pacientes com LMA. Em seguida, usamos duas coortes independentes, FMRP (Brasil, n = 145) e OUH (Reino Unido, n = 157), para validar nossos achados. Finalmente, mesclando os dados da FMUSP e da FMRP em uma única coorte (USP, N = 312), ajustamos o desfecho de sobrevida para variáveis relacionadas ao paciente, tratamento e doença, comparando os resultados de USP e OUH. RESULTADOS: AGR foi estatisticamente significativo para sobrevida global (SG) em ambas as coortes de teste (FMRP p = 0.037, OUH p = 0.012). SAMLS foi composto por: AGR, idade (>45 anos), leucócitos (30x10e3/mm3) e níveis de albumina (45 years), WBC (30.0x10e3/mm3) and low albumin levels (<3.8g/dL). SAMLS showed a significant difference in OS in the training cohort (p<0.001) and test cohorts (FMRP p=0.0018, OUH p<0.001). USP cohort had inferior 5-year overall survival compared with OUH (29% vs. 49%, adjusted-P=0.027). USP patients have higher early-mortality (23% vs 6% P<0.001) primarily due to multi-resistant gram-negative bacterial and fungal infections. USP had a higher 5-year cumulative incidence of relapse (60% vs 50%, P=0.0022), were less likely to undergo haematopoietic stem-cell transplant (HSCT) (28% vs. 75%, P<0.001) and waited longer for HSCT (median, 23.8 vs 7.2 months, P<0.001). 3-year survival in relapsed patients was worse in USP than OUH (10% vs 39%, P<0.001). CONCLUSIONS: Adapted Genetic Risk is a surrogate Cytogenetic-molecular risk assessment dealing with some degree of missing data without losing accuracy. SAMLS improves AML survival prediction regardless of differences in baseline characteristics and treatment of AML populations. Overall Survival was lower in USP patients due to early-mortality, a higher cumulative incidence of relapse, and worse results after relapsing. Control of infections, best supportive care and access to HSCT are still boundaries that need attention to overcome poorer outcomes in our countr
Meta-analysis of whole exome sequencing data in patients with Philadelphia-negative myeloproliferative and myelodysplastic/myeloproliferative neoplasms
No full textAs neoplasias mieloproliferativas (NMP) e mielodisplásicas / mieloproliferativas (SMD/NMP) Filadélfia-negativo (\'Philadelphia\' [Ph]-negativo) são neoplasias mieloides crônicas que apresentam diversas mutações oncogênicas. Estudos recentes, utilizando técnicas de sequenciamento de última geração, descreveram as alterações mais comumente encontradas nessas neoplasias. A hipótese do presente estudo é que a análise dos dados de sequenciamento genômico de uma grande coorte destes pacientes poderia revelar novos oncogenes e as principais diferenças no perfil molecular destas neoplasias. Para tanto, foram analisados dados de sequenciamento de exoma total (WES; \'Whole Exome Sequencing\') de 403 pacientes com diagnóstico de NMP (N=303) e SMD/NMP (N=100) Ph-negativo. A coorte incluía 124 pacientes brasileiros que realizaram a coleta de amostra e sequenciamento, cujos dados foram combinados com dados de 279 pacientes extraídos de estudos publicados na literatura médica. Testes estatísticos foram utilizados para determinar os genes mais frequentemente mutados nestas doenças, principais padrões de mutação, combinação de mutações entre genes e análise de heterogeneidade clonal. Modelos estatísticos de regressão logística e de Cox foram desenvolvidos para classificação e determinação da sobrevida dos pacientes com base em alterações genéticas. Foram identificados 54 oncogenes para estas doenças com base em dados de WES, incluindo 17 genes nunca previamente descritos como sendo oncogenes nestas neoplasias. A maioria dos 54 genes pertence a uma de 7 vias biológicas distintas, com papéis relevantes na oncogênese destas doenças. Dezenove genes apresentaram distribuição diferente entre NMPs e SMD/NMP, sugerindo que eles contribuem para o fenótipo da doença. Analisando as combinações de genes, cinco pares de genes e 6 tríades de genes, tem-se uma prevalência distinta entre NMPs e SMD/NMPs. As principais vias biológicas alteradas também apresentam distribuição distinta entre as diferentes doenças, assim como nos genes encontrados no topo da hierarquia clonal. Um modelo de regressão logística, baseado apenas nas alterações genéticas, conseguiu determinar, com elevada acurácia, o diagnóstico dos pacientes. Mutações do gene NRAS ou em genes de splicing de mRNA, foram fatores independentes associados com menor sobrevida. Pacientes com NMPs e SMD/NMPs apresentaram perfis relacionados, porém distintos, de mutações que auxiliam no diagnóstico diferencial e na estratificação prognóstica. Estudos futuros, empregando-se algoritmos de aprendizado por máquinas, poderão aperfeiçoar esses resultados e levar a uma classificação molecular destas doençasPhiladelphia-negative (Ph-negative) myeloproliferative neoplasms (MPN) and myelodysplastic/myeloproliferative neoplasms (MDS/MPN) are related chronic myeloid disorders that present with several distinct oncogenic mutations. Recent studies utilizing next-generation sequencing technology have described the most frequent genetic abnormalities in these disorders. The hypothesis of the present study is that the analysis of a large cohort of such patients could reveal novel oncogenic drivers and the key differences in the molecular profile of these neoplasms. To this end, whole exome sequencing (WES) data from 403 patients with either MPNs (N=303) or MDS/MPN was analyzed. The cohort included 124 Brazilian patients who had sample collection and sequencing, and whose data was combined with data from 279 patients collected from studies published in the medical literature. Statistical tests were used to determine the most frequently mutated genes in these disorders, patterns of mutations, combinatorial mutational analysis between genes and clonal heterogeneity analysis. Logistic regression and proportional Cox Hazards model were fitted to classify and estimate survival based on genomic features. A total of 54 oncogenes were identified using WES data, including 17 genes not previously reported as being mutated in these neoplasms. Most of the 54 genes belonged to one of 7 distinct biological groups with relevant roles in the oncogenesis of these disorders. Nineteen genes had different distributions among MPNs and MDS/MPNs. Analyzing gene combinations, there were 5 gene pairs and 6 gene triads that had a distinct prevalence among MPNs and MDS/MPNs. The main biological pathways also had different distribution among the diseases, as well genes that presented within the top of the clonal hierarchy. A logistic regression model based solely on genetic abnormalities could classify with high accuracy patient\'s diagnosis, and mutations of gene NRAS and genes associated with mRNA splicing were independent predictors of decreased survival. Patients with MPNs and MDS/MPNs present with related but distinct mutational profiles that can be used in differential diagnosis and prognostic stratification. Future studies employing machine learning algorithms can improve on these results and lead to a molecular classification of these disorder
Assessing the genetic profile of cytochrome P450 and glutathione S-transferases in patients diagnosed with acute myeloid leukemia
No full textA descoberta do DNA teve um impacto revolucionário na ciência, impulsionando avanços significativos na medicina personalizada, onde a farmacogenômica desempenha um papel crucial. O foco passou a ser a busca por relações entre genes e variabilidade nas respostas a tratamentos medicamentosos, visando otimizar benefícios e reduzir toxicidades. Pacientes diagnosticados com Leucemia Mieloide Aguda (LMA) enfrentam elevada taxa de mortalidade e toxicidade durante o tratamento. Por isso, compreender o perfil genômico dos genes CYP450 (citocromo P450) e GST (glutationa S-transferase), responsáveis pelo metabolismo de fase I e fase II, respectivamente, torna-se crucial, dado que são polimórficos. O presente estudo teve como objetivo determinar a frequência de deleções e duplicações exônicas nos genes CYP450 e GST, além de verificar se há relação entre essas alterações e a recuperação hematológica neutrofílica e plaquetária. No início do estudo foram incluídos 83 pacientes. Destes, 13 foram excluídos devido as amostras de DNA estarem inadequadas qualitativa e/ou quantitativa para a realização da análise. Assim, 70 pacientes obedeceram aos critérios de inclusão do objetivo primário do estudo, dos quais 46 pacientes também obedeceram aos critérios de inclusão do objetivo secundário. A técnica utilizada para análise do DNA foi MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification). Após analisar a presença ou ausência de polimorfismos, os pacientes foram comparados quanto ao tempo de recuperação neutrofílica (neutrófilos em números 1.000/mm³) e o tempo de recuperação plaquetária (plaquetas em números 50.000/mm³), por meio das curvas de Kaplan-Meier, e a comparação entre as curvas foi realizada pelo teste não paramétrico log-rank. A mediana de idade dos pacientes foi 57 anos, com prevalência do sexo feminino (57,2 %), etnia branca (61,4%) e provenientes do estado de São Paulo (75 %). Foram identificados 76 polimorfismos (CYP450 + GST), sendo 38 do tipo deleção (24 ocorreram nos éxons dos genes GST), e 38 polimorfismos do tipo duplicação (20 ocorreram em éxons dos genes CYP450). Os éxons 3 e 5 do GST apresentaram maior polimorfismo do tipo deleção, enquanto os éxons 1, 5 e 6 do CYP450 foram os mais afetados pelo polimorfismo do tipo duplicação. Alguns pacientes apresentaram mais de um polimorfismo em ambos os genes. A comparação do tempo de recuperação neutrofílica (TRN) e do tempo de recuperação plaquetária (TRP) entre os grupos com ou sem polimorfismos, utilizando as curvas de Kaplan-Meier, revelou que o grupo com polimorfismos teve o TRN (p= 0,0056), e o TRP (p= 0,0076) maiores. Em conclusão, o estudo demostrou que os genes CYP450 e GST são polimórficos, e que estes polimorfismos podem levar a um maior TRN e TRP após o tratamento de indução da remissão da LMAThe discovery of DNA had a revolutionary impact on science, driving significant advances in personalized medicine, where pharmacogenomics plays a crucial role. The focus has shifted to seeking relationships between genes and variability in responses to drug treatments, aiming to optimize benefits and reduce toxicities. Patients diagnosed with Acute Myeloid Leukemia (AML) face a high mortality rate and toxicity during treatment. Therefore, understanding the genomic profile of the CYP450 (cytochrome P450) and GST (glutathione S-transferase) genes, responsible for phase I and phase II metabolism, respectively, becomes crucial, given their polymorphic nature. The present study aimed to determine the frequency of deletions and duplications in the exonic regions of the CYP450 and GST genes, as well as to verify if there is a relationship between these alterations and neutrophilic hematologic recovery. Initially, 83 patients were included in the study. Of these, 13 were excluded due to inadequate qualitative and/or quantitative DNA samples for analysis. Therefore, 70 patients met the inclusion criteria for the primary study objective, of which 46 patients also met the inclusion criteria for the secondary objective. The DNA analysis technique used was Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA). After analyzing the presence or absence of polymorphisms, patients were compared regarding neutrophilic recovery time (neutrophils at 1000/mm³) using Kaplan-Meier curves, and the comparison between curves was performed by the non-parametric log-rank test. The median age of the patients was 57 years, with a predominance of females (57.2%), white ethnicity (61.4%), and from the state of São Paulo (75%). A total of 76 polymorphisms (CYP450 + GST) were identified, with 38 being deletion type (24 occurred in the exons of the GST genes) and 38 duplication type polymorphisms (20 occurred in exons of the CYP450 genes). Exons 3 and 5 of GST showed a higher deletion polymorphism, while exons 1, 5, and 6 of CYP450 were most affected by duplication polymorphism. Some patients had more than one polymorphism in both genes. The comparison of neutrophil recovery time (NRT) and platelet recovery time (PRT) between groups with or without polymorphisms, using Kaplan-Meier curves, revealed that the group with polymorphisms had a longer NRT (p = 0.0056) and PRT (p = 0.0076). In conclusion, the study demonstrated that the CYP450 and GST genes are polymorphic, and these polymorphisms may lead to a longer NRT and PRT after induction therapy for AML remissio
- …
