1,720,979 research outputs found
Karakteristik Morfometrik, Pola Warna dan Molekular Ikan Kerapu (Serranidae) dari Perairan Raja Ampat
No full textSerranidae merupakan famili dari ikan kerapu yang hidup soliter pada
ekosistem terumbu karang. Ikan kerapu memiliki peran penting sebagai predator
teratas di lingkungan laut. Selain itu ikan kerapu merupakan organisme yang sulit
di identifikasi karena memiliki kemiripan pola warna dan morfometrik. Penelitian
ini dilakukan untuk menganalisis karakteristik morfometrik, pola warna, dan
struktur genetik kerapu yang diambil dari perairan Raja Ampat. Sebanyak 41
sampel ikan digunakan untuk analisis morfometrik dan pola warna, dan 52 urutan
digunakan untuk barcoding DNA, yang berhasil dikumpulkan selama ekspedisi
Raja Ampat pada Januari 2018. Analisis koresponden dan Bray-Curtis simmilarity
digunakan untuk menganalisis karakteristik morfometrik. Program I3S Pattern +
(Interactive Individual Identification System) digunakan untuk melihat kesamaan
pola warna di antara kerapu. Analisis data molekuler menggunakan program
MEGA 6.06 dengan metode filogenetik Neighbor Joining (NJ) dari model evolusi
2-Parameter Kimura dengan 1000 bootstraps. Kedekatan yang sama secara
morfometrik diamati antara Epinephelus coioides, Epinephelus malabaricus,
Epinephelus ongus, Cephalopholis cyanostigma, dan Cephalopholis miniata.
Kesamaan pola warna yang diamati Anyperodon leucogrammicus memiliki
kemiripan paling dekat dengan Epinephelus areolatus dengan nilai 31,26 dan
paling banyak 90,28 dengan Plectropomus leopardus. Pohon filogeni
merekonstruksi sebelas clades yang terbentuk dengan jarak genetik terdekat antara
Epinephelus malabaricus dan Epinephelus coioides sebesar (4,2%), sedangkan
jarak genetik terjauh adalah Epinephelus ongus dan Variola albimarginata
sebesar (24%). Perbandingan kekerabatan kerapu menggunakan barcode DNA
menunjukkan bahwa analisis morfologis lebih dekat daripada morfometrik.
Karakteristik morfometrik tidak memiliki kontribusi besar pada beberapa spesies
kerapu. Kombinasi antara morfometrik, pola warna dan kode DNA kerapu dapat
membantu memisahkan antara spesies kompleks
Penapisan Bakteri Asosiatif Karang Lunak (Octocorallia; Alcyonacea) Sinularia dura dan Lobophytum strictum yang Potensial sebagai Alternatif Penanganan Microfouling di Laut.
No full textMicrofouling (pembentukan biofilm) merupakan syarat utama terjadinya biofouling, sehingga untuk melakukan penghambatan terjadinya biofouling pada struktur bangunan laut dapat dilakukan dengan menghambat terjadinya biofilm. Beberapa mikroorganisme laut seperti bakteri yang berasosiasi dengan karang lunak mampu menghasilkan sejumlah metabolit sekunder yang dapat menghambat pertumbuhan biofilm. Tujuan dari penelitian ini adalah mencari bakteri asosiasi potensial dari karang lunak Sinularia dura dan Lobophytum strictum yang dapat menghasilkan senyawa bioaktif sebagai sumber anti-microfouling alami. Penelitian ini dilakukan pada bulan Mei hingga Agustus 2011. Penelitian dibagi menjadi beberapa tahap, yaitu pengambilan sampel karang lunak jenis Sinularia dura dan Lobophytum strictum, penjebakan biofilm bakteri, isolasi bakteri, dan uji antagonisme. Pengambilan sampel karang lunak dan penjebakan biofilm bakteri dilakukan pada waktu dan tempat yang sama yaitu di perairan Barat pulau Pramuka, Kepulauan Seribu. Uji antagonisme dilakukan antara bakteri asosiasi karang lunak terhadap bakteri pembentuk biofilm dengan metode difusi agar. Parameter kualitas perairan (fisika-kimia) yang diukur sebagai data penunjang meliputi suhu, kadar garam, kecerahan, pH, nitrat, fosfat, TSS, dan COD. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sebanyak 24 isolat bakteri asosiasi berhasil diisolasi dari karang lunak jenis Sinularia dura dan Lobophytum strictum. Uji antagonisme menunjukkan sebanyak 23 isolat (95,83%) bakteri asosiasi mampu menghambat pertumbuhan bakteri pembentuk biofilm. SD6 dan LS1 merupakan isolat bakteri yang memiliki tingkat aktivitas penghambatan paling tinggi terhadap bakteri pembentuk biofilm. Bakteri SD6 dan LS1 tersebut berpotensi sebagai sumber anti-microfouling alami yang ramah lingkungan
Kondisi Spasio-Temporal Ekosistem Lamun di Perairan Pulau Pramuka, Kepulauan Seribu
No full textPerubahan wilayah pesisir dapat terjadi secara alami maupun buatan.
Penelitian menggunakan data pengamatan komunitas lamun dan lingkungan yang
dilaksanakan pada tanggal 13-17 Maret 2017 serta data sekunder untuk tahun 2016.
Penelitian ini bertujuan mengkaji kondisi ekosistem lamun secara spasio-temporal
di perairan Pulau Pramuka, Kepulauan Seribu yang mengalami sedimentasi akibat
aktivitas pengerukan wilayah pesisir dan pembangunan break water. Pengambilan
data lamun dilakukan menggunakan transek plot berukuran 1x1 m² berdasarkan
metode Seagrass-Watch yang telah dimodifikasi. Pengambilan sampel air
menggunakan botol sampel berukuran 1 liter dan pengambilan sampel sedimen
menggunakan pipa core dengan panjang 30 cm dan diameter 5 cm yang ditancapkan
ke sedimen. Jenis lamun yang ditemukan di Pulau Pramuka pada pengamatan
lapang adalah Thalassia hemprichii, Enhalus acoroides, Cymodocea serrulata,
Cymodocea rotundata, Syringodium isoetifolium, Halodule uninervis, Halophila
ovalis, dan Halophila spinulosa. Nilai TSS antara tahun 2016 dan 2017 mengalami
peningkatan dengan nilai kisaran pada masing-masing tahun sebesar 6-11.6 mg/l
dan 36.17–76.33 mg/l. Kondisi karakteristik lingkungan secara spasio-temporal
terhadap stasiun penelitian dianalisis dengan menggunakan metode analisis
komponen utama yang memiliki nilai kontribusi total sebesar 67.27%. Karakteristik
komunitas lamun secara spasio-temporal terhadap stasiun penelitian dianalisis
dengan menggunakan metode analisis koresponden yang memiliki nilai kontribusi
total sebesar 75.28%
Struktur dan Sebaran Vegetasi Mangrove Berdasarkan Karakteristik Lingkungan Perairan di Taman Hutan Raya Ngurah Rai Bali.
No full textMangrove memiliki struktur fisiologis yang unik sebagai bentuk adaptasi terhadap lingkungan pasang surut di wilayah pesisir. Habitat tumbuh mangrove yang berada di wilayah pesisir menyebabkan vegetasi tersebut rentan terhadap gangguan lingkungan. Penelitian ini bertujuan menganalisis struktur dan sebaran vegetasi mangrove berdasarkan karakteristik lingkungann perairan. Penelitian dilaksanakan pada bulan Februari - Maret 2017 pada tiga stasiun penelitian yang mewakili ekosistem mangrove di Taman Hutan Raya Ngurah Rai, Bali. Salah satu data vegetasi mangrove yang dilihat adalah indeks nilai penting. Hasil analisis perhitungan yang dilakukan memperlihatkan adanya perbedaan nilai indeks penting di setiap lokasi penelitian dimana Sonneratia alba memiliki indeks nilai penting tertinggi pada Stasiun 1 (171.63) dan Stasiun 3 (145.13). Sementara itu, spesies R. mucronata memiliki indeks nilai penting tertinggi pada Stasiun 2 (155.58). Dengan demikian, spesies S. alba mendominasi pada Stasiun 1 dan Stasiun 3 serta pada Stasiun 2 didominasi oleh R. mucronata
Struktur Komunitas Meiofauna Pada Ekosistem Mangrove Kuala Langsa, Aceh Timur
No full textMeiofauna merupakan hewan metazoa diantara makrofauna dan mikrofauna yang hidup di ruang antar partikel sedimen dan berperan penting dalam kesuburan perairan. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui struktur komunitas meiofauna dengan karakteristik fisika-kimia pada ekosistem mangrove Kuala Langsa, Aceh Timur. Penelitian dilakukan pada 29 Agustus 2022 di 3 Stasiun. Sampel meiofauna diambil menggunakan pipa paralon atau corer (ø: 5 cm; tinggi: 10 cm). Sejumlah parameter fisika-kimia lingkungan diukur dan dianalisa hubungannya menggunakan analisis komponen utama (PCA) dan analisis korespondensi (CA) dengan hasil ditemukannya banyak meiofauna dan ragam jenis mangrove pada Stasiun 3. Hasil pengamatan meiofauna pada ekosistem mangrove Kuala Langsa terdiri dari 8 filum, 12 kelas, 17 ordo, 22 famili, dan 23 genus dengan dominasi Platyhelminthes. Jenis mangrove yang mendominasi adalah spesies Rhizophora mucronata. Kelimpahan meiofauna banyak ditemukan pada wilayah penelitian dengan dominasi substrat pasir, kerapatan mangrove dan bahan organik yang tinggi.Meiofauna is a metazoan animal between macrofauna and microfauna that lives in spaces between sediment particles and plays an important role in water fertility. The purpose of this study was to determine the meiofauna community structure with physicochemical characteristics in the Kuala Langsa mangrove ecosystem, East Aceh. Research was conducted on August 29, 2022 at 3 Stations. The meiofauna samples were taken using a paralon pipe or corer (ø: 5 cm; height: 10 cm). A number of environmental physico-chemical parameters were measured and analyzed using principal component analysis (PCA) and correspondence analysis (CA) with the results discovery of many meiofauna and variety of mangrove species at Station 3. The results of meiofauna observations in the Kuala Langsa mangrove ecosystem consisted of 8 phyla, 12 classes, 17 orders, 22 families, and 23 genus with the dominance of Platyhelminthes. The dominating mangrove species is Rhizophora mucronata. Abundance of meiofauna is found in research area with the dominance of sand substrate, mangrove density and high organic matter.IPB University, Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN), Aceh Wetland Foundatio
Struktur dan Sebaran Mangrove Berdasarkan Karakteristik Lingkungan Perairan Pesisir Sari Ringgung, Kabupaten Pesawaran, Lampung.
No full textMangrove merupakan vegetasi pantai tropis dan subtropis yang dapat tumbuh dan berkembang dengan baik di wilayah pasang surut air laut. Penelitian ini bertujuan mengkaji struktur dan sebaran mangrove berdasarkan karakteristik lingkungan perairan pesisir Sari Ringgung, Kabupaten Pesawaran, Lampung. Penelitian dilakukan di tiga stasiun, masing-masing stasiun ditetapkan 3 substasiun dan di setiap substasiun terdapat 3 petak contoh berbentuk bujur sangkar. Keterkaitan vegetasi mangrove dengan karakteristik lingkungannya dianalisis dengan menggunakan analisis komponen utama (PCA) dan analisis koresponden (CA). Hasil menunjukkan bahwa Jenis Rhizophora apiculata ditemukan pada daerah yang dicirikan oleh pH sedimen yang rendah. Jenis mangrove R.mucronata dan R.stylosa banyak ditemukan pada kawasan dengan kandungan DO yang rendah dan banyak bahan organik. Jenis Lumnitzera racemosa dominan ditemukan pada kondisi lingkungan yang dipengaruhi oleh masukan air tawar seperti pada kawasan di sekitar muara sungai
Variasi Karakter Morfometrik Lamun Cymodocea rotundata di Perairan Desa Teluk Bakau Pulau Bintan.
No full textLamun mendapatkan makanan dengan cara menyerap nutrien di lingkungan
terutama di sedimen melalui sistem akar. Tingginya kandungan nutrien di sedimen
bergantung pada tipe substrat dan kedalaman sehingga mempengaruhi
pertumbuhan lamun. Penelitian ini bertujuan mengetahui hubungan antara karakter
morfometrik lamun Cymodocea rotundata dan karakteristik fisika kimiawi
sedimen. Pengumpulan data lamun dilakukan dengan menggunakan transek kuadrat
50 cm x 50 cm. Pengambilan sampel sedimen menggunakan sediment core yang
terbuat dari pipa PCV berdiameter 5 cm dan panjang 25 cm, kemudian sampel
dianalisis di laboratorium untuk mengetahui konsentrasi karbon, nitrat, fosfat, dan
ukuran sedimen. Analisis karakter morfometrik lamun Cymodocea rotundata
terhadap fisika kimia sedimen menggunakan analisis komponen utama (Principal
Component Analysis, PCA). Terdapat 8 jenis lamun yang ditemukan di perairan
Desa Teluk Bakau yaitu Cymodocea rotundata, Cymodocea serrulata, Syringodium
isoetifolium, Halophila minor, Halophila ovalis, Halodule uninervis, Enhalus
acoroides, dan Thalassia hemprichii. Kerapatan lamun tertinggi ditemukan pada
Stasiun tiga yaitu 409 Ind/m2. Hasil pengukuran karbon sedimen di stasiun
pengamatan berkisar 0,35 – 1,541 %, kandungan nitrat berkisar 100 – 400 mg/L,
dan kandungan fosfat berkisar 32,81 – 59 mg/L. Hasil fraksinasi sedimen
didapatkan bahwa sedimen di perairan Desa Teluk Bakau memiliki ukuran butir
yang bervariasi sehingga banyak ditemui jenis lamun yang berbeda. Terdapat
kedekatan yang tinggi antara karakteristik fisika kimia sedimen terhadap karakter
morfometrik lamun Cymodocea rotundata dengan ragam total sebesar 78,62 %.
Hasil ini menerangkan bahwa morfometrik lamun Cymodocea rotundata
dipengaruhi oleh kondisi fisika dan kimia sedimen. Kandungan nutrien yang tinggi
dapat mempengaruhi panjang daun, lebar daun, dan panjang akar
Eksplorasi Potensi Bakteri Aktinomiset dan Kaitannya dengan Kondisi Lingkungan Sedimen di Ekosistem Lamun Pulau Pari.
No full textBakteri aktinomiset menyumbang 50% senyawa antibiotik yang ada hingga
saat ini. Tujuan penelitian ini mengeksplorasi potensi metabolit sekunder yang
dimiliki bakteri aktinomiset dan kaitannya dengan kondisi lingkungan sedimen di
ekosistem lamun Pulau Pari, Kepulauan Seribu. Isolat aktinomiset diisolasi dan
diremajakan menggunakan media ISP 2, dan didapatkan 5 isolat. Uji antibakteri
menunjukkan hanya satu isolat (B22b) yang memiliki aktivitas antibakteri terhadap
seluruh bakteri uji (Bacillus subtilis, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa,
dan Staphylococcus aureus), dan diduga termasuk senyawa antibakteri spektrum
luas. Aktivitas selulase hanya dimiliki oleh 4 isolat aktinomiset. Analisis sidik
ragam (ANOVA) menunjukkan bahwa kerapatan jenis lamun Enhalus acoroides
dan Thalassia hemprichii berpengaruh nyata terhadap aktivitas selulase. Aktivitas
ini berhubungan dengan peran aktinomiset sebagai dekomposer di ekosistem.
Karakteristik kimia sedimen dapat dipengaruhi oleh proses dekomposisi selulosa
oleh aktinomiset
Eksplorasi Bakteri Simbion Spons di Ekosistem Lamun
No full textSponge has been acknowledged for its ability to produce secondary
metabolites compounds that have been explored for new source of marine natural
product compounds. Unfortunately, information on sponge ecological interaction,
especially concerning its secondary metabolite production and symbiotic
organisms, are usually from observation and experimental researches in coral
reefs ecosystem. Meanwhile, not many information has been gathered on sponge
community and its ecological interaction in the seagrass ecosystem.
Information on sponge community and its ecological interaction in seagrass
ecosystem should be explored intensively, for seagrass vegetation could has
different environmental condition due to seagrass species characterization that
composing the ecosystem. Thus, vegetation characterization of seagrass will
influence sponge community and its secondary metabolite, and also its interaction
with symbiotic microbial (bacterial). This research wants to figure out several
issues concerning sponge community in seagrass ecosystem. These issues are:
will sponge species composition and association be different due to condition of
seagrass vegetation in the ecosystem; is sponge species in seagrass ecosystem
have the same potential concerning its antibacterial activity as in reefs area; how
diverse the sponge bacterial symbiont and the potential of its secondary
metabolite; and also how the ecological interaction between sponge and its
symbiotic bacterial.
This research was conducted in several stages. The first stage is field
observation at seagrass ecosystem. The next stage was conducted as laboratory
activities. Laboratory activities were conducted in several phases. The phase was
an assay to test the antibacterial activity of sponges tissues on generally tested
bacteria (Escherichia coli and Staphylococcus aureus) and marine bacteria
isolates from surrounding water (Al1, Al2, Al3, Al4 and Al5). The aims of this
activity were to screen potential sponge that having antibacterial activity, and
isolating its symbiotic bacterial. Afterwards, the next phase was an assay to test
the antagonistic activity of sponge symbiotic bacterial against marine-biofilm
forming bacteria. Symbiotic bacterial with high antagonistic activity then
analyzed for its species diversity, using molecular analysis of symbiotic bacterial
DNA fingerprinting and identification.
Field observation was done in two different seagrass meadow/bed in
Pramuka Island, Seribu Islands, near Jakarta Bay, Indonesia, since September
2013 to Mei 2014. Laboratory assays activities were done in Marine Microbiology
Laboratory and Marine Biosystematics and Biodiversity, Departement of Marine
Science and Technology, Bogor Agricultural University (IPB). Antibacterial assay
on sponge tissue was conducted since September 2013 to March 2014, whilst
isolation on symbiotic bacterial and secondary metabolites assay were done from
December 2013 to November 2015. Molecular analysis on bacterial symbionts
diversity and identification were just done ons January to May 2016.
Results of this research showed that sponge community in seagrass
ecosystem was influenced by the density, morphological form and vegetation
architectural of seagrass beds. Sponge will have more species number (higher
diversity), with lower abundance in patchy seagrass bed. On the contrary,
diversity of sponge will be lower, with higher individual number (abundance) in
continuous seagrass bed, regarding higher protection mechanism from predatory
activities in continuous bed. Overall, sponge community at both seagrass beds
(Site 1 and 2) were dominated by Spirastrella sp. (Sp) and Agelas conifera
sponges.
Antibacterial assay showed that only 7 of 18 sponge species have low
activity against pathogenic bacteria (E. coli and S. aureus) and marine bacteria
from surrounding water. This probably caused by a conducive environment
condition for sponge growth and less environmental stress that could stimulate
sponge antibacterial activity.
There were 44 different colonies of bacterial symbionts successfully isolated
from 9 species of sponge, with 22 active isolates against potential marine biofilmforming
bacteria. The higher number of bacterial symbionts was isolated from
Haliclona spp. (Hy), Iotrochota sp. (Io) and Aplysina aerophoba, respectively.
The antagonistic activity of those 22 symbiotic bacteria has the similar
interaction with all targeting bacteria. It showed that all those 22 isolates of 44
symbiotic bacteria isolates have similar activity and antibiofilm potential. This
high antibiofilm activity also promising for the search of biofilm modulator
compounds that has important values in medicines. The most promising symbiotic
bacteria (Aa3) was came from Aplysina aerophoba sponge, with higher activity
(more than 9 mm inhibition zone) against 4 marine biofilm-forming bacteria,
respectively.
Genomic fingerprinting analysis of symbiotic bacteria was used Rep-PCR
method. It showed that symbiotic bacteria from same species of sponge have close
genetic relation than bacteria from different species of sponges. Nevertheless,
DNA sequencing result showed that there was genomic homologous of several
bacterial groups from different sponges. 16sDNA sequencing resultsof 12
symbiotic bacteria isolates showed that those bacteria has genomic homologous
with α and γ proteobacteria and firmicutes bacterial groups.
Ecologically, symbiotic interaction between bacterial symbionts and
sponges is a protection mechanism against marine-biofilm forming bacteria for
sponge, that was contributed by the symbiotic bacteria, despite sponge
antibacterial activity was very low. It’s related with the activation mechanism of
sponge chemical defense that need adequate stimulus, such as space competition
and/or predation activity by other organisms
- …
