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Comparative Analysis of Plasmids in the Genus Listeria
No full textKuenne C, Voget S, Pischimarov J, et al. Comparative Analysis of Plasmids in the Genus Listeria. PLOS ONE. 2010;5(9): e12511.Background: We sequenced four plasmids of the genus Listeria, including two novel plasmids from L. monocytogenes serotype 1/2c and 7 strains as well as one from the species L. grayi. A comparative analysis in conjunction with 10 published Listeria plasmids revealed a common evolutionary background. Principal Findings: All analysed plasmids share a common replicon-type related to theta-replicating plasmid pAMbeta1. Nonetheless plasmids could be broadly divided into two distinct groups based on replicon diversity and the genetic content of the respective plasmid groups. Listeria plasmids are characterized by the presence of a large number of diverse mobile genetic elements and a commonly occurring translesion DNA polymerase both of which have probably contributed to the evolution of these plasmids. We detected small non-coding RNAs on some plasmids that were homologous to those present on the chromosome of L. monocytogenes EGD-e. Multiple genes involved in heavy metal resistance (cadmium, copper, arsenite) as well as multidrug efflux (MDR, SMR, MATE) were detected on all listerial plasmids. These factors promote bacterial growth and survival in the environment and may have been acquired as a result of selective pressure due to the use of disinfectants in food processing environments. MDR efflux pumps have also recently been shown to promote transport of cyclic diadenosine monophosphate (c-di-AMP) as a secreted molecule able to trigger a cytosolic host immune response following infection. Conclusions: The comparative analysis of 14 plasmids of genus Listeria implied the existence of a common ancestor. Ubiquitously-occurring MDR genes on plasmids and their role in listerial infection now deserve further attention
Entwicklung einer schnellen Pulsformanalyse für asymmetrische AGATA-Germanium-Detektoren
No full textOnTEAM metadata: GDSID: DOC-2007-May-32; Attribute ID: LIBRARY-thesis_diss-2007-005; Title: [GSI Diss 2007-05] Entwicklung einer schnellen Pulsformanalyse für asymmetrische AGATA-Germanium-Detektoren; Author(s): Beck, Torsten; Corporate author(s): ; Publication date: 20070501; Creator: manton; Creation date: 15.05.2007 16:02:12; Change date: 29.10.2008 16:29:34; Access: nur berechtigte Gruppen; Attribute type: Text.Thesis.Diss; Directory path: ['GSI Publications', 'GSI as Publisher']; Attribute path: ['Infrastructure', 'Library and Documentation', 'thesis_diss', 'Added in 2007']; File name(s): ['DOC-2007-May-32-1.pdf']; File title(s): ['']; File access: ['nur berechtigte Gruppen'
Manifolds, sheaves, and cohomology
No full textThis book explains techniques that are essential in almost all branches of modern geometry such as algebraic geometry, complex geometry, or non-archimedian geometry. It uses the most accessible case, real and complex manifolds, as a model. The author especially emphasizes the difference between local and global questions. Cohomology theory of sheaves is introduced and its usage is illustrated by many examples. Content Topological Preliminaries - Algebraic Topological Preliminaries - Sheaves - Manifolds - Local Theory of Manifolds - Lie Groups - Torsors and Non-abelian Cech Cohomology - Bundles - Soft Sheaves - Cohomology of Complexes of Sheaves - Cohomology of Sheaves of Locally Constant Functions - Appendix: Basic Topology, The Language of Categories, Basic Algebra, Homological Algebra, Local Analysis Readership Graduate Students in Mathematics / Master of Science in Mathematics About the Author Prof. Dr. Torsten Wedhorn, Department of Mathematics, Technische Universität Darmstadt, Germany
James Watson, Maclyn McCarty, and Torsten Wiesel
No full textTorsten Wiesel (right) with Professor Emeritus Maclyn McCarty (center), co-author of the paper with Oswald Avery and Colin MacLeod, and James D. Watson, director of Cold Spring Harbor Laboratory, 1994
Photo by Leif Carlsson
To commemorate the fiftieth anniversary of the discovery at The Rockefeller University that genes are made of DNA - considered by many to be the single most important biological discovery of the twentieth century - the university has kicked off a year-long series of events that were running through May 1994. The celebration was formally inaugurated in November 1993 with a lecture by Nobel laureate James D. Watson, best known for discovering the double-helical structure of DNA.
See also Search Winter 1994, vol. 4, no. 1https://digitalcommons.rockefeller.edu/group-portraits/1013/thumbnail.jp
Aktivierung des Wnt-Signalwegs und der DNA-Reparatur durch Antigene der Schistosoma mansoni-Ova
No full textDie Schistosomiasis mansoni ist eine parasitäre Erkrankung, die trotz der sehr hohen Prävalenz in einigen Weltregionen noch vergleichsweise wenig Beachtung in der Forschung gefunden hat (neglected disease). Die Schistosomiasis mansoni betrifft neben der Leber vor allem das Kolon und kann chronifizieren. Länger anhaltende Infektionen lösen im Kolon chronische, TH2-gewichtete Entzündungsreaktionen aus, die der Inflammation bei einer Colitis ulcerosa ähnelt. Diese pathophysiologische Ähnlichkeit war Grundlage der Fragestellung der vorliegenden Arbeit. Es wurde untersucht, inwiefern eine Schistosomiasis mansoni an der kolorektalen Karzinogenese beteiligt sein kann. In den meisten Forschungsarbeiten zur Schistosomiasis werden die Schistosomeneier als zentrales und die Pathologie auslösendes Agens betrachtet. Daher wurde in der vorliegenden Arbeit der Fokus auf die Wirkung der Ova der S. mansoni beziehungsweise derer Antigene gelegt.
Hierzu wurden verschiedene methodische Ansätze kombiniert. Zum einen wurden syrische Goldhamster in zwei Infektionsgruppen eingeteilt, von denen eine Infektionsgruppe „normal“ mit S. mansoni infiziert wurde (bs-infiziert). Die zweite Versuchsgruppe wurde ebenfalls mit S. mansoni infiziert, allerdings nur mit einem Geschlecht der Würmer, weswegen keine geschlechtliche Vermehrung und keine Ova- Produktion möglich war (ms-infiziert). In diesem in vivo-Modell unterschieden sich die Versuchsgruppen somit durch das Vorhandensein oder das Fehlen der Parasiteneier. Untersucht wurde das Kolongewebe der Tiere. Neben diesem Tiermodell bildeten Zellkulturversuche an der SW620-Kolonzelllinie die zweite Basis der Forschungsarbeit. In diesem in vitro-Modell wurden die Zellen mit Antigenen der S. mansoni-Ova stimuliert. Zur Stimulation wurde zum einen SEA verwendet, wobei es sich um ein Gemisch aller in S. mansoni-Ova enthaltenen Proteine handelt. Zum anderen wurden die Zellen mit einer in HEK-Zellen rekombinant hergestellten Version des Proteins IPSE stimuliert. IPSE ist ein sekretorisches Protein der S. mansoni-Ova, für das bereits einige Auswirkungen auf das Immunsystem der Wirtstiere bekannt sind. Die Zellkulturstimulationen mit den Antigenen der S. mansoni-Ova wurden in zwei eigenständigen Experimenten mit je einem Enzyminhibitor kombiniert: In einem Experiment wurde die Kinase JNK inhibiert. Diese spielt eine wichtige Rolle in der Aktivierung des Proteins c-Jun, welches Teil des AP1-Transkriptionsfaktors und ein Protoonkogen ist. In einem weiteren Zellkulturexperiment wurde der kanonische Wnt- Signalweg inhibiert.
Die aus der Zellkultur und dem Tierversuch gewonnenen Probenmaterialien wurden proteinbiochemisch durch Western Blots, mittels Immunhistochemie und Phosphokinase Proteome ProfilerTM Array ausgewertet. Die untersuchten Proteine lassen sich drei Kategorien zuordnen: Erstens wurden Proteine untersucht, die für eine Aktivierung des kanonischen Wnt-Signalwegs sprechen. Zu nennen sind b-Catenin und die Kinase p-GSK-3b. Zweitens wurden ausgewählte Protoonkogene untersucht, die zumindest anteilig als Downstream-Faktoren des kanonischen Wnt-Signalwegs gelten. Zu nennen sind Cyclin D1 und c-Jun mit seiner aktivierten Variante p-c-Jun. Drittens wurden Proteine untersucht, die für eine verstärkte DNA-Schädigung sprechen. Ausgewertet wurden die Proteine PARP-1 und g-H2a.X.
Für den kanonischen Wnt-Signalweg waren im in vivo- wie auch im in vitro-Modell in den jeweiligen Versuchsgruppen im Gegensatz zur Kontrollgruppe Belege für eine Aktivierung zu finden. Im Kolon der bs-infizierten Hamster zeigte sich dies besonders durch die immunhistochemische Anfärbung von b-Catenin, dem Zielprotein des kanonischen Wnt-Signalwegs. In der Zellkultur zeigte sich die Aktivierung des kanonischen Wnt-Signalwegs insbesondere durch eine Erhöhung der p-GSK-3b durch SEA-Stimulation. Cyclin D1 konnte erhöht in den SEA-stimulierten Zellen nachgewiesen werden, c-Jun und dessen aktivierte Form p-c-Jun wurden durch HEK-IPSE-Stimulation in den Zellen erhöht. Die Cyclin D1-Erhöhung erschien durch Inhibition des kanonischen Wnt-Signalwegs vermindert. Die Erhöhung der c-Jun-Varianten wurde unter JNK- Inhibition abgeschwächt. Unter den Markern für DNA-Schädigung zeigte sich für PARP-1 eine Induktion sowohl im Kolon der bs-infizierten Hamster als auch in den Zellen nach HEK-IPSE-Stimulation.
Zusammenfassend wurde in dieser Dissertationsschrift gezeigt, dass Ova der S. mansoni und ihre Antigene in den Wirtszellen eine Aktivierung des kanonischen Wnt-Signalwegs und der proliferationsfördernden Proteine Cyclin D1 und (p-)c-Jun sowie eine DNA- Schädigung induzieren können. Die Erhöhung des Cyclin D1 wurde anteilig durch den kanonischen Wnt-Signalweg vermittelt. Die Erhöhung von (p-)c-Jun durch IPSE-Kontakt benötigt die Aktivität der JNK. Diese Dissertationsschrift erbringt Hinweise darauf, dass Ova der S. mansoni einen Risikofaktor der Entstehung des CRC darstellen könnten
Seltsame Schauspiele. Torsten Fogelqvists Deutschlandreise 1934
No full textIn 1934 Torsten Fogelqvist, a prominent member of the Swedish Academy and a well-known journalist and intellectual, visits Nazi Germany. He writes about his visit to the Third Reich in 17 articles published in the Stockholm daily newspaper Dagens Nyheter. The author, highly critical of the Hitler regime, scrutinizes several aspects of the nazified German society such as the attempts to re-educate the German citizen in accordance with the ideology of the new regime, the hero cult in the Nazi movement, and the relationship between the German state and the churches. In order to further an understanding of political and social developments in Germany Fogelqvist uses a specific strategy. He “translates” them into an imaginary Swedish context. This paper compares his views with those of other Swedish visitors
Aktivierung des Protoonkogens c-Jun durch Schistosoma mansoni-Ei-Antigene
No full textSchistosomiasis ist eine parasitäre Infektionserkrankung und wird zu den vernachlässigten Tropenkrankheiten (engl. neglected tropical diseases) gezählt. Weltweit erhielten im Jahr 2019 ca. 236 Mio. Menschen eine prophylaktische Therapie, was die starke Verbreitung dieser Erkrankung zeigt. Ursächlich für die mit Schistosomiasis verbundene Morbidität ist hauptsächlich die chronische Infektion. Neben der Schistosomiasis-assoziierten Kolitis und der hepatischen Schistosomiasis verursacht die Infektion als Folge von anhaltender Entzündung unspezifische, systemische Symptome wie Anämie, aber auch Unterernährung und eine Beeinträchtigung der kindlichen Entwicklung5. Verschiedene Fallberichte und Studien legen zudem den Zusammenhang einer S. mansoni-Infektion mit dem Auftreten des kolorektalen Karzinoms nahe. Dabei gibt es verschiedene Ansatzpunkte über die Mechanismen der karzinogenen Wirkung einer Schistosomiasis-Infektion. Eine Erklärung stellt die durch chronische Inflammation verursachte Mutation von Onkogenen dar. Eine andere Theorie ist die Beeinflussung Karzinogenese-assoziierter Signalwege durch die von Parasiteneiern sezernierten Antigene.
So konnte unsere Arbeitsgruppe in einer kürzlich veröffentlichten Studie, in welche die Ergebnisse der vorliegenden Arbeit eingeflossen sind, zeigen, dass Ei-Antigene von S.mansoni zu einer Aktivierung Karzinogenese-assoziierter Signalwege und Protoonkogene führen. Eine Aktivierung des KRK-assoziierten Wnt/β-Catenin- Signalwegs, des Protoonkogens c-Jun und assoziierter Downstream-Faktoren wie Cyclin D1 und MCM2 konnte sowohl in vivo als auch in vitro nach Stimulation mit den
Ei-Antigenen SEA und IPSE beobachtet werden. Ein Ziel der vorliegenden Arbeit war es, die Aktivierung Karzinogenese-assoziierter Signalwege und insbesondere des Protoonkogens c-Jun bei Infektion mit S. mansoni zu untersuchen. In Tierversuchen wurden Kolonproben S.mansoni-infizierter Hamster untersucht. Zur Klärung molekularbiologischer Zusammenhänge wurden außerdem Zellkulturversuche mit Kolonkarzinomzellen durchgeführt. Die in vivo-Versuche zeigten eine Aktivierung des Protoonkogens c-Jun und des Downstream-Faktors Cyclin D1 bei S. mansoni-Infektion. In Western Blot-Analysen konnte eine Überexpression dieser Proteine im Vergleich zur Kontrollgruppe beobachtet werden. Immunhistochemische Färbungen zeigten eine verstärkte c-Jun- und Cyclin D1-Expression in Enterozyten nahe der Parasiteneier. Die Ergebnisse legen nahe, dass von den Eiern sezernierte Faktoren zur erhöhten Expression der Signalkomponenten in Enterozyten führen. In Zellkulturversuchen wurden Kolonkarzinomzellen mit SEA, einem S. mansoni-Ei-Antigen, stimuliert. Hier zeigte sich eine verstärkte c-Jun-Expression bei Stimulation der Zellen. Weiterhin wurden Inhibitionsversuche mit einem JNK-Inhibitor sowie MEK-Inhibitor durchgeführt, um beteiligte Signalwege zu ermitteln. Die c-Jun-Aktivierung und die Cyclin D1- Expression nach SEA-Stimulation wurden durch die Inhibition des JNK-Signalwegs und des Ras-Raf-MEK-ERK-Signalwegs durch MEK-Inhibition signifikant reduziert. Die Zusammenschau mit vorherigen Ergebnissen unserer Arbeitsgruppe, welche eine Beteiligung des JNK- und Ras-Raf-MEK-ERK-Signalweg bei der Ei-Antigen-vermittelten c-Jun-Aktivierung zeigen konnten, legt nahe, dass Ei-Antigene über diese Signalwege die Expression und Aktivierung des Protoonkogens c-Jun fördern und auch eine vermehrte Expression von Downstream-Faktoren wie Cyclin D1 bewirken.
Insgesamt lassen die Ergebnisse aus den Analysen des Tiermodells und die Untersuchungen in der Zellkultur darauf schließen, dass S. mansoni Ei-Antigene zu einer Aktivierung des Karzinogenese-assoziierten Protoonkogens c-Jun und nachgeschalteter Proteine führen. Diese Erkenntnisse können zu einem besseren Verständnis der Ätiologie des Kolonkarzinoms im Zusammenhang mit S. mansoni beitragen. Erkenntnisse über die Beeinflussung dieser Signalwege bei einer S. mansoni- Infektion können als Ansatz für therapeutische EIngriffe dienen. In zukünftigen Studien sollten weitere beteiligte Signalwege untersucht und die Wirkung der einzelnen SEA- Komponenten spezifisch herausgearbeitet werden
PISM glacial cycle sensitivity experiments of the Antarctic Ice Sheet
No full textThis dataset contains PISM simulation results (http://www.pism-docs.org) of the Antarctic Ice Sheet based on code release v1.0-paleo-ensemble (https://doi.org/10.5281/zenodo.3574033). PISM is the open-source Parallel Ice Sheet Model developed mainly at UAF, USA and PIK, Germany.
With the help of added python scripts, all figures can be reproduced as in the journal publication:
- Albrecht et al., 2020, doi:10.5194/tc-14-599-2020.
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Data:
Find PISM results as netCDF data. See 'README.md' for a list of all performed experiment.
All forcing input data for the experiments and plots can be downloaded and remapped via https://github.com/pism/pism-ais. Some of the original input data files are freely available, for others please contact the author or the corresponding data publisher.
Figure plotting scripts (jupyter notebook based on python, see https://jupyter.org) in 'plot_scripts' access the uploaded PISM results in 'model_data' and save the plots to 'final_figures'. Jupyter notebook can be run in the browser and shared, see https://nbviewer.jupyter.org/url/www.pik-potsdam.de/~albrecht/notebooks/paleo_paper/paleo_paper_final.ipynb.
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Contact:
Albrecht, Torsten ([email protected]) ; Potsdam-Institute for Climate Impact Research (PIK), Potsdam, German
Die Erfolgsfaktoren für unternehmerisches E-Mail-Marketing nach Dr. Torsten Schwarz am Praxisbeispiel ERGOTOPIA GmbH
No full textThis scientific document reveals the results of an empirical examination within the realm of entrepreneurial e-mail-marketing which is based on a literature review by technical author Dr. Torsten Schwarz. Using the start-up company ERGOTOPIA as a practical example, the author of the master thesis investigates whether the explanations of Dr. Schwarz match with the practical implementation of ERGOTOPIA.
Precisely, the scientific paper focuses on the examination of the four aspects lead generation, newsletter-design, software-requirements and performance measurement through monitoring with regard to successful realization of e-mail-marketing campaigns. The empirical part of this examination is made of the introduction as well as the analysis of two conducted so called split-tests that compare specific aspects of the newsletter-design and measure data-driven results to show which kind of aspect produced the more successful campaign.
This way the author proves whether the recommendations by Dr. Schwarz are practically relevant for the company ERGOTOPIA
Reassessment of the Listeria monocytogenes pan-genome reveals dynamic integration hotspots and mobile genetic elements as major components of the accessory genome
No full textKuenne C, Billion A, Mraheil MA, et al. Reassessment of the Listeria monocytogenes pan-genome reveals dynamic integration hotspots and mobile genetic elements as major components of the accessory genome. BMC Genomics. 2013;14(1): 47.ABSTRACT: BACKGROUND: Listeria monocytogenes is an important food-borne pathogen and model organism for host-pathogen interaction, thus representing an invaluable target considering research on the forces governing the evolution of such microbes. The diversity of this species has not been exhaustively explored yet, as previous efforts have focused on analyses of serotypes primarily implicated in human listeriosis. We conducted complete genome sequencing of 11 strains employing 454 GS FLX technology, thereby achieving full coverage of all serotypes including the first complete strains of serotypes 1/2b, 3c, 3b, 4c, 4d, and 4e. These were comparatively analyzed in conjunction with publicly available data and assessed for pathogenicity in the Galleria mellonella insect model. RESULTS: The species pan-genome of L. monocytogenes is highly stable but open, suggesting an ability to adapt to new niches by generating or including new genetic information. The majority of gene-scale differences represented by the accessory genome resulted from nine hyper variable hotspots, a similar number of different prophages, three transposons (Tn916, Tn554, IS3-like), and two mobilizable islands. Only a subset of strains showed CRISPR/Cas bacteriophage resistance systems of different subtypes, suggesting a supplementary function in maintenance of chromosomal stability. Multiple phylogenetic branches of the genus Listeria imply long common histories of strains of each lineage as revealed by a SNP-based core genome tree highlighting the impact of small mutations for the evolution of species L. monocytogenes. Frequent loss or truncation of genes described to be vital for virulence or pathogenicity was confirmed as a recurring pattern, especially for strains belonging to lineages III and II. New candidate genes implicated in virulence function were predicted based on functional domains and phylogenetic distribution. A comparative analysis of small regulatory RNA candidates supports observations of a differential distribution of trans-encoded RNA, hinting at a diverse range of adaptations and regulatory impact. CONCLUSIONS: This study determined commonly occurring hyper variable hotspots and mobile elements as primary effectors of quantitative gene-scale evolution of species L. monocytogenes, while gene decay and SNPs seem to represent major factors influencing long-term evolution. The discovery of common and disparately distributed genes considering lineages, serogroups, serotypes and strains of species L. monocytogenes will assist in diagnostic, phylogenetic and functional research, supported by the comparative genomic GECO-LisDB analysis server (http://bioinfo.mikrobio.med.uni-giessen.de/geco2lisdb)
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