1,721,246 research outputs found
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Systeemistä tulehdusta määrittävät tekijät paksusuolisyövässä
No full textAbstractColorectal cancer (CRC) is the third most common cancer and the second leading cause of cancer-related deaths worldwide. In some CRC patients, the presence of the tumor elicits a systemic inflammatory response and metabolic derangements that lead to progressive tissue wasting. Systemic inflammation has been associated with decreased survival independent of tumor stage. However, the mechanisms and downstream effects of systemic inflammation in CRC are uncertain.The aim of these studies was to examine the determinants of systemic inflammation in CRC. The study material consisted of tumor and serum samples collected from patients with stage I–IV CRC operated at the Oulu University Hospital (n=336). From preoperative serum samples, the levels of cell death marker keratin 18, matrix metalloproteinase 8 (MMP8), and ten metabolites (apolipoprotein A1 and nine amino acids) were measured.CRC patients with systemic inflammation, assessed using a modified Glasgow Prognostic Score, had elevated serum levels of MMP8 and phenylalanine. On the contrary, the concentrations of apolipoprotein A1, glutamine, and histidine were lower compared to patients without systemic inflammation. Increased serum keratin 18 level associated with systemic inflammation in patients with metastatic disease. Elevated keratin 18 and MMP8 levels and decreased apolipoprotein A1 level were independent predictors of worse survival.These studies describe biomarkers of systemic inflammation that provide insight into the mechanisms of systemic inflammation, have potential prognostic value in CRC, and are possible therapeutic targets. The results suggest that cell death and systemic inflammation are strongly connected in CRC, but the potential mechanistic link between them and tissues involved remain to be elucidated.Original papersOriginal papers are not included in the electronic version of the dissertation.Sirniö, P., Väyrynen, J. P., Mutt, S. J., Herzig, K.-H., Klintrup, K., Mäkelä, J., … Tuomisto, A. (2019). Cell death related circulating keratin 18 fragments are associated with systemic inflammation and poor prognosis in colorectal cancer. Manuscript in preparation.Sirniö, P., Tuomisto, A., Tervahartiala, T., Sorsa, T., Klintrup, K., Karhu, T., … Väyrynen, J. P. (2018). High-serum MMP-8 levels are associated with decreased survival and systemic inflammation in colorectal cancer. British Journal of Cancer, 119(2), 213–219. https://doi.org/10.1038/s41416-018-0136-4Self-archived versionSirniö, P., Väyrynen, J. P., Klintrup, K., Mäkelä, J., Mäkinen, M. J., Karttunen, T. J., & Tuomisto, A. (2017). Decreased serum apolipoprotein A1 levels are associated with poor survival and systemic inflammatory response in colorectal cancer. Scientific Reports, 7(1). https://doi.org/10.1038/s41598-017-05415-9Self-archived versionSirniö, P., Väyrynen, J. P., Klintrup, K., Mäkelä, J., Karhu, T., Herzig, K.-H., … Tuomisto, A. (2018). Alterations in serum amino-acid profile in the progression of colorectal cancer: associations with systemic inflammation, tumour stage and patient survival. British Journal of Cancer, 120(2), 238–246. https://doi.org/10.1038/s41416-018-0357-6Self-archived versionTiivistelmäPaksusuolisyöpä on kolmanneksi yleisin syöpä ja toiseksi yleisin syöpäkuoleman aiheuttaja Suomessa. Osalla potilaista syöpään liittyy systeemisen tulehdusreaktion aktivoituminen ja aineenvaihduntahäiriö, joka johtaa yleiseen näivettymiseen. Systeemisen tulehduksen on havaittu olevan yhteydessä huonoon ennusteeseen riippumatta kasvaimen levinneisyydestä. Systeemisen tulehduksen aktivaatiomekanismit ja vaikutukset paksusuolisyövässä ovat kuitenkin huonosti tunnettuja.Tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää systeemistä tulehdusta määrittäviä tekijöitä paksusuolisyövässä. Aineisto koostui Oulun yliopistollisessa sairaalassa leikattujen paksusuolisyöpäpotilaiden (syövän levinneisyysaste I–IV) kasvain- ja seeruminäytteistä (n=336). Seeruminäytteistä mitattiin solukuolemaa osoittavan keratiini 18:n pitoisuudet, matriksin metalloproteinaasi 8 (MMP8):n määrät sekä 10 metaboliitin (apolipoproteiini A1 ja 9 aminohappoa) tasot.Paksusuolisyöpäpotilailla, joilla systeemistä tulehdusta osoittava mGPS-indeksi oli korkea, seerumin MMP8- ja fenyylialaniinitasot olivat koholla. Sen sijaan apolipoproteiini A1:n, glutamiinin ja histidiinin pitoisuudet olivat matalammat verrattuna potilaisiin, joilla ei ollut systeemistä tulehdusta. Kohonnut keratiini 18 -pitoisuus oli yhteydessä systeemiseen tulehdukseen etäpesäkkeistä tautia sairastavilla potilailla. Kohonnut keratiini 18- ja MMP8-taso sekä matala apolipoproteiini A1-pitoisuus liittyivät potilaiden huonoon ennusteeseen.Tutkimuksessa löydettiin systeemisen tulehduksen merkkiaineita, jotka tuovat hyödyllistä tietoa systeemisen tulehduksen mekanismeista ja potilaiden ennusteesta paksusuolisyövässä, ja ovat mahdollisia terapeuttisia kohteita. Tulosten perusteella paksusuolisyövässä solukuolema liittyy vahvasti systeemiseen tulehdukseen, mutta lisätutkimuksia tarvitaan selvittämään näiden tapahtumien mahdolliset syy-seuraussuhteet sekä tapahtumaan liittyvät kudokset.OsajulkaisutOsajulkaisut eivät sisälly väitöskirjan elektroniseen versioon.Sirniö, P., Väyrynen, J. P., Mutt, S. J., Herzig, K.-H., Klintrup, K., Mäkelä, J., … Tuomisto, A. (2019). Cell death related circulating keratin 18 fragments are associated with systemic inflammation and poor prognosis in colorectal cancer. Manuscript in preparation.Sirniö, P., Tuomisto, A., Tervahartiala, T., Sorsa, T., Klintrup, K., Karhu, T., … Väyrynen, J. P. (2018). High-serum MMP-8 levels are associated with decreased survival and systemic inflammation in colorectal cancer. British Journal of Cancer, 119(2), 213–219. https://doi.org/10.1038/s41416-018-0136-4Rinnakkaistallennettu versioSirniö, P., Väyrynen, J. P., Klintrup, K., Mäkelä, J., Mäkinen, M. J., Karttunen, T. J., & Tuomisto, A. (2017). Decreased serum apolipoprotein A1 levels are associated with poor survival and systemic inflammatory response in colorectal cancer. Scientific Reports, 7(1). https://doi.org/10.1038/s41598-017-05415-9Rinnakkaistallennettu versioSirniö, P., Väyrynen, J. P., Klintrup, K., Mäkelä, J., Karhu, T., Herzig, K.-H., … Tuomisto, A. (2018). Alterations in serum amino-acid profile in the progression of colorectal cancer: associations with systemic inflammation, tumour stage and patient survival. British Journal of Cancer, 120(2), 238–246. https://doi.org/10.1038/s41416-018-0357-6Rinnakkaistallennettu versioAcademic dissertation to be presented with the assent of the Doctoral Training Committee of Health and Biosciences of the University of Oulu for public defence in Auditorium F101 of the Faculty of Biochemistry and Molecular Medicine (Aapistie 7), on 8 November 2019, at 12 noonAbstract
Colorectal cancer (CRC) is the third most common cancer and the second leading cause of cancer-related deaths worldwide. In some CRC patients, the presence of the tumor elicits a systemic inflammatory response and metabolic derangements that lead to progressive tissue wasting. Systemic inflammation has been associated with decreased survival independent of tumor stage. However, the mechanisms and downstream effects of systemic inflammation in CRC are uncertain.
The aim of these studies was to examine the determinants of systemic inflammation in CRC. The study material consisted of tumor and serum samples collected from patients with stage I–IV CRC operated at the Oulu University Hospital (n=336). From preoperative serum samples, the levels of cell death marker keratin 18, matrix metalloproteinase 8 (MMP8), and ten metabolites (apolipoprotein A1 and nine amino acids) were measured.
CRC patients with systemic inflammation, assessed using a modified Glasgow Prognostic Score, had elevated serum levels of MMP8 and phenylalanine. On the contrary, the concentrations of apolipoprotein A1, glutamine, and histidine were lower compared to patients without systemic inflammation. Increased serum keratin 18 level associated with systemic inflammation in patients with metastatic disease. Elevated keratin 18 and MMP8 levels and decreased apolipoprotein A1 level were independent predictors of worse survival.
These studies describe biomarkers of systemic inflammation that provide insight into the mechanisms of systemic inflammation, have potential prognostic value in CRC, and are possible therapeutic targets. The results suggest that cell death and systemic inflammation are strongly connected in CRC, but the potential mechanistic link between them and tissues involved remain to be elucidated.Tiivistelmä
Paksusuolisyöpä on kolmanneksi yleisin syöpä ja toiseksi yleisin syöpäkuoleman aiheuttaja Suomessa. Osalla potilaista syöpään liittyy systeemisen tulehdusreaktion aktivoituminen ja aineenvaihduntahäiriö, joka johtaa yleiseen näivettymiseen. Systeemisen tulehduksen on havaittu olevan yhteydessä huonoon ennusteeseen riippumatta kasvaimen levinneisyydestä. Systeemisen tulehduksen aktivaatiomekanismit ja vaikutukset paksusuolisyövässä ovat kuitenkin huonosti tunnettuja.
Tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää systeemistä tulehdusta määrittäviä tekijöitä paksusuolisyövässä. Aineisto koostui Oulun yliopistollisessa sairaalassa leikattujen paksusuolisyöpäpotilaiden (syövän levinneisyysaste I–IV) kasvain- ja seeruminäytteistä (n=336). Seeruminäytteistä mitattiin solukuolemaa osoittavan keratiini 18:n pitoisuudet, matriksin metalloproteinaasi 8 (MMP8):n määrät sekä 10 metaboliitin (apolipoproteiini A1 ja 9 aminohappoa) tasot.
Paksusuolisyöpäpotilailla, joilla systeemistä tulehdusta osoittava mGPS-indeksi oli korkea, seerumin MMP8- ja fenyylialaniinitasot olivat koholla. Sen sijaan apolipoproteiini A1:n, glutamiinin ja histidiinin pitoisuudet olivat matalammat verrattuna potilaisiin, joilla ei ollut systeemistä tulehdusta. Kohonnut keratiini 18 -pitoisuus oli yhteydessä systeemiseen tulehdukseen etäpesäkkeistä tautia sairastavilla potilailla. Kohonnut keratiini 18- ja MMP8-taso sekä matala apolipoproteiini A1-pitoisuus liittyivät potilaiden huonoon ennusteeseen.
Tutkimuksessa löydettiin systeemisen tulehduksen merkkiaineita, jotka tuovat hyödyllistä tietoa systeemisen tulehduksen mekanismeista ja potilaiden ennusteesta paksusuolisyövässä, ja ovat mahdollisia terapeuttisia kohteita. Tulosten perusteella paksusuolisyövässä solukuolema liittyy vahvasti systeemiseen tulehdukseen, mutta lisätutkimuksia tarvitaan selvittämään näiden tapahtumien mahdolliset syy-seuraussuhteet sekä tapahtumaan liittyvät kudokset
Ruokatorvisyövän merkkiaineita
No full textAbstractMediators of epithelial permeability, angiogenesis and invasion may serve as prognostic indicators and targets for therapies in esophageal cancer (EC). The expressions of claudins, hypoxia inducible factor-1α (HIF-1α), vascular endothelial growth factor-A (VEGF), nitric oxide synthases (iNOS, eNOS, nNOS) and toll-like receptor 9 (TLR9) were evaluated by immunohistochemistry in EC. The results were compared with clinicopathological variables, tumor proliferation and apoptosis. All of the claudins were expressed in most of the cancers. Esophageal adenocarcinomas (EAC) displayed more often increased claudin 3 and 5 expression than esophageal squamous cell carcinomas (ESCC). Loss of claudin 3 expression associated with distant metastases in EC and a tendency in this direction was also observed for claudin 4. Cancers with stronger claudin 4 expression showed increased apoptosis in both EAC and ESCC. HIF-1α was present in most of the ECs and like iNOS more often in ESCC than in EAC. Strong HIF-1α expression tended to associate with positive VEGF immunostaining. In ESCC, both strong HIF-1α expression and VEGF positivity tended to associate with increased microvessel density (MVD). In EAC, tumors showing VEGF positivity associated with increased MVD outside the tumor. Patients with strong HIF-1α expression had more often distant metastases than other patients in EC. There was no VEGF expression in normal esophageal mucosa and T3-4 tumors tended to be more often VEGF positive than T1-2 tumors. The expression of TLR9 was more intensive in dysplasia than in normal epithelium and ESCC and abundant TLR9 expression could serve as a marker of squamous cell high grade dysplasia. Intensive TLR9 expression was associated with higher grade tumors and the presence of nodal and distant metastases in ESCC. EC and its progression may be related to increased angiogenesis regulated by VEGF and HIF-1α. In EC, claudin expression varies along with the histology of the tumor. Claudin expression may be associated with apoptosis or proliferation and contribute to tumor behavior. An association was detected between moderate to strong expression of claudin 3 and a high TLR9 histoscore in ESCC. Altered expression of claudin 3 may result to upregulation of endosomal TLR9. TLR9 may serve as a marker for squamous cell dysplasia and ESCC progression. TiivistelmäSolukerrosten läpäisevyyttä, verisuonten uudismuodostusta ja kasvainsolujen liikkuvuutta säätelevät tekijät voivat toimia ruokatorvisyövän ennustetekijöinä ja hoidon kohteina. Tässä tutkimuksessa selvitettiin klaudiinien, hypoksia-indusoituvan tekijän 1α (HIF-1α), verisuonen endoteelin kasvutekijän A (VEGF), kolmen typpioksidisyntaasin (iNOS, eNOS ja nNOS) sekä tollin kaltaisen reseptorin 9 (TLR9) ilmentymistä ja merkitystä ruokatorvisyövässä immunohistokemiallisin menetelmin. Tuloksia arvioitiin suhteessa proliferaatioon ja apoptoosiin. Useimmat syöpäkasvaimet ilmensivät jokaista tutkittua klaudiinia. Ruokatorven rauhassyövässä ilmeni levyepiteelisyöpää useammin klaudiineja 3 ja 5. Klaudiinin 3 vähäinen ilmentyminen oli yhteydessä etäpesäkkeiseen tautiin. Sama suuntaus näkyi klaudiinin 4 kohdalla. Apoptoosia todettiin enemmän kasvaimissa, jotka ilmensivät muita enemmän klaudiini 4:ä. Useimmat syöpäkasvaimet ilmensivät HIF-1α:a. Sekä iNOS että HIF-1α ilmentyivät runsaammin levyepiteeli- kuin rauhassyövässä. Tutkimus viittasi yhteyteen voimakkaan HIF-1α:n ilmentymisen ja VEGF:n ilmentymisen välillä. Voimakas HIF-1α:n ilmentyminen ja VEGF:n ilmentyminen vaikuttivat liittyvän ruokatorven levyepiteelisyövän uudissuonituksen lisääntymiseen. Rauhassyövän lisääntynyt uudissuonitus kasvaimen ulkopuolella saattaa liittyä VEGF:n ilmentymiseen. Potilailla, joiden kasvaimissa HIF-1α:n ilmentyminen oli voimakasta, todettiin etäpesäkkeitä muita useammin. VEGF:a ei todettu normaalissa limakalvossa, ja sen ilmentyminen vaikutti olevan yleisempää syvälle kasvavissa kuin pinnallisissa syövissä. TLR9 ilmentyi voimakkaammin levyepiteelin dysplasiassa kuin normaalissa tai kasvainepiteelissä. Huonosti erilaistuvissa ja levinneissä kasvaimissa TLR9 ilmentyi voimakkaammin kuin muissa kasvaimissa. Ruokatorvisyövän synty ja eteneminen voivat liittyä HIF:n ja VEGF:n säätelemään verisuonten uudismuodostukseen. Klaudiinit saattavat vaikuttaa syövän käyttäytymiseen myös apoptoosin ja proliferaation kautta. Tutkimuksessa todettiin yhteys lisääntyneen klaudiinin 3 ilmentymisen ja voimakkaasti ilmentyvän TLR9:n välillä. Muutos klaudiinin 3 ilmentymisessä saattaa lisätä levyepiteelin läpäisevyyttä johtaen TLR9:n aktivoitumiseen. TLR9 voi vaikuttaa ruokatorven levyepiteelin dysplasian ja syövän syntyyn sekä toimia vaikean dysplasian ja aggressiivisen levyepiteelisyövän merkkiaineena. Academic dissertation to be presented with the assent of the Doctoral Training Committee of Health and Biosciences of the University of Oulu for public defence in Auditorium 1 of Oulu University Hospital, on 15 June 2012, at 12 noonAbstract
Mediators of epithelial permeability, angiogenesis and invasion may serve as prognostic indicators and targets for therapies in esophageal cancer (EC). The expressions of claudins, hypoxia inducible factor-1α (HIF-1α), vascular endothelial growth factor-A (VEGF), nitric oxide synthases (iNOS, eNOS, nNOS) and toll-like receptor 9 (TLR9) were evaluated by immunohistochemistry in EC. The results were compared with clinicopathological variables, tumor proliferation and apoptosis.
All of the claudins were expressed in most of the cancers. Esophageal adenocarcinomas (EAC) displayed more often increased claudin 3 and 5 expression than esophageal squamous cell carcinomas (ESCC). Loss of claudin 3 expression associated with distant metastases in EC and a tendency in this direction was also observed for claudin 4. Cancers with stronger claudin 4 expression showed increased apoptosis in both EAC and ESCC.
HIF-1α was present in most of the ECs and like iNOS more often in ESCC than in EAC. Strong HIF-1α expression tended to associate with positive VEGF immunostaining. In ESCC, both strong HIF-1α expression and VEGF positivity tended to associate with increased microvessel density (MVD). In EAC, tumors showing VEGF positivity associated with increased MVD outside the tumor. Patients with strong HIF-1α expression had more often distant metastases than other patients in EC. There was no VEGF expression in normal esophageal mucosa and T3-4 tumors tended to be more often VEGF positive than T1-2 tumors.
The expression of TLR9 was more intensive in dysplasia than in normal epithelium and ESCC and abundant TLR9 expression could serve as a marker of squamous cell high grade dysplasia. Intensive TLR9 expression was associated with higher grade tumors and the presence of nodal and distant metastases in ESCC.
EC and its progression may be related to increased angiogenesis regulated by VEGF and HIF-1α. In EC, claudin expression varies along with the histology of the tumor. Claudin expression may be associated with apoptosis or proliferation and contribute to tumor behavior. An association was detected between moderate to strong expression of claudin 3 and a high TLR9 histoscore in ESCC. Altered expression of claudin 3 may result to upregulation of endosomal TLR9. TLR9 may serve as a marker for squamous cell dysplasia and ESCC progression.Tiivistelmä
Solukerrosten läpäisevyyttä, verisuonten uudismuodostusta ja kasvainsolujen liikkuvuutta säätelevät tekijät voivat toimia ruokatorvisyövän ennustetekijöinä ja hoidon kohteina. Tässä tutkimuksessa selvitettiin klaudiinien, hypoksia-indusoituvan tekijän 1α (HIF-1α), verisuonen endoteelin kasvutekijän A (VEGF), kolmen typpioksidisyntaasin (iNOS, eNOS ja nNOS) sekä tollin kaltaisen reseptorin 9 (TLR9) ilmentymistä ja merkitystä ruokatorvisyövässä immunohistokemiallisin menetelmin. Tuloksia arvioitiin suhteessa proliferaatioon ja apoptoosiin.
Useimmat syöpäkasvaimet ilmensivät jokaista tutkittua klaudiinia. Ruokatorven rauhassyövässä ilmeni levyepiteelisyöpää useammin klaudiineja 3 ja 5. Klaudiinin 3 vähäinen ilmentyminen oli yhteydessä etäpesäkkeiseen tautiin. Sama suuntaus näkyi klaudiinin 4 kohdalla. Apoptoosia todettiin enemmän kasvaimissa, jotka ilmensivät muita enemmän klaudiini 4:ä.
Useimmat syöpäkasvaimet ilmensivät HIF-1α:a. Sekä iNOS että HIF-1α ilmentyivät runsaammin levyepiteeli- kuin rauhassyövässä. Tutkimus viittasi yhteyteen voimakkaan HIF-1α:n ilmentymisen ja VEGF:n ilmentymisen välillä. Voimakas HIF-1α:n ilmentyminen ja VEGF:n ilmentyminen vaikuttivat liittyvän ruokatorven levyepiteelisyövän uudissuonituksen lisääntymiseen. Rauhassyövän lisääntynyt uudissuonitus kasvaimen ulkopuolella saattaa liittyä VEGF:n ilmentymiseen. Potilailla, joiden kasvaimissa HIF-1α:n ilmentyminen oli voimakasta, todettiin etäpesäkkeitä muita useammin. VEGF:a ei todettu normaalissa limakalvossa, ja sen ilmentyminen vaikutti olevan yleisempää syvälle kasvavissa kuin pinnallisissa syövissä.
TLR9 ilmentyi voimakkaammin levyepiteelin dysplasiassa kuin normaalissa tai kasvainepiteelissä. Huonosti erilaistuvissa ja levinneissä kasvaimissa TLR9 ilmentyi voimakkaammin kuin muissa kasvaimissa.
Ruokatorvisyövän synty ja eteneminen voivat liittyä HIF:n ja VEGF:n säätelemään verisuonten uudismuodostukseen. Klaudiinit saattavat vaikuttaa syövän käyttäytymiseen myös apoptoosin ja proliferaation kautta. Tutkimuksessa todettiin yhteys lisääntyneen klaudiinin 3 ilmentymisen ja voimakkaasti ilmentyvän TLR9:n välillä. Muutos klaudiinin 3 ilmentymisessä saattaa lisätä levyepiteelin läpäisevyyttä johtaen TLR9:n aktivoitumiseen. TLR9 voi vaikuttaa ruokatorven levyepiteelin dysplasian ja syövän syntyyn sekä toimia vaikean dysplasian ja aggressiivisen levyepiteelisyövän merkkiaineena
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
Hepatosellulaarisen karsinooman kehittyvä hoito ja biomerkkiaineet
No full textAbstractHepatocellular carcinoma (HCC) is the fourth most common cause of cancer-related death worldwide. Overall prognosis for survival in HCC is poor. Risk factors for HCC include hepatitis viruses, especially in Eastern countries. In Western countries, heavy alcohol consumption and metabolic liver disease are major causes of liver cirrhosis and cancer. The detection of HCC is challenging because the symptoms often appear at later stages of the cancer. The tumoral microenvironment plays an important role in tumor progression, growth and metastasis. Tumor budding, defined as a single tumor cell or a cell cluster of up to four tumor cells at the invasive front of carcinomas, is associated with poor prognosis in several cancer types. Tumor-Stroma Ratio (TSR) is defined as the percentage of tumor cell component relative to the surrounding stroma. Low TSR (high proportion of stroma) in tumor tissue has been recognized as an important factor for tumor prognosis in gastric cancer, breast cancer, lung cancer and esophageal cancer, for example. Toll-like receptors (TLRs) are innate immunity receptors that are involved in bacterial and viral recognition but also have a role in diverse vital functions, adaptive immunity, and carcinogenesis.This thesis examined the treatment trends and results of HCC patients treated in Oulu University hospital in 1983–2018. Tumor-Stroma ratio and tumor budding were examined from Hematoxylin and Eosin-stained (HE) histological samples that were originally used for diagnostic purposes. The prognostic value of tumor budding, TSR, TLR2, TLR4, TLR5 and TLR8 staining in HCC was evaluated. Based on our study on the Northern Finland population, the rate of surgical treatment has decreased significantly since the introduction of local treatments and TACE. Compared to other treatments, the surgical resection of HCC has an acceptable complication rate and best long-term survival. We observed that tumor budding, TLR4 and TLR5 are independent factors of poor prognosis in HCC. According to our study, tumor budding is a prognostic factor that can be reliably replicated and routinely analyzed from HE-stained slides. TLR4 and TLR5 are possible therapeutic targets in the future.Original papersOriginal papers are not included in the electronic version of the dissertation.Kairaluoma, V., Karjalainen, M., Pohjanen, V-M., Saarnio, J., Niemelä, J., Huhta, H.,
& Helminen, O. (2021). Treatment trends and outcomes of hepatocellular carcinoma in a single center for 35 years [JB]. Minerva Surgery, 76(3). https://doi.org/10.23736/S2724-5691.21.08426-1Self-archived versionKairaluoma, V., Kemi, N., Pohjanen, V.-M., Saarnio, J., & Helminen, O. (2020). Tumour budding and tumour–stroma ratio in hepatocellular carcinoma. British Journal of Cancer, 123(1), 38–45. https://doi.org/10.1038/s41416-020-0847-1Self-archived versionKairaluoma, V., Kemi, N., Huhta, H., Pohjanen, V.-M., & Helminen, O. (2021). Prognostic role of TLR4 and TLR2 in hepatocellular carcinoma. Acta Oncologica, 60(4), 554–558. https://doi.org/10.1080/0284186x.2021.1877346Self-archived versionKairaluoma, V., Kemi, N., Huhta, H., Pohjanen, V., & Helminen, O. (2021). Toll‐like receptor 5 and 8 in hepatocellular carcinoma. APMIS. https://doi.org/10.1111/apm.13142Self-archived versionTiivistelmäHepatosellulaarinen karsinooma (HCC) on maailmanlaajuisesti neljänneksi yleisin syöpäkuolemien syy. HCC-potilaiden ennuste on huono. Suurimpiin riskitekijöihin kuuluvat etenkin itäisissä maissa hepatiittivirukset, kun taas länsimaissa suurimpina riskeinä ovat runsas alkoholin käyttö ja maksan rasvoittuminen, jotka voivat johtaa maksakirroosiin ja syöpään. HCC:n havaitseminen on haasteellista, koska syöpä ei aiheuta juurikaan oireita, kuin vasta taudin myöhäisvaiheissa.Syövän mikroympäristö ja sitä ympäröivä sidekudos (strooma) ovat tärkeässä roolissa syövän koon kehityksessä, kasvussa ja metastasoinnissa. Kasvaimen silmuilu (tumor budding) määritellään laskemalla tuumorisilmut (tumor buds). Tuumorisilmu on yhdestä neljään syöpäsolua kattava solurypäs syövän invasiivisella alueella. Tuumorisilmujen esiintymisen on havaittu olevan huonon ennusteen merkki useissa eri syövissä. Kasvain-stroomasuhde (Tumor-Stroma Ratio, TSR) on tuumorin syöpäsolukomponentin prosenttiosuus verrattuna ympäröivän strooman määrään. Matalan kasvain-stroomasuhteen (korkean stroomaosuuden) on havaittu olevan huonon ennusteen merkki esimerkiksi maha-, rinta-, keuhko- ja ruokatorvisyövässä. Tollin kaltaiset reseptorit (TLR:t) toimivat osana luontaista immuniteettia tunnistaen virusten ja bakteerien osia, mutta niillä on havaittu olevan rooli myös muissa elimistön tapahtumissa, kuten hankinnaisessa immuniteetissa ja karsinogeneesissä.Tämä väitöstutkimus kuvaa OYS:ssa hoidettujen HCC-potilaiden hoidon muuttumisen ja tulokset vuosilta 1983–2018. Väitöstutkimuksessa tutkitaan alun perin diagnostisiin tarkoituksiin kerätyistä hematoksyliini-eosiini- värjätyistä näytteistä tuumorisilmujen määrä ja kasvain-stroomasuhde sekä niiden merkitys HCC-potilaan ennusteelle. Väitöstutkimuksessa analysoidaan myös TLR2:n, TLR4:n, TLR5:n ja TLR8:n esiintyminen ja värjäytyminen maksasyöpäsoluissa ja niiden merkitys HCC-potilaiden ennusteelle. Tuloksemme osoittavat, että kirurgiset hoidot ovat vähentyneet paikallisten hoitojen ja transarteriaalisen kemoembolisaation (TACE) käyttöönoton myötä. Maksaresektio on HCC-potilaan pitkäaikaisen ennusteen kannalta paras hoitomuoto muihin hoitoihin verrattuna, ja komplikaatioiden määrä on hyväksyttävällä tasolla. Lisäksi osoitamme, että hepatosellulaarisessa karsinoomassa kasvaimen silmuilu, TLR4 ja TLR5 ovat itsenäisesti ennusteellisia tekijöitä ja niiden esiintyminen korreloi potilaiden huonompaan ennusteeseen. Tutkimustulostemme mukaan kasvaimen silmuilu on luotettavasti kudosnäytteistä havaittava ennustetekijä ja TLR4 ja TLR5 ovat mahdollisia terapeuttisia kohteita hepatosellulaarisessa karsinoomassa.OsajulkaisutOsajulkaisut eivät sisälly väitöskirjan elektroniseen versioon.Kairaluoma, V., Karjalainen, M., Pohjanen, V-M., Saarnio, J., Niemelä, J., Huhta, H.,
& Helminen, O. (2021). Treatment trends and outcomes of hepatocellular carcinoma in a single center for 35 years [JB]. Minerva Surgery, 76(3). https://doi.org/10.23736/S2724-5691.21.08426-1Rinnakkaistallennettu versioKairaluoma, V., Kemi, N., Pohjanen, V.-M., Saarnio, J., & Helminen, O. (2020). Tumour budding and tumour–stroma ratio in hepatocellular carcinoma. British Journal of Cancer, 123(1), 38–45. https://doi.org/10.1038/s41416-020-0847-1Rinnakkaistallennettu versioKairaluoma, V., Kemi, N., Huhta, H., Pohjanen, V.-M., & Helminen, O. (2021). Prognostic role of TLR4 and TLR2 in hepatocellular carcinoma. Acta Oncologica, 60(4), 554–558. https://doi.org/10.1080/0284186x.2021.1877346Rinnakkaistallennettu versioKairaluoma, V., Kemi, N., Huhta, H., Pohjanen, V., & Helminen, O. (2021). Toll‐like receptor 5 and 8 in hepatocellular carcinoma. APMIS. https://doi.org/10.1111/apm.13142Rinnakkaistallennettu versioAcademic Dissertation to be presented with the assent of the Doctoral Training Committee of Health and Biosciences of the University of Oulu for public defence in Auditorium 1 and 2 of Oulu University Hospital (Kajaanintie 50), on 10 September 2021, at 12 noonAbstract
Hepatocellular carcinoma (HCC) is the fourth most common cause of cancer-related death worldwide. Overall prognosis for survival in HCC is poor. Risk factors for HCC include hepatitis viruses, especially in Eastern countries. In Western countries, heavy alcohol consumption and metabolic liver disease are major causes of liver cirrhosis and cancer. The detection of HCC is challenging because the symptoms often appear at later stages of the cancer. The tumoral microenvironment plays an important role in tumor progression, growth and metastasis. Tumor budding, defined as a single tumor cell or a cell cluster of up to four tumor cells at the invasive front of carcinomas, is associated with poor prognosis in several cancer types. Tumor-Stroma Ratio (TSR) is defined as the percentage of tumor cell component relative to the surrounding stroma. Low TSR (high proportion of stroma) in tumor tissue has been recognized as an important factor for tumor prognosis in gastric cancer, breast cancer, lung cancer and esophageal cancer, for example. Toll-like receptors (TLRs) are innate immunity receptors that are involved in bacterial and viral recognition but also have a role in diverse vital functions, adaptive immunity, and carcinogenesis.
This thesis examined the treatment trends and results of HCC patients treated in Oulu University hospital in 1983–2018. Tumor-Stroma ratio and tumor budding were examined from Hematoxylin and Eosin-stained (HE) histological samples that were originally used for diagnostic purposes. The prognostic value of tumor budding, TSR, TLR2, TLR4, TLR5 and TLR8 staining in HCC was evaluated. Based on our study on the Northern Finland population, the rate of surgical treatment has decreased significantly since the introduction of local treatments and TACE. Compared to other treatments, the surgical resection of HCC has an acceptable complication rate and best long-term survival. We observed that tumor budding, TLR4 and TLR5 are independent factors of poor prognosis in HCC. According to our study, tumor budding is a prognostic factor that can be reliably replicated and routinely analyzed from HE-stained slides. TLR4 and TLR5 are possible therapeutic targets in the future.Tiivistelmä
Hepatosellulaarinen karsinooma (HCC) on maailmanlaajuisesti neljänneksi yleisin syöpäkuolemien syy. HCC-potilaiden ennuste on huono. Suurimpiin riskitekijöihin kuuluvat etenkin itäisissä maissa hepatiittivirukset, kun taas länsimaissa suurimpina riskeinä ovat runsas alkoholin käyttö ja maksan rasvoittuminen, jotka voivat johtaa maksakirroosiin ja syöpään. HCC:n havaitseminen on haasteellista, koska syöpä ei aiheuta juurikaan oireita, kuin vasta taudin myöhäisvaiheissa.
Syövän mikroympäristö ja sitä ympäröivä sidekudos (strooma) ovat tärkeässä roolissa syövän koon kehityksessä, kasvussa ja metastasoinnissa. Kasvaimen silmuilu (tumor budding) määritellään laskemalla tuumorisilmut (tumor buds). Tuumorisilmu on yhdestä neljään syöpäsolua kattava solurypäs syövän invasiivisella alueella. Tuumorisilmujen esiintymisen on havaittu olevan huonon ennusteen merkki useissa eri syövissä. Kasvain-stroomasuhde (Tumor-Stroma Ratio, TSR) on tuumorin syöpäsolukomponentin prosenttiosuus verrattuna ympäröivän strooman määrään. Matalan kasvain-stroomasuhteen (korkean stroomaosuuden) on havaittu olevan huonon ennusteen merkki esimerkiksi maha-, rinta-, keuhko- ja ruokatorvisyövässä. Tollin kaltaiset reseptorit (TLR:t) toimivat osana luontaista immuniteettia tunnistaen virusten ja bakteerien osia, mutta niillä on havaittu olevan rooli myös muissa elimistön tapahtumissa, kuten hankinnaisessa immuniteetissa ja karsinogeneesissä.
Tämä väitöstutkimus kuvaa OYS:ssa hoidettujen HCC-potilaiden hoidon muuttumisen ja tulokset vuosilta 1983–2018. Väitöstutkimuksessa tutkitaan alun perin diagnostisiin tarkoituksiin kerätyistä hematoksyliini-eosiini- värjätyistä näytteistä tuumorisilmujen määrä ja kasvain-stroomasuhde sekä niiden merkitys HCC-potilaan ennusteelle. Väitöstutkimuksessa analysoidaan myös TLR2:n, TLR4:n, TLR5:n ja TLR8:n esiintyminen ja värjäytyminen maksasyöpäsoluissa ja niiden merkitys HCC-potilaiden ennusteelle. Tuloksemme osoittavat, että kirurgiset hoidot ovat vähentyneet paikallisten hoitojen ja transarteriaalisen kemoembolisaation (TACE) käyttöönoton myötä. Maksaresektio on HCC-potilaan pitkäaikaisen ennusteen kannalta paras hoitomuoto muihin hoitoihin verrattuna, ja komplikaatioiden määrä on hyväksyttävällä tasolla. Lisäksi osoitamme, että hepatosellulaarisessa karsinoomassa kasvaimen silmuilu, TLR4 ja TLR5 ovat itsenäisesti ennusteellisia tekijöitä ja niiden esiintyminen korreloi potilaiden huonompaan ennusteeseen. Tutkimustulostemme mukaan kasvaimen silmuilu on luotettavasti kudosnäytteistä havaittava ennustetekijä ja TLR4 ja TLR5 ovat mahdollisia terapeuttisia kohteita hepatosellulaarisessa karsinoomassa
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
- …
