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Modeling the spatio-temporal distribution of waterbirds in Camargue : a tool for management
No full textDe nombreux programmes de suivis utilisent des données de comptage pour quantifier et prévoir les tendances temporelles et spatiales d’évolution des estimations d’abondance. L’objectif principal est d’identifier les espèces nécessitant le plus d'attention en matière de conservation et de gestion. Les méthodes de comptage sont rarement en mesure de fournir des tailles de population absolues, poussant à recourir à l’échantillonnage de la population concernée. Par définition, les données collectées dans tout protocole d’échantillonnage présentent des biais, il est donc important d’évaluer l’influence des biais de comptage sur la compréhension de la dynamique spatio-temporelle de la faune sauvage.À travers cette thèse, nous avons étudié l’influence des biais de comptage (erreur d’estimation des groupes et détection imparfaite des individus) sur les estimations d’abondance d’espèces grégaires et pris en compte ces biais pour modéliser les évolutions de répartition spatial au cours du temps. Pour cela, nous avons utilisé une série de données exceptionnelle, de par sa couverture spatiale et temporelle, de comptages d’oiseaux d’eau en Camargue, au sud de la France. Cette thèse s’articule autour de 2 sections.La première section visait à mieux comprendre le processus d’observation qui génère les données de comptages. Cette recherche méthodologique a porté sur l'amélioration de la collecte des données afin de réduire les biais et/ou d'accroître la précision des estimations d’abondance, et sur le développement de méthodes statistiques capables de prendre en compte les biais ou l'incertitude des données collectées.Le premier article de cette section a montré à quel point il est important de considérer et minimiser les changements d’observateurs dans le temps lorsque l’on souhaite évaluer les tendances d’espèces grégaires, compte tenu de l'erreur d'estimation de la taille des groupes.Dans le deuxième article, nous avons développé un modèle combinant des données de comptage de sources différentes (aérienne et terrestre) afin de prendre en compte la détection imparfaite des individus tout en considérant les surestimations (double comptage, erreur d’identification) qui peuvent survenir durant les comptages.Le troisième article a révélé que la mise en place d’une méthode d’échantillonnage par distance de détection est réaliste d’un point de vue à la fois statistique et économique pour des espèces grégaires caractérisées par une forte hétérogénéité spatiale dans la distribution des groupes.Sur la base de cette première section, la seconde section de cette thèse visait à mieux comprendre les mécanismes écologiques d'évolution temporels et spatiaux de l’abondance de la Sarcelle d’hiver (Anas crecca) dans le delta de Camargue.Le quatrième article applique les modèles développés ci-avant pour montrer que des changements rapides (d’une saison d’hivernage à une autre) dans la gestion hydraulique d’une unité fonctionnelle (remise diurne et zones de gagnages nocturnes à proximité) influencent directement les variations annuelles des effectifs de Sarcelles d’hiver sur la remise.Le cinquième article a montré que l'arrêt de plus en plus précoce de la chasse au cours des 50 dernières années a conduit à une plus grande utilisation de la région par la Sarcelle en début de printemps.Les résultats obtenus en termes de compréhension des méthodes de comptage, de l’écologie des anatidés et de réflexion sur l’évolution des pratiques de gestion des zones humides pourront être mobilisés à l’échelle nationale et internationale pour mieux gérer les espèces grégaires, leurs habitats et la biodiversité associée.Monitoring programmes often use count data to quantify and predict the temporal and spatial patterns of abundance estimates, in order to identify the species most in need of conservation and management actions. Counting methods are rarely able to obtain absolute population sizes, so that one must resort to sampling the population of interest. By definition, the data collected in any sampling protocol is biased, so it is important to assess the influence of counting biases on the understanding of the spatio-temporal dynamics of wildlife populations.In this thesis, we studied the influence of counting biases (group estimation error and imperfect detection of individuals) on abundance estimates of gregarious species and we considered these biases when modelling spatial distribution changes over time. For this purpose, we used exceptional long-term waterbird count data from the Camargue, southern France. This thesis is divided into two sections.The first section aimed to better understand the observation process that generates count data. This methodological research focuses on improving data collection in order to reduce bias and/or increase the precision of abundance estimates, and on developing statistical methods capable of accounting for bias or uncertainty in the data collected.The first paper in this section warns on the importance of minimising changes in observers over time when estimating trends in gregarious species, given the error in estimating group size.In the second paper we developed a model combining count data from different sources (aerial and terrestrial) in order to account for the imperfect detection of individuals while considering overestimation (double counting, species identification error) that can occur in counts of gregarious species.The third paper revealed that the implementation of a detection distance sampling method is realistic on both statistical and economic grounds for gregarious species characterised by high spatial heterogeneity in group distribution.Based on this first section, the second section of this thesis aimed to better understand the ecological mechanisms of temporal and spatial evolution of Teal (Anas crecca) abundance in the Camargue delta.The fourth paper applied developed model presented before to show that rapid changes (from one wintering season to another) in the hydraulic management of a functional unit (diurnal day-roost and nearby nocturnal foraging areas) directly influence annual variations in the numbers of Teal on the day-roost, provide precise recommendations to land managers.The fifth paper showed that the increasingly early termination of the hunting season over the last 50 years led to a greater use of the area by the Teal during early spring.Overall, the results obtained in terms of understanding of counting methods, wildfowl ecology and reflection on possible changes in wetland management practices can be mobilised on a national and international scale to better care for gregarious species, their habitats and associated biodiversity
Consequences of massive bird releases for hunting purposes, the Mallard Anas platyrhynchos
No full textLe renforcement des populations naturelles exploitées par des individus captifs est rarement évalué, bien qu'il puisse induire des modifications notables sur la population naturelle à de nombreux niveaux : démographie, comportement, morphologie, génétique, pathogènes. Ce travail de thèse concerne les introductions de canards colverts Anas platyrhynchos réalisées à des fins cynégétiques. Cette pratique est très répandue en Europe, depuis plus de trente ans. Du fait de leur domestication en élevage, les canards lâchés subissent une mortalité naturelle très forte comparée aux oiseaux sauvages, à laquelle s'ajoute une plus grande vulnérabilité à la chasse. Une différenciation génétique marquée permet de discriminer les oiseaux lâchés de leurs congénères sauvages. Des croisements entre les deux groupes sont détectés, mais l'introgression reste limitée. Globalement, la contribution démographique et génétique des individus d'élevage à la population sauvage est faible, même si une modification morphologique attribuable aux lâchers a été constatée dans la population sauvage en trente ans. Les conséquences écologiques pour la population réceptrice semblent donc limitées, mais une vigilance continue doit s'exercer concernant la diffusion de pathogènes (forte prévalence occasionnelle de virus Influenza A dans les élevages) et les risques génétiques associés au renforcement sur le long terme.The consequences of releasing captive-reared game animals into the wild have received little attention, despite their potential impact for receiving populations in terms of demography, behaviour, morphometrics, genetics and pathogens. The present study considers Mallards Anas platyrhynchos released for hunting purposes, an increasing practice in Europe over the last 30 years. Because of domestication process in game farm facilities, our study shows high natural mortality of these ducks once released compared to wild Mallards, in addition to high vulnerability to hunting. A clear genetic differentiation allows discrimination of released and wild Mallards. Hybridization with wild Mallards exists, but did not result into significant introgression. Generally, genetic as well as demographic contributions of captive-bred birds to the natural population were low, but a morphological modification associated with releases was recorded over 30 years in natural population. Ecological consequences of the releases for the wild population seem to be limited, but caution should be maintained on the possible transmission of pathogens (occasionally high prevalence of avian Influenza A in some breeding facilities) and the genetic risks associated with long-term releases
Demography of exploited populations : the case of the Common Pochard (Aythya ferina) in Palearctic
No full textLe fuligule milouin (Aythya ferina) est une espèce de canard plongeur répandue dans l’ensemble du Paléarctique. Montrant des signes de déclin de ses effectifs nicheurs en Europe depuis les années 2000, son statut de conservation IUCN a été réévalué de « Préoccupation Mineure » à « Vulnérable ». Etant une espèce chassée, la question du maintien de ces prélèvements cynégétiques est légitime. L’objectif de ce travail de thèse est donc de comprendre son fonctionnement démographique et les mécanismes sous-jacents à sa dynamique de population, pour proposer des mesures de gestion et de conservation. Pour cela, nous nous sommes attachés à estimer la tendance de ce déclin sur sa voie de migration nord-ouest européenne à partir des données de recensements de la mi-janvier. Puis, nous avons étudié la connectivité migratoire de cette voie de migration avec les autres voies préssuposées, afin de mieux comprendre l’origine de ce déclin. Enfin, nous avons estimé deux paramètres démographiques clés, la survie et le succès de nidification, pour les intégrer dans un cadre matriciel permettant d’estimer un taux de croissance asymptotique et comprendre quels sont les paramètres démographiques clés sur lesquels doivent reposer les actions de gestion. Il ressort de ce travail de thèse que le déclin du fuligule milouin est probalement dû surtout à une diminution de sa productivité en Europe de l’Est et en Russie. Le contrôle et la gestion de la productivité par l’Homme étant limités, uniquement des travaux de gestion autour des habitats liés à la nidification sont envisageables. Ces travaux pourraient être facilement menés en Europe mais beaucoup plus difficilement en Sibérie, principale aire de reproduction des milouins caractérisée par une vaste superficie et un fort isolement. Les taux de survie des oiseaux bagués en France sont plus faibles que pour les oiseaux bagués dans d’autres pays, potentiellement du fait d’une pression de chasse plus élevée. Amener le taux de survie en France au même niveau que dans les pays voisins (Suisse et Grande-Bretagne), par une modification de la réglementation sur la chasse, serait de nature à ramener le taux de croissance à l’équilibre. La mise en place de la gestion adaptative pourrait faciliter les objectifs de conservation fixés en adaptant annuellement ces prélèvements aux effectifs présents et aux connaissances dont on dispose.The Common Pochard (Aythya ferina) is a regular diving duck species in the western Palearctic. However, a worrisome decline of its wintering population led to an up-listed IUCN status from “Least Concern” to “Vulnerable”. This species is still hunted in Europe despite this decline. Hence, one may wonder about the sustainability of its harvest. The aim of this work was to understand the population dynamics of this species, and the drivers of these mechanisms. For this purpose, we assessed the declining trend in northwestern Europe using the mid-january censuses. Then, we studied the migratory connectivity with the two others flyways, in order to better understand the origin of the decline. Finally, we assessed two main demographic parameters (survival rate and nesting success) and combined these into a matrix population model. This model allowed us to assess an asymptotic growth rate and to determine the key demographic parameters on which management actions should focus. The main results of this thesis indicate that the decrease in productivty in Europe and in Russia could have been the main reason of the decline. However, given the limited human action to improve Pochard productivity, only breeding habitat improvement could be considered. Such improvements could be easily considered in Europe, but not in Siberia, the main breeding region characterized by a large area and a strong geographic isolation. Survival rates were lower in France than in neighbouring countries, possibly owing to a greater hunting pressure. A more moderate hunting pressure could lead to higher survival rates, and a balanced growth rate. Setting up an adaptative harvest management scheme could help reaching defined management goals, by annually adapting hunting quotas to current knowledge and assessment of Pochard population size
The use of rice fields by wintering ducks : towards mutual benefits for ducks and farmers
No full textLes rizières constituent des habitats favorables pour les oiseaux d’eau, en particulier en tant que halte migratoire, zone de reproduction ou site d’alimentation hivernal. Dans ce dernier cas, la disponibilité des ressources alimentaires (grains de riz non ramassés, graines d’adventices ou invertébrés) semble être fortement influencée par les pratiques culturales post-récolte. Ce projet vise à tester des pratiques post-récolte alternatives au brûlage-labour traditionnellement mis en place en Camargue afin de mesurer les conséquences en termes de disponibilité de nourriture et de fréquentation des parcelles par les canards hivernants. Différents traitements post-récolte (inondation, brûlage, labour, disquage et leurs combinaisons) ont été testés. Nous avons réalisé un suivi de la quantité de graines (riz, adventices) disponibles au cours du temps, depuis la récolte en Septembre-Octobre jusqu'en Mars ainsi qu’un suivi de l'usage des parcelles par les canards pendant la journée et pendant la nuit. En parallèle, nous avons étudié les bénéfices agronomiques potentiels de certaines pratiques en interculure et nous avons cherché à identifier une solution mutuellement bénéfique, répondant aux besoins d’habitat d'hivernage des canards et à ceux des riziculteurs, le tout à moindre coût.Rice fields provide foraging habitat to waterfowl during migration, breeding and wintering seasons. In the latter case, food availability (waste rice, weed seeds or invertebrates) seems to be strongly influenced by post-harvest agricultural practices. This project aims at testing alternative post-harvest practices to the traditional burning-mowing in the Camargue in order to assess their consequences in terms of food availability and field use by wintering ducks. Different post-harvest treatments (flooding, burning, mowing, disking and their combinations) were conducted. The amount of seeds (rice + weeds) available through time was assessed, from harvest in Sept-Oct until March, and duck use of these fields during the day and during the night was simultaneously monitored. In parallel, we studied potential agronomic benefit of specific post harvest practices and we searched a mutually beneficial solution that provides needed wintering ducks habitat and is acceptable to rice farmers with limited costs
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Conspecific brood parasitism: a case study on the common pochard and the barn swallow
No full textPresented thesis is mainly concerned with the conspecific brood parasitism (CBP) in birds. CBP is an alternative reproductive strategy when a parasitic female lay egg or eggs to other (host) female's nest of the same species. Then the parasitic female leaves the host's nest and does not provide any energetic investment in a subsequent parental care. Distinguish parasitic eggs or young is problematic because there are no obvious morphological differences. Thus, the use of molecular method is crucial for proper determination of CBP. CBP can be used as 'a best-of-bad-job' when female does not have her own nest or lost her nest for example through predation. Other option is that female can increase her fecundity ('fecundity enhancement' hypothesis) when she lay parasitic egg/eggs and care about her own clutch afterward. Two different model species were studied. The first one was a precocial diving duck - the common pochard (Aythya ferina; Anseriformes; Anatidae). Protein fingerprinting was used for detection of CBP and for distinguishing between eggs of individual females. It was found that the rate of CBP was relatively high in this species (91%, 72%; Chapter 1, 4). Further results indicated that the host clutch size decreased with the number of parasitic eggs in the clutch. The study of individual..
Colonization of heterogeneous aquatic ecosystems, by a herbivorous waterbird : the Mute swan (Cygnus olor) on Dombes fishponds
No full textDans certains cas, la colonisation des zones humides par les espèces animales et végétales peut être une menace majeure pour la biodiversité. Il est donc primordial de mieux connaître l'écologie des espèces colonisatrices pour définir leurs relations avec le reste de l'écosystème. Nous avons étudié les conséquences de la colonisation relativement récente des étangs piscicoles français par le cygne tuberculé (Cygnus olor). Nous nous sommes intéressés à l'expression de cette colonisation dans l'espace par l'étude des processus de sélection de l'habitat. Nos résultats montrent que dans un paysage d'étangs, la répartition des cygnes tuberculés dépend à la fois de la configuration spatiale des étangs (aire isolement), des ressources disponibles et du statut de reproduction des cygnes tuberculés. Nous avons ensuite étudié les interactions entre le cygne tuberculé et les communautés animales et végétales des étangs. Sur les sites de cantonnement des couples, nous n'avons pas montré d'effet de la présence des cygnes tuberculés sur l'abondance des oiseaux d'eau, et aucune forme d'exclusion spatiale à l'échelle de l'étang. En revanche, les cygnes tuberculés peuvent générer une déplétion significative des herbiers de macrophytes aquatiques, suggérant des effets en cascade sur les autres communautés des étangs piscicoles. Comme toute perturbation générée par une espèce colonisatrice, celle associée à l'arrivée des cygnes doit néanmoins être replacée dans le contexte plus large des régimes de perturbations à l'oeuvre sur l'écosystème, ce qui importe particulièrement dans le cas d'écosystèmes aussi dépendants de l'activité humaine que les étangs piscicoles.In some cases, wetland colonization by animals and plants may be a major threat to biodiversity. It is therefore crucial to better understand the ecology of colonizing species to assess their relationships with the other elements of ecosystems. We studied the consequences of the relatively recent colonization of French fishponds by mute swan (Cygnus olor). We especially considered how such colonization now translates into space, through the analysis of habitat selection processes. Our results show that swan distribution within a fishpond landscape depends on fishpond spatial configuration (area isolation), available resources as well as mute swan breeding status. We then analysed the relationships between mute swan and fishpond animal and plant communities. Where swan pair settle, we do not demonstrate any effect of swan presence on the abundance of other waterbirds, nor any spatial exclusion within fishponds. Conversely, mute swans can signif icantly deplete aquatic macrophyte beds, suggesting cascade effects on other fishpond communities are possible. Like any perturbation caused by a colonizing species, that associated with swan arrival however has to be considered in the broader context of perturbation regimes onto the ecosystem. This is especially crucial in ecosystems like fishponds, that are so much dependent upon human activity
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