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Aislamiento y caracterización de bacterias antárticas capaces de metabolizar fenantreno en presencia de metales pesados
Get PDFLa Antártica es el continente más austral de la tierra, contiene cerca del 80% de las reservas de agua dulce del planeta y presenta una serie de condiciones extremas, como bajas temperaturas y alta radiación ultravioleta. A pesar de esto, el hombre ha sido capaz de sobrevivir en la región y realizar actividades científicas y de explotación durante más de 80 años. Como consecuencia, las distintas zonas habitadas han sufrido contaminación, principalmente asociada a diesel. Este compuesto es nocivo, ya que presenta una gran cantidad de moléculas orgánicas como hidrocarburos aromáticos policíclicos (HAPs) y compuestos inorgánicos como metales pesados (Cd, Cr y Pb). La descontaminación de HAPs se puede llevar a cabo mediante procesos físicos, químicos y biológicos. Los procesos biológicos representan una opción ecológica, económica y segura, que involucra una menor alteración de los suelos y en consecuencia constituye una excelente alternativa para la descontaminación del territorio Antártico. A la fecha, se ha reportado un gran número de bacterias capaces de degradar HAPs. Sin embargo, debido al Tratado Antártico no está permitido ingresar microorganismos o ADN foráneo al continente, por lo que se hace vital encontrar bacterias nativas que puedan ser usadas en la biorremediación de diesel en Antártica. Debido a su mayor solubilidad en agua, menor toxicidad para el humano y similitud estructural con otros HAPs, el compuesto que se utiliza como modelo para aislar y estudiar microorganismos degradadores de HAPs es el fenantreno.
En base a lo expuesto, se planteó la hipótesis: “La presencia de hidrocarburos aromáticos policíclicos y metales pesados en suelos antárticos ha favorecido el desarrollo de bacterias degradadoras de fenantreno resistentes a metales”. El objetivo general de este trabajo fue aislar y caracterizar bacterias antárticas resistentes a metales pesados (Cd, Cr y Pb) y evaluar su capacidad de metabolizar fenantreno. Para esto se utilizó muestras de suelo antártico obtenido de distintas zonas expuestas y no expuestas a diesel, las cuales fueron caracterizadas química y biológicamente. Además, se aisló y caracterizó bacterias degradadoras de fenantreno resistentes a metales y se estudiaron los procesos asociados a la degradación de fenantreno.
Durante este trabajo de tesis se utilizó muestras de suelo obtenidas de la 49° Expedición Científica Antártico (ECA 49°): 4 muestras de suelos no expuestos a diesel (A0, B4, C3 y C8) y 4 muestras de suelos expuestos a diesel (D3, D4, E2 y E4). El análisis del suelo determinó la presencia de HAPs en los suelos expuestos a diesel, en promedio 1000 veces más concentrado que en los suelos sin exposición. Además, en los suelos D3 y D4 (suelos expuestos a diesel) se observó una mayor concentración de cadmio y plomo total en comparación a todas las muestras, sobre los 30 y 600 mg Kg-1, respectivamente. Respecto a la caracterización biológica, el suelo expuesto a diesel D4 presentó mayor actividad biológica y número de heterótrofos, relacionado directamente al contenido de HAP (el suelo D4 presentó la mayor concentración del hidrocarburo, ̴ 30 mg Kg-1).
De los 8 suelos se aisló 350 microorganismos, de los cuales 53 fueron capaces de degradar fenantreno. Mediante un screening desarrollado durante esta tesis basado en espectroscopía de fluorescencia total asociada a calibración multivariada, se seleccionó 3 aislados por su alto nivel de degradación. Estos microorganismos se caracterizaron, en particular la cepa D43FB (identificada como Pseudomonas flavescens) resiste 25 mg L-1 de Cd+2 y 5 mg L-1 de Cr+6. Además, tras 7 de incubación es capaz de degradar hasta un 80% de fenantreno en medio M9 con el hidrocarburo como única fuente de carbono. Al agregar 0.025, 0.05 y 0.5 mg L-1 de Cd+2 el porcentaje de degradación es 60, 26 y 25 mg L-1, respectivamente. Además, en un proceso de bioaumetación de suelos degrada aproximadamente un 75% de los hidrocarburos presentes en el terrario. Por otro lado, a este aislado se asoció su capacidad de degradar fenantreno a la facultad de formar biopelículas y adherirse a cristales de este compuesto, junto con descartar la liberación de biosurfactante o la quimiotaxis. Siendo una excelente alternativa para más ensayos de biorremediación de suelos.
El trabajo planteado tiene profundas implicaciones para estudios en biorremediación y potencialmente podría representar una alternativa de descontaminación de ecosistemas antárticos aprovechando los bio recursos propios de la Antártica. La proyección de este trabajo está asociada a dilucidar completamente los procesos asociados a la degradación de Pseudomonas flavescens D43FB y continuar ensayos de biorremediación en terrarios, y así eventualmente terminar la investigación en un proceso in situ en AntárticaAntarctica is the southernmost continent on earth, contains ~80% of the planet's fresh water and presents a series of extreme conditions such as low temperatures and high ultraviolet radiation. Despite this, the man has been able to survive in the region doing scientific and operational activities for over 80 years. Consequently, various inhabited areas have been contaminated mainly with diesel. This compound is harmful, because it is composed by organic molecules such as polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) and heavy metals (Cd, Cr and Pb). Decontamination of PAHs can be accomplished by physical, chemical and biological processes. Biological processes represent an ecological, economical and safe option that involves a minor alteration of the soil and thus is an excellent alternative for the decontamination of the Antarctic territory. To date, a large number of bacteria capable of degrading PAHs has been reported, however due to the Antarctic treaty is prohibited to enter foreign DNA and microorganisms to the mainland, so it is vital to find native bacteria that can be used in diesel bioremediation. Due to its higher solubility in water, lower toxicity to humans and structural similarities to other PAHs, the compound used as a model to isolate and study PAH degraders is phenanthrene. Based on the above, in this thesis the following hypothesis was proposed: "The presence of polycyclic aromatic hydrocarbons and heavy metals in Antarctic soils has favored the development of phenanthrene degrading bacteria resistant to heavy metals". The overall objective of this work was to isolate and characterize Antarctic bacteria resistant to heavy metals (Cd, Cr and Pb) and assess their ability to metabolize phenanthrene. To accomplish this, Antarctic soils obtained from different areas exposed to diesel were characterized chemically and biologically. Also, phenanthrene degrading bacteria resistant to heavy metals were isolated and characterized, and the degradation mechanisms involved were studied.
Soil samples were obtained during the 49th expedition to the Antarctic continent (ECA 49), 4 soils none exposed to diesel (A0, B4, C3 and C8) and 4 soils exposed to diesel (D3, D4, E2 and E4). Soil analysis determined the presence of tri-aromatic polycyclic hydrocarbons in soil exposed to diesel, on average 1000 times more concentrated than in soils with no exposure. Moreover, D3 and D4 soils (exposed to diesel) display a greater cadmium concentration and total lead when compared to all samples, ~30 and 600 mg Kg-1, respectively. Regarding the biological characterization, soil exposed to diesel D4, display greater biological activity and heterotrophes, a result that was directly related to PAH content (D4 soil display the highest concentration of hydrocarbons, ~30 mg Kg-1). This relationship was confirmed by a soil enrichment test with phenanthrene, where it was observed that phenanthrene acts as a supplement in soils exposed to diesel.
350 environmental microorganisms were isolated from the 8 Antarctic soils, 53 of them were able to degrade phenanthrene. Three of them were selected for their high capacity to degrade the hydrocarbon. These isolates were selected through a screening developed during this thesis, based on total fluorescence spectroscopy associated to second order multivariate calibration. Selected isolates were characterized and the resistance to heavy metals was determined. In particular, strain D43FB (corresponding to Pseudomonas flavescens) resists 25 mg L-1 of Cd+2 and 5 mg L-1 of Cr+6. After 7 days, this bacterium was able to degrade ~80% of phenanthrene in M9 medium with the hydrocarbon as a sole carbon source. By adding 0.025, 0.05 and 0.5 mg L-1 of Cd+2 this value decreases to 60, 26 and 25 mg L-1, respectively. Moreover, in a bioaugmentation assay of soil the isolate is capable of degrading ̴75 % of PAH present in the terrarium. In the other hand, the capacity of this microorganism to degrade phenanthrene was associated with their ability to form biofilm and adhere to phenanthrene crystals.
The proposed work has profound implications for bioremediation studies and potentially could represent an alternative for the decontamination of Antarctic ecosystems. The projection of this work is linked to fully elucidate the mechanism of degradation of Pseudomonas flavescens D43FB and continue testing bioremediation in terrariums, and so eventually complete the investigation with an in situ process in AntarcticaFondecyt, INACH T_19-11 e INACH MT-05_13Versión original del auto
Identification and characterization of flavoprotein monooxygenases for biocatalysis
Get PDFBiocatalysis is maturing to be a serious alternative to classical chemical transformations and this hopefully can contribute to a greener industry and new products at the same time. This thesis aimed to be a contribution to the field of biocatalysis by evaluating diverse enzymatic features of several flavoproteins, with an emphasis on Baeyer-Villiger Monooxygenases (BVMOs). Chapter 1 provides an overview on the catalytic properties of BVMOs. In chapter 2, a protocol is described for the generation of a small library of fusion proteins with varying linkers. This was used to evaluate the effect of the length of a glycine-rich linker in a monooxygenase-dehydrogenase fusion. Chapter 3 describes a comprehensive study on the production of reduced oxygen species by flavoprotein oxidases and monooxygenases. Insight in which hydrogen peroxide and superoxide are formed and what conditions can influence their formation. The second part of this thesis was focused in the discovery of novel flavoprotein monooxygenases by genome mining. In chapter 4 were studied two bacterial monooxygenases from the biosynthetic routes of lobatamide A and oocydin. In chapter 5, the flavin-containing monooxygenases HdFMO (from Hypsibius dujardini) and CbFMO (from Chloroflexi bacterium) were identified and characterized. Finally, in chapter 6, we discovered two BVMOs from the genome of the actinobacterium Streptomyces leeuwenhoekii C34 from Atacama Desert. Specifically, these biocatalysts exhibited a broad acceptance for cyclic ketones and high regio- and enantioselectivity. Overall, this thesis delivered new enzymes for the toolbox collection of known flavoproteins monooxygenases and insights into their molecular functioning as oxidative biocatalysts
Identification and characterization of flavoprotein monooxygenases for biocatalysis
No full textTesis (Doctor in Engineering Sciences)--Pontificia Universidad Católica de Chile, 2021Tesis (Ph.D.)--University of Groningen, 2021En los últimos años se han desarrollado una variedad de enzimas para una gran cantidad
de aplicaciones biotecnológicas, haciendo que hoy en día, la biocatálisis tenga un papel
fundamental en la sociedad. Los nuevos avances en biocatálisis tienen como objetivo reducir
el impacto ambiental de los procesos químicos. En este contexto, ya hace mucho tiempo
que la biocatálisis abandonó la mera curiosidad academica; hoy en día se ha convertido
en un campo maduro y ampliamente explotado, como por ejemplo, por las industrias
química y farmacéutica. Esto ocurrió porque los biocatalizadores (enzimas) permiten un
control estricto sobre la selectividad de sus reacciones, esto hace a las enzimas alternativas
exquisitas para catálisis química. Por otro lado, también contribuyen al desarrollo de una
industria más ecológica y a destapar nueva química que está aún sin explotar.
Las flavoenzimas son un excelente ejemplo de biocatalizadores biotecnológicamente
interesantes. Estas enzimas son máquinas biomoleculares altamente versátiles que realizan
una amplia gama de reacciones y representan una gran cantidad de los biocatalizadores
que actualmente se encuentran disponibles para la química RedOx. La flavoenzimología
es un campo multidisciplinario, cuyo objetivo es aumentar la comprensión general de estas
enzimas que contienen flavina como cofactor. Esto último, bajo un profundo enfoque en
el estudio de los mecanismos catalíticos, propiedades cinéticas y relaciones de secuenciaestructura-
función. Una mejor comprensión de estas enzimas ha permitido el desarrollo de
biocatalizadores mejorados.
En el Capítulo 1, las ventajas de la biocatálisis para las reacciones de oxidación de tipo
Baeyer-Villiger son bien ejemplificadas. Aunque el método químico para tales oxidaciones
ofrece una ruta sintética simple para oxidar cetonas en ésteres o lactonas, requiere el uso
de reactivos peligrosos. Además, son típicamente no quimio-, regio- o enantioselectivos.
Como alternativa atractiva, las monooxigenasas de tipo Baeyer-Villiger (BVMOs) que
contienen flavina como grupo prostético, se han investigado durante mucho tiempo por su
alto potencial biocatalítico[1-5]. En las últimas décadas se han descubierto o diseñado varias
BVMOs que exhiben actividades adecuadas para la síntesis de compuestos valiosos. En el
capítulo 1, resumimos el estado del arte del uso de estas enzimas como biocatalizadores,
nos centramos así en sus propiedades bioquímicas, mecanísticas y estructurales.
Aunque pareciera ser un campo relativamente maduro, todavía existen desafíos que los
flavoenzimólogos deben desentrañar. Limitaciones como estabilidad moderada, baja
especificidad y la dependencia de cofactores, a menudo disminuyen las opciones de ser
usadas a nivel industrial. De todos modos, actualmente, se está avanzando en la superación
de todas estas limitaciones.
Muchas (flavo)enzimas dependen de cofactores disociables para la catálisis, como el NAD(P)
H. Los costos relacionados con tal dependencia de cofactores pueden superarse en parte,
mediante el uso de enzimas bifuncionales autosuficientes que regeneran el cofactor de
manera eficiente. En el capítulo 2, diseñamos un protocolo experimental para evaluar el
efecto de la longitud de un linker flexible rico en glicinas sobre las propiedades de fusiones de
TbADH y TmCHMO. Este protocolo experimental permite la generación de biocatalizadores
optimizados. Además, el procedimiento se puede modificar fácilmente para generar una
biblioteca similar de otras proteínas de fusión. Como reacción de demostración, las enzimas de
fusión ADH-BVMO generadas, se analizaron para la síntesis de ε-caprolactona, un precursor
de polímero valioso, usando ciclohexanol como sustrato inicial de la cascada. Tal reacción
aprovecha el hecho de que ambas actividades enzimáticas satisfacen su dependencia de
cofactor: la actividad ADH convierte NADP+ en NADPH, mientras que, a su vez, la actividad
BVMO oxida NADPH en NADP+. Además, los biocatalizadores bifuncionales fusionados
pueden mejorar la estabilidad de la proteína y promover la canalización de intermediarios
del producto por efectos de proximidad. Vale la pena mencionar, que no existen reglas
uniformes para diseñar linkers óptimos para proteínas de fusión. Sin embargo, un enlazador
“incorrecto” puede provocar efectos perjudiciales sobre el rendimiento biocatalítico[6]. El
trabajo presentado se enfocó en la evaluación del efecto de quince variantes de linker de
diferente largo sobre la: expresión, termoestabilidad, actividad y niveles de conversión. Todas
las variantes obtenidas exhibieron altos niveles de expresión (250-360 mg L-1) y se obtuvieron
principalmente como holoproteínas (según la razón A280:A440). Tanto para TmCHMO
como para TbADH, se observó que la longitud del linker no mostró un efecto perjudicial
significativo sobre su termoestabilidad. En cuanto a la actividad, las actividades de oxidación
del alcohol (ADH) y sulfoxidación (BVMO) fueron similares para las 9 variantes más cortas,
mientras que las fusiones con la longitud del conector de 10, 12 y 15 aminoácidos mostraron
una actividad ligeramente aumentada. Las bioconversiones a pequeña escala dieron como
resultado turnover numbers (TON) más altos para las fusiones con linker de 2, 3, 6, 7, 13 y
14 aminoácidos (TON de 20.000-25.000). El TON de la reacción control catalizada por las
enzimas no fusionadas fue de alrededor de 12.000.
En el capítulo 3, estudiamos la reactividad de flavoenzimas con dioxígeno, un tema
fascinante para la flavoenzimólogia. El dioxígeno es un oxidante de cuatro electrones que
puede activarse enzimáticamente y reducirse a peróxido de hidrógeno o agua mediante
transferencias consecutivas de un electrón. En algunos casos, se pueden formar otras
especies reactivas de oxígeno (ROS), como el superóxido. En el capítulo 3, investigamos
la formación de ROS —o desacoplamiento— durante la reducción de dioxígeno mediada
por el cofactor de flavoproteínas (oxidasas y monooxigenasas), utilizando PAMOWT,
PAMOC65D, EUGO y HMFO como enzimas a analizar. El análisis del desacoplamiento en
flavoproteínas es de gran relevancia porque el ROS tienen un papel relevante en biología
(transduccion de señales), por otro lado, puede complicar el uso de flavoenzimas como biocatalizadores. Además, el mecanismo de formación de ROS mediada por flavoenzimas
aún no se comprende completamente.
Para este capítulo, se determinaron perfiles precisos de producción de peróxido de
hidrógeno y superóxido en diferentes condiciones operativas para todas las flavoenzimas
estudiadas. Sorprendentemente, se descubrió que todas las proteínas producen cantidades
significativas de superóxido. Además, se detectaron mayores de esta molécula a pH más
altos, esto sugiere una disociación de los pares de radicales sensible al pH. A pesar de
la acumulación de superóxido, no se demostró ningún efecto perjudicial de este sobre
la biocatálisis. Curiosamente, para PAMOWT y EUGO, la adición de catalasa aumentó
significativamente el rendimiento catalítico. Los resultados proporcionan una mejor visión
de las condiciones que promueven la formación de ROS en flavoenzimas y podría ayudar a
reducir la formación de estas especies a nivel industrial, evitando el desperdicio de valiosos
equivalentes reductores.
La segunda parte de esta tesis trata de la identificación y caracterización de varias
monooxigenasas que contienen flavina. Estudios sobre nuevas flavoenzimas proporcionan
más información sobre la química con enzimas naturales y también pueden conducir a
nuevas aplicaciones biocatalíticas. En el capítulo 4, en colaboración con el Instituto
de Microbiología del ETH (Zürich, Suiza), se estudió la participación de BVMO en
la producción de algunos policétidos específicos. Se demostró que BVMO de origen
bacteriano eran capaz de insertar un atomo de oxígeno a través de una oxidación de Baeyer-
Villiger en esqueletos de policétido naciente. Se establecieron las propiedades bioquímicas
de dos BVMOs: Oock y LmbC-Ox. Finalmente, se demostró que estas flavoenzimas están
involucradas en la biosíntesis de los metabolitos secundarios oocidina y lobatamida.
El Capítulo 5 describe los esfuerzos para encontrar prometedoras flavin-containing
monooxigenases (FMOs) de tipo I o tipo II. Mediante minería genómica, identificamos
dos proteínas: una de origen bacteriano (Chloroflexi) y otra proveniente del tardígrado
Hypsibius dujardini: CbFMO (FMO de tipo II) y HdFMO (FMO de tipo I), respectivamente.
Ambas enzimas mostraron características bioquímicas distintas. HdFMO mostró solo
actividad con sulfuros, y solo aceptó NADPH como donante de hidruro, además de
presentar una termoestabilidad moderada (TM
app de 45 ° C). Por el contrario, CbFMO
convirtió preferentemente cetonas en los respectivos ésteres o lactonas y mostró una baja
termoestabilidad (TM
app de 34 ° C). La motivación para estudiar CbFMO, un FMO de tipo
II, se debió en parte, a que este grupo de enzimas han sido descritas con una promiscua
especificidad por el cofactor de nicotinamida[7]. Sin embargo, se encontró que CbFMO
tiene una fuerte preferencia por NADPH. Por lo tanto, en comparación con la colección ya
descrita de monooxigenasas de flavoproteínas, ambas FMO no parecieron muy atractivas
para procesos biocatáliticos.
Finalmente, en el capítulo 6, se identificaron dos BVMO de tipo I de Streptomyces
leeuwenhoekii C34: Sle_13190 y Sle_62070. Ambas enzimas se expresaron con éxito,
fusionadas con un regenerador de cofactor (fosfito deshidrogenasa). Al igual que otros
BVMO de tipo I, ambas proteínas mostraron oxidación de Baeyer-Villiger dependiente de
NADPH. Las secuencias de Sle_13190 y Sle_62070 se asociaron basándose en la homología
de secuencia, con otras BVMOs descritas que actúan sobre compuestos voluminosos. En
este contexto, no fue sorprendente que aceptaran como sustrato compuestos bastante
complejos, incluidos bifenilos y un esteroide. Además, se encontró que ambas enzimas
eran moderadamente robustas, exhibiendo una TM
app de 45 ° C y tolerancia a cosolventes
miscibles en agua. En particular, se encontró que Sle_62070 es altamente activo con
cetonas cíclicas y mostró una alta regioselectividad produciendo solo la lactona de 2-fenilciclohexanona,
y una alta enantioselectividad para la conversion de biciclo[3.2.0]hept-2-
en-6-ona produciendo solo las lactonas (-)-1S, 5R normal y (-)-1R, 5S abnormal (e.e. > 99
%). Estas dos BVMOs recién descubiertas pueden convertirse en valiosas adiciones a la
colección de BVMOs.
El trabajo descrito en esta tesis proporcionó varias enzimas nuevas, que pueden emplearse
como biocatalizadores, además de nuevos conocimientos sobre sus propiedades catalíticas.
El trabajo recalca que los ambientes extremos pueden ser una gran fuente de enzimas
robustas sin explotar, como se demostró con las dos BVMOs identificadas en una bacteria
aislada del desierto de Atacama (capítulo 6). Además, se obtuvo y estudió una flavoenzima
de un tardígrado, un animal microscópico que se puede criopreservarse, el cual no se había
considerado antes como fuente de biocatalizadores. Desafortunadamente, esta busqueda no
condujo a la obtencion de un catalizador muy prometedor. Muestra de que los organismos
que pueden sobrevivir en condiciones extremas no siempre (solo) albergan biocatalizadores
robustos. Además de explorar las secuencias de genomas de microorganismos (termófilos),
el empleo de un enfoque metagenómico también puede ser de alta útilidad para la busqueda
de enzimas con enfoque industrial. Los enfoques metagenómicos actuales permiten el
manejo de fuentes ricas en materia biosintetica oscura, lo que puede conducir a descubir
nueva (bio)química[8,9]. En este sentido, el esfuerzo combinado en el descubrimiento de
nuevas enzimas, estudios de mecanismos y la ingeniería de enzimas hará que las reacciones
biocatalíticas sean aún más eficientes, fiables y amigables con el medio ambiente. Esto
permitirá que la biocatálisis sea un competidor sustentable a las rutas químicas clásicas,
permitiendo nuevas aplicaciones basadas en enzimas a nivel industrial
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Non-canonical amino acids as a tool for the thermal stabilization of enzymes
No full textBiocatalysis has become a powerful alternative for green chemistry. Expanding the range of amino acids used in protein biosynthesis can improve industrially appealing properties such as enantioselectivity, activity and stability. This review will specifically delve into the thermal stability improvements that non-canonical amino acids (ncAAs) can confer to enzymes. Methods to achieve this end, such as the use of halogenated ncAAs, selective immobilization and rational design, will be discussed. Additionally, specific enzyme design considerations using ncAAs are discussed along with the benefits and limitations of the various approaches available to enhance the thermal stability of enzymes
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
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