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Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Regulation of heme oxygenase-1 in macrophages in smoking related pulmonary disease
No full textL’intoxication tabagique, source d’oxydants, est un facteur de risque important de développement de l’emphysème pulmonaire et du pneumothorax spontané primitif. Les macrophages alvéolaires contribuent pour une large part à l’inflammation pulmonaire au cours de ces pathologies en produisant des métalloprotéases et des espèces réactives de l’oxygène à l’origine du déséquilibre des balances protéase/anti-protéase et oxydant/antioxydant. L'hème oxygénase-1 (HO-1), exprimée principalement par les macrophages, est une enzyme clé des défenses anti-oxydantes pulmonaires. Nous avons initialement étudié l’expression et la localisation cellulaire de l’HO-1 et de ses régulateurs potentiels (Nrf2, Keap1, Bach1 et HIF-1a) dans les macrophages alvéolaires au cours de l’emphysème pulmonaire post-tabagique et du pneumothorax spontané primitif. Les voies de régulation de l’expression de ces protéines ont été analysées in vitro sur des macrophages dérivés de la lignée THP-1 exposés ou non au condensat de fumée de cigarette et à l’hypoxieréoxygénation visant à mimer une partie des effets de l’atélectasie-réexpansion observée lors de la prise en charge thérapeutique des pneumothorax récidivants. Les travaux présentés dans cette thèse nous ont permis de mettre en évidence une altération de l’expression de la voie Nrf2/Keap1-Bach1 associée à une diminution de l’expression des enzymes anti-oxydantes, dont l’HO-1, dans les macrophages alvéolaires au cours de l’emphysème pulmonaire sévère post-tabagique, malgré un stress oxydant important. In vitro, ces altérations pourraient être liées à une activation spécifique des MAPKinases ERK1/2 et JNK par le condensat de fumée de cigarette. Nous avons également montré que la stimulation du système de l’HO-1 était probablement orchestrée par la voie du facteur HIF-1a, et non par celle de Nrf2, dans les macrophages alvéolaires au cours du pneumothorax spontané primitif récidivant du sujet fumeur. Ces résultats pourraient contribuer à une meilleure connaissance de la physiopathologie de l’emphysème pulmonaire et permettre d’envisager de nouvelles approches thérapeutiques basées sur la préservation et/ou la restauration de l’équilibre Nrf2/Keap1-Bach1. Nos travaux suggèrent également que la physiopathologie du pneumothorax spontané primitif est différente chez les patients fumeurs et non fumeurs. Le pneumothorax du sujet fumeur est associé à un stress oxydant pulmonaire et à une induction de l’HO-1 probablement orchestrée par HIF-1a. Ces résultats, confirmés in vitro, mettent en évidence une interaction potentielle entre le stress oxydant et l’hypoxie-réoxygénationChronic cigarette smoking, a source of oxidants, is an important risk factor for lung emphysema and primary spontaneous pneumothorax development. Alveolar macrophages are mainly involved in lung inflammation observed in these pathologies through the production of metalloproteases and reactive oxygen species resulting to protease/anti-protease and oxidant/anti-oxidant imbalances. Heme oxygenase-1 (HO-1), mainly expressed in macrophages, is a key enzyme in pulmonary anti-oxidant defences. Therefore, the first aim of our studies was to investigate the expression and cellular localisation of HO-1 and its potential regulators (Nrf2, Keap1, Bach1 and HIF-1a) in alveolar macrophages from smoking related lung emphysema and primary spontaneous pneumothorax. Regulation pathways involved in expression of these proteins were assessed in vitro in macrophage cell line THP-1 exposed or not to cigarette smoke condensate and with or without hypoxia-reoxygenation mimicking parts of events induced by atelectasia-reexpansion during recurrent pneumothorax constitution and treatment. In these studies, we showed an altered expression of Nrf2/Keap1- Bach1 pathway associated with a reduced expression of anti-oxidants enzymes, like HO-1, in alveolar macrophages from smoking related lung emphysema patients, despite an important oxidative stress. These alterations might be related to cigarette smoke condensate activated ERK1/2 and JNK MAPKinases as observed in THP-1 cells. Furthermore, we showed that HO- 1 system induction was mediated by HIF-1a instead of Nrf2 pathway in alveolar macrophages from smoking related recurrent primary spontaneous pneumothorax. These findings may contribute to a better knowledge of the pathophysiology of lung emphysema and could provide new therapeutic approaches based on preservation and/or restoration of Nrf2/Keap1-Bach1 equilibrium. Our results also suggest that the pathophysiology of primary spontaneous pneumothorax could be different in smokers and non smokers. Spontaneous pneumothorax in smokers is associated with lung oxidative stress and the orchestrated induction of HO-1 probably via HIF-1a. These results provide a new link between oxidative stress and hypoxia/reoxygenatio
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Can muscarinic receptors be considered as a new target in vector control strategy?
No full textLes maladies vectorielles sont causées par des agents pathogènes transmis d’un hôte à un autre par un insecte vecteur. Le moyen de lutte le plus efficace contre ces maladies reste à l’heure actuelle l’utilisation de produits phytosanitaires comme les insecticides. Cependant, l’utilisation non raisonnée des insecticides au cours des dernières décennies a conduit à l’apparition de populations d’insectes résistants entrainant une diminution de l’efficacité des traitements insecticides. De plus, les politiques institutionnelles tendent vers une diminution du nombre de substances disponibles. Il devient donc nécessaire de mettre en place de nouvelles stratégies de lutte contre les insectes vecteurs de maladies. Des études chez la blatte Periplaneta americana ont montré que l’activation des récepteurs muscariniques (mAChRs) entrainait l’augmentation du calcium intracellulaire. Cette augmentation de calcium permet d’accroître la sensibilité des cibles aux insecticides. Ainsi, lesmAChRs pourraient jouer un rôle dans les nouvelles stratégies de lutte contre les insectes nuisibles. Nous avons donc entrepris de caractériser les mAChRs chez le moustique Anopheles gambiae, vecteur du paludisme. Trois types de mAChRs ont été mis en évidence : le mAChR-A, deux variants du mAChR-B (mAChR-B1 et mAChR-B2) et le mAChR-C. L’expression du mAChR-A dans un système hétérologue, les cellules Sf9, a permis sa caractérisation fonctionnelle et pharmacologique. Des tests de mesure de l’activité de l’acétylcholinestérase 1 (AChE1) d’An. gambiae dans les cellules Sf9 ont montré que l’activation du mAChR-A module la sensibilité de l’AChE1 au chlorpyrifos-éthyl, un insecticide organophosphoré. L’ensemble des résultats suggère que les mAChRs peuvent être considérés comme des facteurs importants dans le développement de nouvelles stratégies de lutte contre les insectes vecteurs de maladieVector-borne diseases are caused by pathogen transmission from one host to another by insects. The main way to prevent those diseases is vector control. Chemical pesticides such as insecticides have been used successfully in controlling several pest insects. However, their widespread uses during several decades have led to the emergence of resistance. Moreover, institutional policies tend to be more and more restrictive to the use of insecticides. It is then necessary to develop new strategies to control the insects responsible for these diseases. Previous studies, on the cockroaches Periplaneta americana, shown that intracellular calcium increase via muscarinic receptors (mAChRs) activation leads to increase the sensitivity of the neuronal target to insecticide. In this work, the study of mAChRsfrom Anopheles gambiae, the main vector of malaria, was performed. Three types of mAChRs have been found and named mAChR-A, mAChR-B (two variants mAChR-B1 and mAChR-B2) and mAChR-C. Using calcium imaging technique, the functional and pharmacological characterisation of mAChR-A expressed in a heterologous system, the Sf9 cells, was performed. After co-expression of mAChR-A and An. gambiae acetylcholinesterase 1 (AChE1) in Sf9 cells, we shown that mAChR-A activation modulates AChE1 sensitivity to an organophosphate insecticide, the chlorpyrifos-ethyl. Taken together, these results suggest that mAChRs can be considered as important factors in the development of new strategies for controlling pest insect
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
Using the RNA interference technique targeting genes involved in the cholinergic system to control insect pests
No full textAujourd’hui, l’augmentation des rendements agricoles pour répondre aux besoins alimentaires croissants se base encore sur l’utilisation de traitements insecticides pour protéger les cultures contre les insectes ravageurs. Cependant, l’utilisation non-raisonnée de ces insecticides a conduit à l’apparition d’effets néfastes sur des organismes non-cibles. De plus, l’augmentation du nombre d’insectes accommodés ou résistants aux insecticides a conduit à la diminution globale de leur efficacité. Ainsi, il est devenu indispensable de développer de nouvelles stratégies de lutte. Entre autres, l’interférence ARN (ARNi) apparait comme un nouvel outil prometteur pour contrôler spécifiquement les populations d’insectes ravageurs. En ce sens, l’objectif de ce travail est d’évaluer l’utilisation de l’ARNi dirigée contre les acteurs du système cholinergique pour lutter contre les insectes ravageurs. Dans ce travail, nous avons démontré que l’utilisation d’un ARN interférent qui cible la sous-unité nicotinique divergente Apisumβ2 du puceron Acyrthosiphon pisum, seul ou combiné à l’imidaclopride, permet de contrôler les populations de ce ravageur à différents stades de développement. De plus, des résultats préliminaires semblent indiquer que cibler l’acétylcholinestérase du puceron par l’ARNi pourrait également être une stratégie viable de lutte contre ce ravageur. Enfin, nous avons démontré que, chez la blatte Periplaneta americana accommodée à l’imidaclopride, l’utilisation d’un ARN interférent dirigé contre la sous-unité nicotinique Pameβ1 permet le retour à un phénotype sensible de ces insectes. Ainsi, ces travaux suggèrent que l’utilisation de l’ARNi dirigée contre les acteurs du système cholinergique pourrait être une stratégie importante de lutte contre les insectes ravageurs.Increasing agricultural yields to meet growing food needs is still based on the use of insecticide treatments to protect crops against insect pests. However, the widespread use of insecticides has led to negative effects on non-target organisms. In addition, the increase of the number of accommodated or resistant insects to insecticides has led to an overall reduction in their effectiveness. Therefore, it has become essential to develop new insect pest control strategies. Among them, RNA interference (RNAi) is emerging as a powerful tool for specifically controlling insect pests. The aim of this work was to assess the use of RNAi that targets proteins involved in the cholinergic system to control insect crop pests. In this work, we demonstrated that the use of an interfering RNA targeting the divergent nicotinic acetylcholine receptor subunit Apisumβ2 of the aphid Acyrthosiphon pisum, alone or combined with imidacloprid, can control populations of this pest at different developmental stages. In addition, preliminary results suggest that targeting aphid acetylcholinesterase with RNAi could also be a viable strategy to control this pest. Finally, we have demonstrated, in the imidacloprid-accommodated cockroach Periplaneta americana, that the use of an interfering RNA targeting Pameβ1 subunit enabled the return of these insects to a sensitive phenotype. Altogether, these results suggest that the use of RNAi that targets the cholinergic system could be an important strategy to control insect pests
Could a subchronic exposure to a sublethal dose of imidacloprid modify acetylcholine nicotinic receptors in cockroach Periplaneta americana?
No full textBien que l’utilisation des insecticides contre les insectes ravageurs de culture ait permis d’accomplir des progrès en matière de rendements agricoles, leur utilisation a également entrainé l’apparition d’insectes résistants. Alors que les mécanismes de résistance sont bien connus, peu de données sont disponibles sur l’effet d’une exposition des insectes à une dose sublétale d’insecticide. L’objectif de cette étude est donc de caractériser les modifications cellulaires et moléculaires développées chez la blatte P. americana exposée à une dose sublétale d’un insecticide : l’Imidaclopride. Nous avons montré qu’après une exposition pendant 30 jours à une dose sublétale d’Imidaclopride, les blattes devenaient moins sensibles à cet insecticide et que cette modification de la sensibilité des blattes était maintenue 30 jours après l’arrêt du traitement à l’Imidaclopride. Grâce à des analyses biochimiques et moléculaires, nous avons démontré que les principaux acteurs dans ce phénomène sont les récepteurs nicotiniques (nAChRs) qui sont les cibles moléculaires de l’Imidaclopride. De plus, dans le but de développer de nouvelles stratégies de lutte contre les insectes nuisibles, nous avons rendu de nouveau sensibles à l’Imidaclopride les blattes accommodées aux traitements en ciblant les nAChRs par l’interférence ARN. Étant donné que ces récepteurs jouent un rôle primordial dans l’accommodation des blattes à l’Imidaclopride et que l’expression et l’activité de ces récepteurs peuvent être régulées par de nombreuses protéines, nous avons entrepris un séquençage à haut-débit du transcriptome (RNA-seq) issu du dernier ganglion abdominal de la blatte afin de déterminer l’ensemble des gènes différentiellement exprimés après traitement des blattes à l’Imidaclopride ainsi que 30 jours après l’arrêt de ce traitement. L’ensemble de ces travaux de thèse contribue au développement de nos connaissances sur les effets des doses sublétales sur les insectes et sur les mécanismes d’accommodation afin de pouvoir les prendre en considération dans les stratégies de lutte contre les insectes nuisibles.Although the use of insecticides against pests has allowed to achieve huge progress in agriculture yields, their widespread use has also led to resistance emergence resulting in a decrease in the insecticide efficiency. While resistance mechanisms are well-known, few studies are available on the effect of insect exposure to a sublethal dose of insecticide. The aim of this study is therefore to characterize the cellular and molecular changes induced by an exposure of the cockroaches P. americana to a sublethal dose of imidacloprid which belongs to the neonicotinoïd insecticide class. We first showed that cockroaches exposed to a sublethal dose of imidacloprid during 30 days became less sensitive to this insecticide and this loss of sensitivity was maintained overtime. Using biochemical and molecular analysis, we demonstrated that the main actors in this phenomenon are the acetylcholine nicotinic receptors (nAChRs). In order to develop new strategies against pests, we reversed the loss of sensitivity observed in acclimated cockroaches using interference RNA targeting nAChR subunit. Finally, since nAChRs play an essential role in the aclimation of the cockroaches to imidacloprid and the nAChR activity is regulated by many proteins, we realized high throughput sequencing of transcriptome (RNAseq) from the last abdominal ganglion of the cockroach in order to determine all genes differentially expressed after imidacloprid treatement and 30 days later. This PhD work contributes to the development of our knowledge on the effects of sublethal doses of insecticides on insects but also on adaptation mechanisms. These last points could be taken into account in order to improve pest management
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