1,721,021 research outputs found
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Caracterización molecular de la resistencia a fenicoles en bacilos Gram negativos aislados de pisciculturas de las VIII y X regiones de Chile.
No full textTesis presentada para optar al grado de Magíster en Ciencias, mención en Microbiología.La industria de la salmonicultura en Chile utiliza en forma intensiva antibióticos como oxitetraciclina y florfenicol durante el proceso de cultivo. Existe evidencia que estos agentes antimicrobianos se acumulan bajo las balsas jaulas durante los tratamientos, llegando a cambiar la composición bacteriana de los sedimentos y alterar la degradación de otros desperdicios. Por lo tanto, es esperable la ocurrencia de procesos de selección de bacterias resistentes a estos antibacterianos, las que son portadoras de diferentes determinantes genéticos de resistencia, y que debido a su posible codificación extracromosomal, pueden ser diseminados a otras bacterias susceptibles en diversos ambientes. En consecuencia, esta práctica estaría creando reservorios ambientales de resistencia transferible a antibacterianos en los sistemas de cultivo en Chile, con importantes efectos ambientales y riesgos potenciales para la salud humana y animal. Esto hace necesario evaluar el rol de estos sistemas como reservorios y medio de diseminación de genes deresistencia a antimicrobianos. Por lo anterior, en esta tesis se plantearon como objetivos principales, investigar la presencia de los determinantes genéticos más frecuentemente involucrados en la resistencia a fenicoles, así como la factibilidad de su transferencia a otras bacterias susceptibles.En el período comprendido entre marzo 2004 y febrero 2005, se recolectaron 198 cepas de bacilos Gram negativos, resistentes a fenicoles. Las cepas fueron obtenidas desde muestras de salmones, agua y sedimento, así como también del alimento extraído administrado a los peces. Las muestras provinieron de los centros de cultivos de salmones localizados en Polcura y las Trancas, en la VIII Región, y en los Lagos Rupanco y Llanquihue, en la X Región de Chile. Se determinó los perfiles de resistencia a diversos agentes antimicrobianos, así como el nivel de resistencia que presentaban las cepas a fenicoles y otros antimicrobianos. Se investigó la presencia de los genes floR, cmlA y cat que codifican resistencia a florfenicol y cloranfenicol. Además, se detectó, la participación de bombas de eflujo multidrogas, mediante la determinación de la concentración mínima inhibitoria en presencia y ausencia del inhibidor de eflujo MC 207,110. Se detectaron los genes estructurales acrB mexX y mexA, de estas bombas de eflujo y mediante la técnica de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) se 2 relacionó la presencia de los determinantes de resistencia con la incidencia de integrones. Finalmente, se investigó la capacidad de transferencia de los genes de resistencia a fenicoles hacia cepas receptoras susceptibles, por conjugación bacteriana. La mayoría de las cepas aisladas (80%) corresponde a cepas de bacilos Gram negativos no fermentadores y 20% a cepas de bacilos Gram negativos fermentadores. De éstas, 93% de las cepas fueron resistentes a cloranfenicol y 100% a florfenicol. Más del 50% de las cepas seleccionadas, fueron resistentes a ampicilina, flumequina y ácido oxolínico. También se detectó la resistencia a tetraciclina, enrofloxacina, estreptomicina y la asociación del sulfametoxazol/trimetoprim, en menor frecuencia. Se observó un elevado nivel de resistencia entre las cepas resistentes a fenicoles, determinándose que la CMI50 y CMI90 para florfenicol fue de 128 y >256 µg/mL, respectivamente. En el caso de cloranfenicol los valores fueron también de 128 y >256 µg/mL para la CMI50 y CMI90, respectivamente. Los genes cat, catIII y cmlA, que codifican resistencia a cloranfenicol, no fueron detectados mediante la técnica utilizada durante este estudio, a pesar de observarse un elevado número de cepas fenotípicamente resistentes a cloranfenicol. El gen floR fue detectado sólo en 24 de las 198 cepas analizadas correspondiendo a las especies fermentadoras de carbohidratos Enterobacter aerogenes, Raoultella terrigena, Kluyvera ascorbata, Citrobacter youngae y Citrobacter freundii. Además, este gen fue detectado en 2 cepas no fermentadoras, una de ellas identificada como Sphingobacterium multivorum. La otra no está identificada. Este es el primer hallazgo de la presencia del gen floR en cepas aisladas de centros de cultivos de salmónidos en Chile. Además, de ser el primer informe de este gen en centros dulceacuícolas en Chile, esta es la primera vez que se informa de la presencia del gen floR en estas especies, y más aún en cepas de bacilos Gram negativas no fermentadoras. Para determinar la participación de sistemas transportadores de multidrogas en la resistencia a fenicoles, se determinó la CMI en presencia y ausencia de un inhibidor de bombas de eflujo, Phe-Arg-β (MC 207, 110). La participación de estos sistemas se evidenció por la disminución de la CMI en presencia del inhibidor al menos cuatro veces, en 3 comparación a la CMI en ausencia del inhibidor . El inhibidor aumentó la susceptibilidad de las cepas no sólo a cloranfenicol y florfenicol, sino que también a otros antibióticos estructuralmente no relacionados como ácido oxolínico, flumequina y en menor grado a tetraciclina, estreptomicina y ampicilina. Los genes mexA y mexX, que codifican proteínas estructurales de bombas multidrogas que confieren resistencia a una serie de antibióticos, entre ellos cloranfenicol y tetraciclinas, no fueron detectados mediante la técnica utilizada durante este estudio, a pesar de observarse un elevado número de cepas en las cuales habría participación de las bombas de eflujo, de acuerdo a la disminución de la CMI en presencia del inhibidor. Por su parte, el gen acrB fue detectado en 5 de las 130 cepas bacterianas ensayadas. Se detectó la presencia del integrón de clase 1, en 20 de 150 cepas bacterianas ensayadas y la presencia del integrón clase 2, en 2 de 100 cepas bacterianas ensayadas. No se encontró relación entre la presencia de estas estructuras genéticas y la presencia de los genes que estarían participando en la resistencia a fenicoles.En tres de las cepas estudiadas, que presentaron el gen floR, se realizaron experimentos de conjugación. La transferencia de genes de resistencia a fenicoles y otros antimicrobianos no fue observada durante este estudio con la metodología utilizada. Estos resultados estarían indicando que la resistencia a fenicoles que presentan las cepas de bacilos Gram negativos asociadas a cultivos de salmónidos se debe principalmente, a mecanismos de eflujo de los compuestos. El eflujo de fenicoles por medio de un sistema de transporte específico codificados por el gen floR, sería el principal mecanismo de resistencia en cepas de bacilos Gram negativos fermentadores y los sistemas transportadores de multidrogas, estarían principalmente asociados a la resistencia a fenicoles en cepas de bacilos Gram negativos no fermentadores. Además, mecanismos adicionales de resistencia a fenicoles, no descritos anteriormente, estarían implicados en la resistencia a estos antimicrobianos en un importante grupo de cepas de bacilos Gram negativos. Estudios como éste servirán de plataforma para diseñar programas educativos, que permitirán un uso más adecuado de los agentes antibacterianos en los centros de cultivos dulceacuícolas en Chile, permitiendo implementar normas que disminuyan su efecto sobre el ambiente e 4 impedir el flujo de genes de resistencia hacia bacterias que tienen importancia como patógenos humanos o de animales.Facultad de Ciencias BiológicasDepartamento de MicrobiologíaConcepció
Caracterización del cassette cromosómico estafilocócico SCCmec en aislados de Staphylococcus aureus resistente a la meticilina con fenotipo comunitario.
No full textTesis presentada para optar al grado de Magíster en Ciencias, mención en Microbiología.Staphylococcus aureus resistente a la meticilina adquirido en la comunidad
(SARM-AC) ha sido descrito en Chile desde el año 2006 y a pesar de la creciente importancia, su genotipificación es aún poco entendida. Esta tesis
corresponde a la primera iniciativa que busca caracterizar el cassette
cromosómico estafilocócico SCCmec a un número significativo de cepas
aisladas en Chile y busca contribuir en el conocimiento de la epidemiología
molecular de este patógeno.
Se caracterizaron 50 cepas de SARM-AC pertenecientes al programa de
vigilancia del Instituto de Salud Pública de Chile, para las cuales se determinó el
perfil de susceptibilidad a eritromicina, clindamicina, sufametoxazol- rimetoprim,
y rifampicina; adicionalmente se determinó la concentración inhibitoria mínima a vancomicina, daptomicina y linezolid. Mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR) se determinó la presencia de los genes mecA, pvl y se
identificó el cassette cromosómico estafilocócico SCCmec que portaban.
Finalmente se analizó la relación genética entre las cepas mediante
macrorestricción y electroforesis de campo pulsado.
Se documentó resistencia a eritromicina en 10 cepas (20%), de las cuales 1
cepa (2%) era además resistente a tetraciclina y otra presentaba susceptibilidad intermedia a clindamicina; el resto de las cepas fueron susceptibles a todos los antibióticos ensayados. Se confirmó la presencia del gen mecA en todas las cepas y el gen pvl en 49 de ellas (98%). Todos los aislados portaban SCCmec tipo IV, siendo 34 del subtipo IVc (68%), 15 del subtipo IVa (30%) y 1 del subtipo IVb (2%). En cuanto a la tipificación molecular de las cepas, en 27 de ellas se conocía previamente el secuenciotipo (ST); el análisis de macrorestricción y electroforesis en gel de campo pulsado se logró realizar en 49 de los aislados y permitió la identificación de 4 grupos relacionados genéticamente entre sí: 1) ST8/SCCmec IVc/ACME-/PVL+ (22 cepas; 44%) 2) ST8/SCCmec IVa/ACME+/PVL+ (12 cepas; 24%) 3) ST30/SCCmec IVc/PVL+ (9 cepas; 18%) 4) ST5/SCCmec IVa/PVL+ (4 cepas; 8%). Adicionalmente se identificó una cepa (2% del total) perteneciente al ST923 que portaba SCCmec
IVa y una cepa perteneciente al ST868/SCCmec IVb. En conclusión, se confirmó el fenotipo comunitario clásico, sólo resistente a oxacilina, en la mayoría de los aislados estudiados, además de la presencia del
gen mecA y el elemento genético SCCmec tipo IV en todas las cepas
analizadas. En concordancia con lo descrito en la literatura se documentó una
distribución en clústeres, relacionados genéticamente entre sí, y que son
compatibles con el clon USA300 y presumiblemente su variante
Latinoamericana, el clon Oceanía/Pacífico y el clon pediátrico, todos ya
descritos en nuestro continente.Facultad de Ciencias BiológicasDepartamento de MicrobiologíaConcepció
Efecto individual de antibióticos y en combinación con β-Cloro-l-Alanina en la expresión de factores de virulencia relacionados con la formación de biopelículas de Staphylococcus aureus resistente a meticilina de origen intrahospitalario.
No full textTesis presentada para optar al grado de Doctor en Ciencias mención Microbiología.Staphylococcus aureus es un importante patógeno bacteriano implicado en infecciones humanas y animales. Desde su aparición, al inicio de la era antibiótica, S. aureus resistente a meticilina (SARM) ha mostrado gran capacidad de incorporar genes que codifican determinantes de resistencia a múltiples antibióticos y un gran arsenal de factores de virulencia. Además, SARM representa un gran problema debido la persistencia de infecciones asociadas a dispositivos médicos, principalmente por la capacidad de formar biopelículas, permitiéndole resistir el tratamiento antibiótico, incluso en cepas que no presentan determinantes genéticos de resistencia, lo que finalmente ocasiona el retiro de la prótesis del paciente. En el último tiempo, se han probado alternativas al tratamiento terapéutico habitual, empleando combinaciones de antibióticos usados en la práctica clínica, o bien, utilizando compuestos capaces de desagregar biopelículas. En algunos aislados de SARM se ha demostrado que el uso de algunos antibióticos puede incluso aumentar la expresión de genes implicados en la formación de biopelículas, generando fenotipos hiperadhesivos. Por esta razón, es importante conocer la capacidad de formación de biopelículas y la epidemiología de las cepas de SARM circulantes en Chile. Recientemente, β-cloro-L-alanina (β-CLA), un compuesto con actividad antibacteriana, ha mostrado desagregar biopelículas de SARM en combinación con fosfomicina. Sin embargo, se desconoce el efecto de este compuesto en combinación con otros antibióticos usados en clínica sobre la expresión de los genes que codifican factores de virulencia asociados a la formación de biopelículas. Es por esto, que en esta tesis doctoral se planteó como objetivo general caracterizar las cepas de SARM provenientes de hospitales de Chile y determinar el efecto de antibióticos utilizados en el tratamiento de SARM y la combinación de ellos con β-CLA en la formación de biopelículas como también en la expresión de genes que codifican factores de virulencia asociados con esta capacidad de cepas de SARM aisladas en hospitales de Chile. Inicialmente, se trabajó con 50 cepas categorizadas por el Instituto de salud Pública de Chile como SARM hospitalarias, aisladas entre los años 2007 y 2017, las cuales fueron caracterizadas en función del perfil de susceptibilidad a linezolid, daptomicina y vancomicina; el tipo de cassette SCCmec; y tipificación molecular mediante macrorrestricción con enzima SmaI y electroforesis de campo pulsante (PFGE). Además se confirmó el fenotipo de meticilino resistencia mediante la prueba de susceptibilidad a cefoxitina y la detección del gen mecA por reacción en cadena de la polimerasa (PCR) convencional. Posteriormente, se realizó la secuenciación del genoma completo (Illumina® MiSeq) utilizando Unicycler v0.4.8 y Spades v3.15.4 para su ensamblaje, visualización con Bandage v0.8.1 y anotación genómica mediante Prokka. Se identificaron los loci tipo multilocus (MLST), spa type, se confirmó la tipificación del tipo de SCCmec, genes de resistencia a los antimicrobianos y genes de virulencia mediante SpeciesFinder 2.0, MLSTFinder 2.0, SCCmecFinder 1.2, spaTyper 1.0, ResFinder 4.1 y VirulenceFinder 2.0, respectivamente. La capacidad de formación de biopelículas se evaluó mediante ensayos de adherencia en placas de 96 pocillos, y la formación y erradicación de biopelículas en presencia de los antibióticos linezolid, daptomicina y vancomicina solos y asociados con β-CLA fue investigada en placas de poliestireno de 6 pocillos de fondo plano, con una lámina de acero inoxidable lisa, las que posteriormente se sometieron a tinción mediante LIVE/DEAD® Baclight™ Bacterial Viability Kit y analizadas por microscopía electrónica confocal (MEC), para evaluar viabilidad de las cepas y grosor de la biopelícula tras la exposición a los compuestos antibacterianos. Se confirmó el fenotipo meticilino resistente en las 50 cepas referidas por el ISP de Chile, además de la presencia del gen mecA. Se determinó que el 76% de las cepas de SARM presentaban el SCCmec tipo I, 14% SCCmec tipo II, 8% el SCCmec tipo IVa y 1 cepa (2%) el SCCmec tipo IVc. El MLST determinó que los tipos de secuencia (ST) prevalentes fueron el ST5 (76%), seguido de los ST105 (14%), ST8 (4%) y los ST5575, ST2802, y ST72 con 2% de prevalencia. El spa type t149 fue prevalente, encontrándose en el 33% de las cepas, seguido del t002 en el 12% de éstas. En cuanto al agr predominante, grupo agr era tipo II (30%) fue el más presente, y en la misma línea, la tipificación del polisacárido capsular determinó que el tipo capsular prevalente era el cap8 (82%), seguido de cap5 (18%). Sin embargo, se descartaron 5 cepas clasificadas originalmente como SARM de origen hospitalaria, pero la tipificación molecular de los SCCmec determinó su origen comunitario. Y de acuerdo al criterio de inclusión no se siguióo trabajando con estas cepas. Las cepas presentaron un perfil de multirresistencia, destacando un 98% de resistencia a los antibióticos del grupo MLSB, sobre 98% a quinolonas y 64% a gentamicina. No se encontraron cepas resistentes a cotrimoxazol, linezolid (LZD), vancomicina (VAN) o daptomicina (DAP). Concordantemente, las cepas presentaron una alta prevalencia de genes de resistencia a distintas familias de antibióticos, como son los que codifican enzimas modificantes de aminoglucósidos: aac(6')-Ie-aph(2'')-Ia (82%), aad(6) y ant(6)-Ia (64%), aadD (16%), aadE (7%), ant(9)-Ia (98%), ant(4')-Ib (16%), sat4 (40%), aph(3')-IIIa (64%), enzimas metilasas: ermA (98%), ermC (4%), betalactamasa: blaZ (82%), rifampicina fosfotransferasa: rphB (91%), y dihidrofolato reductasa: dfrC (1%). Además, todas las cepas presentaron los genes fosB (resistencia a fosfomicina), norA, mgrA, mepA, mepR, sav1866 (resistencia a fluoroquinolonas), tet38 (resistencia a tetraciclinas) y el sistema regulador de 2 componentes arlRS. Respecto a la caracterización de genes que codifican factores de virulencia implicados en la formación de biopelículas, el 98% de las cepas presentaron el gen fnbA y 26% el gen fnbB (codifiantres de las proteínas de unión a fibronectina A y B, respectivamente); 98% el operón icaABCDR; 80% hly/hla y el todas portaban los genes hlb y hld, codificantes de las hemolisinas b y d, respectivamente. No se detectó la presencia del gen bap, ni de los operones pmsA y pmsB en ninguna de las 45 cepas ensayadas. Sobre el 85% de las cepas presentaron otros genes de virulencia asociados a la adhesión, producción de exoenzimas, toxinas, enterotoxinas y la captación de hierro. Los estudios de relación genética mostraron la presencia de 5 clados, destacando el clado principal con cepas portadoras del SCCmec I distribuídas en la zona centro sur de Chile entre los años 2012 al 2017. Los estudios de formación de biopelículas indicaron que sólo el 73% de las cepas eran productoras de biopelículas, y que el 55% y el 18% del total mostraron un índice de formación de biopelículas débil (DFBP) y moderado (MFBP), respectivamente. De estas cepas se seleccionó una de cada fenotipo y se realizaron ensayos de formación y erradicación de biopelículas en presencia de VAN, DAP, LZD y β-CLA separadamente, y en en combinación con este último. Los análisis de MEC indicaron que la cepa no formadora de biopelículas presentó un aumento de la biomasa viva de la biopelícula madura en concentraciones sub-CMI de VAN, DAP y β-CLA, y una disminución frente a LZD. Las cepas con fenotipo NFBP y MFBP mostraron un aumento en la lectura del espectro rojo cuando se expusieron a concentraciones sub-CMI de LZD, y de las combinaciones LZD + β-CLA, VAN + β-CLA y DAP + β-CLA (p= 0,019) y sub-CMI de VAN, DAP, β-CLA, LZD + β-CLA, VAN + β-CLA y DAP+ β-CLA (p=0,037), respectivamente; lo cual indica que a estas concentraciones ensayadas se induce la muerte celular dentro en la biopelícula, permitiendo además su desagregación.
Las cepa con fenotipo DFBP no mostró cambios en la producción de biopelículas frente a los compuestos ensayados. Los ensayos de expresión de genes de virulencia no arrojaron resultados concluyentes con la metodología ensayada. Las cepas de SARM-AH referidas por el ISP de Chile analizadas en esta tesis, presentan prevalentemente, a nivel tanto fenotípico como genotípico, el perfil clásico del clon chileno/cordobés con un amplio arsenal de genes virulencia, principalmente codificantes de factores de adherencia, exoenzimas, toxinas y hemolisinas. Por otra parte, el uso de sub-CMI β-CLA, VAN y DAP contribuyen al a formación de biopelículas en una cepa con fenotipo no productor de biopelículas. El uso de combinaciones a concentraciones sub-CMI de 1 μg/mL LZD, y de las combinaciones de 1 μg/mL LZD +16 μg/mL β-CLA, 0,5 μg/mL VAN + 16 μg/mL β-CLA y 0,125 μg/mL de DAP + 16 μg/mL β-CLA, provocan una disminución de la formación de esta biopelícula, favoreciendo su erradicación.Staphylococcus aureus is an important bacterial pathogen implicated in human and animal infections. ince the dawn of the antibiotic era, methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) has demonstrated a remarkable ability to acquire genes responsible for resistance to multiple antibiotics, along with a vast array of virulence factors.. In addition, MRSA represents a great problem due to the persistence of infections associated with medical devices, mainly due to the ability to form biofilms, allowing it to resist antibiotic treatment, even in strains that do not present genetic determinants of resistance, which ultimately necessitates the removal of the patient's drug-impregnated medical device. In recent times, alternatives to the usual therapeutic treatment have been tested, using combinations of antibiotics employed in clinical practice and compounds capable of disaggregating biofilms. In some MRSA isolates, it has been shown that the use of some antibiotics can even increase the expression of genes involved in the formation of biofilms, generating hyperadhesive phenotypes. For this reason, it is important to know the biofilm formation capacity and the epidemiology of circulating MRSA strains in Chile. Recently, β-chloro-L-alanine (β-CLA), a compound with antibacterial activity, has been shown to disaggregate MRSA biofilms in combination with fosfomycin. However, the effect of this compound in combination with other clinically used antibiotics on the expression of genes encoding virulence factors associated with biofilm formation is unknown. For this reason, in this doctoral thesis, the general objective was to characterize the MRSA strains from hospitals in Chile and to determine the effect of antibiotics used in the treatment of MRSA and the combination of them with β-CLA on the formation of biofilms and also to determine the impact on gene expression for virulence factors associated with this biofilm-forming ability in MRSA strains isolated from Chilean hospitals. We worked with 50 hospital MRSA strains provided by the Chilean Public Health Institute, isolated between 2007 and 2017, which were characterized based on the susceptibility profile to linezolid, daptomycin, and vancomycin; the SCCmec cassette type; and molecular typing by macrorestriction with SmaI enzyme and pulsed field electrophoresis (PFGE). In addition, the methicillin resistance phenotype was confirmed by means of the cefoxitin susceptibility test and the detection of the mecA gene by conventional polymerase chain reaction (PCR). Subsequently, whole genome sequencing (Illumina® MiSeq) was performed using Unicycler v0.4.8 and Spades v3.15.4 for assembly, visualization with Bandage v0.8.1, and genomic annotation using Prokka. Multilocus type loci (MLST), spa type, SCCmec typing, antimicrobial resistance genes, and virulence genes were confirmed using SpeciesFinder 2.0, MLSTFinder 2.0, SCCmecFinder 1.2, spaTyper 1.0, ResFinder 4.1, and VirulenceFinder 2.0., respectively. Biofilm formation capacity was assessed by adhesion assays in 96-well plates, and biofilm formation and eradication in the presence of the antibiotics linezolid, daptomycin and vancomycin alone and associated with β-CLA was investigated in 6-well polystyrene plates flat bottom wells, with a smooth stainless steel sheet, which were subsequently stained using the LIVE/DEAD® Baclight™ Bacterial Viability Kit and analyzed by confocal electron microscopy (CEM), to assess viability of the strains and thickness of the biofilm after exposure to antibacterial compounds. The methicillin-resistant phenotype, along with the presence of the mecA gene, was confirmed in all 50 strains reported by the Chilean Public Health Institute (ISP), in addition to the presence of the mecA gene. It was determined that 76% of the MRSA strains had SCCmec type I, 14% SCCmec type II, 8% SCCmec type Iva, and 1 strain (2%) SCCmec type Ivc. The MLST determined that the prevalent sequence types (ST) were ST5 (76%), followed by ST105 (14%), ST8 (4%), and ST5575, ST2802, and ST72 with 2% prevalence. The spa type t149 was the most prevalent, identified in 33% of the strains, with t002 found in 12%. Regarding the predominant agr, agr group was type II (30%) was the most present, and in the same line, the typing of the capsular polysaccharide determined that the prevalent capsular type was cap8 (82%), followed by cap5 (18 %). However, molecular typing of SCCmec revealed that 5 strains initially classified as hospital-associated MRSA were actually of community origin. In accordance with the inclusion criteria, these strains were excluded from further study. The strains showed a multiresistance profile, highlighting 98% resistance to antibiotics of the MLSB group, more than 98% to quinolones, and 64% to gentamicin. No strains resistant to cotrimoxazole, linezolid (LZD), vancomycin (VAN) or daptomycin (DAP) were found. Concordantly, the strains presented a high prevalence of resistance genes to different families of antibiotics, such as those encoding aminoglycoside-modifying enzymes: aac(6')-Ie-aph(2'')-Ia (82%), aad(6) and ant(6)-Ia (64%), aadD (16%), aadE (7%), ant(9)-Ia (98%), ant(4')-Ib (16%), sat4 (40%), aph(3')-IIIa (64%), methylase enzymes: ermA (98%), ermC (4%), beta-lactamase: blaZ (82%), rifampin phosphotransferase: rphB (91%), and dihydrofolate reductase: dfrC (1%). In addition, all the strains presented the genes fosB (resistance to fosfomycin), norA, mgrA, mepA, mepR, sav1866 (resistance to fluoroquinolones), tet38 (resistance to tetracyclines) and the 2-component regulatory system arlRS. Regarding the characterization of genes that encode virulence factors involved in the formation of biofilms, 98% of the strains presented the fnbA gene and 26% the fnbB gene (encoding fibronectin binding proteins A and B, respectively); 98% the icaABCDR operon; 80% hly/hla and all carried the hlb and hld genes, encoding hemolysins b and d, respectively. The presence of bap gene, or pmsA and pmsB operons was not detected in any of the 45 strains tested. Over 85% of the strains presented other virulence genes associated with adhesion, production of exoenzymes, toxins, enterotoxins, and iron uptake. The genetic relationship studies showed the presence of 5 clades, highlighting the main clade with strains carrying SCCmec I distributed in the south-central zone of Chile between 2012 and 2017. The biofilm formation studies indicated that only 73% of the strains were biofilm producers, and that 55% and 18% of the total showed a weak (DFBP) and moderate (MFBP) index of biofilm formation, respectively. One of each phenotype was selected from these strains and biofilm formation and eradication assays were performed in the presence of VAN, DAP, LZD and β-CLA separately, and in combination with the latter. The MEC analyzes indicated that the non-biofilm-forming strain showed an increase in live biomass of the mature biofilm at sub-MIC concentrations of VAN, DAP and β-CLA, and a decrease compared to LZD. Strains with NFBP and MFBP phenotypes showed an increase in the red spectrum reading when exposed to sub-CMI concentrations of LZD, and of the combinations LZD + β-CLA, VAN + β-CLA and DAP + β-CLA (p = 0.019) and sub-MIC of VAN, DAP, β-CLA, LZD + β-CLA, VAN + β-CLA and DAP+ β-CLA (p=0.037), respectively; which indicates that at these tested concentrations cell death is induced within the biofilm, also allowing its disaggregation.Strains with DFBP phenotype did not show changes in biofilm production against the tested compounds. Virulence gene expression assays did not yield conclusive results with the tested methodology. The MRSA-HA strains referred to by the ISP of Chile analyzed in this thesis present predominantly, at both the phenotypic and genotypic level, the classic profile of the Chilean/Cordobes clone with a wide arsenal of virulence genes, mainly encoding adhesion factors, exoenzymes, toxins and hemolysins.
On the other hand, the use of sub-CMI β-CLA, VAN and DAP contribute to the formation of biofilms in a strain with a non-biofilm-producing phenotype. The use of combinations at sub-MIC concentrations of 1 μg/mL LZD, and of combinations of 1 μg/mL LZD +16 μg/mL β-CLA, 0.5 μg/mL NPV + 16 μg/mL β-CLA and 0.125 μg/mL of DAP + 16 μg/mL β-CLA, cause a decrease in the formation of this biofilm, favoring its eradication.ANID, Beca de Doctorado Nacional N.º 2017 21171278Facultad de Ciencias BiológicasDepartamento de MicrobiologíaConcepció
Diversidad de genes de resistencia a antibióticos en muestras de agua dulce de zonas con diferente grado de intervención humana en Península Fildes, Isla Rey Jorge, Antártica.
No full textTesis presentada para optar al grado de Magíster en Ciencias, mención en Microbiología.La Antártica es considerada un lugar remoto que, debido al aislamiento y las duras condiciones ambientales, ha permitido que muchos de los ecosistemas se hayan mantenido inalterados o tengan una escasa intervención humana. Se sabe que las bacterias poseen una gran capacidad de adaptación a los diferentes ambientes y han desarrollado mecanismos de resistencia a los antibióticos, siendo los de resistencia adquirida y transferible los más importantes por su potencial diseminación. Es importante mencionar que el fenómeno de resistencia no es exclusivo de bacterias de origen clínico, sino que también se ha informado en bacterias aisladas de ambientes naturales, como suelo, ríos y lagos, por lo que el papel de estos microorganismos como posibles reservorios de genes de resistencia a antibióticos (GRA), se ha convertido actualmente en un constante foco de atención. Otro reservorio fundamental de GRA es la microbiota comensal, principalmente del tracto gastrointestinal de humanos y animales. La posible transferencia de determinantes de resistencia a antibióticos entre bacterias de la microbiota humana y bacterias antárticas se ha tornado una preocupación, debido al aumento del turismo y establecimientos de personas por períodos prolongados, las que pudiesen aportar bacterias resistentes a este ambiente. El presente trabajo tuvo como objetivo evaluar diversidad de GRA presentes en muestras de agua dulce de zonas con diferente grado de intervención humana en Isla Rey Jorge, Antártica. Siendo la Zona A el área de mayor impacto humano, Zona B con presencia animal permanente y la Zona C área remota de difícil acceso por lo tanto considerada sin impacto humano ni presencia permanente animal. Se aislaron en la Zona A, 48 morfotipos y en la Zona B, 20 morfotipos distintos, en donde predominan bacterias Gram negativas oxidasa positiva a diferencia de la Zona C en donde se aislaron 34 morfotipos predominando bacterias Gram negativas oxidasa negativa. Los perfiles de resistencia y el índice de resistencia a antibióticos (IRA) indican que las zonas con impacto humano (Zona A) y con influencia animal (Zona B) son las que presentan mayores índices de resistencia a los antibióticos con un IRA de 0,5 y 0,7; respectivamente, a diferencia de la zona C que presenta un IRA de 0,05. Se observa una mayor diversidad de GRA en zonas con influencia humana, siendo los genes de resistencia (GR) a β-lactámicos, como el blaCTX-M2 y de resistencia a aminoglicósidos, como el gen aac6'Ib, los que predomina. Además, estos genes están presentes también en las zonas con influencia animal y zonas remotas. Este estudio permite establecer que existe diferencia en el comportamiento frente a antibióticos de bacterias aisladas de agua dulce desde zonas con o sin influencia humana, así como también determinar que existe mayor en la riqueza y diversidad de GR a antibióticos en la zona con mayor actividad antrópica.Facultad de Ciencias BiológicasDepartamento de MicrobiologíaConcepció
Caracterización de integrones y resistencia a los antibacterianos en aislados de Escherichia coli obtenidos de muestras de orina de pacientes ambulatorios.
No full textTesis presentada para optar al título de Biólogo/a.Las infecciones del tracto urinario (ITU), son una de las causas más frecuentes de consulta ambulatoria, siendo Escherichia coli el uropatógeno más frecuente en este tipo de infección. La resistencia de E. coli a los diferentes antibióticos se relaciona con el consumo de estos, ya que la presión selectiva que ejercen, favorece la selección, adaptación y diseminación de mecanismos de resistencia a los antimicrobianos. Por esto, los integrones juegan un rol importante en el contexto clínico, ya que permite capturar, integrar y expresar genes de resistencia a antibacterianos, que se encuentran a la forma de casetes genéticos de resistencia. Si bien los primeros estudios sobre los integrones se enfocaron sólo en el contexto intrahospitalario, en los últimos años se han identificado integrones en cepas aisladas de diversos ambientes. En Chile la información relacionada con integrones se centra sólo en cepas intrahospitalarias, por lo que esta investigación pretende determinar los patrones de resistencias actuales, y la prevalencia de integrones, en cepas aisladas desde pacientes ambulatorios, además, se pretende determinar los tipos de genes en casetes que contienen los integrones encontrados, y relacionarlos con el perfil fenotípico de resistencia de las bacterias. Se recolectaron 211 aislados de E. coli de laboratorios de cuatro ciudades del país (Concepción, Santiago, Quillota y La Serena), a las cuales se les determinó los perfiles de resistencia. Se relacionaron estos perfiles, con la presencia de integrones, y con la caracterización de ellos; esto mediante extracción de ADN, PCR y secuenciación. Nitrofurantoina, fue el antibacteriano que presentó mejores resultados in vitro con un 86 % de susceptibilidad, mientras que estreptomicina un 18 % y ampicilina presentó un 24 %. El integrón clase 1 fue el más frecuente en los aislados ambulatorios de este estudio, con una prevalencia del 15, 2 %, no encontrándose integrón clase 2. Se caracterizó el integrón del 63% de los aislados con integrón clase 1, donde el casete correspondiente al gen aadA, que codifica resistencia a los aminoglucósidos, fue el más prevalente, seguido de dfrA, codificante de enzimas dihidrofolato reductasas. Cuando aislados de E. coli ambulatorios, presentan un gen en casete de resistencia, la probabilidad de que sea fenotípicamente resistente es alta, sin embargo, la resistencia no se puede relacionar exclusivamente con la presencia de integrones clase 1, ni con los genes en casetes que contienen los integrones.Facultad de Ciencias Naturales y OceanográficasDepartamento de MicrobiologíaConcepció
Presencia de integrones y su relación con la resistencia a antibióticos B-lactámicos en cepas intrahospitalarias de acinetobacter baumannii resistentes a cefalosporinas de tercera generación.
No full textTesis presentada para optar al grado de Magíster en Ciencias, mención en Microbiología.Acinetobacter baumannii corresponde a un cocobacilo Gram negativo, no fermentador. Este patógeno oportunista es un importante agente etiológico de infecciones intrahospitalarias, incluyendo bacteremia, infecciones del tracto urinario, meningitis secundaria y, más frecuentemente, como agente de neumonía, particularmente asociada a pacientes confinados en unidades de cuidados intensivos. Estas infecciones son difíciles de tratar debido a que esta especie presenta una elevada y múltiple resistencia a los principales grupos de antibióticos usados en la terapia antinfecciosa, incluyéndose entre ellos a las cefalosporinas de tercera generación. Diversos mecanismos de resistencia a estos antibióticos han sido descritos, los que están mediados básicamente por la expresión de enzimas que hidrolizan el anillo -lactámico y, en menor proporción, por impermeabilidad de la membrana externa a este tipo de compuestos. Sin embargo, la mayor parte de la resistencia a antibióticos -lactámicos, en Gram negativos, está asociada con la producción de -lactamasas, incluyendo enzimas de las familias TEM, SHV, IMP, OXA y sus derivados. En Acinetobacter spp. se han descrito algunas de ellas, y recientemente se demostró la presencia de -lactamasas de espectro extendido (BLEE) que son capaces de hidrolizar cefalosporinas de tercera generación. La diseminación de genes de resistencia normalmente ocurre a través de plásmidos y transposones, sin embargo, nuevos elementos genéticos estarían participando en este fenómeno, los que son conocidos como integrones. Se ha informado de la existencia de cuatro clases de integrones, detectándose en Acinetobacter las clases 1 y 2, los que a su vez pueden contener uno o varios cassettes genéticos que codifican para la resistencia a diversos antibióticos. De esta forma, los cassettes genéticos representan una nueva clase de elementos genéticos que se movilizan mediante recombinación sitio-específica. En este sentido, plásmidos y transposones juegan un rol importante, debido a que la asociación de integrones con transposones o plásmidos, explicaría la presencia de cepas que son simultáneamente resistentes a diferentes antibióticos. De acuerdo a esto, es posible prever como la pesquisa de integrones y cassettes genéticos asociados a estos elementos será de gran importancia al momento de explicar no sólo la diseminación de estos elementos, sino también la multiresistencia que presentan algunas cepas bacterianas. En este trabajo se investigó el rol de los integrones en la resistencia a cefalosporinas de tercera generación en 100 cepas hospitalarias de A. baumannii, la mayoría resistentes a estos antibióticos. Se identificó, mediante hibridación en colonia y PCR, la presencia de integrones en 76 % de las cepas estudiadas distribuyéndose en 2 % con clase 1, 73 % con clase 2 y sólo 1 % de las cepas presentó simultáneamente integrón clase 1 y 2. Por otro lado, se detectaron los genes que codifican para las -lactamasas pertenecientes a la familia TEM en 73 % de las cepas y OXA en 1 %. La caracterización de los integrones en algunas cepas de A. baumannii, reveló la presencia de cassettes genéticos que codifican resistencia a antibióticos aminoglicósidos y trimetoprim. Sólo una cepa (97-53) presentó un cassette codificante de -lactamasa, correspondiendo a una enzima tipo OXA, asociada al integrón clase 1 y 2. Además, se detectaron cepas que siendo resistentes a este grupo de antibióticos no presentaban integrones, mientras que otras siendo susceptibles sí los poseían. Por lo tanto, no se encontró una relación directa entre la presencia de integrones y la resistencia a cefalosporinas de tercera generación en las cepas de A. baumannii estudiadas.Facultad de Ciencias BiológicasDepartamento de MicrobiologíaConcepció
- …
