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Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Smart materials integrating photosensitive molecular motors : from covalent networks to supramolecular systems
No full textLe développement de la civilisation a toujours été intimement lié à la conception et la construction de structures capables d’améliorer la condition de l’humanité. Aujourd’hui, la course à la miniaturisation conduit les scientifiques au développement de systèmes nanoscopiques toujours plus innovants et complexes. Animés par cette volonté d’innovation, notre équipe s’inscrit dans un cadre de biomimétisme, en étudiant des systèmes pouvant travailler hors équilibre et qui composent majoritairement les machines moléculaires naturelles. Les travaux décrits dans ce manuscrit cherchent à répondre à une problématique majeure dans le domaine des machines moléculaires et plus globalement dans le domaine des nanotechnologies : quelle conception structurale permet de mettre en commun une information ou un mouvement mécanique moléculaire afin d’obtenir un système intelligent répondant à son environnement ? Pour répondre à cette question, dans un premier temps ce manuscrit décrit l’optimisation synthétique puis technique d’actuation du moteur moléculaire. De ce travail préliminaire découle l’intégration de la machine polyfonctionnalisable dans de nombreux systèmes complexes : réseau covalent contractile et réversible, réseaux réticulé d’unités supramoléculaires, auto-assemblage supramoléculaire, utilisation et quantification de la force générée par méchanotransduction d’un moteur moléculaire isolé. L’ensemble des résultats développés dans ce manuscrit fournissent un support technique et conceptuel dans l’élaboration de nouveau matériaux complexes et intelligents.The development of civilization has always been closely linked to the design and construction of structures capable of improving the condition of humanity. Today, the race to miniaturize is leading scientists to develop increasingly innovative and complex nanoscopic systems. Driven by this desire for innovation, our team is part of a biomimethics framework, by studying systems that can work out of equilibrium and that mainly compose the natural molecular machines. The works described in this manuscript aim to answer a major problem in the field of molecular machines and more generally in the field of nanotechnologies: what structural design makes it possible to combine molecular mechanical information or movement in order to obtain an intelligent system that responds to its environment? To answer this question, this manuscript first describes the synthetic and then the technical optimization of the molecular motor actuation. From this preliminary work results the integration of the polyfunctionalizable machine into many complex systems: contractile and reversible covalent network, cross-linked networks of supramolecular units, supramolecular self-assembly, use and quantification of the force generated by mechanotransduction of an isolated molecular motor. The set of results developed in this manuscript provides technical and conceptual support in the development of new complex and intelligent materials
Vers des copolymères supramoléculaires multifonctionnels
No full textLe but de cette thèse était de comprendre l'organisation supramoléculaire et le possible réarrangement dynamique de copolymères supramoléculaires multifonctionnels. Ainsi, nous avons synthétisé diverses molécules présentant un coeur urée ou pérylène fonctionalisé par différentes chaines latérales afin de combiner des propriétés de structuration, de fluorescence et de bioreconnaissance dans une même chaine de polymère supramoléculaire. En combinant différentes techniques de spectroscopie, de diffusion du rayonnement et de microscopie, nous avons montré que des molécules avec un même coeur mais des chaines latérales différentes conduisaient à des nanostructures différentes comme des rubans vrillés, des plaques 20 ou encore des fibres branchées. Enfin, plusieurs unités monomériques avec un même coeur mais des chaines latérales différentes ont été mélangées pour former des copolymères supramoléculaires multifonctionnels. La formation préférentielle d'une nanostructure unique dictée par un des monomères a été démontrée selon un mécanisme de tri dit social ( « social self-sorting » ).The goal of this thesis was to understand the supramolecular organization and the possible dynamic rearrangement of multifunctional supramolecular copolymers. To this end, we havedeveloped a series of building blocks based on urea or perylene cores with various lateral side chains for combining structuring, fluorescence, and biorecognition properties in a singlesupramolecular polymer chain. Using a combination of spectroscopy, scattering, and microscopy techniques, we have shown that molecules with a same core but different lateral chains can lead to the formation of various nanostructures su ch as twisted ribbons, 20 plates, or branched fibers. Ultimately, by combining monomeric units with different functional side chains, multifunctional supramolecular copolymers have been obtained. Whereas radiation scattering and imaging techniques were used to demonstrate that one of the monomer can dictate the formation of a preferential nanostructure, optical spectroscopies revealed that the polymerization process of our systems indeed occurs via social self-sorting
Bibliothèque de peptides dynamiques fondés sur la ligation chimique native réversible
No full textLa possibilité d'utiliser une nouvelle méthodologie pour l'échange de liaisons peptidiques dans des conditions aérobiques et biocompatibles a été étudiée. Nous décrivons l'optimisation de la ligation chimique native combinatoire dynamique (dynNCL) au niveau d'un résidu N-méthylcystéine en utilisant des peptides modèles. Nous employons en outre cette méthode optimisée pour le criblage de bibliothèques de peptides combinatoires dynamiques en présence et en l'absence d'un gabarit de type anticorps. L'effet que l'incorporation d'une jonction dynamique au sein de ligands non-anticorps a sur l'affinité a également été étudié. Nous proposons que dynNCL peut être utilisé pour la conception d'une nouvelle classe de séquences pouvant potentiellement conduire au premier exemple d'épissage de protéines artificielles.The possibility to use a new methodology for peptide bond exchange in aerobic biocompatible conditions has been investigated. We describe the assay optimization of dynamic combinatorial native chemical ligation (dynNCL) at the N-methyl-cysteine residue using model peptides. We further employ this optimized method for the screening of dynamic combinatorial peptide libraries in the presence and the absence of an antibody template. The effect that dynamic junction incorporation into non-antibody ligands has upon affinity was also studied. We propose that dynNCL can be used for the creation of a new class of designer sequences which can potentially provide the first example of artificial protein splicing
Synthèse et nano-modulations d'amphiphiles dynamiques auto-assemblés
No full textContrôler les forces supramoléculaires et chirales a toujours été un défi pour la communauté scientifique. Dynablocks sont amphiphile basés sur des liaisons covalentes réversibles (imine) qui, dans l’eau, s’auto–assemblent en mésophases. Avec un nouveaux aldéhydes chargés et avec divers types d'amines (pKa et chaînes de PEG variables) dynablocks chargées ont été utilisés pour ajuster les surfaces micellaires (inversion noyau/coquille). Nous avons également étudié les propriétésd'auto-réplication (autopoiesis) et leur intérêt pour les premiers réplicateurs de la Terre prébiotique. Dynablocks non chargés ont plutôt été utilisés pour l'étude des structures à haute concentration et pour l’amplification chirale. Dans ce dernier,peptides amphiphiles dynablocks agissaient comme gelators avec une matrice formée d’un réseau 3D entrelacé. Une torsion supramoléculaire a été observée et une amplification chirale au niveau de la morphologie des structures a pu être détectée par AFM et TEM.Taking the control over supramolecular and chiral forces has always been a challenge for the scientific community. Dynablocks are amphiphiles based on reversible imine covalent bond that, in water, self-assemble in mesophases. With a new charged aldehyde, charged dynablocks were used to tune the surface of the assemblies directing the charged heads inward or outward, changing the PEG units and the pKa of the amines. Moreover, we continued the study on focusing the interest on self-replicating properties (autopoiesis), topic that provides insights for the first replicators that could have appeared in the prebiotic Earth. Non-charged dynablocks were instead employed for the study of structures in high concentration and for chiral amplification. In this latter, peptide amphiphilic dynablocks acted as gelators with a typical 3D intertwined network matrix. A supramolecular twist was observed and a chiral amplification in the structures morphologies was detected in AFM and TEM pictures
Dynamic Combinatorial Chemistry Out of Equilibrium
Full text linkThe dynamic combinatorial libraries (DCL) is an adaptive chemical system that will respond to external chemical effectors and physical stimuli or internal factors, through a redistribution of building blocks over library members by virtue of dynamic (covalent) bonds. Kinetic controlled dynamic combinatorial chemistry (DCC) enables the evolution of the library depending on kinetic factors, which expands the chemical space that the system can reach. Self-sorting behavior can occur within the DCL during the process of crystallization, including the expression of chiral information and the organization of ligands. Non-equilibrium strategies can be implemented by controlling environmental conditions to manipulate the DCL beyond thermodynamic equilibrium. Kinetic control can cause chemical systems to reach an out-of-equilibrium state, which in most cases is a kinetically trapped one that can persist without an energy input. The chapter shows several pioneering examples to explain how dissipative DCC can lead to complex functions and unique systems properties.</p
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Auto-assemblages photo-induits des dérivés triarylamine
No full textLe but de cette thèse était d’auto-assembler des entités triarylamines donneurs d’électrons et capables de s’empiler en fibres conductrices sous l’action de la lumière, avec des entités accepteurs d’électrons de manière à obtenir des hétérojunctions supramoléculaires. Ces objectifs ont été atteints dans des versions dites statiques (distances constantes entre canauxdonneur et accepteur d’électrons) mais aussi dans une version dynamique ou la distance entre unités électroactives change grâce à l’action contrôlée d’un muscle moléculaire intégré. Ces systèmes auto-assemblés fonctionnels ont montré des changements très importants de leurs propriétés optoélectroniques en réponse à des stimuli orthogonaux comme la lumière et le pH.The aim of this thesis was to self-assemble electron-donating triarylamine units, capable of aggregation into conducting fibers triggered by light, with electron-accepting entities to obtain supramolecular heterojunctions. These objectives were attained, that is in static versions (with constant distances between electron-donating and -accepting channels) and in a dynamicversion wherein the distance between the electroactive units changes owing to the controlled action of an integrated molecular muscle. These functional self-assembled systems showed very important changes in their optoelectronic properties in response to orthogonal stimuli such as light and pH
Synthesis and physico-chemical studies of materials on light-driven rotery molecular motors
No full textCe manuscrit décrit la synthèse d’un moteur moléculaire rotatif photoactivable. Il est montré que la molécule cible peut être intégrée dans un réseau de chaînes PEG, et que l’irradiation UV du matériau obtenu mène à sa contraction à macroscopique. Ces mouvements moléculaires collectifs permettent donc de convertir de l’énergie lumineuse pour produire un travail mécanique de huit ordres de grandeur au-delà de leur échelle. Une combinaison d’études de rhéologie et de diffusion de neutron a permis de définir les paramètres de formation de gels pour obtenir une contraction maximale, mais aussi l’observation expérimentale que la rotation des moteurs initie des enroulements de chaînes PEG, ce qui est responsable de la contraction du matériau. De plus, la synthèse d’une unité modulatrice et son intégration dans ces matériaux sont décrites. Les gels résultants présentent des propriétés de contraction réversibles et le caractère hors-équilibre de l’ensemble du système est ensuite discuté.This manuscript describes the gram-scale synthesis of a light-driven rotary molecular motor. It is shown that the target molecule can be integrated into a PEG chains network, and that the UV irradiation of the obtained material leads to its macroscopic contraction. These collective molecular movements are then able to convert light energy to produce a mechanical work of eight orders of magnitude beyond their scale. A combination of rheology and small angle neutron scattering studies defined the of gel formation parameters to obtain maximum contraction, but also the experimental observation that motor rotation initiates PEG chain windings, which is responsible of the contraction of the material.In addition, the synthesis of a modulator unit and its integration into these materials is described. The resulting gels present reversible contraction properties and the out-of-equilibrium behavior of the entire system is then discussed
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