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Elucidating the machinery for lignification of the Casparian strip
No full textPlant roots have evolved to prevent diffusion between the soil and the vasculature in order to fulfill two opposing needls: to absorb water and nutrients; and to avoid that harmful agents reach the vasculature. In the endodermis, the tissue layer surrounding the root vasculature, cells form a précisé imprégnation of lignin in the cell wall called the Casparian strip (CS). The CS is a ring-like structure and seals the apoplast. In conséquence, plants rely on selective uptake mechanisms to absorb nutrients. To date, little is known about the molecular factors accounting for polymerization of lignin in the CS. Lignin polymerization involves single-electron oxidation of monolignols, i.e. the archetype of lignin monomers, and the growing lignin chain. In this way, monolignols can be coupled into lignin polymers. Class III PEROXIDASEs (PRXs) and LACCASES (LACs) are monolignol oxidases in plants. In this thesis I conducted a study to ascertain whether PRXs and LACs are involved in the lignification of the CS, using the model plant Arabidopsis thaliana. First, I determined that PRXs are essential to form CS. Plants carrying combined mutations on five CS-localized PRXs (four mutant alleles are T-DNA insertions and one is a single-nucleotide insertion) are devoid of CS and accumulate H2O2 in the cell wall domain where the CS normally forms. Surprisingly, absence of CS delayed the establishment of endodermis apoplastic block much more than in loss-of-function mutant plants of MYB36, a master regulator of CS formation. Secondly, we found that four LACs (1, 3, 5 and 13) are targeted to the médian domain of the endodermal cell wall, where the CS forms. Nonetheless, plants carrying combined mutations on five LACs, including the four cited above (four mutant alleles are T-DNA insertions and one is a single-nucleotide insertion), do not have any discernibje defects in the CS. I also studied the mobility dynamics of proteins residing in the CS by Fluorescent recovery after photobleaching (FRAP). I utilized plants expressing fluorescently tagged proteins of CASPARIAN STRIP MEMBRANE DOMAIN PROTEIN 1 (CASP1), PRX64 and LAC3, and found that they have very low mobility. This pattern is reminiscent of that of CASP1, which was previously shown to be immobile once established in the membrane domain underlying the CS, also called the Casparian strip domain (CSD). I hypothesize, that proteins residing in the CS and required for local lignin polymerization at the CS could form a complex, with CASPs as scaffold proteins. Finally, I also worked on the establishment of a protocol to analyze by mass spectrometry proteins associated to the CS. Although it was possible to obtain cell wall préparations where CASP1-GFP was preserved, there was contamination from nucleus and vacuole, even after several treatments to remove them.
In summary, in this thesis I reported that PRXs are essential, and not redundant with LACs, in the lignification of CS. In addition, the fact that four LACs localized to the cell wall domain where the CS is formed suggests their participation in local lignin polymerization in the CS. Moreover, my results lend further support to a model previously proposed to explain localized lignin déposition in the endodermis, whereby spatial confinement of PRXs to the proximity of proteins producing reactive oxygen species (ROS) leads to précisé localization of the CS.
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La racine des plantes a évolué de manière à prévenir la diffusion entre le sol et leur système vasculaire dans le but de satisfaire deux exigences opposées : absorber l'eau et les nutriments tout en évitant que des agents nocifs n'atteignent le système vasculaire. Dans l'endoderme, la couche tissulaire entourant le système vasculaire des racines, les cellules produisent une imprégnation particulière de lignine dans la paroi cellulaire que l'on appelle le Cadre de Caspary (CÇ).
Le CC est une structure en forme d'anneau qui scelle l'apoplaste. Par conséquent, les plantes dépendent de mécanismes sélectifs pour absorber les nutriments. A ce jour, très peu est connu sur les facteurs moléculaires qui déterminent la polymérisation de la lignine dans le CC. La polymérisation de la lignine implique une oxydation d'un seul électron des monolignols - qui constituent l'archétype des monomères de lignine - et de la chaîne croissante de lignine. De cette manière, les monolignols peuvent être accouplés pour constituer des polymères de lignine. Les peroxydases de classe III (PRXs) et les laccases (LACs] sont des enzymes capables de catalyser l'oxydation des monolignols.
Dans cette thèse, en utilisant la plante Arabidopsis thaliana comme modèle, j'ai mené une étude pour identifier si des PRXs et des LACs sont impliquées dans la lignification des CC. En premier lieu, j'ai déterminé que les PRX sont essentiels dans la formation des CC. Des plantes portant des mutations combinées sur 5 gènes codant des PRX localisées dans les CC sont dépourvues de cette structure et présentent une accumulation de H2O2 dans le domaine de la paroi cellulaire où se forme normalement le CC. De manière surprenante, l'absence de CC a retardé la mise en place de la barrière apoplastique dans la racine avec un impact beaucoup plus grand que ce que l'on constate avec des plantes mutantes privées de cette fonctionnalité par altération du gène MYB36, un des régulateurs principaux de la formation des CC. En second lieu, nous avons découvert que quatre LACs (1, 3, 5 et 13) sont dirigés à la zone de la paroi cellulaire où le CC est formé. Néanmoins, les plantes porteuses d'une mutation combinée de ces 4 LACs n'ont aucun défaut discernable dans le CC.
J'ai également étudié la dynamique de mobilité des protéines se trouvant dans le CC grâce à la technique appelé Fluorescence recovery after photobleaching (FRAP). En utilisant des plantes exprimant des protéines fluorescentes de CASPARIAN STRIP MEMBRANE DOMAIN PROTEIN (CASP1), PRX64 et LAC3, j'ai découvert qu'elles ont une très faible mobilité dans la paroi cellulaire, similairement à CASP1, une résidente de la membrane plasmique sous-jacent aux CC. Je formule l'hypothèse que les protéines se trouvant dans le CC et qui y sont nécessaires à la polymérisation de la lignine dans le CC pourraient former un complexe en se servant des protéines CASP comme point d'ancrage. En dernier lieu, j'ai travaillé à l'établissement d'un protocole pour analyser les protéines associées au CC. Il a été possible d'obtenir une préparation avec des parois cellulaires dans laquelle CASP1-GFP a été préservés. Cependant, malgré différents traitements d'extraction, les fractions isolées contenant CASP1-GFP étaient contaminées par des protéines d'autres compartiments cellulaires.
En résumé, je montre dans cette thèse que les PRXs sont essentielles, et ce sans redondance fonctionnelle avec les LACs, à la lignification des CC. De plus, le fait que quatre LACs aient été mis en évidence dans la zone de la paroi cellulaire où se forme le CC suggère qu'elles participent également à la polymérisation de lignine. Par ailleurs, mes résultats tendent à donner appui à un modèle proposé dans une étude précédente pour expliquer la formation localisée de lignine dans l'endoderme. Celui-ci prédit que le confinement spatial des PRXs dans la proximité de protéines produisant des dérivés réactifs de l'oxygène détermine la position précise des CC.
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Analyse des gènes codant des peroxydases et des laccases et de leur participation à la formation des cadres de Caspary
Nelson Rojas-Murcia, Département de Biologie Moléculaire Végétale (DBMV), Université de Lausanne
Les plantes terrestres absorbent l'eau et les nutriments du sol au travers de leurs racines. Mais, durant ce processus, les agents nocifs présents dans le sol ne doivent pas pouvoir entrer dans la plante. Ainsi, les tissus qui constituent les racines doivent satisfaire à ces deux exigences opposées. A cette fin, le tissu vasculaire qui transporte l'eau et les nutriments des racines jusqu'au reste de la plante sont entourés par l'endoderme. Les cellules de l'endoderme produisent dans leur paroi cellulaire des dépôts de lignine, un composant hydrophobe, formant un anneau autour de chaque cellule. Cet anneau s'appele le Cadre de Caspary (CC) et scelle l'espace entre cellules de l'endoderme. Toutes les CC de l'endoderme forment ensemble un réseau qui ressemble à un filet de pêche. En créant des CC, l'endoderme entrave le mouvement de substances entre le sol et le système vasculaire et les oblige à passer à travers des mécanismes sélectifs d'absorption dans les racines.
A ce jour, les facteurs contrôlant la formation de lignine dans les CC restent inconnus. La lignine est constituée par des chaînes de molécules s'appelant des monolignols et pour que la formation de ces chaines ait lieu, il est nécessaire que les monolignols soient oxydés. Des résultats de recherche dans d'autres tissus végétaux, notamment dans le bois où il y a une présence importante de lignine, indiquent que dans l'oxydation des monolignols participent deux groupes de protéines principalement: les peroxydases de classe III (PRX) et les laccases (LAC).
J'ai procédé à une étude génétique pour déterminer si les PRXs et les LACs sont impliqués dans la lignification des CC au moyen de la planté Arabidopsis thaliana. J'ai découvert que les PRX sont essentiels pour la formation des CC. En effet, lorsque cinq gènes codant des PRX logées dans les CC ont été désactivés, la plante n'a plus été capable de former des CC. Vu le rôle joué par les CC, la plante mutante présente des racines ayant des grands défauts de perméabilité.
J'ai également découvert que quatre gènes codant des LAC sont exprimés dans l'endoderme et produisent des protéines localisées dans le CC. Pourtant, la désactivation de ces quatre LAC n'a causé aucun changement apparent dans le CC. Malgré ce résultat, le fait que ces LACs puissent se retrouver dans l'espace précis occupé par la CC suggère qu'ils pourraient jouer un rôle clé dans la formation de lignine dans cet endroit de la paroi cellulaire. L'absence des défauts dans le CC après avoir désactivé 4 LACs pourrait être expliqué par la présence d'autres LACs encore actives dans le CC.
En résumé, les découvertes présentées dans cette thèse soulignent l'importance des PRX spatialement focalisés dans la formation des CC. Egalement, les résultats de cette thèse indiquent que des LACs pourraient aussi participer à la formation des CC. La localisation de PRXs et LACs spécifiquement dans la paroi cellulaire où se forme le CC indique que l'ensemble de facteurs impliqués dans la formation de cette structure est organisé de manière locale. Dans l'avenir il est important de continuer a investiguer le rôle des LACs dans la formation des CC, spécialement comment elles pourraient s'articuler avec des PRXs dans ce processus
COORDINATION AND RESTRICTION OF THE CASPARIAN STRIP AND IT'S IMPORTANCE FOR POTASSIUM HOMEOSTASIS
No full textCOMPARTMENTATION OF DEFENCES IN ARABIDOPSIS THALIANA ROOTS
No full textPlants rely on an adaptable immune system to regulate their intricate interactions with the many microorganisms that surround them, particularly in the soil. While roots can mount very effective defences against pathogens, they also host an extremely rich microbiota that provides beneficial functions to the plant. Surprisingly, commensal and pathogenic bacteria are recognized via the same conserved molecular patterns which induce MAMP-triggered immunity (MTI). This raises the question of how plants manage to accommodate a useful microbial community without overstimulating their immune system, which would cause growth penalties. It was recently shown that plant roots restrict their immune responses at microbial entry sites, suggesting that plants spatially control their defences. Nevertheless, MTI responses were rarely assessed with a tissue-specific resolution.
In this work, we first demonstrated that the combination of local damage and microbial molecular patterns could unlock defences in otherwise unresponsive parts of the root. This would ensure that defences are only induced when plants are threatened by aggressive microbial colonizers. We also showed that MAMP-receptor expression is induced by damage, which determines MAMP responsiveness in certain regions. Using recombinant lines expressing the FLS2 receptor ectopically, we discovered that the root central meristem is refractory to flg22 ligand perception. However, ectopic FLS2 expression in the meristematic epidermis can render this region super-competent, leading to strong root growth inhibition in the presence of commensals. Therefore, our findings revealed that the spatial regulation of defence is crucial to the flexibility of MAMP perception.
Furthermore, we explored how commensal bacteria can bypass plant defences. We found that despite the strong sensitivity of super-competent plants, their growth was not affected by either specific individual bacterial strains or by complex bacterial communities. The structure of bacterial communities was also not affected by the strong responsiveness of these lines. To understand how bacteria can overcome plant defence, we screened a population of Pseudomonas protegens CHA0 mutants for loss of MTI suppression and identified potential candidates with defects in lipopolysaccharides, exopolysaccharides or gluconate synthesis.
Tissue-specific expression of FLS2 revealed lignification as a downstream response of MTI. When induced specifically in the endodermis, this lignification was surprisingly akin to the response observed after external application of CIF2 endogenous peptide, which lead to stimulation of the SCHENGEN pathway ensuring the integrity of the Casparian strip. Since FLS2 and SCHENGEN signalling share several analogous components, we used the endodermal FLS2 line to investigate how specificity is achieved by two different pathways in a single cell-type. Using transcriptomic and microscopic analyses, we showed that both pathways have a large set of core responses in common, as well as specific features. Thus, the endodermis can be used as a model system to assess signalling specificity between the related CIF2 and flg22 signalling pathways.
Plant defences have long been studied as a whole, focusing on the outcome of single plant-pathogen interactions. This work shows that the use of cell-type specific immune response markers can improve our understanding of immunity at the cellular scale and reveals the complex dynamics between tissue-specific MTI responses and bacterial communities.
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Les plantes interagissent constamment avec les micro-organismes qui les entourent. Les racines, en particulier, abritent une communauté bactérienne extrêmement riche qui leur fournit une vaste palette de fonctions bénéfiques. On peut toutefois constater que de nombreuses bactéries, qu’elles soient commensales ou pathogènes, sont capables d’activer l’immunité innée des végétaux. En effet, elles présentent des motifs moléculaires conservés, les MAMPs (microbes-associated molecular patterns), aussi nommés éliciteurs, qui vont être reconnus par des récepteurs membranaires PRRs (pattern recognition receptors). On peut dès lors se demander comment les plantes réussissent à héberger un microbiote sans surstimuler leur système immunitaire, ce qui ralentirait leur croissance, tout en se défendant contre les pathogènes. Il a été montré récemment que les plantes confinent leurs réponses immunitaires aux régions les plus vulnérables de la racine. Cela suggère qu’elles sont capables de contrôler localement leurs défenses. Néanmoins, l’immunité innée n’a pas encore été étudiée avec une résolution qui soit tissu-spécifique.
Dans ce projet, nous avons tout d’abord démontré qu’il suffisait de combiner un dommage localisé avec une exposition à des MAMPs pour débloquer les défenses immunitaires dans les zones racinaires qui étaient auparavant insensibles à la présence d’éliciteurs. Ce mécanisme permettrait à la plante d’induire une réponse immune uniquement en présence de bactéries agressives. Nous avons également montré que l’expression du récepteur FLAGELLIN SENSING 2 (FLS2) était activée par des lésions tissulaires, et déterminait, associée aux propriétés intrinsèques des différents tissus, les régions sensibles à l’éliciteur flg22 (flagellin peptide 22). En effet, l’utilisation de lignées exprimant le récepteur FLS2 de façon ectopique nous a permis de découvrir que la zone centrale du méristème de la racine est réfractaire à la perception de flg22. Cependant, l’épiderme entourant cette région peut être rendu hautement immunocompétent si FLS2 y est artificiellement exprimé. Cette super-immunocompétence cause ainsi une importante inhibition de la croissance racinaire en présence de flg22 ou de bactéries pourtant inoffensives. Notre analyse révèle ainsi l’importance d’une localisation contrôlée des réponses immunitaires.
Nous avons également étudié les moyens par lesquels les bactéries contournent les défenses immunitaires des plantes. En effet, nous avons montré que, malgré la forte sensibilité des plantes super-compétentes, leur croissance n’est pas affectée lorsqu’inoculées avec certaines souches bactériennes spécifiques, ou avec un microbiote complexe. De plus, ces lignées super-compétentes n’influencent pas la composition de la communauté bactérienne. Pour comprendre le mécanisme de cette suppression immune, nous avons effectué un crible génétique sur une population de mutants de la souche Pseudomonas protegens CHA0. Nous avons isolé des candidats, affectés dans la synthèse du gluconate, de lipopolysaccharides et d’exopolysaccharides, ayant perdus leurs propriétés immunosuppressives.
L’expression tissu-spécifique de FLS2 nous a permis d’identifier le processus de lignification comme une réponse de l’immunité innée. Lorsqu’induite spécifiquement dans l’endoderme, cette lignification est étonnamment semblable à la réponse induite par la voie de signalisation SCHENGEN (SGN). Activée par le peptide CIF2, elle contrôle l’intégrité des cadres de Caspary. Comme l’immunité et la signalisation SGN partagent nombre de composants, nous les avons comparés au sein d’un même type cellulaire pour comprendre comment elles induisent des réponses spécifiques. Grâce à des analyses microscopiques et transcriptomiques, nous avons montré que les deux voies de signalisation partagent un même set de réponses centrales, mais diffèrent dans leur localisation et leur temporalité. L’endoderme se révèle être un excellent système modèle pour étudier la spécificité des réponses induites par CIF2 et flg22.
Les défenses végétales ont longtemps été étudiées comme un tout, se concentrant principalement sur le résultat d’une interaction entre une plante et un pathogène, ou, au mieux, sur la réponse immune d’un organe spécifique. Ce projet de thèse offre à présent plusieurs exemples dans lesquels l’utilisation de marqueurs de l’immunité, spécifiques à un type cellulaire, a amélioré notre compréhension à plus petite échelle de l’immunité innée. Ces approches apporteront une nouvelle lumière sur notre conception du système immunitaire végétal.
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Tout comme les animaux, les plantes possèdent un système immunitaire inné et peuvent se défendre efficacement contre les pathogènes. Cependant, leurs racines hébergent une myriade de bactéries bénéfiques qui les aident dans de multiples fonctions, mais qui peuvent également déclencher les réponses immunitaires de la plante. Malheureusement, nous ne comprenons toujours pas comment les plantes arrivent à distinguer une bactérie bénéfique d’un pathogène virulent, et comment elles décident de la stratégie à adopter : se défendre ou accueillir le colonisateur ?
Nous commençons à comprendre que les plantes sont capables de réguler finement leurs réponses immunitaires, notamment en confinant leurs réponses immunes à certaines régions vulnérables. Nous avons pu démontrer que le reste de la racine n’est pas complètement insensible pour autant, et peut soudainement induire une réponse immune si la racine est blessée et entre en contact avec des molécules bactériennes. Ainsi, la lésion des tissus de la racine induit la production de récepteurs FLS2 qui vont détecter les éliciteurs bactériens flg22. De la sorte, la plante ignore les bactéries bénéfiques, mais s’active lorsque celles-ci font des dégâts. De plus, nous avons observé que des défenses activées au mauvais endroit pouvait passablement affecter la croissance racinaire. Ainsi, les tissus responsables de la prolifération cellulaire sont complétement incapables de détecter flg22, probablement pour éviter une réponse immunitaire qui perturberait la croissance. En revanche, les tissus entourant cette région centrale sont particulièrement immunocompétents : en temps normal, ils sont peu réactifs à la présence de flg22, mais deviennent hyperactifs et induisent un fort ralentissement de la croissance un fois qu’ils expriment le récepteur FLS2. Ces résultats nous aident à comprendre comment les plantes régulent l’activation de leurs défenses immunitaires pour éviter une suractivation qui serait néfaste à son développement et à son microbiote, tout en maintenant leur protection contre les pathogènes
Belowground cover crop - weed interactions
No full textCover crops have gained attention as a promising and sustainable agricultural practice due to their numerous benefits, including weed suppression, which is attributed to both their strong competition for resources and their production of phytotoxic chemicals known as allelochemicals. Allelochemicals affect the growth and development of neighbouring plants and are produced in various plant tissues, being released into the environment through multiple pathways, including root exudation. However, the production and release of allelochemicals can be influenced by several factors such as soil properties, plant species, growth stage, neighbouring organisms and other environmental conditions. In previous research conducted in our lab, Fagopyrum esculentum (buckwheat) and Alopecurus myosuroides (black oat) were shown to effectively suppress weeds under field conditions, with controlled experiments minimising competition for resources. Therefore, this study investigates the influence of root exudates from these cover crops on the problematic weed species Amaranthus retroflexus (redroot pigweed) and Alopecurus myosuroides (blackgrass), both of which are emerging threats due to herbicide resistance, prolific seed production, and rapid growth. This study provides the first characterization of buckwheat and black oat root exudates in the presence of weeds and same-species neighbours, focusing on metabolomic changes through a novel split-root system and a non-targeted approach. It also examines the impact of these root exudates on the root traits of neighbouring plants. Metabolome profiling of buckwheat root exudates revealed that neighbouring plants induce changes in root exudation, with different effects depending on whether the neighbour is buckwheat or redroot pigweed. Moreover, the presence of neighbouring plants reduced root traits in both species, and treating redroot pigweed with buckwheat root exudates also led to a reduction in redroot pigweed root traits. In the black oat study, interactions with redroot pigweed, blackgrass, and black oat were shown to influence black oat exudation patterns and affect the root traits of neighbouring plants. The upregulated compounds in response to these interactions were primarily amino acids and carbohydrates. Redroot pigweed triggered an increase in root exudation, particularly of amino acids and sugar sulphates. The presence of black oat and its root exudates had varied effects on neighbouring plants. Transcriptome analysis revealed that the phenylpropanoid pathway was the commonly enriched pathway in black oat leaves in response to neighbouring black oat, redroot pigweed, and blackgrass. In root tissues, the presence of black oat enriched the glutathione pathway, while redroot pigweed enriched the glycolysis/gluconeogenesis and nitrogen pathways. Both redroot pigweed and blackgrass commonly enriched the flavonoid and circadian rhythm pathways. These findings provide valuable insights into the dynamic nature of root exudates, highlighting their role in plant interactions through metabolomic changes and transcriptomic responses.
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Les cultures de couverture ont suscité l'attention en tant que pratique agricole prometteuse et durable en raison de leurs divers avantages, notamment la suppression des mauvaises herbes. Cela a été attribué à leur forte concurrence pour les ressources ainsi qu'à leur production de composés chimiques phytotoxiques, appelés substances allélochimiques. Ces dernières affectent la croissance et le développement des plantes voisines. Elles sont produites dans divers tissus végétaux, puis libérées dans l'environnement par de multiples voies, y compris l'exsudation des racines. Cependant, la production et la libération de substances allélochimiques peuvent être influencées par plusieurs facteurs tels que les propriétés du sol, l'espèce végétale, le stade de croissance, les organismes voisins et d'autres conditions environnementales. Des recherches antérieures menées dans notre laboratoire ont montré que Fagopyrum esculentum (sarrasin) et Alopecurus myosuroides (avoine rude) éliminaient efficacement les mauvaises herbes dans des conditions de terrain, avec des expériences contrôlées minimisant la concurrence pour les ressources. Des expériences contrôlées menées par notre laboratoire dans des conditions minimisant la concurrence pour les ressources, ont révélé que le sarrasin et l'avoine rude sont efficaces pour supprimer les mauvaises herbes aux champs. Par conséquent, cette étude examine le rôle des exsudats racinaires de ces deux cultures de couverture dans la suppression des mauvaises herbes Amaranthus retroflexus (amarante réfléchie) et Alopecurus myosuroides (vulpin des champs). Ces mauvaises herbes sont problématiques car elles représentent des menaces croissantes pour les cultures en raison de leur résistance aux herbicides, de leur production prolifique de graines et de leur croissance rapide. Cette étude fournit la première caractérisation des exsudats racinaires du sarrasin et de l'avoine rude en présence de mauvaises herbes et de voisins de la même espèce, en se concentrant sur les changements métabolomiques à travers un système racinaire divisé novateur et une approche non ciblée. Elle examine également l'impact de ces exsudats racinaires sur les traits racinaires des plantes voisines. Le profilage métabolomique des exsudats racinaires de sarrasin a révélé que les plantes voisines induisent des changements dans l'exsudation racinaire, avec des effets différents selon que le voisin est du sarrasin ou de l'amarante réfléchie. De plus, la présence de plantes voisines a réduit les traits racinaires dans les deux espèces, et le traitement de l'amarante réfléchie avec les exsudats racinaires du sarrasin a également entraîné une réduction des traits racinaires de l'amarante réfléchie. Dans l'étude sur l'avoine rude, les interactions avec l'amarante réfléchie, l'avoine rude et le vulpin des champs ont montré qu'elles influencent les schémas d'exsudation de l'avoine rude et affectent les traits racinaires des plantes voisines. Les composés régulés à la hausse en réponse à ces interactions étaient principalement des acides aminés et des glucides. L'amarante réfléchie a déclenché une augmentation de l'exsudation racinaire, en particulier des acides aminés et des sulfates de sucre. La présence de l'avoine rude et de ses exsudats racinaires a eu des effets variés sur les plantes voisines. L'analyse transcriptomique a révélé que la voie des phénylpropanoïdes était la voie la plus enrichie dans les feuilles d'avoine rude en réponse à l'avoine rude voisine, à l'amarante réfléchie et au vulpin des champs. Dans les tissus racinaires, la présence de l'avoine rude a enrichi la voie du glutathion, tandis que l'amarante réfléchie a enrichi les voies de la glycolyse/gluconéogenèse et de l'azote. L'amarante réfléchie et le vulpin des champs ont enrichi de manière commune les voies des flavonoïdes et du rythme circadien. Ces résultats apportent des informations précieuses sur la nature dynamique des exsudats racinaires, soulignant leur rôle dans les interactions entre plantes à travers les changements métabolomiques et les réponses transcriptomiques
Cell cycle entry, maintenance, and exit during plant development
No full textGrowth and development of plants are driven by the continuous production of new cells at the meristems; hence, it is of pivotal importance for plants to precisely regulate the timing and extent of cell proliferation. Although over the past decades the molecular components underlying cell cycle progression have been the subject of intensive research, knowledge remains scarce on how the various elements connect with developmental pathways. Recently, advances have been made that link cell cycle entry with nutrient availability, cell division maintenance with stem cell organization, and cell cycle exit with reactive oxygen species and developmental programs
Intracellular trafficking and PIN-mediated cell polarity during tropic responses in plants
No full textSubcellular trafficking and cell polarity are basic cellular processes crucial for plant development including tropisms - directional growth responses to environmental stimuli such as light or gravity. Tropisms involve auxin gradient across the stimulated organ that underlies the differential cell elongation and bending. The perception of light or gravity is followed by changes in the polar, cellular distribution of the PIN auxin transporters. Such re-specification of polar trafficking pathways is a part of the mechanism, by which plants adjust their phenotype to environmental changes. Recent genetic and biochemical studies provided the important insights into mechanisms of PIN polarization during tropisms. In this review, we summarize the present state of knowledge on dynamic PIN repolarization and its specific regulations during hypocotyl tropisms
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
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