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Genetics and paleogenetics of equids
No full textKaryotype evolution and genome plasticity in the genus Equu
Paleogenomic study of the domestication process of cats
No full textLes chats domestiques sont trouvés sur presque tous les continents. Animaux de compagnie dans les villes, ils sont des membres utiles aux communautés rurales du fait de leur rôle de souricier. Ce rôle serait la cause de sa domestication au Néolithique. Avec l'invention de l'agriculture, les céréales se seraient accumulées, attirant les rongeurs puis indirectement leur prédateur. Les chats auraient ensuite été diffusés le long des routes commerciales et militaires dès le Néolithique. Dans le but d'obtenir une vision précise du processus de domestication nous avons eu recours à une approche paléogénomique permettant le séquençage d'ADN ancien extrait à partir de restes fossiles de chats du genre Felis. L'objectif était d'abord d'établir une ligne de base à partir de génomes anciens précédents la domestication du chat et sa diffusion afin de caractériser les populations sauvages ancestrales et les changements génomiques liés aux évènements d'hybridation ou de domestication. Ensuite le but était d'intégrer les données génomiques et mitogénomiques de chats du Néolithique jusqu'à nos jours afin de suivre la diffusion des chats en Europe. Enfin à l'aide des génomes générés durant cette thèse, nous voulions caractériser la population des chats-renards Ghjatti Volpe. Nous avons adapté les méthodes d'extraction d'ADN aux caractéristiques de l'ADN ancien pour maximiser l'information obtenue à partir de chaque reste fossile. Nous avons optimisé les méthodes de construction de banques génomiques et de capture afin d'obtenir des informations à partir d'un maximum d'échantillons. Ces optimisations ont mené à l'obtention de 125 génomes anciens et de 202 mitogénomes anciens complets. Nous avons affiné la nomenclature des mitotypes à partir de 795 mitogénomes complets, anciens et modernes. Elle rend compte de l'évolution des lignées maternelles, en particulier des sous-clades IV-A1. Ces lignées ont en effet été détectées dès le PPNA dans des fonds génétiques F.s. ornata puis plus tard F.s. silvestris. Aujourd'hui encore les sous-clades IV-A1* et IV-A1a sont toujours présents dans les populations ornées et forestières respectivement. Nous avons également caractérisé des génomes anciens exempts de signature d'introgression, servant de référence pour détecter des signatures d'hybridation chez les chats anciens et modernes. Il apparaît que les chats font fi des classifications taxonomiques au moins depuis le PPNA : nous avons détecté des traces d'hybridation entre populations sauvages et/ou domestiques, se traduisant parfois par l'introgression de lignées mitogénomiques. A travers l'étude de chats anciens français, il apparaît que les évènements d'hybridation étaient fréquents, maintenant une proportion importante d'ascendance forestière chez les chats domestiques. Le cas particulier d'un chat français du Vieil-Évreux suggère par ailleurs l'existence d'une sélection précoce de chats pour un phénotype particulier par les Gallo-Romaines. Enfin nous avons effectué la caractérisation génomique à haute résolution de la population des Ghjatti Volpe en mettant en évidence leur singularité et homogénéité génétiques qui résulterait d'une adaptation à leur milieu plutôt que de l‘appauvrissement génétique d'une petite population. Leur bonne santé génétique semble résulter d'un équilibre entre une hybridation modérée avec des chats domestiques et une continuité territoriale permettant le brassage génétique des individus sauvages. Si leur origine exacte n'est pas encore connue, il est probable qu'ils aient été importés par un peuple méditerranéen en Corse dès l'Antiquité. Pris ensemble ces résultats participent à une meilleure compréhension du processus de domestication du chat, dont la diffusion est indissociable de sa propension à s'hybrider avec les populations locales, qui est antérieure aux prémices de sa domestication. Nos données sur l'hybridation et les marqueurs phénotypiques analysés sont en faveur d'un processus de domestication prolongé et extensif.Domestic cats are found on almost every continent. Mainly pets in cities, they are useful members of rural communities as pest predators. This role is thought to be the reason for their domestication during the Neolithic. With the invention of agriculture, cereals would have been accumulated, attracting rodents and then indirectly their predator. Cats then spread along trade and military routes from the Neolithic period onwards. To achieve a more accurate view of the domestication process, we used a palaeogenomic approach to sequence ancient DNA extracted from fossil remains of cats of the genus Felis. The aim was firstly to establish a baseline from ancient genomes preceding the domestication of the cat and its spread, and to characterise ancestral wild populations and genomic changes linked to hybridisation or domestication events. To do so, we aimed to integrate genomic and mitogenomic data from cats from the Neolithic period to the present day to track the spread of domestic cats in Europe. Finally, using the genomes generated during this thesis, we wanted to characterise the Corsican “fox cat” population, the Ghjattu Volpe. We adapted DNA extraction methods to ancient DNA characteristics to maximise the information recovered from each fossil remain. We optimised genomic library construction and capture methods to obtain information from as many samples as possible. These optimisations resulted in 125 ancient genomes and 202 complete ancient mitogenomes.We refined the mitotype nomenclature based on 795 complete ancient and modern mitogenomes. It reflects the evolution of maternal lineages, in particular the singular case of sub-clades IV-A1. These lineages were detected as early as the PPNA in F.s. ornata and later F.s. silvestris genetic backgrounds. Even today, sub-clades IV-A1* and IV-A1a are still present in Asiatic and European wildcats respectively. We have also characterised ancient genomes free of introgression signatures, which have served as a reference to detect hybridisation signatures in ancient and modern cats. It appears that cats have ignored taxonomic classifications at least since the PPNA: we have detected traces of hybridisation between local wild and/or domestic populations, sometimes resulting in the introgression of mitogenomic lineages. Through the study of ancient French cats, it appears that hybridisation events were frequent, maintaining a significant proportion of forest ancestry in domestic cats. The case of a French cat from Vieil-Évreux also suggests the existence of early selection of cats for specific phenotypic traits by the Gallo-Romans. Finally, we characterised at high genomic resolution the Ghjattu Volpe population, highlighting their genetic uniqueness and homogeneity, which seem to be the result of adaptation to their environment rather than that of genetic depletion of a small population. Their good genetic health seems to be the result of a balance between moderate hybridisation with domestic cats and territorial continuity allowing genetic mixing between wild individuals. Although their exact origins are not yet known, it is likely that they were imported by a Mediterranean people who traded with or settled in Corsica in ancient times. Taken together, these results contribute to a better understanding of the cat's domestication process, whose spread is inextricably linked to its propensity to hybridise with local populations, a process that predates the beginnings of its domestication. Our data on hybridisation and selection of phenotypic markers identify the domestication process as prolonged and extensiv
Bacterial DNA diagenesis and metagenomic analyses of past bacterial pathologies
No full textCette étude a pour objet la mise en évidence de traces d'ADN bactérien pathogène dans des échantillons animaux et humains anciens, et ainsi améliorer les connaissances sur l'évolution des maladies au cours du temps. En parallèle, nous avons étudié les phénomènes de dégradation de l'ADN dans le sol sur des cadavres de souris enterrées après avoir été contaminées par des bactéries non pathogènes. Cette étude des processus taphonomiques s'est étalée sur trois ans et a permis de montrer une disparition rapide des bactéries simulantes, remplacé par l'ADN des bactéries du sol, qui colonisent rapidement la dépouille et dégradent tant l'ADN endogène (murin) qu'exogène (bactérien). Cette disparition rapide explique la grande difficulté à mettre en évidence des pathogènes dans des échantillons anciens, à de rares exceptions près. Notre étude n'a pas permis de détecter d'agents pathogènes particuliers dans les échantillons que nous avons étudié, mais nous avons mis en évidence l'intérêt d'analyser certains types de restes pour accéder à une information génétique préservée. Le tartre dentaire indique est un bon indicateur de la flore buccale de l'hôte et les kystes calcifiés assurent une bonne préservation de l'ADN endogène, moins soumis à contamination et digestion par les bactéries de l'environnement. Les kystes présentent en règle générale une teneur en ADN endogène supérieure à tous les autres tissus étudiés.The aim of this study was the identification of pathogenic bacterial DNA traces in ancient animal and human samples, and thus improve knowledge of past diseases that affect humankind over time. In parallel, we studied the DNA degradation phenomena in the soil on the buried corpses of mice after being contaminated by non-pathogenic bacteria. This study of taphonomic processes was spread over three years and has shown a rapid disappearance of simulant bacteria, replaced with the DNA of soil bacteria that colonize the body quickly after burial and degrade both the endogenous DNA (murine) that exogenous (bacteria). This quick degradation can explain the high difficulty to detect and identify bacterial pathogens in old samples, with very few exceptions. Despite the fact in our study we were not able to detect specific pathogens in the samples we have studied, we have shown the interest to analyze certain types of remnants to access preserved and informative genetic data. Dental calculus is a good indicator of the oral flora of the host and calcified cysts ensure good preservation of the endogenous DNA, less subject to contamination and digestion by bacteria from the environment. Cysts generally have an endogenous DNA content higher than all other tissues examined
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Untersuchung von S1-Nuclease-sensitiven Stellen im Genom der Hefe Saccharomyces cerevisiae nach In-vivo-Bestrahlung mit Gamma-Strahlen
No full textL’apport de la paléogénétique et de la paléogénomique à l’archéologie
No full textL’analyse génétique des restes calcifiés d’organismes du passé, surtout des os et des dents, enrichit fortement notre vue de l’évolution des espèces animales et végétales et de leur domestication, de l’évolution des lignées humaines, du peuplement des continents, du métissage entre différentes lignées humaines, de la diffusion néolithique, de la composition des nécropoles, etc. Ainsi, les données paléogénétiques ont le potentiel d’enrichir les données archéologiques et d’aider les archéologues, archéobiologistes et paléoanthropologues à interpréter les sites archéologiques. Les analyses paléogénétiques s’effectuent sur des molécules d’ADN ancien qui lorsqu’elles sont préservées, le sont, dans la plupart des cas, en quantité infime et très dégradées. C’est pour cela qu’elles constituent un défi méthodologique majeur qui est néanmoins relevé de plus en plus efficacement, apportant ainsi des résultats extrêmement utile pour l’archéologie et la biologie et qui sont en plus parfois surprenants.The genetic analysis of calcified remains of past organisms, mainly bones and teeth, enrich largely our knowledge of the evolution of animal and plant species and their domestication, the evolution of human lineages, the peopling of the continents, the admixture between different human lineages, the Neolithic diffusion, the composition of necropolises, etc. In this way, paleogenetic data potentially enrich archaeological data and help archaeologists, archaeobiologists and palaeoanthropologists to interpret archaeological sites. Paleogenetic analyses are performed on ancient DNA molecules, which, if preserved at all, are much degraded and most of the time present at trace amounts. Therefore, their analysis is challenging but the methods are becoming more and more efficient. The produced data are extremely useful for archaeology and biology, and some of them are even surprising
Untersuchung von S1-Nuclease-sensitiven Stellen im Genom der Hefe Saccharomyces cerevisiae nach In-vivo-Bestrahlung mit Gamma-Strahlen
No full textPCR et paléogénétique : pour le meilleur et pour le pire
No full textInternational audienceIn the middle of the 1980s, extraction and analysis of DNA preserved in biologicalremains of the past yielded the first results, giving rise to a new scientific field, paleogenetics.Its first successes were obtained thanks to the advent of PCR. Yet, the degraded nature ofancient DNA and the power of PCR also led to numerous artefacts owing to contamination withmodern DNA that have almost killed this new field at the end of the 1990s. Strict experimentalprocedures and the development of methods of decontamination and contamination preventionallowed the revival of the field. Recently, genome-wide analysesAu milieu des années 1980, l’extraction et l’analyse de l’ADN préservé dans des ves-tiges biologiques du passé ont donné des premiers résultats, entérinant la naissance du domainede la paléogénétique. C’est grâce à l’invention de la PCR que cette nouvelle discipline a puévoluer et récolter ses premiers succès. Néanmoins, la nature dégradée de l’ADN ancien et lapuissance de la méthode de la PCR ont aussi abouti à de nombreux artefacts dus à la conta-mination avec l’ADN moderne qui ont failli tuer ce nouveau domaine à la fin des années 1990.L’application de procédures expérimentales rigoureuses et le développement de méthodes dedécontamination et de prévention des contaminations ont ensuite permis la renaissance de lapaléogénétique avant que le séquenc¸age massivement parallèle n’ait rendu possible l’obtentiond’information génomique d’individus anciens et l’essor du domaine
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
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