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Création d’une base de données d’images OCT de carcinomes basocellulaires et analyse par intelligence artificielle
No full textLe carcinome basocellulaire (CBC) est le cancer le plus prévalent dans le monde et son incidence ne cesse d’augmenter. Il se développe à partir des cellules basales de l’épiderme, le plus souvent dans des zones exposées au soleil telles que le visage ou le cou. Le diagnostic peut souvent être établi directement par microscopie non invasive de type tomographie par cohérence optique (OCT). Cette technique novatrice a plusieurs avantages par rapport à la biopsie cutanée. Son adoption se heurte encore au prix de la machine mais également au manque d’entraînement des dermatologues. Nous pensons que l’intelligence artificielle (IA), sous la forme de deep neuronal network, pourrait épauler le spécialiste qui débute avec un OCT.
L’objectif primaire de notre travail était de regrouper un nombre important d’images OCT des différents sous-types de CBC (superficiel, nodulaire, sclérodermiforme, micronodulaire, infiltratif, autres et cas difficiles) et de peau saine afin de développer une base de données inédite à notre connaissance. L’objectif secondaire était de compléter ce travail en utilisant des sous-groupes de lésions pour entrainer un software d’intelligence artificielle.
La base de données actuelle de l’OCT du Département de Dermatologie et Vénérologie du CHUV contient des milliers de scans de CBC pris sur des centaines de patients. Nous avons sélectionné uniquement les scans pour lesquels une histologie (gold standard du diagnostic) confirmant le diagnostic de CBC a été réalisée. Nous avons ensuite attribué ce diagnostic (cf. objectifs) aux scans correspondants de l’OCT, ce qui nous a permis de savoir combien de scans nous avions pour chaque sous-type de CBC. Puis, pour chaque scan, nous avons veillé à sélectionner le maximum d’images, suffisamment différentes les unes des autres, montrant des foyers de CBC. Nous avons aussi recherché des images de peau saine. Dans un deuxième temps, nous nous sommes servis de nos images pour explorer 2 types d’approches à des fins d’entraînement de logiciel d’IA : une première approche basée sur les « regions of interest » et une seconde basée sur le « deep neuronal network ».
Notre travail nous a permis de développer une base de données inédite avec un potentiel d’environ 1700 images OCT de CBC et de peau saine. Concernant l’entraînement du logiciel d’IA, nous n’avons pas encore de résultats à présenter. Ceux-ci viendront compléter ce mémoire ou feront l’objet d’un nouveau travail. Nous espérons toutefois qu’ils favoriseront le développement de l’IA dans le domaine de la dermatologie et permettront par la suite une adoption plus rapide de l’OCT, dont les bénéfices pour le patient et la santé publique sont déjà évidents
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Création d’une base de données de lésions mélanocytaires à but d’entraînement de l’intelligence artificielle
No full textContexte
Le diagnostic précoce du cancer de la peau peut sauver beaucoup de vies. Il s’appuie sur la dermoscopie, méthode d'imagerie utilisée dans le diagnostic de l’ensemble des lésions pigmentées. Grâce à cet outil, qui élimine les reflets de la couche cornée et agrandit l’image, il est possible d’analyser ces lésions et de les classer en lésions bénignes ou suspectes/malignes. En raison de la difficulté et de la subjectivité de l’interprétation humaine et l’incidence croissante des mélanomes, l’analyse informatisée d’images de dermatoscopie est devenue un domaine de recherche important. Des machines correctement entrainées font aussi bien ou mieux que de cliniciens. Toutefois, les images semblent souvent caricaturales (clairement bénignes ou clairement malignes) nous avons émis l’hypothèse qu’il existe un manque d’image plus difficiles d’analyses pour le clinicien. Nous avons alors décidé d’utiliser les milliers d’images dermatoscopiques disponible au département de dermatologie du CHUV à cet effet. Nous pensons que cette base de données, préalablement traitée et catégorisée, pourrait et devrait être utilisée à des fins d’entrainement de logiciels d’IA.
Objectif
Nous avons focalisé notre effort sur les naevi dysplasiques, qui sont des lésions présentant des critères objectifs de mélanomes mais restent dans la catégorie des lésions bénignes. L’objectif secondaire était d’associer cette base de données avec un software d’IA, type Deep Neural Network.
Méthodes
Nous avons extrait les bases de données des images dermatoscopiques et les avons croisées avec notre base de données d’histologie, afin d’identifier des images pour lesquelles nous disposons d’une preuve histologique (gold standard) de leur nature. Nos critères de sélection étaient: diagnostic de mélanome, naevus dysplasique/enflammé ou naevus bénin, image dermoscopique type FotoFinder, et présence de preuve histologique du diagnostic. Le nombre de lésions étant resté inférieur à notre cible de 300 lésions, nous n’avons pas pu entrainer directement un algorithme de type Deep Neural Networks comme espéré, et avons dû nous appuyer sur des images du domaine public de l’International Skin Imaging Collaboration (ISIC).
Résultats
La base de données crée comprend plus de 150 images de naevi dysplasiques, plus de 100 images de naevi bénins, ainsi qu’un peu plus de 40 mélanomes. Ceci est la plus grande banque d’image de naevus dysplasique connue. Leur nombre est malheureusement insuffisant pour entraîner un logiciel d’IA, mais il pourra être utilisé en tant que set de validation pour un logiciel préalablement entraîné dans le futur. Dans ce contexte, nous avons créé une base de données plus importante contenant les images dermatoscopiques de l’ISIC. Cela nous a permis d’entraîner un logiciel d’IA et d’analyser sa performance face à la classification des lésions bénignes « simples », des lésions bénignes « compliquées » avec une forte ressemblance avec les lésions malignes et les lésions malignes elles-mêmes. Les résultats nous montrent que le logiciel reconnaît et classe les lésions bénignes sans faute dans leur catégorie, ce qui n’est pas le cas des lésions des mélanomes et des naevi « compliqués », que le logiciel a tendance à confondre et à classer dans des catégories adverses. Ceci illustre la nécessité d’efforts comme le nôtre, visant à augmenter le nombre d’image de qualité de naevi représentant un vrai challenge pour le clinicien
Apport de la microscopie non invasive type OCT dans l'évaluation des ulcères de jambes
No full textIntroduc)on
Les ulcères cutanés de jambe sont, dans notre population vieillissante, des affections cutanées courantes et invalidantes, qui occasionnent des souffrances et des coûts hospitaliers ou ambulatoires importants. Les ulcères d’origine vasculaires sont classés en quatre catégories selon leur origine. Il y a les ulcères veineux qui sont provoqués par une insuffisance veineuse, les ulcères artériels qui ont pour origine un trouble de la circulation artérielle, les ulcères artérioveineux ou mixtes qui découlent des deux catégories précédentes, et enfin, l’angiodermite nécrosante qui est un type d’ulcère artériel particulier touchant uniquement la microcirculation. Chacune de ces catégories nécessite des traitements spécifiques. La différenciation des ulcères selon leur type, mais aussi leur pronostic, permettrait d’optimiser leur prise en charge. Le présent travail cherche à établir l’utilité diagnostic et pronostic de l’OCT dynamique (tomographie par cohérence optique), une technique d’imagerie non invasive, dans la prise en charge des patients souffrant d’ulcères cutanés de jambes.
Méthode
Il s’agit d’une étude pilote d’observation clinique. Nous avons généré des images à l’aide de l’OCT VivoSight Dx (Michelson Diagnostics), dans tous les types d’ulcères décrits. L’analyse des images s’est faite à l’aide des logiciels Vivosight et Vivotools. Les variables considérées comprennent la profondeur du plexus vasculaire, le diamètre des vaisseaux, la densité des vaisseaux, le coefficient d’atténuation, le rapport de réflectivité de la surface, la rugosité de la peau (Ra), ainsi que la morphologie des vaisseaux intradermiques.
Résultats
Nous avons généré une analyse Vivosight/VivoTools et une analyse morphologique des vaisseaux chez 24 patients présentant au total 29 ulcères de jambe, et corrélé ces données à l’évolution de ces ulcères après 3 mois. Sur 29 ulcères, 18 étaient veineux, 10 artérioveineux et 1 angiodermite nécrosante. Dans ce collectif, nous démontrons qu’il existe une grande variabilité des morphologies vasculaires présentes dans les différents quadrants entourant un même ulcère et dans les quadrants de deux ulcères de même cause. Dans notre collectif, le motif vasculaire prépondérant aux bords des ulcères veineux et artérioveineux est de type Coiled. L’évolution des plaies a été symétrique, et n’a pas pu être associée à un schéma vasculaire spécifique.
Parmi les paramètres de l’OCT dynamique qui se sont avérés statistiquement significatifs (valeur-p <0,05), il y a la densité des vaisseaux pour les ulcères veineux ouverts et fermés, la rugosité Ra pour les ulcères artérioveineux ouverts et fermés et tous les paramètres sauf la profondeur du plexus pour le groupe veineux et artérioveineux.
Conclusion
La version dynamique de l'OCT ne semble pas être un outil prédictif fiable de l'évolution clinique des ulcères de jambes veineux et artérioveineux. Nous démontrons aussi pour la première fois le degré d’hétérogénéité des morphologies vasculaires au sein des ulcères de jambes, un élément qui sera essentiel de prendre en compte dans toutes future étude sur le sujet. Malgré cela, l’OCT montre un potentiel pour la distinction des sous-types d’ulcères vasculaires de jambes
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Microscopie sur tissus frais dans la chirurgie de Mohs du carcinome cutané
No full textContexte
Le carcinome basocellulaire (CBC) est un cancer très fréquent (~40% de tous les cancers
humains) se développant à partir des kératinocytes de la couche basale de l’épiderme.
Atteignant surtout les zones photo-exposées, il se présente sous la forme d’une lésion
indolore de progression lente mais inexorable, détruisant tous les tissus environnants. Le
traitement du CBC repose sur son excision complète. Sur le visage, préserver l’aspect et la
fonction des structures adjacentes peut rapidement devenir un challenge. La chirurgie de
Mohs est une technique opératoire permettant d’analyser 100% de la bordure d’excision et
donc de limiter les marges chirurgicales à leur minimum. Malheureusement, la préparation
extemporanée des échantillons n’est pas à la portée de tous les chirurgiens. Une nouvelle
technologie, la microscopie confocale, pourrait changer ceci.
Objectifs
L'objectif de ce travail était de comparer trois techniques de microscopie pouvant être réalisées dans le contexte d’excision de CBC: 1) histologie en coupes froides, 2) microscopie confocale sur tissus frais et 3) histologie en coupes paraffines des échantillons examinés en microscopie confocale. Le but était de permettre d’établir la performance histologique globale de la microscopie confocale en la comparant aux coupes froides ainsi qu’au standard d’or que représente la coupe paraffine.
Méthode
Nous avons récolté 16 échantillons de cancers basocellulaires, prélevés sur une partie de l’excision qui n’était pas nécessaire à son analyse (chirurgie de Mohs). Ces échantillons anonymisés ont été séparés en deux parties. Une partie a été colorée par Proflavine ou Acridine-orange puis imagée par microscopie confocale sur un histoscan fourni par SamanTree, avant d’être préparée pour des coupes paraffines. Ensuite, les images ont été présentées en aveugle à un panel de chirurgiens pratiquant la Mohs, qui a évalué la qualité des coupes.
Résultats
Au total, nous avons collectés 16 cas, 14 CBC, un carcinome spinocellulaire (CSC) et un hémangiome artério-veineux. L’analyse des images réalisées avec l’histoscan ont permis d’établir le diagnostic de la lésion, y compris du sous-type de CBC dans tous les cas, que la coloration utilisée soit la proflavine ou l’Acridine Orange. La qualité de ces même échantillons, inclut en paraffine après passage à l’histoscan, étaient de qualité parfaite en hématoxyline-éosine.
Conclusion
Les images prises par l’HistologTM Scanner sont de qualité suffisante pour permettre le
diagnostic de CBC, et n’empêchent en rien une analyse subséquente par coupe paraffine.
Après une phase d’apprentissage, elle est plus rapide qu’une analyse en coupe froide, et
permet au chirurgien de travailler de manière autonome. Il s’agit donc d’une technique ayant
le potentiel de rendre plus accessible la chirurgie de Mohs
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
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