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Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Mechanisms of telomeres separation during mitosis in the fission yeast S. pombe
No full textLa chromatine est le support de l'information génétique tout le long du cycle cellulaire. Elle est soumise à des modifications diverses et rigoureusement coordonnées par les complexes CDK-Cyclines, sous le contrôle de mécanismes de surveillance. En mitose, la kinase Aurora est un acteur clé qui contrôle la ségrégation correcte des chromosomes. Aurora participe à la bi-orientation des centromères, à la condensation des chromosomes et à la cytocinèse. Le dysfonctionnement de cette kinase conduit alors à une instabilité chromosomique et à l'aneuploïdie, un phénotype observé dans la majorité des cancers solides. Les travaux réalisés au cours de cette thèse démontrent un nouveau rôle pour cette kinase dans la dispersion et la disjonction des télomères en mitose chez la levure S. Pombe. La dispersion des télomères s'accompagne en métaphase de la dissociation aux télomères des protéines Swi6/HP1 et cohésine Rad21. Tandis que la disjonction a lieu en anaphase après la phosphorylation de la sous-unité de condensine Cnd2. L'inhibition d'Aurora induit la formation de ponts chromosomiques anaphasiques qui révèle des défauts de séparation des télomères. La délétion d'une protéine spécifique aux télomères, Ccq1, protège la cellule de la formation de ces ponts chromosomiques en favorisant le chargement de la condensine en anaphase malgré l'inhibition d'Aurora.Chromatin is the support of the genetic information throughout the cell cycle. It is subject to various modifications that occur with precise coordination. This coordination is led by CDK-cyclins under the control of cell cycle checkpoints. In mitosis, correct chromosome segregation is ensured by Aurora kinases. Aurora participates to centromere bi-orientation, chromosome condensation and cytokinesis. A dysfunction in the activity of this kinase leads to chromosomal instability and aneuploidy, phenotypes frequently observed in cancer. The results obtained during this thesis reveal a new function for fission yeast Aurora kinase during mitosis in telomere dispersion and disjunction. Telomere dispersion is triggered in metaphase by the dissociation of Swi6/HP1 and cohesion Rad21 from telomeres. Then, during anaphase, the phosphorylation of the condensin subunit Cnd2 is required for telomere disjunction. Aurora inhibition leads to anaphase chromosome bridges with unseparated telomeres. Deletion of a specific telomeric protein, Ccq1, prevents the formation of anaphase chromosome bridges by favoring condensin loading despite Aurora inhibition
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
Chromosome dynamics during mitosis in fission yeast
No full textLa mitose est une étape clé du cycle cellulaire, très préservée chez toutes les cellules eucaryotes, durant laquelle le matériel génétique de la cellule (les chromosomes) réparti de manière égale dans les deux cellules filles. Cette équipartition du matériel génétique est cruciale pour le maintien de la stabilité génétique. Durant ce processus, les chromosomes, composés des chromatides soeurs, établissent une plaque métaphasique au centre du fuseau mitotique. Chaque chromatide est attachée à un pôle du fuseau mitotique respectif (on parle d'attachement bipolaire) vers lequel elle se dirigera durant l'anaphase. Les chromatides sont l'unité indivisible du matériel génétique durant la mitose, à l'image des atomes dans une molécule. Initialement, une fois la chromatine condensée en chromosomes, chacun de ces " objets " est détaché et réparti suivant une position précise appellée territoires chromosomiques. Toute la complexité de la mitose est de capturer chacune des chromatides et de les positionner sur la plaque métaphasique avant leur séparation et migration vers leur pôle respectif durant l'anaphase. Cette étape de la division cellulaire requiert donc non seulement un réseau complexe d'interaction et de signalisation biochimique comme dans beaucoup d'autres processus biologiques mais aussi un fin contrôle spatio-temporel du mouvement et du positionnement de ces objets de grande taille à l'échelle de la cellule. Il semblerait que l'origine du mouvement des chromosomes provienne pour une grande part de la dynamique des microtubules. Ce qui est moins certain est la part relative accordée aux différents processus régulant cette dynamique; que ce soit la dynamique intrinsèque (appelée instabilité dynamique des microtubules) ou l'effet de différentes protéines sur les microtubules comme les MAPs (Microtubule Associated Proteins) et les kinésines (protéines motrices). On notera par ailleurs que le mécanisme de transfert d'énergie entre la dynamique des microtubules et le mouvement des chromosomes est encore très largement hypothétique. La dynamique des chromosomes durant la mitose est aussi largement contrôlée par un grand nombre d'acteurs autres que les microtubules. Certains d'entre eux étant responsables de l'attachement MTs-kinétochore comme les complexes NDC80 et DAM1, tandis que d'autres sont impliqués dans la régulation de la dynamique des microtubules comme la kinésine-8 et la kinésine-13. Durant mon travail de thèse, j'ai étudié la dynamique des chromosomes en mitose chez la levure à fission, modèle celulaire dont les mécanismes primordiaux qui contrôlent la mitose sont conservés avec les eucaryotes supérieurs. En effet, j'ai caractérisé deux de ces mécanismes conservés au cours de l'évolution: l'alignement des chromosomes durant la métaphase ainsi qu'un mouvement de va et vient plus ou moins régulier le long du fuseau aussi appelé oscillation des chromosomes. J'ai montré, en analysant les trajectoires des chromosomes que ces deux processus sont pour une large part indépendants [@Mary2015]. De plus, le processus d'alignement des chromosomes, encore mal compris, est en partie contrôlé par la kinésine-8 via une activité dépendante de la longueur des microtubules. Il semblerait donc que cette kinésine soit capable de fournir une information spatiale le long du fuseau mitotique afin de positionner correctement les chromosomes. Enfin, j'ai utilisé un modèle mathématique de la ségrégation des chromosomes précédemment développé dans l'équipe afin de tester de manière quantitative les hypothèses de mécanisme du centrage des chromosomes par la kinésine-8. L'ensemble de mon travail porte donc sur le contrôle du mouvement, de l'attachement et du positionnement des chromosomes durant la mitose afin de mieux comprendre les processus biophysiques associés à la mitose.Mitosis is a highly preserved process in all eukaryotic cells during which the genetic material (chromosomes) is divided in two parts which spread in both daughter cells. This equipartition is crucial for maintaining genetic stability. During this process, chromosomes form a metaphasic plate at the center of the mitotic spindle. Each chromatid is attached to its respective spindle pole (called bipolar attachment) toward which it will move during anaphase. Chromatids are the indivisible units of genetic material during mitosis just like atoms in a molecule. Originally each of these "\ objects\ " are detached and organized in chromosomes territories. All the complexity of mitosis resides in the capture of each chromatid by the spindle pole to exert forces to position them on the metaphase plate before their separation and migration towards their respective poles in anaphase. This step of cell division not only requires complex interaction networks and metabolic signaling pathways just like many other biological processes but also a fine spatio-temporal control of movement and positioning of these big objects relative to cell size. It is usually accepted that the origin of chromosome movement arises from microtubule dynamics. However, what is less clear is the relative importance of each of these processes regulating chromosome movement: the intrinsic dynamic instability of microtubules or the effect of their associated proteins such as MAPs and kinesins. It is also important to note that the mechanism controlling the transfer of energy between microtubule dynamics and chromosome movement is still largely hypothetical. Moreover, chromosome dynamics during mitosis is regulated by a large number of actors apart from microtubules. Some of them being responsible for MT-kinetochore attachment such as NDC80 and DAM1 complex. While others are involved in the regulation of MT dynamics such as Kinesin-8 and Kinesin-13. During my PhD, I studied fission yest chromosome dynamic during mitosis. This cellular model has the advantage of sharing many fundamental mechanisms of symmetrically dividing higher eukaryotic cells. I characterized two of these conserved mechanisms: chromosome alignment during metaphase and back and forth movement along the spindle, called chromosome oscillation. By analyzing chromosome trajectories, I showed that both processes are performed through independent mechanisms [@Mary2015]. Moreover, chromosome alignment process, which is still poorly understood, is regulated by Kinesin-8 via a length dependent activity on microtubules. This suggests that Kinesin-8 is able to provide spatial information along the mitotic spindle to properly position chromosomes. Finally, I used a mathematical model of chromosome segregation in order to test quantitatively different hypotheses of chromosome centering process. This work is thus deciphering the control of movement, attachment and positioning of chromosomes during mitosis and seeks to better understand the biophysical processes controlling mitosis
Role of Aurora kinase and condensin in telomere dynamics during meiosis in fission yeast Schizosaccharomyces pombe
No full textLa ségrégation des chromosomes est une étape critique de la division cellulaire. Une transmission erronée des chromosomes conduit à l'aneuploïdie, caractéristique des cancers. En méiose, ces erreurs engendrent de lourdes pathologies congénitales telles que les trisomies, dues à la transmission directe des altérations chromosomiques à la descendance. Les télomères jouent un rôle important dans la ségrégation des chromosomes en mitose ainsi que dans les étapes préliminaires aux divisions méiotiques. Cette thèse est consacrée à la compréhension des mécanismes prenant place aux télomères pour garantir une ségrégation correcte des chromosomes en méiose. Le travail effectué durant cette thèse montre qu'un processus dynamique de séparation des télomères prend place au cours de la méiose chez la levure à fission Schizosaccharomyces pombe. Les télomères se séparent en étapes, à partir du regroupement majeur trouvé en prophase I pour finalement aboutir à une séparation complète à l'issue de la méiose II. Les étapes de ce processus prenant place en méiose I sont dépendantes de la kinase Aurora aux télomères et du complexe Condensine. Cependant, les télomères ainsi que les bras des chromosomes sont capables de se séparer au cours de la méiose II en l'absence d'activité d'Aurora, malgré des défauts d'attachement des chromosomes et l'absence de Condensine. Ces travaux montrent l'importance des mécanismes qui permettent la séparation des bras des chromosomes et illustre les différences fondamentales entre la méiose I et la méiose II mais aussi celles qui existent entre la méiose II et la mitose.Chromosome segregation is a highly critical stage of cell division. Indeed, mistakes in chromosome transmission lead to aneuploidy, a hallmark of cancer. Chromosome segregation errors during meiosis cause particularly detrimental congenital diseases (e.g. human trisomies), as resulting chromosome alterations impact the entire offspring genome. Several studies report that chromosome ends, telomeres, play important roles both in accurate mitotic segregation of chromosome arms and in stages priming meiotic divisions. This thesis is committed to the comprehension of mechanisms that operate at telomeres in order to secure proper meiotic chromosome segregation. Work conducted during this thesis uncover a dynamic telomere separation process during meiosis of fission yeast Schizosaccharomyces pombe. Telomeres separate in stages, from the major telomere cluster of prophase I up to a complete separation by the end of meiosis II. The meiosis I stages of this process are dependent on Aurora kinase at telomeres and on Condensin complex. However, telomeres and chromosome arms are able to separate during meiosis II in the absence of Aurora function, despite erroneous chromosome attachments and lack of Condensin. This work highlights the importance of the mechanisms that allow chromosome arm separation and illustrates the fundamental differences between meiosis I and meiosis II but also between meiosis II and mitosis
Quantitative and multi-parametric analysis of mitosis to understand chromosome segregation
No full textLa mitose est un processus cellulaire robuste, mais les mécanismes qui contrôlent la fidélité de la mitose restent une question importante en Biologie. La compréhension des processus conduisant à des défauts mitotiques sont essentiels pour déchiffrer les mécanismes moléculaires conduisant à la tumorigenèse, à la trisomie ou encore aux maladies génétiques. Une ségrégation chromosomique fidèle repose sur la coopération de nombreuses protéines tout au long du cycle cellulaire. De ce fait, l'utilisation d'approches quantitatives sophistiquées s'est avérée nécessaire pour l'étude de la robustesse de la mitose. Au cours de ce travail, j'ai donc développé un outil informatique puissant, appelé "système expert pour l'analyse quantitative de la mitose" ou MAARS. Cet outil permet une quantification multiparamétrique de la mitose en ciblant principalement la dynamique de l'appareil mitotique, le mouvement des chromosomes et l'apparition des défauts d'attachement des chromosomes. En développant une version avancée de MAARS (MAARS 2.0), basée sur une méthode d'apprentissage par ordinateur, j'ai filmé et analysé avec plus de 70 paramètres caractéristiques, des centaines de cellules mitotiques issues de 14 souches de levure à fission dont les fonctions mitotiques étaient connues pour être altérées. Pour la première fois, des données temporelles de la mitose en haut-débit sont maintenant disponibles. Ces données ont dors et déjà soulevé de nombreuses questions intéressantes, en suggérant par exemple de nouvelles fonctions pour la protéine Mad2p, normalement cruciale pour le fonctionnement du point de contrôle de l'attachement des chromosomes au fuseau mitotique. En conclusion, MAARS 2.0 est un système expert modulaire, axé sur l'étude de la mitose, qui relie la biologie cellulaire et l'informatique pour effectuer une analyse reproductible, impartiale et de haut débit. Compte tenu de la capacité de MAARS à identifier et analyser les phénotypes rares sur des milliers de cellules, ce sera un outil de choix pour la compréhension et le développement futurs de la biologie des systèmes dans la levure à fission.Mitosis is a robust cellular process, yet, the mechanisms controlling mitotic fidelity remain an interesting question in Biology. The precise understanding of mitotic processes will undoubtedly highlight the molecular mechanisms leading to tumorigenesis, Down's syndrome or other genetic diseases. How chromosome segregation remains so faithful is poorly understood but it seems to rely on the cooperation of a large number of proteins throughout the cell cycle. Therefore, the use of state-of-the-art quantitative approaches appears necessary to decipher the processes controlling mitotic robustness. In this thesis, I developed an expert system, called mitosis analysis and recording system (MAARS), to perform an unbiased and multiparametric analysis of mitosis, focusing on the mitotic apparatus dynamics, the movement of the chromosomes and the presence of attachment defects. By using an improved version of MAARS, MAARS 2.0, based on machine learning, hundreds of mitotic cells in 14 different fission yeast strains previously described to be involved in mitosis, were acquired and analyzed. More than 70 mitotic features were extracted from each of them making high-content temporal data of mitosis available for the first time. The data I obtained led to several interesting observations, including potential new functions for the spindle assembly checkpoint protein Mad2p. MAARS 2.0 is a modular, mitosis-focused expert system that bridges cell biology with computer science to perform reproducible, unbiased, high-content analysis. Considering MAARS's capacity to tackle rare phenotypes out of thousand of cells, it will become a tool of choice for the future understanding and development of system biology in fission yeast
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