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Efecto de la densidad, la herbivoría y el bambú nativo Chusquea spp. en la mortalidad y reclutamiento de plántulas del roble endémico Quercus costaricensis (Fagaceae) en el Cerro de la Muerte, Costa Rica
No full textTesis (licenciatura en biología con énfasis en botánica)UCR::Vicerrectoría de Docencia::Ciencias Básicas::Facultad de Ciencias::Escuela de Biologí
Caracterización de diversidad genética en poblaciones cultivadas de Cas (Psidium friedrichsthalianum (O. Berg) Nied) utilizando descriptores citogenéticos y moleculares para fines de mejoramiento genético
Get PDFPsidium friedrichsthalianum (O. Berg) Nied es una especie cultivable de origen tropical de
la familia Myrtaceae, subfamilia Myrtoideae, tribu Myrteae (Lucas et al. 2019).Actualmente, no
hay información sobre la cantidad y distribución de la diversidad genética en poblaciones
cultivadas de Cas en Costa Rica, la gran mayoría se han realizado en Psidium guajava y con
marcadores tipo microsatélites (SSR); de igual manera, no se conoce los niveles de ploidía de
estas poblaciones, Srivastava (1977) informó que este cultivo es diploide (2n = 2x = 11) e Hirano
(1967) identificó individuos tetraploides y hexaploides en muestras recolectadas en América
Central; es probable que la diversidad en el número cromosómico previamente reportado para
Cas puede ser una consecuencia de su proceso de domesticación en curso. La ausencia de dicha
información limita el desarrollo de programas de selección y mejoramiento genético en el cultivo
de Cas, que sean eventualmente dirigidos a cosechar frutos de Cas con contenido alto y
homogéneo de polifenoles, y que sea comercializado como alimento funcional. Por lo tanto, el
objetivo del presente estudio fue caracterizar diversidad genética de poblaciones cultivadas de
Cas (Psidium friedrichsthalianum (O. Berg) Nied) en Costa Rica utilizando descriptores
citogenéticos y moleculares para su eventual conservación y/o selección en programas de
mejoramiento genético. En el primer capítulo, cuantificamos el número de cromosomas (ploidía)
de seis poblaciones cultivadas de Cas mediante tinción de cromosomas con DAPI y determinamos
el tamaño del genoma de estas poblaciones utilizando citometría de flujo. Observamos que las
poblaciones de Cas en Costa Rica son consistentemente diploides (2n = 2x = 22). Así mismo,
determinamos que los individuos de dichas poblaciones presentan un contenido promedio de
ADN nuclear de 2C de 1.960 ± 0.005 pg, equivalente a 1916.88 Mbp. La uniformidad encontrada
entre las poblaciones costarricenses de Cas en términos de número cromosómico y tamaño del
genoma (ADN nuclear) sugiere un origen común entre ellas. Alternativamente, sugerimos que
dicha uniformidad puede ser una consecuencia del establecimiento de las plantaciones a partir de
la selección artificial de individuos con rasgos de interés específicos y homogéneos, por ejemplo,
tamaño de la fruta o alto contenido de pulpa. En el segundo capítulo, caracterizamos diversidad y
estructura genética en cinco poblaciones cultivadas de Cas en Costa Rica utilizando ddRAD-seq;
como resultados obtuvimos 1 148 SNPs lo que sugiere que el método ddRAD-seq fue apto para
genotipar dichas poblaciones de Cas. Se obtuvo un valor promedio de heterocigosidad esperada
(He) igual a 0.352 ± 0.003, lo que sugiere alta diversidad genética en todas las poblaciones
analizadas. Así mismo, hubo un exceso de heterocigotas en todas las poblaciones analizadas,
posiblemente por causa de establecer estas plantaciones a partir de individuos o variedades
altamente heterocigotas. Se realizó un dendrograma tipo Neighbor-Joining (NJ) y un análisis
discriminante de componentes principales (DAPC), los cuales mostraron dos grupos de
poblaciones, en congruencia con el análisis de STRUCTURE que propone K=2; el primer grupo
representado por la población de Escazú y el otro grupo distribuido casi homogéneamente entre
las demás poblaciones. Nuestros resultados proponen que las poblaciones de Cas se estructuran
principalmente por un factor de elevación y barreras naturales, pero no por distancia (IBD).
Concluimos que el material genético altamente diverso observado en el segundo capítulo es
promisorio para su resguardo o conservación; dicho material puede utilizarse eventualmente para
el establecimiento de programas de selección y mejoramiento genético del cultivo de Cas.UCR::Vicerrectoría de Docencia::Ciencias Básicas::Facultad de Ciencias::Escuela de BiologíaUCR::Vicerrectoría de Investigación::Sistema de Estudios de Posgrado::Ciencias Básicas::Maestría Académica en Biología con énfasis en Genética y Biología Molecula
Efecto de la densidad, la herbivoría y el bambú nativo Chusquea spp. en la mortalidad y reclutamiento de plántulas del roble endémico Quercus costaricensis (Fagaceae) en el Cerro de la Muerte, Costa Rica
No full textTesis (licenciatura en biología con énfasis en botánica)--Universidad de Costa Rica. Facultad de Ciencias, 2016Antecedentes - La denso-dependencia negativa ha sido señalada como uno de los principales mecanismos reguladores de poblaciones que permiten la coexistencia de especies en bosques tropícales. Los árboles de Quercus costaricensis son dominantes en la parte alta de las montañas del Cerro de la Muerte y presentan generalmente una fructificación masiva sincrónica que resulta en una alta densidad de plántulas. Explorar la importancia relativa de los factores bióticos en la mortalidad y reclutamiento de plántulas es crucial para entender los principales mecanismos que regulan la población de robles en estos bosques de altura. Métodos - En mayo del 2014, se midieron y marcaron todos los individuos de Q. costaricensis ubicados en cuatro parcelas de 20x20m, con diferentes densidades de Chusquea spp, en la Estación Los Nímbulos, en el Cerro de la Muerte. Se determinaron los patrones espaciales de plántulas y adultos utilizando la K de Ripley, y se analizó si la intensidad de la herbivoría (IH) y la altura de las plántulas se correlacionaban con la densidad. Utilizando modelos lineares generalizados de efectos mixtos (GLMM) se examinó: 1) la importancia relativa de la densidad intraespecífica, altura, distancia al árbol adulto más cercano, densidad de Chusquea spp., herbivoría y apertura de dosel sobre la supervivencia de 2029 plántulas durante un año semillero (2014-2015), y 2) cómo varió el número de reclutas después del periodo reproductivo en función de la densidad intraespecífica de plántulas y adultos, así como en función de la densidad de Chusquea spp y la apertura de dosel. Resultados - Las plántulas presentaron un patrón de agregación en todas las parcelas. La altura de las plántulas tuvo un efecto positivo sobre la supervivencia mientras que la densidad de Chusquea spp., el IH y la apertura de dosel mostraron un efecto negativo. En bajas densidades de Chusquea spp. (<2.4 tallos.m-2) y menor apertura de dosel (<23.4%)...UCR::Docencia::Ciencias Básicas::Facultad de Ciencias::Escuela de Biologí
Validación de dos metodologías moleculares para la identificación del pez vela (Istiophorus platypterus), pez espada (Xiphias gladius), marlines (Makaira nigricans, Kajikia sp.) y atún (Thunnus sp.) en Costa Rica
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Caracterización de la diversidad genética de maíz criollo (Zea mays L.) de las regiones Brunca y Chorotega, Costa Rica
No full textTesis (licenciatura en biología molecular y biotecnología)--Facultad de Ciencias. Escuela de Biología, 2018El maíz criollo se caracteriza por tener una gran variedad de coloraciones en el grano, por ser cultivado y conservado por pequeños agricultores que lo utilizan para autoconsumo y preparación de comidas tradicionales. Además, está adaptado a condiciones agroecológicas según el sitio donde se cultiva, por lo que constituye un germoplasma valioso para su conservación. Sin embargo, la variabilidad genética de este recurso, en Costa Rica, aún no había sido descrita. El objetivo de la investigación fue caracterizar la diversidad genética del maíz criollo de las regiones Brunca y Chorotega, zonas donde este cultivo predomina en Costa Rica. Para ello, se emplearon 20 Secuencias de Simple Repetición (SSR) utilizados en estudios sobre origen, evolución y diversidad de maíz en América. Se analizaron muestras de maíz criollo provenientes de 20 poblaciones entre ambas regiones socioeconómicas. Se estandarizó el protocolo de PCR tipo Múltiplex y la obtención de genotipos utilizando la librería MsatAlelle de R. Se determinó que los SSR utilizados son polimórficos (PIC=0.84) y eficaces para estimar la diversidad genética del germoplasma criollo. La diversidad genética del maíz de la región Chorotega (He=0,82) y Brunca (He=0,80) fue muy similar. No obstante, se encontraron 3.9 (±0.75) alelos privados para Chorotega y 1.3 (±0.32) para Brunca. Los resultados sugieren, que el maíz criollo costarricense es genéticamente diverso, que la diversidad es alta y que es comparable con la diversidad reportada para México, América del Sur y el Caribe.UCR::Docencia::Ciencias Básicas::Facultad de Ciencias::Escuela de Biologí
Validación de dos metodologías moleculares para la identificación del pez vela (Istiophorus platypterus), pez espada (Xiphias gladius), marlines (Makaira nigricans, Kajikia sp.) y atún (Thunnus sp.) en Costa Rica
No full textSe ha visto una disminución en las poblaciones de picudos durante los últimos años en las costas de Costa Rica, como respuesta, el gobierno ha prohibido la pesca comercial y la exportación de la especie más afectada, el pez vela (Istiophorus platypterus). Aún tras dicha prohibición, se cree que la exportación ilegal del pez vela continúa tras la dificultad de identificar a la especie una vez fileteada y procesada, por lo que el control sobre estas ilegalidades se hace dificil con las metodologías convencionales. Surge entonces la necesidad de métodos más eficientes, exactos y que puedan ser utilizados en un juzgado como evidencia válida. Para poder solucionar este problema se tiene como objetivo en este estudio el reconocimiento y análisis de dos metodologías de identificación molecular para esta especie y especies afines de mayor abundancia e interés comercial. Se utilizó un PCR Multiplex de la región control mitocondrial (D-Loop) y un PCR RFLP para el gen mitocondrial de la subunidad 1 de la enzima citocromo e oxidasa (COI), donde se planteó como estándar oro la secuenciación del gen COI. Ambas metodologías resultaron ser idóneas con el 100% de muestras identificadas correctamente para l. platypterus, X gladius, M nigricans, Kajikia sp. y Thunnus sp., pero con marcadas diferencias en cuanto a costos y tiempo de procesamiento. Se seleccionó al PCR Multiplex como la metodología recomendada debido a su menor costo de tiempo y dinero. El estudio filogenético mostró una concordancia con la clasificación taxonómica aceptada actualmente y no se obtuvieron subgrupos. Tanto el PCR Multiplex como el PCR RFLP se validaron como herramienta de identificación para su posible uso en un juzgado en casos de exportación ilegal.UCR::Docencia::Ciencias Básicas::Facultad de Ciencias::Escuela de Biologí
Caracterización de la diversidad genética de maíz criollo (Zea mays L.) de las regiones Brunca y Chorotega, Costa Rica
No full textTesis (licenciatura en biología molecular y biotecnología)UCR::Vicerrectoría de Docencia::Ciencias Básicas::Facultad de Ciencias::Escuela de Biologí
Genetic structure in two avian species with different tolerance to urbanization: Case of white-eared ground-sparrow and house wren across an urban gradient
Get PDFLa tesis contiene el artículo titulado "Genetic structure in neotropical birds with different tolerance to urbanization", elaborado con: Eric J. Fuchs Castillo, Gilbert Barrantes Montero, Ruth Madrigal Brenes y Luis Andrés Sandoval Vargas.El flujo génico en aves puede verse afectado por la urbanización dependiendo de la
historia natural y adaptabilidad de la especie al cambio de hábitat. Se pueden
esperar resultados contrastantes cuando se comparan especies con opuesta
resiliencia a la urbanización. En este estudio, se evaluó la diversidad y estructura
genética de dos especies de aves, el evitador urbano, ave cuatro ojos (Melozone
leucotis) y el habitante urbano, el soterrey cucarachero (Troglodytes aedon). Se
usaron siete loci de microsatélites para cada especie y se muestreó en cinco
localidades distintas, ubicadas en sitios con diferentes intensidades de urbanización
en Costa Rica. Se encontró una estructura genética considerablemente mayor en
cuatro ojos que en el soterrey cucarachero. Análisis de teoría de circuitos mostraron
un mayor aislamiento por resistencia urbana para cuatro ojos que para soterrey
cucarachero. Estos resultados apoyan que la urbanización es una barrera
significativa para el flujo genético en evitadores urbanos, en contraste con una
especie habitadora urbana que mostró un impacto sumamente leve. Las diferencias
peuden ser atribuidas a una mayor plasticicidad en preferencias de selección de
hábitat y anidación y una limitante a la dispersión significativa para cuatro ojos. Estos
resultados enfatizan la necesidad de estrategias de conservación para el pájaro
cuatro ojos y para las especies evitadoras urbanas cuyo hábitat y conectividad
pueden estar reducidas por la reciente expansión urbana.Universidad de Costa Rica/[111-B9-469]/UCR/Costa RicaUniversidad de Costa Rica/[111-C0-517]/UCR/Costa RicaUCR::Vicerrectoría de Investigación::Sistema de Estudios de Posgrado::Ciencias Básicas::Maestría Académica en Biología con énfasis en Genética y Biología MolecularUCR::Vicerrectoría de Docencia::Ciencias Básicas::Facultad de Ciencias::Escuela de Biologí
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
- …
