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Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Dynamique intra-annuelle de la formation du bois de trois espèces de conifères (Épicéa commun, Pin sylvestre et Sapin pectiné) dans les Vosges
No full textWe investigated the intra-annual dynamics of wood formation for three conifer species (Norway spruce, Scots pine and silver fir) in the Vosges Mountains (northeast France) using weekly samples of wood, taken around the stem during 2008. Anatomical slices were prepared from the samples collected for observations with an optical microscope. Four different cellular zones can be distinguished on the anatomical slices : the (1) cambiale zone, (2) expansion zone, (3) thickening and lignification zone and (4) mature tracheid zone. Cell counting in each zone and for each sampling date allowed us to develop a wood formation calendar for each species studied. Needle phenology of the trees studied was also observed weekly. Initiation of cambial activity and xylogenesis occurred at the end of April for pines and firs, at the beginning of June for spruces. For the 3 species, it occurred a few days after the reactivation of the apical meristems, which is in agreement with the theory of a hormonal regulation of cambial activity. The end of the cellular divisions in the cambial zone occurred between the end of August and the middle of September, depending on the species, while the end of apical meristems activity occurred between the middle of June and the beginning of July. The length of time between these two phenomena suggested that the cessation of cambial activity is not under a hormonal control by the apical meristems. Due to later initiation and more precocious end, cambial activity and xylogenesis phases were shorter for spruces. Extension of these analyses along an altitudinal gradient and over several years will allow a better understanding of the influence of climatic factors on wood formation in general and on the behaviour of the species studied in particular.La dynamique intra-annuelle de la formation du bois a été suivie pour trois espèces de conifères (Epicéa commun, Pin sylvestre et Sapin pectiné) dans les Vosges du nord au cours de l'année 2008. Pour cela, des petits échantillons de bois ont été prélevés hebdomadairement sur le tronc de 5 arbres par espèce. A partir des échantillons collectés, des coupes anatomiques ont été réalisées. En microscopie optique, quatre zones cellulaires peuvent être distinguées sur les coupes : les zones (1) cambiale, (2) d'expansion, (3) d'épaississement et lignification et (4) des trachéides matures. Les comptages cellulaires dans chacune des zones pour chaque date de prélèvement ont permis l'élaboration du calendrier de la formation du bois pour les trois espèces. La phénologie foliaire a également été observée hebdomadairement. L'initiation de l'activité cambiale et de la xylogenèse s'est faite fin avril pour les pins et les sapins, début mai pour les épicéas. Pour les trois espèces, elle succédait de quelques jours à la reprise de l'activité des méristèmes apicaux, en accord avec la théorie d'une régulation hormonale de l'initiation de l'activité cambiale. La cessation des divisions cellulaires dans la zone cambiale s 'est produite entre fin août et mi-septembre en fonction de l'espèce, alors que la fin de l'activité des méristèmes apicaux est survenue entre mi-juin et début juillet pour les trois espèces. La longue durée entre ces deux phénomènes suggère que la fin de l'activité cambiale n'est pas soumise à un contrôle hormonal par les méristèmes apicaux. En raison d'initiations plus tardives et de fins plus précoces, l 'activité cambiale et les phases de la xylogenèse ont été plus courtes chez les épicéas. La poursuite des analyses le long d'un gradient altitudinal pour plusieurs années nous permettra de mieux comprendre l 'influence des facteurs climatiques sur la formation du bois et sur le comportement des espèces étudiées.Cuny Henri, Rathgeber Cyrille, Fournier Meriem. Dynamique intra-annuelle de la formation du bois de trois espèces de conifères (Épicéa commun, Pin sylvestre et Sapin pectiné) dans les Vosges. In: Collection EDYTEM. Cahiers de géographie, numéro 11, 2010. Panorama de la dendrochronologie en France. pp. 55-64
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Wood formation dynamics of Larch (Larix decidua Mill.) along a 1000 m elevation gradient in the French Southern Alps
No full textLa survie des plantes pérennes dépend de leur capacité à s'adapter à leur environnement. Les modèles de végétation prédisent que les changements climatiques vont avoir un effet profond sur la production et la distribution des forêts. La réponse des arbres aux changements climatiques dépend de la capacité du cambium à produire un bois performant. L'objectif est de comprendre quelles modifications des processus de formation du bois permettent aux arbres de croître dans des conditions contrastées. Nous avons suivi la formation du bois de 60 mélèzes, en 2013, dans quatre peuplements, le long d'un gradient altitudinal de 1000 m dans les Alpes du Sud. Des échantillons ont été prélevés chaque semaine. Les cellules en formation ont été classées et comptées en fonction de leur stade de différentiation (division, élargissement, épaississement et mature). De plus, l'occurrence de tissus cicatriciels a été notée. Le comptage cellulaire a ensuite servi à calculer les dates critiques de la formation du bois à l'aide de régressions logistiques, alors que la croissance du bois était décrite par l'ajustement de modèle de Gompertz. Les dates et taux obtenus ont été comparés au gradient altitudinal grâce à des tests bootstrap et des modèles linéaires mixtes. La contribution relative à la production annuelle totale du taux par rapport à la durée a été estimée à l'aide d'une analyse de sensibilité. L'activité cambiale (AC) a commencé vers mi-mai pour le site le plus bas du gradient et vers mi-juin pour le site le plus élevé, ce qui correspond à un retard de 3 jours par 100 m. Le début des autres périodes de la formation du bois (FB) suivaient la même tendance altitudinale, mais avec un décalage de quelques jours à un ou deux mois. Les fins de l'AC et de la FB suivaient une tendance parabolique avec les arbres du peuplement le plus bas finissant en premier, ceux du peuplement le plus haut en second, et ceux des peuplements intermédiaires en dernier. Les durées totales de l'AC et de la FB présentaient également des tendances paraboliques avec les durées les plus courtes à 2300 m, et les plus longues à 1700 m. Néanmoins, nous avons découvert que le raccourcissement de la saison de végétation lié à l'altitude était compensé par une augmentation des taux de production cellulaire aboutissant à des largeurs de cernes finales comparables pour les trois peuplements du haut. Le peuplement du bas, au contraire, présentait des cernes plus étroits, en raison de saisons de végétation plus courtes et de taux de production plus bas. L'analyse de sensibilité a montré que le nombre de cellule final était plus influencé par le taux de production que par sa durée. Nous avons constaté une augmentation du nombre de cellules cambiale avec l'altitude, qui contrebalançait l'allongement du cycle cellulaire, et maintenait un taux de production important. Enfin, nous n'avons pas observé de tissues cicatriciels mais un nombre important de canaux résinifères. Un examen détaillé des résidus des ajustements des Gompertz a conduit à penser que le microcarottage stimule légèrement l’AC, perturbant la xylogénèse et la structure finale des cernes de croissance. Les délais observés dans le démarrage de l'AC et de la FB peuvent être associés au gradient adiabatique de température et être ainsi convertis en un allongement de la saison de végétation de 5 jours par °C. D'un autre côté, nos résultats montrent que c'est plutôt la photopériode qui détermine la fin de l’AC, bien qu'une restriction hydrique soit capable de précipiter cette fin. Cependant, même si la phénologie est une composante importante du fonctionnement des forêts, nos résultats soulignent le rôle majeur du taux d’activité cambiale en ce qui concerne la croissance. L'investissement structural consistant à augmenter le nombre de cellules cambiales pour soutenir le taux de division quand l'altitude augmente, que la température baisse, et que le cycle cellulaire s'allonge, révèle un mécanisme d'adaptation puissant.The survival of perennial plants depends on their ability to remain adapted to their ever-changing environment. Vegetation model predictions indicate that climate change will have profound effects on forest production and distribution. Tree response to environmental factors amply relies on cambium ability to produce efficient wood. The main objective of this thesis is to understand which modifications of the wood formation (WF) processes allow trees to grow under contrasted conditions. The xylogenesis of 60 larch trees, in four stands along an elevation gradient of 1000 m in the French Southern Alps was monitored in the 2013. Wood samples were taken every week from tree stem.. Forming wood cells counted according to their differentiation stage (dividing, enlarging, wall thickening and mature). Moreover, the occurrence of wounding tissues were recorded. Meteorological data were obtained from nearby climate stations andrelative extractable water was computed using a water balance model. Thecritical dates of wood formation were computed based on logistic regression, while wood growth dynamics was described using Gompertz models. Dates and rates were then compared along the elevation gradient using bootstrap tests and mixed-effects models. The relative contribution to the total annual production of rates vs. durations was assessed using a sensitivity analysis of a basic physical model. Cambial activity (CA) started around mid-May at the lowest stand and around mid-June at the highest one, which correspond to a delay of 3 days per 100 m. The onsets of the other periods of wood formation followed exactly the same elevation trend, but were lagged in time of a few days up to one or two months. The cessation of CA and WF followed a parabolic trend with trees from the lowest stand finishing first, followed by those from the highest stand, while those from the intermediate elevations finished the last. CA and WF durations also exhibited parabolic trends, but with the shortest season occurring at 2300 m and the longest ones at 1700 m Nevertheless, we discovered that the elevation-related shortening of the growing season, was compensated by an increase in the cell production rate, leading to comparable tree-ring widths in the three upper stands. The lowest stand, on the contrary, exhibited narrow tree rings due to both low production rates and short durations. The sensitivity analysis showed that the final cell number was more related to the rate of production than to its duration. Moreover, our results showed that the number of cambial cell increased with elevation, which compensated the lengthening of the cell cycle, and thus maintained high production rates, even at high elevation. Lastly, we didn't observe any callus tissue in our anatomical sections, but we counted numerous traumatic resin canals. Moreover, a careful examination of Gompertz fitting residuals leaded us to think that microcoring monitoring slightly stimulated cambial activity, disturbing xylogenesis and final tree-ring structure. We believe, however, that the overall impact of cambial stimulation on wood formation phenology and dynamics remains limited. So the delay in the wood formation CA and WF onsets with increasing elevation can be associated with the adiabatic temperature decrease and thus translated into a lengthening of the growing season of about 5 days per °C. On the other hand, our results show that the cessation of cambial activity is more related to photoperiod, even with water shortage being able to hasten growing season termination. However, even if phenology is a key component of forest functioning, our results underlined the pivotal role of the rate of cambial activity in tree growth. Structural investment to sustain cell division rates while elevation increase, thanks to increased number of cambial cells, and despite temperature-related increased of cell cycle length, unveil a strong adaptation mechanism of trees to high elevations
Tree acclimation to wind in forest stands : from wind sensing to its consequences on the growth and the stems mechanical design.
No full textLes tempêtes sont de loin la première cause de dégâts pour les arbres. Toutefois ceux-ci ne font pas que subir passivement le vent. Ils perçoivent leurs propres déformations sous l'effet du vent (comme de toute force externe) et y répondent en modifiant leur croissance et les propriétés mécaniques de leurs tissus. Mais ce processus, appelé thigmomorphogénèse, a surtout été étudié sur de très jeunes arbres en conditions contrôlées. Cette thèse vise à étendre pour la première fois cette étude à l'échelle d'un peuplement forestier afin de comprendre comment des arbres adultes s'acclimatent au vent en conditions naturelles en adaptant leur croissance. Elle s'appuie sur un dispositif expérimental mis en place dans un peuplement régulier de hêtre (Fagus sylvatica) non éclairci. La vitesse du vent, les déformations longitudinales et la croissance radiale de quinze paires d'arbres de dimension et d'exposition au vent contrastées (et regroupés selon leur statut social dominant ou dominé) ont été suivies pendant une année. En contrôlant l'intensité des déformations subies, par haubanage ou à l'aide de flexions artificielles, nous avons pu démontrer que les arbres ne répondent qu'à des stimulations mécaniques provoquées par des vents suffisamment forts ayant un temps de retour supérieur à la semaine. Cette réponse se traduit par contre par une très forte augmentation de leur croissance radiale et suit une loi de mécano-perception commune à l'ensemble des arbres, quelle que soit leur taille. Nous avons ensuite étudié les conséquences de la régulation des déformations sur le dimensionnement mécanique des arbres et leur risque d’endommagement. Il s'avère que malgré des dimensions et des expositions au vent contrastées, le régime de déformation reste uniforme entre les hêtres du peuplement, en accord avec l'hypothèse d'un dimensionnement mécanique optimal souvent inférée mais jamais validée dans son mécanisme. Finalement, les équations constitutives d'un possible modèle de croissance dépendant du vent sont proposées et discutées.Storms are by far the major hazard damaging the trees. However, trees do not just behave passively in the wind. They sense their own strains under the influence of an external force such as wind andrespond by modifying their growth and the mechanical properties of their tissues. But this process, called thigmomorphogenesis, has mainly been studied in very young trees in controlled conditions. This thesis aims to expand for the first time such studies at the scale of a forest stand in order to understand how adult trees acclimate to the wind in natural conditions by adapting their growth. It relies on an experimental set up in a regular stand of beech (Fagus sylvatica) which have never be thinned. The wind speed, the longitudinal strains and the radial growth of fifteen pairs of trees with contrasted sizes and wind exposures (split into two social status, dominant and suppressed trees) were monitored for one year. By controlling the strain intensity experienced by the trees, either by guying or by additional bendings, we show that the trees respond only to mechanical stimulation caused by rather strong winds with a return period higher than a week. This response leads however to a very strong increase in radial growth. And it follows a law of mecano-sensing uniform among the trees, regardless of their sizes. We then studied the effects of the strain regulation on the mechanical design of the trees and the potential risk of stem breakage. Despite the contrasted sizes and wind exposures, the strain regime remained uniform within the beech stand, in agreement with the hypothesis of an optimal mechanical design often inferred but never validated in its mechanism. Finally, the constitutive equations of a possible growth model dependent on wind are proposed and discussed
Study of the biomechanical strategies of saplings growth in a tropical rain forest
No full textLe fonctionnement des écosystèmes repose sur la diversité fonctionnelle, complément de la diversité spécifique. En forêt tropicale humide, les jeunes arbres croissent en sous-bois dense et stratifié. Cette thèse porte sur la diversité de réalisation de la fonction biomécanique de soutien. Les hypothèses sont que la «course» vers les strates plus éclairées contraint la sécurité mécanique des jeunes arbres, avec de nécessaires économies de matière et recours à des processus de réparation (gravitropisme) et d’acclimatation (mécanoperception et réponse), et que la diversité est donc structurée par le besoin en lumière et l’affinité pour le risque des espèces. Avec un échantillon de 16 espèces sur le dispositif de Paracou, des traits fonctionnels pertinents – risque de non-autoportance et performance gravitropique - sont définis au travers de modélisations adaptées qui combinent forme des troncs, répartition des masses et propriétés du bois. Ces traits varient entre espèces mais aussi avec le développement et l’environnement des arbres. Ces variations sont dues aux variations des traits élémentaires (forme, masses, bois) avec de forts effets géométriques. Les espèces les moins autoportantes (faible sécurité) ont les plus fortes performances gravitropiques. Ce sont aussi les plus demandeuses de lumière. Une espèce Tachigali melinonii se distingue par de forts élancements et une fréquente non-autoportance laissant supposer une adaptabilité forte à l’environnement mécanique. Une expérimentation (réponse de croissance au tuteurage) n’a cependant pas abouti aux résultats supposés puisque c’est au contraire l’espèce à faible risque, Dicorynia guianensis, qui s’est montrée plus réactive.The functioning of ecosystems is based on the functional diversity, which is the complement to the species diversity. In the tropical rain forest, the saplings grow in the dense and stratified understorey. This thesis deals with the diversity of realisation of the support function by the saplings in this context. The hypotheses are that the race through higher and so brighter levels constrains the mechanical security of the saplings with necessary biomass saving and need of reorientation (gravitropism) and acclimation (mecanoperception and response) processes and that diversity is thus structured by the species light-demand and affinity for the risk. Using a wide sample of 16 species, at the Paracou station, relevant functional traits - risk of not-self-supporting and gravitropic performance - are defined through adapted modellings which combine trunk shape, biomass distribution and wood properties. The traits values vary between species and also with ontogeny and saplings environment. These variations are due to elementary traits (shape, biomass, wood) with strong geometrical effects. The less self-supporting species (low mechanical security) have the highest gravitropic performances and are also the most light-demanders. A species, Tachigali melinonii, distinguishes itself by strong slendernesses and a frequent not-self-supporting habit letting suppose a strong adaptability to its mechanical environment. An experiment (growth response to staking), however, did not provide the expected results whereas the species with lower risks, Dicorynia guianensis, reacted more
Description and phenomenological modeling of the patterns of variation from juvenile to mature wood of Douglas-fir (Pseudosuga menziesii), Kevazingo (Guibourtia tessmanii) and Okoumé (Aucoumea klaineana P)
No full textL’objective de ce travail est d’appréhender le processus de transition bois juvénile bois mature, via la description et la modélisation des patrons des variations radiales des propriétés du bois. L’hétérogénéité des propriétés qui traduisent le passage du bois juvénile au bois mature, montre que pour certains traits les patrons sont stables et caractéristique de l’espèces. Pour d’autres les patrons sont fluctuants et ‘hétérogènes’, impacté par d’autres processus. La démarche de cette étude vise ainsi à caractériser les propriétés qui marquent le mieux le phénomène de transition bois juvénile-bois mature, à partir d’un jeu de donnée originale composé de trois essences, au tempérament très contrastés, dont : Le Douglas (P. menziesii) essence résineuse héliophile à croissance rapide, le Kevazingo (G. tessmanii) espèce tropicale à croissance lente peut tolérante à la lumière et L’Okoumé (A. Klaineana) essence tropicale héliophile à croissance rapide.La première approche de cette thèse était orientée vers l’analyse des paramètres structuraux et les propriétés physiques du bois des trois espèces. Celle-ci avait pour objectif d’acquérir les principales caractéristiques structurales et physiques qui ont un impact sur l’utilisation potentielle du matériau bois, en prenant en compte les effets conjoints éventuelles de la variabilité intra et inter individuel. Des mesures des traits de structure tel que l’AMF et l’angle du fil et des caractéristiques physiques tels que la densité des cernes, les retraits au séchage et le PSF ont été réalisées pour mettre en évidence des variations affectées par « l’effet arbre », « l’effet du rayon des arbres » et « la distance à la moelle ». Les résultats ont permis d’acquérir de nouvelles connaissances sur la variabilité des propriétés de ces espèces pouvant ainsi permettre d’optimiser leur potentiel de valorisation.La seconde approche avait pour but d’examiner les marqueurs de la transition bois juvénile bois mature, sur analyse des patrons des variations radiales, puis de proposer des interprétations fonctionnelles possibles pouvant rendre compte des schémas radiaux observés. De cette approche il ressort des singularités à différents stades de développement de chaque espèce. Les premières réponses observées relancent le débat sur les caractéristiques à utiliser pour décrire la transition bois juvénile et mature et l’interprétation biologique des variations de ces différents traits. Pour les trois espèces les propriétés physiques tel que les retraits et le PSF, n’ont pas montrés d’évolution radiale qui caractérise la transition bois juvénile bois mature. Par contre les profils des variations radiales de la densité moyenne des cernes, de l’AMF et de l’angle du fil, s’avèrent être des bons indicateurs pour comprendre les modifications qui s’opèrent à différents stades de développement des arbres.Enfin des relations entre propriétés de structure (AMF et AF), densité et les retraits ont été examinées pour comprendre l’hétérogénéité des retraits. Ainsi des modèles basés sur une représentation de la structure de la paroi de la fibre, du tissu et du bois à l’échelle macroscopique ont été testés. Ces modèles physiques combinant l’AMF, l’angle du fil et la densité comme principaux paramètres, permettent de distinguer l’effet de la quantité de la matière (densité) qui va jouer sur l’amplitude du retrait de l’effet qualité (AMF, AF)The objective of this work is to understand the process of transition from juvenile to mature wood, through the description and modeling of the patterns of radial variations of wood properties. The heterogeneity of the properties that reflect the transition from juvenile to mature wood, shows that for some traits the patterns are stable and characteristic of the species. For others the patterns are fluctuating and 'heterogeneous', impacted by other processes. The approach of this study aims to characterize the properties that best mark the phenomenon of transition juvenile wood-mature wood, from an original data set composed of three species, with very contrasting temperament, including : Douglas Fir (P. menziesii), a fast-growing sun-loving resinous species, Kevazingo (G. tessmanii), a slow-growing tropical species that can tolerate light, and Okoumé (A. Klaineana), a fast-growing sun-loving tropical species.The first approach of this thesis was oriented towards the analysis of the structural parameters and physical properties of the wood of the three species. The objective was to acquire the main structural and physical characteristics that have an impact on the potential use of the wood material, taking into account the possible joint effects of intra and inter individual variability. Measurements of structural traits such as MFA and grain angle and physical characteristics such as ring density, drying shrinkage and PSF were performed to highlight variations affected by the 'tree effect', 'tree radius effect' and 'distance to pith'. The results provided new knowledge on the variability of the properties of these species, which can be used to optimize their value-added potential.The second approach was to examine the markers of the transition from juvenile to mature wood, based on the analysis of the patterns of radial variations, and to propose possible functional interpretations that could account for the observed radial patterns. This approach reveals singularities at different stages of development of each species. The first observed responses reopen the debate on the characteristics to be used to describe the transition from juvenile to mature wood and the biological interpretation of the variations of these different traits. For all three species, physical properties such as shrinkage and PSF did not show radial changes that characterize the transition from juvenile to mature wood. On the other hand, the profiles of radial variations of the average ring density, AMF and the angle of the grain, prove to be good indicators to understand the modifications that take place at different stages of development of the trees.Finally, relationships between structural properties (AMF and AF), density and shrinkage were examined to understand shrinkage heterogeneity. Thus, models based on a representation of the fiber wall structure, fabric and wood at the macroscopic scale were tested. These physical models combining AMF, yarn angle and density as main parameters, allow to distinguish the effect of the quantity of the material (density) which will play on the amplitude of the shrinkage from the quality effect (AMF, AF
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
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