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Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Analyse multi-échelle de l’impact du lithium sur les microorganismes
No full textL'auteur a souhaité limiter l'accès aux membres de l'Enseignement supérieur français jusqu'au 1er janvier 2040.Lithium (Li) is a strategic metal whose properties are highly used in many fields (alloy manufacturing, medicine, new technologies). Due to its predominant role in battery production, Li has become essential for decarbonized energy generation. However, its release into the environment, combined with low recycling rates, positions this metal as an emerging contaminant with largely unknown potential toxicity. To improve our knowledge, in a first approach, the effects of Li on terrestrial microbial communities were explored. The establishment of soil microcosms allowed for studying the impact of a LiCl gradient on fungal and bacterial diversity and activity. Metabarcoding analysis on fungi revealed that Leptodontidium, Solicoccozyma, and Trichoderma were negatively correlated with the Li gradient, whereas Oidiodendron and Saitozyma were positively correlated. Regarding bacteria, most genera were negatively affected, such as Conexibacter, Bradyrhizobium, and Edaphobacter. In contrast, Alicyclobacillus, which was a minor taxon at low concentrations, became the most abundant taxon at higher concentrations. In accordance with these variations, a decrease in the activity of several enzymes, such as phytase, chitinase, glucuronidase, and β-galactosidase, was measured. Additionally, soil, mushrooms, and plants sampling campaigns in naturally Li-enriched areas also demonstrated the impact of Li on microbial communities, and a very low transfer of naturally occurring Li in mushroom or plant tissues. In a second approach, cellular and molecular responses to Li stress were studied in the eukaryotic model Saccharomyces cerevisiae and the prokaryotic model Escherichia coli. Three complementary and unbiased strategies—deletomics, proteomics, and evolutionary engineering—were applied. The majority of the Li responses identified were common with those triggered by other alkali and alkaline earth metals. Vacuolar, endosomal, and cytosolic transport systems, as well as cellular signaling, are crucial functions in response to Li stress in yeast. In E. coli, capsule and peptidoglycan synthesis, involving the glycosyltransferase RodA, are central for its response to Li. However, Li-specific functions were also identified, such as the NMD (nonsense-mediated decay) system in S. cerevisiae, the AcrA subunit of an efflux pump in E. coli, and amino acid synthesis in both organisms. In conclusion, this thesis provides a solid, multi-scale foundation for understanding the responses of microorganisms exposed to this emerging contaminant. The results provide new toxicity and resistance data specific to Li for these two model organisms and emphasize the importance of a multi-approach strategy in characterizing the molecular mechanisms involved in response to Li stress.Le lithium (Li) est un métal stratégique dont les propriétés sont convoitées dans de nombreux domaines (fabrication d'alliage, médecine, nouvelles technologies). Par son rôle prédominant dans la fabrication des batteries, le Li est devenu indispensable pour la production d'énergie décarbonisée. Cependant, son rejet dans l'environnement associé à un faible taux de recyclage le placent comme un contaminant émergent dont la toxicité potentielle reste largement méconnue. Afin d'établir une base générale de l'impact du Li, nous avons, dans une première approche, exploré les effets du Li sur les communautés microbiennes telluriques. La mise en place de microcosmes de sol a permis d'étudier l'impact d'un gradient de LiCl sur la diversité et l'activité bactérienne et fongique. L'analyse par métabarcoding de la diversité fongique a révélé que Leptodontidium, Solicoccozyma et Trichoderma étaient négativement corrélés au gradient de Li, alors que Oidiodendron et Saitozyma étaient positivement corrélés. Concernant les bactéries, la majorité des genres était négativement impactée comme Conexibacter, Bradyrhizobium et Edaphobacter. A l'inverse, Alicyclobacillus, qui était minoritaire aux faibles concentrations, et devenu le taxa le plus abondant aux fortes concentrations. Corrélée à ces variations d'abondances, une baisse de l'activité de nombreuses enzymes comme la phytase, chitinase, glucuronidase et β-galactosidase a été mise en évidence. En parallèle, une campagne de prélèvement de sols, champignons et plantes dans des zones naturellement enrichies en Li a également permis de constater l'impact du Li sur les communautés microbiennes, ainsi qu'un faible transfert du Li d'origine naturelle dans les tissus fongiques et végétaux. Dans une deuxième approche, les réponses cellulaires et moléculaires à un stress Li ont été étudiées chez deux modèles : eucaryote Saccharomyces cerevisiae et procaryote Escherichia coli. Trois stratégies complémentaires et sans a priori de délétomique, protéomique et d'ingénierie évolutive ont ainsi été appliquées. La majorité des réponses au Li mises en évidence s'avèrent communes à d'autres métaux alcalins et alcalino-terreux. Le système de transport vacuolaire, endosomal et cytosolique, et la signalisation cellulaire sont des fonctions cruciales pour la réponse de la levure à un stress Li. La synthèse de la capsule et du peptidoglycane, impliquant la glycosyltransférase RodA, sont quant à elles centrales dans la réponse d'E. coli. Toutefois, des fonctions spécifiques au Li ont également pu être identifiées, tels que le système NMD (nonsense-mediated decay) chez S. cerevisiae, la sous-unité AcrA d'une pompe à efflux chez E. coli ou la synthèse d'acides aminés chez les deux organismes. En conclusion, ces travaux de thèse constituent une base solide et multi-échelle des réponses des microorganismes exposés à ce contaminant émergent. Les résultats obtenus fournissent de nouvelles données sur les mécanismes de toxicité et de résistance spécifiques au Li de ces deux organismes modèles, et soulignent l'importance d'une stratégie multi-approches dans la caractérisation des mécanismes moléculaires mis ne place en réponse au stress Li
Analyse multi-échelle de l’impact du lithium sur les microorganismes
No full textL'auteur a souhaité limiter l'accès aux membres de l'Enseignement supérieur français jusqu'au 1er janvier 2040.Lithium (Li) is a strategic metal whose properties are highly used in many fields (alloy manufacturing, medicine, new technologies). Due to its predominant role in battery production, Li has become essential for decarbonized energy generation. However, its release into the environment, combined with low recycling rates, positions this metal as an emerging contaminant with largely unknown potential toxicity. To improve our knowledge, in a first approach, the effects of Li on terrestrial microbial communities were explored. The establishment of soil microcosms allowed for studying the impact of a LiCl gradient on fungal and bacterial diversity and activity. Metabarcoding analysis on fungi revealed that Leptodontidium, Solicoccozyma, and Trichoderma were negatively correlated with the Li gradient, whereas Oidiodendron and Saitozyma were positively correlated. Regarding bacteria, most genera were negatively affected, such as Conexibacter, Bradyrhizobium, and Edaphobacter. In contrast, Alicyclobacillus, which was a minor taxon at low concentrations, became the most abundant taxon at higher concentrations. In accordance with these variations, a decrease in the activity of several enzymes, such as phytase, chitinase, glucuronidase, and β-galactosidase, was measured. Additionally, soil, mushrooms, and plants sampling campaigns in naturally Li-enriched areas also demonstrated the impact of Li on microbial communities, and a very low transfer of naturally occurring Li in mushroom or plant tissues. In a second approach, cellular and molecular responses to Li stress were studied in the eukaryotic model Saccharomyces cerevisiae and the prokaryotic model Escherichia coli. Three complementary and unbiased strategies—deletomics, proteomics, and evolutionary engineering—were applied. The majority of the Li responses identified were common with those triggered by other alkali and alkaline earth metals. Vacuolar, endosomal, and cytosolic transport systems, as well as cellular signaling, are crucial functions in response to Li stress in yeast. In E. coli, capsule and peptidoglycan synthesis, involving the glycosyltransferase RodA, are central for its response to Li. However, Li-specific functions were also identified, such as the NMD (nonsense-mediated decay) system in S. cerevisiae, the AcrA subunit of an efflux pump in E. coli, and amino acid synthesis in both organisms. In conclusion, this thesis provides a solid, multi-scale foundation for understanding the responses of microorganisms exposed to this emerging contaminant. The results provide new toxicity and resistance data specific to Li for these two model organisms and emphasize the importance of a multi-approach strategy in characterizing the molecular mechanisms involved in response to Li stress.Le lithium (Li) est un métal stratégique dont les propriétés sont convoitées dans de nombreux domaines (fabrication d'alliage, médecine, nouvelles technologies). Par son rôle prédominant dans la fabrication des batteries, le Li est devenu indispensable pour la production d'énergie décarbonisée. Cependant, son rejet dans l'environnement associé à un faible taux de recyclage le placent comme un contaminant émergent dont la toxicité potentielle reste largement méconnue. Afin d'établir une base générale de l'impact du Li, nous avons, dans une première approche, exploré les effets du Li sur les communautés microbiennes telluriques. La mise en place de microcosmes de sol a permis d'étudier l'impact d'un gradient de LiCl sur la diversité et l'activité bactérienne et fongique. L'analyse par métabarcoding de la diversité fongique a révélé que Leptodontidium, Solicoccozyma et Trichoderma étaient négativement corrélés au gradient de Li, alors que Oidiodendron et Saitozyma étaient positivement corrélés. Concernant les bactéries, la majorité des genres était négativement impactée comme Conexibacter, Bradyrhizobium et Edaphobacter. A l'inverse, Alicyclobacillus, qui était minoritaire aux faibles concentrations, et devenu le taxa le plus abondant aux fortes concentrations. Corrélée à ces variations d'abondances, une baisse de l'activité de nombreuses enzymes comme la phytase, chitinase, glucuronidase et β-galactosidase a été mise en évidence. En parallèle, une campagne de prélèvement de sols, champignons et plantes dans des zones naturellement enrichies en Li a également permis de constater l'impact du Li sur les communautés microbiennes, ainsi qu'un faible transfert du Li d'origine naturelle dans les tissus fongiques et végétaux. Dans une deuxième approche, les réponses cellulaires et moléculaires à un stress Li ont été étudiées chez deux modèles : eucaryote Saccharomyces cerevisiae et procaryote Escherichia coli. Trois stratégies complémentaires et sans a priori de délétomique, protéomique et d'ingénierie évolutive ont ainsi été appliquées. La majorité des réponses au Li mises en évidence s'avèrent communes à d'autres métaux alcalins et alcalino-terreux. Le système de transport vacuolaire, endosomal et cytosolique, et la signalisation cellulaire sont des fonctions cruciales pour la réponse de la levure à un stress Li. La synthèse de la capsule et du peptidoglycane, impliquant la glycosyltransférase RodA, sont quant à elles centrales dans la réponse d'E. coli. Toutefois, des fonctions spécifiques au Li ont également pu être identifiées, tels que le système NMD (nonsense-mediated decay) chez S. cerevisiae, la sous-unité AcrA d'une pompe à efflux chez E. coli ou la synthèse d'acides aminés chez les deux organismes. En conclusion, ces travaux de thèse constituent une base solide et multi-échelle des réponses des microorganismes exposés à ce contaminant émergent. Les résultats obtenus fournissent de nouvelles données sur les mécanismes de toxicité et de résistance spécifiques au Li de ces deux organismes modèles, et soulignent l'importance d'une stratégie multi-approches dans la caractérisation des mécanismes moléculaires mis ne place en réponse au stress Li
Mutli-scale analysis of the impact of lithium on microorganisms
No full textLe lithium (Li) est un métal stratégique dont les propriétés sont convoitées dans de nombreux domaines (fabrication d'alliage, médecine, nouvelles technologies). Par son rôle prédominant dans la fabrication des batteries, le Li est devenu indispensable pour la production d'énergie décarbonisée. Cependant, son rejet dans l'environnement associé à un faible taux de recyclage le placent comme un contaminant émergent dont la toxicité potentielle reste largement méconnue. Afin d'établir une base générale de l'impact du Li, nous avons, dans une première approche, exploré les effets du Li sur les communautés microbiennes telluriques. La mise en place de microcosmes de sol a permis d'étudier l'impact d'un gradient de LiCl sur la diversité et l'activité bactérienne et fongique. L'analyse par métabarcoding de la diversité fongique a révélé que Leptodontidium, Solicoccozyma et Trichoderma étaient négativement corrélés au gradient de Li, alors que Oidiodendron et Saitozyma étaient positivement corrélés. Concernant les bactéries, la majorité des genres était négativement impactée comme Conexibacter, Bradyrhizobium et Edaphobacter. A l'inverse, Alicyclobacillus, qui était minoritaire aux faibles concentrations, et devenu le taxa le plus abondant aux fortes concentrations. Corrélée à ces variations d'abondances, une baisse de l'activité de nombreuses enzymes comme la phytase, chitinase, glucuronidase et β-galactosidase a été mise en évidence. En parallèle, une campagne de prélèvement de sols, champignons et plantes dans des zones naturellement enrichies en Li a également permis de constater l'impact du Li sur les communautés microbiennes, ainsi qu'un faible transfert du Li d'origine naturelle dans les tissus fongiques et végétaux. Dans une deuxième approche, les réponses cellulaires et moléculaires à un stress Li ont été étudiées chez deux modèles : eucaryote Saccharomyces cerevisiae et procaryote Escherichia coli. Trois stratégies complémentaires et sans a priori de délétomique, protéomique et d'ingénierie évolutive ont ainsi été appliquées. La majorité des réponses au Li mises en évidence s'avèrent communes à d'autres métaux alcalins et alcalino-terreux. Le système de transport vacuolaire, endosomal et cytosolique, et la signalisation cellulaire sont des fonctions cruciales pour la réponse de la levure à un stress Li. La synthèse de la capsule et du peptidoglycane, impliquant la glycosyltransférase RodA, sont quant à elles centrales dans la réponse d'E. coli. Toutefois, des fonctions spécifiques au Li ont également pu être identifiées, tels que le système NMD (nonsense-mediated decay) chez S. cerevisiae, la sous-unité AcrA d'une pompe à efflux chez E. coli ou la synthèse d'acides aminés chez les deux organismes. En conclusion, ces travaux de thèse constituent une base solide et multi-échelle des réponses des microorganismes exposés à ce contaminant émergent. Les résultats obtenus fournissent de nouvelles données sur les mécanismes de toxicité et de résistance spécifiques au Li de ces deux organismes modèles, et soulignent l'importance d'une stratégie multi-approches dans la caractérisation des mécanismes moléculaires mis ne place en réponse au stress Li.Lithium (Li) is a strategic metal whose properties are highly used in many fields (alloy manufacturing, medicine, new technologies). Due to its predominant role in battery production, Li has become essential for decarbonized energy generation. However, its release into the environment, combined with low recycling rates, positions this metal as an emerging contaminant with largely unknown potential toxicity. To improve our knowledge, in a first approach, the effects of Li on terrestrial microbial communities were explored. The establishment of soil microcosms allowed for studying the impact of a LiCl gradient on fungal and bacterial diversity and activity. Metabarcoding analysis on fungi revealed that Leptodontidium, Solicoccozyma, and Trichoderma were negatively correlated with the Li gradient, whereas Oidiodendron and Saitozyma were positively correlated. Regarding bacteria, most genera were negatively affected, such as Conexibacter, Bradyrhizobium, and Edaphobacter. In contrast, Alicyclobacillus, which was a minor taxon at low concentrations, became the most abundant taxon at higher concentrations. In accordance with these variations, a decrease in the activity of several enzymes, such as phytase, chitinase, glucuronidase, and β-galactosidase, was measured. Additionally, soil, mushrooms, and plants sampling campaigns in naturally Li-enriched areas also demonstrated the impact of Li on microbial communities, and a very low transfer of naturally occurring Li in mushroom or plant tissues. In a second approach, cellular and molecular responses to Li stress were studied in the eukaryotic model Saccharomyces cerevisiae and the prokaryotic model Escherichia coli. Three complementary and unbiased strategies—deletomics, proteomics, and evolutionary engineering—were applied. The majority of the Li responses identified were common with those triggered by other alkali and alkaline earth metals. Vacuolar, endosomal, and cytosolic transport systems, as well as cellular signaling, are crucial functions in response to Li stress in yeast. In E. coli, capsule and peptidoglycan synthesis, involving the glycosyltransferase RodA, are central for its response to Li. However, Li-specific functions were also identified, such as the NMD (nonsense-mediated decay) system in S. cerevisiae, the AcrA subunit of an efflux pump in E. coli, and amino acid synthesis in both organisms. In conclusion, this thesis provides a solid, multi-scale foundation for understanding the responses of microorganisms exposed to this emerging contaminant. The results provide new toxicity and resistance data specific to Li for these two model organisms and emphasize the importance of a multi-approach strategy in characterizing the molecular mechanisms involved in response to Li stress
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
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