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Biomarkers identification of the efficacy of anti-TNF α agent (Adalimumab) in ankylosing spondylitis patients using a proteomic approach
No full textAxial Spondyloarthritis (axSpA) is amongst the most common forms of inflammatory arthritis. Widely used in the treatment of AS (the most frequent axSpA), adalimumab is an engineered antibody holding only human peptide sequences that bind with high affinity and specificity to soluble and transmembrane TNF α, blocking its interaction with receptors p55 and p75. However, the response to TNF inhibitors (TNFi) is heterogeneous in terms of efficacy and might be linked with serious side effects. A priori identification of patients more propense to respond to TNFi is critical in clinical practice. Therefore, the aim of this work was to identify serum proteins for which the level of variation is tightly associated with the clinical response to adalimumab in AS patients. The proteomic analysis involved 33 patients with AS, of which 19 responders and 14 nonresponders after 14 weeks treatment with adalimumab, according to ASAS criteria. Serum samples were collected at baseline, 3-5 days, 2 weeks and 14 weeks after treatment. The experimental workflow combined immunoaffinity depletion of the high-abundant serum proteins, tryptic digestion of the proteins extracted from the depleted serum, HPLC separation of tryptic peptides, MS/MS based identification and MS quantification of the detected proteins. Uni- and multivariate statistical analysis of the differentially abundant proteins was used to select the more sensitive and specific serum biomarkers related with therapeutic response. Protein function association network analysis of differential proteins was performed with STRINGdb. LC-MS/MS method allowed the identification of 333 proteins with at least 2 non-ambiguous peptides. A set of new putative biomarkers was identified with 8 proteins displaying differences between R and NR (p < 0.05) at baseline. Of these, 3 proteins were highly linked with a good clinical response, while the other 5 proteins were strongly related with a non-response to adalimumab therapy at W14. This set of proteins was confirmed to be predictive of the type of response to treatment with an area under the Receiver Operating Characteristics (ROC) curve of 1. Additionally, our analysis showed that the pathways dysregulated in both groups were relatively similar. Proteomic approaches constitute a very promising strategy to the identification of biomarkers to predict a therapeutic response. These results provide evidence that a panel of biomarker proteins might be identified even before the beginning of treatment which is of utmost importance for clinical practice.A espondiloartrite axial (axSpA) é uma das formas mais comuns de artrite inflamatória. Amplamente utilizado no tratamento da AS (a axSpA mais frequente), o adalimumab é um anticorpo monoclonal recombinante que contém apenas sequências peptídicas humanas que se ligam com grande afinidade e especificidade ao TNF α solúvel e transmembranar, bloqueando assim a sua interação com os receptores p55 e p75. Ainda assim, a resposta aos inibidores do TNF (TNFi) é heterogénea em termos de eficácia e pode estar ligada a efeitos secundários graves. A prévia identificação de pacientes mais propensos a responder ao TNFi é crucial na prática clínica. Consequentemente, o objetivo deste trabalho foi identificar proteínas séricas para as quais o nível de variação está fortemente ligado à resposta clínica ao adalimumab, em pacientes com AS. A análise proteómica envolveu 33 pacientes com AS, dos quais 19 respondedores e 14 nãorespondedores após 14 semanas de tratamento com adalimumab, de acordo com os critérios ASAS. As amostras de soro foram colhidas antes do início do tratamento, 3-5 dias, 2 semanas e 14 semanas após o início do tratamento. O trabalho experimental combinou imunodepleção das proteínas séricas mais abundantes, digestão tríptica das proteínas, separação por HPLC de peptídeos trípticos, identificação por MS/MS e quantificação por MS das proteínas detetadas. A análise estatística unie multivariada das proteínas diferencialmente abundantes foi usada para selecionar os biomarcadores séricos mais sensíveis e específicos associados com a resposta terapêutica. A análise funcional das proteínas diferenciais foi realizada com o STRINGdb. O método LC-MS/MS permitiu a identificação de 333 proteínas com pelo menos 2 peptídeos não-ambíguos. Foi identificado um conjunto de novos biomarcadores putativos com 8 proteínas que exibiram diferenças entre R e NR (p < 0,05) antes do início do tratamento. Destas, 3 proteínas estavam altamente ligadas a uma boa resposta clínica, enquanto as outras 5 estavam fortemente relacionadas com uma não resposta à terapia com adalimumab no T4. Este conjunto de proteínas mostrou-se preditivo do tipo de resposta com uma área sob a curva Característica de Operação do Receptor (ROC) de 1. Adicionalmente, foi possível identificar que as vias desreguladas em ambos os grupos eram semelhantes. As abordagens proteómicas constituem uma estratégia muito promissora para a identificação de biomarcadores preditivos da resposta terapêutica. Os resultados aqui apresentados fornecem evidências de que um painel de biomarcadores proteicos pode ser identificado mesmo antes do início do tratamento, sendo isto de extrema importância para a prática clínica
Biomarkers identification of the efficacy of anti-TNF α agent (Adalimumab) in ankylosing spondylitis patients using a proteomic approach
No full textDissertação de Mestrado em: Genética Molecular Comparativa e TecnológicaAxial Spondyloarthritis (axSpA) is amongst the most common forms of inflammatory arthritis. Widely used in the treatment of AS (the most frequent axSpA), adalimumab is an engineered antibody holding only human peptide sequences that bind with high affinity and specificity to soluble and transmembrane TNF α, blocking its interaction with receptors p55 and p75. However, the response to TNF inhibitors (TNFi) is heterogeneous in terms of efficacy and might be linked with serious side effects. A priori identification of patients more propense to respond to TNFi is critical in clinical practice. Therefore, the aim of this work was to identify serum proteins for which the level of variation is tightly associated with the clinical response to adalimumab in AS patients. The proteomic analysis involved 33 patients with AS, of which 19 responders and 14 nonresponders after 14 weeks treatment with adalimumab, according to ASAS criteria. Serum samples were collected at baseline, 3-5 days, 2 weeks and 14 weeks after treatment. The experimental workflow combined immunoaffinity depletion of the high-abundant serum proteins, tryptic digestion of the proteins extracted from the depleted serum, HPLC separation of tryptic peptides, MS/MS based identification and MS quantification of the detected proteins. Uni- and multivariate statistical analysis of the differentially abundant proteins was used to select the more sensitive and specific serum biomarkers related with therapeutic response. Protein function association network analysis of differential proteins was performed with STRINGdb. LC-MS/MS method allowed the identification of 333 proteins with at least 2 non-ambiguous peptides. A set of new putative biomarkers was identified with 8 proteins displaying differences between R and NR (p < 0.05) at baseline. Of these, 3 proteins were highly linked with a good clinical response, while the other 5 proteins were strongly related with a non-response to adalimumab therapy at W14. This set of proteins was confirmed to be predictive of the type of response to treatment with an area under the Receiver Operating Characteristics (ROC) curve of 1. Additionally, our analysis showed that the pathways dysregulated in both groups were relatively similar. Proteomic approaches constitute a very promising strategy to the identification of biomarkers to predict a therapeutic response. These results provide evidence that a panel of biomarker proteins might be identified even before the beginning of treatment which is of utmost importance for clinical practice.A espondiloartrite axial (axSpA) é uma das formas mais comuns de artrite inflamatória. Amplamente utilizado no tratamento da AS (a axSpA mais frequente), o adalimumab é um anticorpo monoclonal recombinante que contém apenas sequências peptídicas humanas que se ligam com grande afinidade e especificidade ao TNF α solúvel e transmembranar, bloqueando assim a sua interação com os receptores p55 e p75. Ainda assim, a resposta aos inibidores do TNF (TNFi) é heterogénea em termos de eficácia e pode estar ligada a efeitos secundários graves. A prévia identificação de pacientes mais propensos a responder ao TNFi é crucial na prática clínica. Consequentemente, o objetivo deste trabalho foi identificar proteínas séricas para as quais o nível de variação está fortemente ligado à resposta clínica ao adalimumab, em pacientes com AS. A análise proteómica envolveu 33 pacientes com AS, dos quais 19 respondedores e 14 nãorespondedores após 14 semanas de tratamento com adalimumab, de acordo com os critérios ASAS. As amostras de soro foram colhidas antes do início do tratamento, 3-5 dias, 2 semanas e 14 semanas após o início do tratamento. O trabalho experimental combinou imunodepleção das proteínas séricas mais abundantes, digestão tríptica das proteínas, separação por HPLC de peptídeos trípticos, identificação por MS/MS e quantificação por MS das proteínas detetadas. A análise estatística unie multivariada das proteínas diferencialmente abundantes foi usada para selecionar os biomarcadores séricos mais sensíveis e específicos associados com a resposta terapêutica. A análise funcional das proteínas diferenciais foi realizada com o STRINGdb. O método LC-MS/MS permitiu a identificação de 333 proteínas com pelo menos 2 peptídeos não-ambíguos. Foi identificado um conjunto de novos biomarcadores putativos com 8 proteínas que exibiram diferenças entre R e NR (p < 0,05) antes do início do tratamento. Destas, 3 proteínas estavam altamente ligadas a uma boa resposta clínica, enquanto as outras 5 estavam fortemente relacionadas com uma não resposta à terapia com adalimumab no T4. Este conjunto de proteínas mostrou-se preditivo do tipo de resposta com uma área sob a curva Característica de Operação do Receptor (ROC) de 1. Adicionalmente, foi possível identificar que as vias desreguladas em ambos os grupos eram semelhantes. As abordagens proteómicas constituem uma estratégia muito promissora para a identificação de biomarcadores preditivos da resposta terapêutica. Os resultados aqui apresentados fornecem evidências de que um painel de biomarcadores proteicos pode ser identificado mesmo antes do início do tratamento, sendo isto de extrema importância para a prática clínica
Impacto da Liderança Servidora na Satisfação no Trabalho: Estudo sobre a Realidade Portuguesa
No full textO presente estudo teve por base compreender de que forma a liderança servidora é exercida em Portugal e de que forma impacta a satisfação dos trabalhadores portugueses. A motivação para esta temática parte da análise de várias investigações sobre a liderança servidora e, dada a escassez de estudos em Portugal, considerou-se relevante a realização de um estudo que procurasse perceber se este estilo de liderança é aplicado nas empresas portuguesas e qual o seu impacto na satisfação dos trabalhadores. Para isso recolheram-se dados, através do método de inquérito por questionário, aplicado a pessoas de dezoito ou mais anos, que residem e trabalham/trabalharam em Portugal ou estão em teletrabalho a partir de Portugal para o estrangeiro e têm/tiveram um superior hierárquico. Face a isto, e feita uma revisão da literatura sobre a Satisfação no Trabalho e a Liderança Servidora que permitiu identificar as escalas/questões a usar no inquérito, testaram-se quatro hipóteses de investigação. A amostra é constituída por 359 respondentes, dos quais 32 foram excluídos uma vez que nunca tiveram funções de liderados, contabilizando 327 respostas para as análises estatísticas. A amostra é composta essencialmente por mulheres, por residentes da zona de Braga e Porto, em empresas de grande dimensão que atuam no setor privado. A análise realizada mostrou que das sete dimensões da Liderança Servidora estudadas há umas que parecem estar mais presentes nos líderes portugueses, como é o caso do “Empowerment” e do “Comportamento ético”. Contudo, estas duas dimensões, são sobreponíveis a outros estilos de liderança, o que dificulta uma identificação clara da liderança servidora nos líderes portugueses. Por outro lado, verificou-se existir, em geral, Satisfação no Trabalho, embora a satisfação intrínseca esteja mais presente do que a satisfação extrínseca, de acordo, aliás, com o que é retratado na literatura da especialidade. Relativamente ao impacto da Liderança Servidora na Satisfação no Trabalho, pode-se concluir que existe, de facto, uma relação entre o estilo de Liderança Servidora e a Satisfação no Trabalho. As dimensões da liderança que mais parecem contribuir para essa satisfação são as “Competências conceptuais”, o “Empowerment”, o “Ajudar os subordinados a crescer e ter sucesso” e o “Comportamento ético”. As dimensões de liderança servidora que menos contribuem para a satisfação dos trabalhadores foram “Cura Emocional”, “Criação de valor para a comunidade” e “Dar primazia aos subordinados”
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
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