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Análise genética e mutagenese sítio dirigida do gene glnE de Herbaspirillum seropedicae
Full text linkOrientadores: Maria Berenice Reynaud Steffens, Fábio de Oliveira Pedrosa, Liu Un Rigo, Roseli WasserriMonografia (Bacharelado) - Universidade Federal do Paraná.Setor de Ciencias Biologicas. Curso de Graduaçao em Ciencias BiologicasResumo : GlnE é uma enzima efetora bifuncional que atua regulando a cascata do metabolismo de nitrogênio controlando a atividade da enzima Glutamina Sintetase (GS). GS é uma das enzimas centrais envolvidas na assimilação de nitrogênio catalisando a conversão de glutamato e amônio em glutamina. A proteína GlnE regula a atividade enzimática de GS através da adenililação/desadenilidação de suas subunidades. Em H. seropedicae, uma bactéria diazotrófica endofitica, o gene glnE foi identificado durante o programa de sequenciamento genômico (GENOP AR). Nesse organismo, o gene glnE codifica para uma proteína de 927 aminoácidos que apresenta alta similaridade com o gene glnE de outros organismos. O gene glnE é, aparentemente, monocistrônico e constitutivamente expresso. Dois domínios homólogos conservados foram identificados na proteína GlnE: um na região Cterminal que possui o sítio de desadenililação e outro na região C-terminal que possui o sítio de adenililação. Um cassete de canamicina foi clnserido no gene glnE clonado no vetor pUC18. O plasmídeo resultante (PHF16), foi eletroporado na estirpe selvagem SMRl de H seropedicae gerando duas estirpes mutantes por inserção cromossomal (HEL 1 e HEL2). O mutante HEL 1 apresentou atividade nitrogenase reduzida em relação à estirpe selvagem SMRl
Prospecção metagenômica de biocatalisadores da microbiota de solos da Floresta Atlântica paranaense
Full text linkResumo: A diversidade bacteriana do solo e seu potencial biotecnologico sao pouco explorados. Dados indicam que 1 g de solo contem mais de 10 bilhoes de micro-organismos distribuidos em milhares de especies. Entretanto, a grande maioria dessas especies sao desconhecidas devido a sua inabilidade de se multiplicar nos meios de cultivo tradicionalmente usados em laboratorio. A Metagenomica tornou possivel o acesso a essa vasta diversidade genetica permitindo a analise direta do DNA de uma comunidade bacteriana e levando a descoberta de novos biocatalisadores. Nesse trabalho sao descritas a construcao de tres bibliotecas metagenomicas, a prospeccao por novos biocatalisadores e a caracterizacao de uma nova lipase identificada nessas bibliotecas. As bibliotecas foram construidas a partir de amostras de solo da Floresta Atlantica Paranaense coletadas em diferentes altitudes. O DNA das amostras de solo foi purificado, reparado e clonado no vetor pCC2FOS. Os fosmideos recombinantes foram transformados na estirpe EPI300 de Escherichia coli gerando as bibliotecas metagenomicas MAF1, MAF2 e MAF3 com 34.560, 29.280 e 36.288 clones, respectivamente. Todos os clones foram analisados quanto a atividade triacil-hidrolasica em tributirina (315 clones positivos), tricaprilina (10 clones positivos) e trioleina (3 clones positivos). Os clones da biblioteca MAF1 tambem foram analisados quanto a atividade de protease (460 clones positivos) e atividade de amilase (4 clones positivos). O DNA inserto dos clones com atividade lipolitica MAF1LP001, MAF1LP018 e MAF1LP090 foram sequenciados, o que permitiu identificar 80 ORFs/genes. A lipase LP001ORF27 foi identificada como membro da familia I das lipases e similaridade proxima a subfamilia termofilica I.5. A enzima purificada apresenta atividade contra diferentes para-nitrofenil-monoacilesteres (pNP monoacilesteres) com atividade maxima (7 U/mg) contra pNP decanoato. LP001ORF27 apresentou atividade do pH 5,0 ao 11,0, com atividade otima em pH 7,0 e nao apresentou dependencia de metais. A temperatura otima de atividade ocorreu na faixa de 50-60oC e a enzima apresentou ativacao termica de 80% apos incubacao por 1 hora a 50oC. A lipase LP018ORF16 nao apresentou similaridade com sequencias de lipases conhecidas e a analise filogenetica sugeriu que ela constitui uma nova familia. Essa enzima tambem demonstrou dependencia da proteina LP018ORF15, provavelmente uma chaperona, para atividade. LP090ORF24 foi identificada como membro da familia I das lipases, proxima a subfamilia I.2, e tambem apresenta similaridade com uma poli-hidroxialcanoato (PHA) depolimerase. Proximo a LP090ORF24 foi identificado um gene que codifica uma Ą-amilase. Finalmente, a analise da sequencia dessa proteina sugeriu que ela contem um dominio de ciclodextrina glicosiltansferase (CGTase). Os resultados obtidos nesse trabalho confirmam o potencial da Metagenomica para a descoberta de novas enzimas de importancia biotecnologica
Determinaçăo da biodiversidade de Archaea e Bacteria da mata atlântica paranaense /
Full text linkOrientador: Fábio de Oliveira PedrosaCo-orientadora: Liu Un RigoInclui apęndiceDissertaçăo (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Cięncias Biológicas, Programa de Pós-Graduaçăo em Bioquímica. Defesa: Curitiba, 06/06/2006Inclui bibliografi
Desenvolvimento da ferramenta para finalização de montagens de genomas in silico - FGAP
Full text linkResumo: A finalização é a etapa que consome mais tempo e demanda maior esforço em projetos de determinação de sequências genômicas. Diversos métodos computacionais (in silico) foram propostos com o objetivo de resolver problemas de correção de erros, ordenação de contigs, fechamento de gaps, validação de montagem e refinamento. A etapa de fechamento de gaps envolve a identificação de sequências desconhecidas entre contigs adjacentes. A presença destes gaps ocorre pela falta de reads no conjunto de dados sequenciados, necessitando de dados adicionais para serem resolvidos, ou pela incapacidade dos programas de montagem de resolver regiões de repetição ou baixa cobertura, casos em que o fechamento de gaps in silico pode ser aplicado. Apresentamos um novo programa para fechamento de gaps em sequências de genomas recém-montados, o FGAP, que utiliza dados obtidos de diferentes programas de montagem ou diferentes tecnologias de sequenciamento. A ferramenta busca por sequências que sobreponham finais de contigs de scaffolds propostos para descobrir a sequência dos gaps. O FGAP foi testado em casos controlados e em casos reais, demonstrando capacidade de melhorar montagens apenas reutilizando dados previamente obtidos. Ele também foi comparado com programas desenvolvidos para o mesmo fim, mostrando performance superior e menor tempo de execução. Diversos testes em sequências de organismos procariotos foram realizados e verificados através de validações locais com sequências de referência. A taxa de acerto manteve-se acima de 93%. Análises de métricas globais da montagem após o fechamento comprovam a eficácia do método. O programa é altamente flexível, aceita diversos conjuntos de dados e suporta leituras longas da terceira geração de sequenciamento. Ele não depende de reads pareados e produz arquivos de saída detalhados e intuitivos. O FGAP pode ser executado localmente ou via web e está disponível em: www.bioinfo.ufpr.br/fgap Palavras-chave: genoma, finalização de genoma, fechamento de gaps, bioinformátic
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
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