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The British ‘Bluesman’ Paul Oliver and the Nature of Transatlantic Blues Scholarship
No full textRecent revisionist studies have argued that much of what is known about music known as the blues’ has been 'invented' by the writing of enthusiasts far removed from the African American culture that created the music. Elijah Wald and Marybeth Hamilton in particular have attempted to sift through the clouds of romanticism, and tried to unveil more empirical histories that were previously obscured by the fallacious genre distinctions conjured up during the 1960s blues revival. While this revisionist scholarship has shed light on some previously ignored historical facts, writers have tended to concentrate on the romanticism of blues writing strictly from an American perspective, failing to acknowledge the genesis and influence of transatlantic scholarship, and therefore ignoring the work of the most prolific and influential blues scholar of the twentieth century, British writer Paul Oliver. By examining the core of Oliver’s research and writing during the 1950s and 1960s, this study aims to place Oliver in his rightful place at the centre of blues historiography. His scholarship allows a more detailed appreciation of the manner in which the blues was studied, through lyrics, recordings, oral histories, photography and African American literature. These historical sources were interpreted in accordance with the author’s attitudes to the commercial popular music, which allowed the ‘reconstruction’ of an African American ‘folk’ culture in which the blues became the antithesis of pop. Importantly, this study seeks to transcend dominant discourses of national cultural ownership or ethnocentrism, and demonstrate that representations of African American music and culture were constructed within a transatlantic context. The blues is music with roots in the African American experience within the United States; however, as Paul Oliver’s writing shows, its reception and representation were not limited by the same national, cultural or racial boundaries
Reptricket. Förord till Lars Gustafsson: Mot noll
No full textIntroduction to a collection of philosophical essays by Swedish author Lars Gustafsson (b. 1936)
Skandinavisk frivillighed ved en korsvej?
No full textI dette kapitel, som er en del af et festskrift til Lars Svedberg, reflekterer jeg over skandinavisk frivillighed på baggrund af tilgængelige data og undersøgelser
Author Functions in Lars Kepler\u27s The Hypnotist: An Analysis
No full textThis paper examines Foucault\u27s notion of the author function as it pertains to Lars Kepler\u27s bestselling 2011 crime thriller, The Hypnotist. Lars Kepler is the pseudonym of a Swedish husband-wife writing duo, making him the perfect subject for analysis centering on illusory notion of the author. This paper will answer these questions: Who is the true author of The Hypnotist? What factors influence the author function of this bestelling novel? And what can The Hypnotist phenomenon tell us about the relationships between authors and their readers? This paper will demonstrate that no literary works may be ascribed to an individual person, and that authors hold no privileged knowledge of the works they produce, because authors cease to be authors the moment pen is lifted from page
A Reading By Poet Mary Oliver
No full textMary Oliver\u27s poetry, with her lyrical connection to the natural world, has firmly established her in the highest realm of American poets. She is renowned for her evocative and precise imagery, which brings nature into clear focus, transforming the everyday world into a place of magic and discovery. As poet Stanley Kunitz has said, Mary Oliver\u27s poetry is fine and deep; it reads like a blessing. Her special gift is to connect us with our sources in the natural world, its beauties and terrors and mysteries and consolations. Please join Pulitzer Prize-winning poet Mary Oliver as she shares her joyous, accessible, and intimate observations of the natural world.
Mary Oliver is the celebrated author of more than a dozen books of poetry and prose. With her lyrical connection to the natural world, Oliver\u27s poetry has firmly established her in the highest realm of American poets. Oliver has been honored with the National Book Award for Poetry, the Pulitzer Prize for Poetry, and a Guggenheim Foundation Fellowship, among others
"Hi, fellas. come on in." Norman Carlson, the Federal Bureau of Prisons, and the Rise of Prison Fellowship
No full textThis is a pre-copyedited, author-produced version of an article accepted for publication in the Journal of Church and State following peer review. The version of record - Kendrick Oliver; “Hi, Fellas. Come on in.” Norman Carlson, the Federal Bureau of Prisons, and the Rise of Prison Fellowship, Journal of Church and State, Volume 55, Issue 4, 1 December 2013, Pages 740–757 - is available online at: https://doi.org/10.1093/jcs/css05
Biography of Mary Jane Oliver
No full textTypescript of a sketch biography about Mary Jane (Oliver) Barlow, who came came from England around 1851 and with her husband, Oswald Barlow, helped to settle Saint George. Author unknown, but copied on January 13, 1937 by Virginia M. Lee of the Federal Writers Project, WPA, at Ogden, Uta
Development and characterization of flavoprotein-based optogenetic modules in Saccharomyces cerevisiae
No full textIm letzten Jahrzehnt, wurde in der Wissenschaft dem Bereich der Optogenetik immer mehr Beachtung geschenkt. So wurden zahlreiche Anwendungen entwickelt, von lichtgesteuerten Ionenkanälen, über Module zur Kontrolle des Proteinlevels, bis zu Modulen um physiologische Prozesse mit Licht zu steuern. All diese Module basieren auf Proteinen, die als Photorezeptoren bezeichnet werden und als Sensordomäne sensitiv für Licht bestimmter Wellenlängen sind. Eine weitverbreitete Familie dieser Proteine sind die LOV-Domänen, welche zu den Blaulichtrezeptoren zählen und aufgrund ihrer geringen Größe (unter 20 kDa) von besonderem Interesse für optogenetische Anwendungen sind. Eine weitere Proteinfamilie, die immer mehr in das Interesse für die Optogenetik rückt, sind die Cryptochrome, welche ebenfalls zu den Blaulichtphotorezeptoren gezählt werden.
In dieser Arbeit ist die Entwicklung von optogenetischen Modulen basierend auf der LOV-Domäne des Aureochroms 1a aus Phaeodactylum tricornutum (AuLOV) beschrieben. Dafür wurden verschiedene Mutanten der AuLOV-Domäne strukturell und proteinchemisch charakterisiert. Bei dieser Charakterisierung konnte eine neue Dimerinteraktionsfläche für die AuLOV-Domäne durch Kristallstrukturanalyse gefunden werden. Diese neue Dimeranordnung wurde anschließend bioinformatisch charakterisiert. Für die Entwicklung von einer optogenetischen Applikation wurden verschiedene AuLOV Mutanten im psd-Modul getestet und eine Domäne entwickelt, die das Protein in Dunkelheit destabilisiert (AuLOVV254M/V349W-cODC1CA). Diese Domäne wurde mit der photoaktivierbaren Adenylatcyclase bPAC fusioniert und AuPAC wurde als zweites Modul geschaffen. AuPAC ist eine synergistische, photoaktivierbare Adenylatcyclase, die gezielt über den Proteinkinase A Signalweg zelluläre Funktionen in S. cerevisiae steuert. Im Folgenden wurde ein lösliches in vivo Konstrukt mCherry-P2A-AuLOV-cODC1 gereinigt und proteinchemisch charakterisiert.
Ein weiterer Teil dieser Arbeit befasst sich mit dem „animal-like Cryptochrome“ aus C. reinhardtii (CraCry), welches aufgrund der verschiedenen Redoxzustände des Chromophors möglicherweise zusätzlich als Rotlichtphotorezeptor fungieren kann. Varianten von CraCry wurden im psd-Modul auf das Verhalten unter verschiedenen Lichtbedingungen in S. cerevisiae untersucht und bieten somit ein Potenzial für eine Vielzahl weiterer optogenetischen Applikationen.In the last decade, the field of optogenetics gained more and more attention in science. Several tools were developed, starting with light controlled ion-channels and devices to control the protein level, up to the control of physiological processes in living cells. These tools are based on photoreceptors, which are light-sensitive proteins for distinct wavelengths. A protein family frequently used in optogenetics are LOV domains. LOV domains are blue-light photoreceptors and have a small size of under 20 kDa. Cryptochromes are another class of blue-light photoreceptors, which are recently getting more attention in the field of optogenetics.
In this thesis an optogenetics tool was developed based on the aureochrome 1a LOV domain form Phaeodactylum tricornutum (AuLOV). Therefore, different mutants of the AuLOV domain were characterized in vitro, a new dimer interface of the AuLOV domain was identified by crystallization experiments and was characterized by bioinformatics. In order to create an optogenetic tool, AuLOV was tested in the photosensitive degron module (psd) and a darkness destabilization tag (AuLOVV254M/V349W-cODC1CA) was developed. This tag was fused to the photoactive adenylate cyclase bPAC to create AuPAC. AuPAC is a synergistic, photoactive adenylate cyclase, which is able to control cellular functions in S. cerevisiae. Furthermore, the soluble in vivo construct mCherry-P2A-AuLOV-cODC1 was expressed and characterized.
Another photoreceptor, the „animal-like Cryptochrome“ from C. reinhardtii (CraCry), was characterized in the psd-module under different light conditions in S. cerevisiae. Based on the different redox forms of the chromophore, CraCry is additionally hypothesized to set as red-light sensitive photoreceptor. CraCry has the potential for different optogenetic applications
Structural and functional characterization of a novel bacterial cryptochrome and analysis of microbial photolyases
No full textCryptochrome und Photolyasen sind eine Gruppe ubiquitärer, FAD bindender,
blaulichtabhängiger Signalproteine bzw. Enzyme, welche zusammen die
Photolyase/Cryptochrom-Superfamilie (PCSf) bilden. Während Photolyasen UV-induzierte
DNA-Läsionen zwischen benachbarten Pyrimidinbasen, nämlich die Cyclobutanpyrimidindimere
(CPD) und die (6-4)-Pyrimidin-pyrimidon-Photoprodukte ((6-4)), erkennen
und blaulichtabhängig reparieren, üben Cryptochrome regulatorische Funktionen in vivo aus.
Die pflanzlichen Vertreter sind in der Antwort auf Blaulichtreize involviert und nehmen
Einfluss auf Wachstum, Entwicklung und die circadiane Uhr von Pflanzen. In Tieren
partizipieren Cryptochrome in der circadianen Uhr als Blaulichtsensensor (Typ-I), oder
lichtunabhängig als Teil des zentralen Oszillators (Typ-II). Cryptochrome aus Bakterien sind
weniger gut untersucht, der bestcharakterisierte Vertreter aus Synechocystis sp. PCC6803
gehört zur CryDASH-Familie, deren genaue biologische Funktion noch immer unklar ist.
In dieser Arbeit erfolgte eine funktionelle und die erste strukturelle Charakterisierung eines
echten bakteriellen Cryptochroms, des Cryptochroms B aus Rhodobacter sphaeroides
(RsCryB). RsCryB zeigt keine DNA-Reparaturaktivität und reguliert die Photosynthese von
R. sphaeroides auf dem Transkriptlevel sauerstoff- und blaulichtabhängig. RsCryB definiert
eine neue, überwiegend in Proteobakterien auftretende Proteinfamilie in der PCSf, die
proteobakteriellen Cryptochrome (CryPro). Trotz geringer Sequenzidentitäten zu anderen
Vertretern der PCSf ist die Struktur der CryPro-Familie homolog zur konservierten
Überstruktur der Superfamilie. Überraschenderweise konnte in RsCryB ein [4Fe-4S]-Cluster
identifiziert werden, der neben dem katalytischen Kofaktor FAD das bestimmende Element
der C-terminalen Domäne ist. Dieser Cluster ist strukturell und chemisch verwandt mit
bekannten Clustern aus eukaryotischen Primaseuntereinheiten, wie durch EPR-Experimente
gezeigt werden konnte. Daneben wurde in RsCryB mit 6,7-Dimethyl-8-ribityl-lumazin, ein
für die PCSf neuer Antennenchromophor identifiziert. Diese Studien werden ergänzt durch
eine Analyse der DNA-Bindung der Klasse II CPD-Photolyasen aus Methanosarcina mazei
(MmCPDII), sowie durch die Analyse des vollständig reduzierten Zustandes der MmCPDII
mittels Ultrakurzzeitspektroskopie. In einem dritten Teilprojekt konnte der Antennenchromophor
der (6-4)-Photolyase aus Dunaliella salina als 8-Hydroxy-5-deazaflavin
identifiziert und die in vitro Reparatur des (6-4)-Schadens durch das Enzym demonstriert
werden.Cryptochromes and photolyases constitute a group of highly distributed, FAD-binding,
bluelight dependent signaling proteins ans enzymes, which together form the
photolyase/cryptochrome-superfamily (PCSf). Photolyases recognize UV-induced DNA
lesions between adjacent pyrimidine bases, namely cyclobutanpyrimidindimers (CPD) and
(6-4)-pyrimidine-pyrimidone-photoproducts ((6-4)), and repair them blue-light dependently,
whereas cryptochromes rather show regulatory functions in vivo. The plant representatives are
involved in responses to blue-light stimuli and take influence on growth, development and the
circadian clock of the plant. Cryptochromes in animals participate in the circadian clock as
blue-light sensors (type I), or light-independently as part of the central oscillator (type II).
Cryptochromes from bacteria are still poorly understood, the best characterized
representatives from Synechocystis sp. PCC6803 belongs to the CryDASH family whose
exact biological function is still unknown.
This work dealt with functional and the first structural characterization of a true bacterial
cryptochrome,cryptochrome B from Rhodobacter sphaeroides (RsCryB). RsCryB shows no
DNA repair activity and participates in the light-dependent and oxygen-dependent regulation
of photosynthesis genes in R. sphaeroides. It defines a new family of proteins in the PCSf,
predominantly occurring in proteobacteria, the proteobacterial cryptochromes (CryPro).
Despite low sequence identity to the other representatives of the PCSf, the structure of the
CryPro family is analogous to the conserved overall fold of the superfamily. Surprisingly, one
[4Fe-4S] clusters was identified, which is along with the catalytic cofactor FAD the defining
element of RsCryB's C-terminus. This cluster is structurally and chemically related to known
clusters of eukaryotic primase subunits, as was shown by EPR experiments. Moreover 6,7-
dimethyl-8-ribityl-lumazine was identified as antenna chromophore of RsCryB, yet unknown
inside the PCSf.
These studies are complemented by an DNA binding analysis of the class II CPD photolyase
from Methanosarcina mazei (MmCPDII), the model photolyase for plant homologs, as well as
an analysis of the fully reduced state of MmCPDII by ultrafast spectroscopy. In the third part
of the project the native antenna chromophore of the (6-4)-photolyase from Dunaliella salina
was identified as 8-hydroxy-5-deazaflavin and the in vitro repair of (6-4)-damages by the
enzyme was shown
Functional Characterisation of Arginine Methyltransferase PRMT6
No full textDas primäre Ziel der vorliegenden Arbeit bestand in der Untersuchung der
Histonmethyltransferaseaktivität von PRMT6. Trotz der Tatsache, dass PRMT6 im
Zellkern lokalisiert ist und für einige andere PRMTs Histonmethylierung gefunden
wurde, blieb die Argininmethylierung in Histonen durch PRMT6 bisher unerforscht.
Es konnte hier gezeigt werden, dass PRMT6 in vitro die Histone H3, H2A und H4
methyliert. Während ungebundene Histonproteine Substrate von PRMT6 waren, traf
dies für Histone in Nukleosomen in vitro nicht zu. Die Methylierungsstellen konnten in
den N-Termini der Histone lokalisiert werden und als R2 in Histon H3 sowie R3 in
Histon H4 und H2A identifiziert werden. Bei der Charakterisierung des
Methylierungsmechanismus ergab sich eine Präferenz von PRMT6 für monomethylierte
Arginine, was die PRMT6 als Methyltransferase ausweist, welche bevorzugt die
Dimethylierung von Argininen katalysiert. In Bezug auf die Methylierung des R2
konnten Einflüsse benachbarter Methylierungen auf die in vitro PRMT6-Aktivität
ausgemacht werden. So wirkten die Methylierungen an K4 und K9 inhibierend,
während die Methylierung des K27 einen schwachen positiven Effekt zeigte.
Das daran anschließende Ziel bestand in der Untersuchung der Funktion der H3R2
Dimethylierung im Zusammenhang des Histoncodes. Es sollten mögliche
Bindungsproteine (Effektor-Proteine) für diese Modifikation gefunden werden. Dazu
wurden Peptid-Pulldowns mit synthetisch modifizierten H3-Peptiden durchgeführt und
nach differentiell bindenden Proteinen gesucht. Diese Methode konnte allerdings keine
spezifischen Interaktionspartner identifizieren. Auch ein vermuteter Zusammenhang
zwischen der PRMT6 und dem PRC2-Komplex, sowie den entsprechenden
Modifikationen an R2 und K27 konnte mittels dieser Peptid-Pulldowns nicht betätigt
werden.
Frühere Studien der Lokalisation der R2 Di- bzw. der K4 Trimethylierung an
bestimmten Genpromotoren sowie Untersuchungen der Genexpression von c-Myc Zielbzw.
HoxA Genen bei PRMT6 Überexpression lieferten Hinweise auf einen repressiven
Effekt der PRMT6-vermittelten R2 Dimethylierung. Zur weiteren Überprüfung dieses
Mechanismus wurde zuerst die Genregulation des c-Myc Gens durch den Wnt-
Signalweg untersucht. Dabei konnte durch RNAi-vermittelte Depletion kein Einfluss
der PRMT6 auf die Genexpression dieses Gens gefunden werden.Um den negativen Effekt der R2 Dimethylierung auf die Trimethylierung des K4 auf
mechanistischer Ebene zu beschreiben, wurde die in vitro Aktivität der K4
Trimethyltransferase MLL sowie die Histon H3 Interaktion der MLL-Komplexkomponente
WDR5 in Abhängigkeit von der R2 Dimethylierung untersucht. Hierbei
konnte gezeigt werden, dass sowohl die Methyltransferaseaktivität von MLL wie auch
die Bindung des WDR5 an den Histon H3 N-Terminus durch eine Dimethylierung des
R2 verhindert wird. Der inhibitorische Effekt der R2 Methylierung auf die
Methylierung des K4 konnte spezifisch durch Chromatin-IPs in vivo am HoxA2
Promotor nachgewiesen werden, wo eine PRMT6 Überexpression zu verstärkter
PRMT6 Rekrutierung und R2 Dimethylierung führte. Diese wiederum hatte die
verminderte Assoziation von MLL und WDR5 mit diesem Promotor zur Folge und
somit eine Reduktion der Trimethylierung des K4. In einem Modell neuronaler
Differenzierung konnten diese Ereignisse am HoxA2 Gen bestätigt werden und
zusätzlich die repressive Funktion der PRMT6-vermittelten R2 Dimethylierung auf die
Genexpression aufgezeigt werden.
Zusammenfassend charakterisieren die Daten dieser Arbeit PRMT6 als neue
Histonmethyltransferase, die R2 in Histon H3 dimethyliert. Desweiteren wurde eine
spezifische Genregulationsfunktion der PRMT6 im Zusammenhang mit dem Histon-
Code identifiziert, bei welcher die H3K4Me3-vermittelte Expression bestimmter
Genpromotoren durch die H3R2Me2 reprimiert wird.The primary goal of this work was to characterise the histone methyltransferase activity
of PRMT6. Despite the fact that PRMT6 was found to be mainly nuclear localised and
that several PRMT members exhibit activity towards histones, the histone-methylation
by PRMT6 has not been investigated so far.
In this work PRMT6 was found to methylate histones H3, H2A and H4 in vitro. Free
histones were substrates of PRMT6, whereas nucleosomes could not be methylated by
PRMT6 in vitro. The methylation sites were localized in the N-termini of histones and
identified as R2 in histone H3 and R3 in histones H4 and H2A, respectively. The
characterisation of the methylation mechanism resulted in a catalytic preference of
PRMT6 for monomethylated arginines. This indicates that PRMT6 is mainly
responsible for the dimethylation of arginines. Considering the methylation of R2 in
histone H3 other histone modifications were found to exhibit an influence on the in
vitro activity of PRMT6. While methylation of K4 and K9 in H3 inhibited PRMT6
activity, methylation of K27 increased PRMT6 activity.
Subsequently, the investigation of H3R2 dimethylation function in the context of the
histone code was the next goal of this work. This should be achieved by identifying
potential binding partners (effector proteins) for this modification. Peptide pulldowns
with synthetically modified histone H3-pepides were used to search for differentially
interacting proteins. This technique did not result in the identification of specific
interaction partners for H3R2 dimethylation. A supposed functional relationship
between PRMT6 and the PRC2-complex as well as between their corresponding
modifications R2 and K27 could not be confirmed using peptide pulldowns.
Recent studies considering the genome-wide localisation of R2 di- and the K4
trimethylation suggested a negative cross-talk between these histone marks.
Additionally, PRMT6 overexpression experiments demonstrated a repressive effect of
PRMT6 on the expression of distinct HoxA genes and c-myc targets. The regulation of
c-myc gene expression by the Wnt-pathway was used to further characterise the
regulation mechanism of PRMT6. RNAi-mediated PRMT6-knockdown exhibited no
effect of PRMT6 on the gene expression of c-myc in this context.
Alternatively, the negative cross-talk between R2Me2 and K4Me3 should be described
on the mechanistic level. Therefore, the in vitro influence of R2 dimethylation on K4
trimethyltransferase MLL activity as well as on histone binding affinity of MLL-complex subunit WDR5 was investigated. The R2 dimethylation exerted a strong
inhibitory effect on MLL activity and on WDR5 binding to the histone H3-tail. The
negative effect of R2 methylation on K4 methylation could be verified in vivo using
chromatin immunoprecipitation on the HoxA2 promoter in PRMT6 overexpressing
cells. Exogenous PRMT6 levels resulted in increased PRMT6 and R2 dimethylation
levels at the promoter and decreased K4 trimethylation as well as reduced recruitment
of MLL and WDR5. These promoter events were described in a model of neuronal cell
differentiation, which confirmed the model for the repressive function of PRMT6-
mediated R2 dimethylation in gene regulation.
Together, the data from the present work identify PRMT6 as a novel histone
methyltransferase, which dimethylates R2 in histone H3. Furthermore, the specific gene
regulation mechanism for PRMT6 was characterised in the context of the histone code,
where H3R2Me2 regulates H3K4Me3-mediated expression of certain genes
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